BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-211D18
Chromosome15 (Build37)
Map Location 22,195,460 - 22,313,828
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCdh12, LOC100040351
Downstream geneEG545091, Cdh18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-211D18.bB6Ng01-211D18.g
ACCGA029359GA029360
length1,0971,062
definitionB6Ng01-211D18.b B6Ng01-211D18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,195,460 - 22,196,561)(22,312,756 - 22,313,828)
sequence
gaaagatctcaacttttacctcaattatgaaataaagaatgtaaacagaa
agaaaggggatgctatataatctcagttacgtaatatacttgcgtcatta
aggttgcaacactatctcaaacagagaccccaaaatgggaccaagtatta
aaacacatgtgcatatgagaagcattttcattcaaatcaccaaaataaga
tttttaaacaaatattttcttgtctatggatccttgaatgtatatagaca
ccaaacatcaatcgtttgtatacatgatgtagaaactaaaaagaaacaat
tatttgtaagttctcctcctattgtcaaatttttaatattttatcatttt
agggatagtttattttaatttctgtctatatttatttaaaacattcttag
aatctttaatgatctacctcttgatcaagagactgtactgaacacaaaca
ttattgcttcagctactcttcttgatgattttaaatttattcccaaacca
taagaaaatgtataggttagaggttcagttttagaatttttttgagattt
ggcttgatgtatagtttgccttgaaagctattcaaaaatatgttgaaaaa
tatgcttctcttcagttttcaaagaatgtctgtacaagtctgctagagcc
atttggtgtcagactgtgattaaagttcaatatttgtgaattgacttcag
ttatttccaagattaatatgtatgttgaattctcttaaaatatgctttat
ttaatgttcaaaattattttatgtctatgtgtgtgggcatgcacatgtaa
gtgttgggaaaggcaagaggccttggatctccctagatctgaagttagag
tggtttgcaagctgtgttacaggagtgatggttattaaactcttgccctc
tgtaagagaagtaatgcatataaaagctgaaccatctcttcaaccttgtt
agcttgttttgaatctctgtggtcacagtatcttacagaaaaagcgaaaa
gggttgttgttggcttatagcttcaagaattttcaggtcatttgggtgct
ggggtagatgtgcaagcagcctcatcaggcagagtctggccctgtta

gaattcacgcctagtcactgcccatctcggggcgcagtaatggggtgatg
ggcaagcaactaatcaggtgctgtcacgccacatcaggtgctgaaacgtc
accctgcgggctatataagcagcaccattttctgggttcgggtcttcctg
agaagtaagcaataaaagctttgccgtagaaggatccggttgtccgagtg
aattcttgccagcgagatactagctcgggtgagaggcatcctgcttcccc
ttggaggtctgtgggtccccaagaattacaagcttagaaagctgctctaa
aaatctcttcccagtctggtcccttaaataaatattagaaatatagaaga
atacactcaaaaagacagagccattaaataatatttaaataaaactaaat
atagaaaaaggcaatcaaattggtgaaagatatgaataaaactatctagt
acctgaaaaggaaatagaaacaataaagaagacacaaactggagcacagc
tgacagaggtgagttgtgcatggtcccctgacctccattgggtgggactg
gcactgcctcttggtcctgagacttgcgggactgcaagagcttcctgctc
ttggagaactgtgggaacccaagaatcacaagcttgaaaagctgccccaa
ctatcccctcccactctggttttcctggggcacagccagcagagactgta
ggggacccaagtactacaagcttggaacagtcccccaccaatcccttgac
agtgaggtctacctgaggcacaaccagcagaatccagtcaggtcccctga
ccttcattatctggctcaagattccccctgcctttctaagaagtactgtc
atcataaaggatcatctatccaatcctagggaaaaccagatgctgaaagg
acaaagtaggaataaaatcaacaagacttagggcaatatggcaccatcag
agcccagctttcctgctacaatagcactggatatcctaaggaaacagcct
agagatgatcttaacaaccttatgaggtgatgagacctaaataggacatg
ataggtcccgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_22195460_22196561
seq2: B6Ng01-211D18.b_58_1154

seq1  GAAAGATCTCAACTTTTACCTCAATTATGAAATAAAGAATGTAAACAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATCTCAACTTTTACCTCAATTATGAAATAAAGAATGTAAACAGAA  50

seq1  AGAAAGGGGATGCTATATAATCTCAGTTACGTAATATACTTGCGTCATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGGGATGCTATATAATCTCAGTTACGTAATATACTTGCGTCATTA  100

seq1  AGGTTGCAACACTATCTCAAACAGAGACCCCAAAATGGGACCAAGTATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGCAACACTATCTCAAACAGAGACCCCAAAATGGGACCAAGTATTA  150

seq1  AAACACATGTGCATATGAGAAGCATTTTCATTCAAATCACCAAAATAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACATGTGCATATGAGAAGCATTTTCATTCAAATCACCAAAATAAGA  200

seq1  TTTTTAAACAAATATTTTCTTGTCTATGGATCCTTGAATGTATATAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAACAAATATTTTCTTGTCTATGGATCCTTGAATGTATATAGACA  250

seq1  CCAAACATCAATCGTTTGTATACATGATGTAGAAACTAAAAAGAAACAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACATCAATCGTTTGTATACATGATGTAGAAACTAAAAAGAAACAAT  300

seq1  TATTTGTAAGTTCTCCTCCTATTGTCAAATTTTTAATATTTTATCATTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTAAGTTCTCCTCCTATTGTCAAATTTTTAATATTTTATCATTTT  350

seq1  AGGGATAGTTTATTTTAATTTCTGTCTATATTTATTTAAAACATTCTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATAGTTTATTTTAATTTCTGTCTATATTTATTTAAAACATTCTTAG  400

seq1  AATCTTTAATGATCTACCTCTTGATCAAGAGACTGTACTGAACACAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTAATGATCTACCTCTTGATCAAGAGACTGTACTGAACACAAACA  450

seq1  TTATTGCTTCAGCTACTCTTCTTGATGATTTTAAATTTATTCCCAAACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGCTTCAGCTACTCTTCTTGATGATTTTAAATTTATTCCCAAACCA  500

seq1  TAAGAAAATGTATAGGTTAGAGGTTCAGTTTTAGAATTTTTTTGAGATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAATGTATAGGTTAGAGGTTCAGTTTTAGAATTTTTTTGAGATTT  550

seq1  GGCTTGATGTATAGTTTGCCTTGAAAGCTATTCAAAAATATGTTGAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGATGTATAGTTTGCCTTGAAAGCTATTCAAAAATATGTTGAAAAA  600

seq1  TATGCTTCTCTTCAGTTTTCAAAGAATGTCTGTACAAGTCTGCTAGAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTCTCTTCAGTTTTCAAAGAATGTCTGTACAAGTCTGCTAGAGCC  650

seq1  ATTTGGTGTCAGACTGTGATTAAAGTTCAATATTTGTGAATTGACTTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTGTCAGACTGTGATTAAAGTTCAATATTTGTGAATTGACTTCAG  700

seq1  TTATTTCCAAGATTAATATGTATGTTGAATTCTCTTAAAATATGCTTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCCAAGATTAATATGTATGTTGAATTCTCTTAAAATATGCTTTAT  750

seq1  TTAATGTTCAAAATTATTTTATGTCTATGTGTGTGGGCATGCACATGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTTCAAAATTATTTTATGTCTATGTGTGTGGGCATGCACATGTAA  800

seq1  GTGTTGGGAAAGGCAAGAGGCCTTGGATCTCCCTAGATCTGAAGTTAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGGAAAGGCAAGAGGCCTTGGATCTCCCTAGATCTGAAGTTAGAG  850

seq1  TGGTTTGCAAGCTGTGTTACAGGAGTGATGGTTATTAAACTCTTGCCCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGCAAGCTGTGTTACAGGAGTGATGGTTATTAAACTCTTGCCCTC  900

seq1  TGTAAGAGAAGTAAATGCATATAAAAGCTGAACCATCTCTTCAACCTTGT  950
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGAGAAGT-AATGCATATAAAAGCTGAACCATCTCTTCAACCTTGT  949

seq1  TAGCTTGTTTTGAATCTCTGTGGTCACAGTATCTTACAG-AAAAGCG-AA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  TAGCTTGTTTTGAATCTCTGTGGTCACAGTATCTTACAGAAAAAGCGAAA  999

seq1  AGGGTTGTTGTTGGCTTATAGCTTCAAAGAATTTCAGGTCATTTGGGGTG  1048
      |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||   
seq2  AGGGTTGTTGTTGGCTTATAGCTTCAAGAATTTTCAGGTCATTTGGG--T  1047

seq1  GCTGGGGTAGATGTGGCAAAGCAGCCTCATCAAGGCAGAGTCCTGGCACT  1098
      |||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||
seq2  GCTGGGGTAGATGTG--CAAGCAGCCTCATC-AGGCAGAGT-CTGGCCCT  1093

seq1  GTTA  1102
      ||||
seq2  GTTA  1097


seq1: chr15_22312756_22313828
seq2: B6Ng01-211D18.g_64_1125 (reverse)

seq1  TACGGGACTTATTCATGTCCTATTTAAGGGTCTCTATCAACTTCATAAGG  50
      |||||||| || ||||||||||||||  |||||| ||| || ||||||||
seq2  TACGGGACCTA-TCATGTCCTATTTA--GGTCTC-ATC-ACCTCATAAGG  45

seq1  TTGGTTTAAGATCATCTTCTTAGGCCTTGTTTCCTTAGGATATCCAGTGC  100
      |||  ||||||||||||   |||||  |||||||||||||||||||||||
seq2  TTG--TTAAGATCATCT--CTAGGC--TGTTTCCTTAGGATATCCAGTGC  89

seq1  TTATTGTAGCAGGAAAGCTGGGCTCTGATGGTGCCATATTGCCCTAAGTC  150
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TATTGTAGCAGGAAAGCTGGGCTCTGATGGTGCCATATTGCCCTAAGTC  138

seq1  TTGTTGATTTTATTCCTACTTTGTCCTTTCAGCATCTGGTTTTCCCTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGATTTTATTCCTACTTTGTCCTTTCAGCATCTGGTTTTCCCTAGG  188

seq1  ATTGGATAGATGATCC-TTATGATGACAGTACTTCTTAGAAAGGCAGGGG  249
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGATAGATGATCCTTTATGATGACAGTACTTCTTAGAAAGGCAGGGG  238

seq1  GAATCTTGAGCCAGATAATGAAGGTCAGGGGACCTGACTGGATTCTGCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTGAGCCAGATAATGAAGGTCAGGGGACCTGACTGGATTCTGCTG  288

seq1  GTTGTGCCTCAGGTAGACCTCACTGTCAAGGGATTGGTGGGGGACTGTTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGCCTCAGGTAGACCTCACTGTCAAGGGATTGGTGGGGGACTGTTC  338

seq1  CAAGCTTGTAGTACTTGGGTCCCCTACAGTCTCTGCTGGCTGTGCCCCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTTGTAGTACTTGGGTCCCCTACAGTCTCTGCTGGCTGTGCCCCAG  388

seq1  GAAAACCAGAGTGGGAGGGGATAGTTGGGGCAGCTTTTCAAGCTTGTGAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACCAGAGTGGGAGGGGATAGTTGGGGCAGCTTTTCAAGCTTGTGAT  438

seq1  TCTTGGGTTCCCACAGTTCTCCAAGAGCAGGAAGCTCTTGCAGTCCCGCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGTTCCCACAGTTCTCCAAGAGCAGGAAGCTCTTGCAGTCCCGCA  488

seq1  AGTCTCAGGACCAAGAGGCAGTGCCAGTCCCACCCAATGGAGGTCAGGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCAGGACCAAGAGGCAGTGCCAGTCCCACCCAATGGAGGTCAGGGG  538

seq1  ACCATGCACAACTCACCTCTGTCAGCTGTGCTCCAGTTTGTGTCTTCTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCACAACTCACCTCTGTCAGCTGTGCTCCAGTTTGTGTCTTCTTT  588

seq1  ATTGTTTCTATTTCCTTTTCAGGTACTAGATAGTTTTATTCATATCTTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTCTATTTCCTTTTCAGGTACTAGATAGTTTTATTCATATCTTTC  638

seq1  ACCAATTTGATTGCCTTTTTCTATATTTAGTTTTATTTAAATATTATTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATTTGATTGCCTTTTTCTATATTTAGTTTTATTTAAATATTATTTA  688

seq1  ATGGCTCTGTCTTTTTGAGTGTATTCTTCTATATTTCTAATATTTATTTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCTGTCTTTTTGAGTGTATTCTTCTATATTTCTAATATTTATTTA  738

seq1  AGGGACCAGACTGGGAAGAGATTTTTAGAGCAGCTTTCTAAGCTTGTAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACCAGACTGGGAAGAGATTTTTAGAGCAGCTTTCTAAGCTTGTAAT  788

seq1  TCTTGGGGACCCACAGACCTCCAAGGGGAAGCAGGATGCCTCTCACCCGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGGACCCACAGACCTCCAAGGGGAAGCAGGATGCCTCTCACCCGA  838

seq1  GCTAGTATCTCGCTGGCAAGAATTCACTCGGACAACCGGATCCTTCTACG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTATCTCGCTGGCAAGAATTCACTCGGACAACCGGATCCTTCTACG  888

seq1  GCAAAGCTTTTATTGCTTACTTCTCAGGAAGACCCGAACCCAGAAAATGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGCTTTTATTGCTTACTTCTCAGGAAGACCCGAACCCAGAAAATGG  938

seq1  TGCTGCTTATATAGCCCGCAGGGTGACGTTTCAGCACCTGATGTGGCGTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTTATATAGCCCGCAGGGTGACGTTTCAGCACCTGATGTGGCGTG  988

seq1  ACAGCACCTGATTAGTTGCTTGCCCATCACCCCATTACTGCGCCCCGAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACCTGATTAGTTGCTTGCCCATCACCCCATTACTGCGCCCCGAGA  1038

seq1  TGGGCAGTGACTAGGCGTGAATTC  1073
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGTGACTAGGCGTGAATTC  1062


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |