BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212E23
Chromosome15 (Build37)
Map Location 18,392,676 - 18,528,235
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666839
Upstream geneLOC100040162, LOC666835
Downstream geneCdh10, EG666857, EG666875, LOC621884
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212E23.bB6Ng01-212E23.g
ACCGA030139GA030140
length1,1561,131
definitionB6Ng01-212E23.b B6Ng01-212E23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,527,073 - 18,528,235)(18,392,676 - 18,393,808)
sequence
gaattctttcagatgctatatagcctcccatttatcatctattactttct
ccatgccatagttgagggcctgtgcatttttctcatgtctactgtccttc
actgtcacaactgcctcttctatttataatccattgtcactcacttagca
ttgccctcttatcctaaactgcttgtaaagaaaatcccaaatggacaaga
acatccattcaggagaagcactttattgtgtacaaggctaaaatatgatg
gggaagcccaggagagactatttccaatagactttgagagtgaggtgaat
agcttggctatgtagccacagggggagtctggcatgagtataccatgaaa
gtgaaaaaaatttattgtacaagtcacactacaacccagagttccacaaa
tcactcacaatgtgttgatgtgccaaggagctgctgcccctcctatgaca
agggagaacagttgcagtattggctagctttccttgatgcttttcttctg
tggcatgctactttctaaagtgggatgaagtttgctttagtcgttgtgac
ttgagcaaaactgcatacagccagagttttgggctttggcttcactgttc
cttgtagctgtcaagttctaacaagattataaactacataaaacatcttg
gacaccatacagcattccagccagttgctagggaaggaacaggtctgaaa
acagcaggactccccacatctattttactttgttcatagaacaaacagac
taacaaacagaacaacagaaaaaaacccaagatggtgataataaaacatt
caatataaaattagccctctcaatagtgttttccagtattgcatgagatg
taacaacattgaacactgctaaacccattcccagaatgttaggtcaagtc
ttgttcctctgtcagactcattcacttatagactggtcacctttaaaaat
ttcatccagttatacacccacgtgatcttcacagttccatcaagaagaca
ttgtctgtaactgatgggccagttggcagagcaagttgttttgctctgta
ttttatttatggaaactttattagaaaaatcatccatttatttgtagtac
ttattttacacagtggatattctacattttggagagttcctatatcaaat
attgtt
gaattctgtggaacagtgaagaaaggattgtaggagccagaggggtccag
gacactacaagaaaatccatagaatcagttgtcctaagccgactgtggga
ttcccagagactgaatgactaaccagggatagagtacataggactgactt
agccctctgtacatatgtttcagatgtgtattttggtttttgcttgggat
tcctaaaagtgggaacaggggttatctatgactctgtttcttcgtacagt
ttcactatgagaaaatcttattgcttaaaaataatgtagctgtgcttaca
tacgaggctgatgatatctaaaattgattttaattaacaatttgtaactg
atttagaatattgttatcaataatacttaattgaaaaacaaaaggccaac
ccattttcaatgtcttaattaatttttacgtatttaacttgattgagtaa
gtctcttgatcaaccacacagaactacttctgttcaattgacttggcaac
attttttatcttgactaagtatggaaaggtccatagctgacttggaatcc
caagtattgtgactatctgtttagtcttgtgatgtgttgtacaaaataaa
taattgcatattcttaaatgcaattatttttcctcacttcaaagcctcca
aatgaatgcaaacctgcatgctttggaaatagtttgcaccaattacagtc
aagggcagttagtgtttctgattccatgtttataaataataataaaatat
gcaaaagacctttaagataaatacagtagagagactttcaatacttatat
agttcctaagaactcccaactgacatggttttaatgaatataaaaacttt
tgtaagtctctatgatttcattgaagaataatatcctggattcaaatagt
atgtaaaagcaaagaatgttttattttgtagaagtccagcacactggggt
ttagcacctacaaagacagagacacaaggtttgctcaagggcccaattaa
aacacactaatggaattgcaggaagggtaggtgatcaataatctaatggt
tggctttatctctagggacattacagaatctatcctggggcaataggtct
gggaactattgctgaccttactgccattcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_18527073_18528235
seq2: B6Ng01-212E23.b_43_1198 (reverse)

seq1  AACAATATTTTGATTATAGATACTCTTCAAAATGTAGAATATCCACTGTG  50
      ||||||| ||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATA-TTTGA-TATAGGAACTCTCCAAAATGTAGAATATCCACTGTG  48

seq1  TAAAATAAGTACTACAAATTAATTGATGATTTTTTTCTTAATTAAAGTTT  100
      ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |    | ||||||||
seq2  TAAAATAAGTACTACAAATAAATGGATGATTTTTCT----AATAAAGTTT  94

seq1  CCATAATAAAATTACAGAGCAAAACAACTTGCTCTGCCAACTGGCCCATC  150
      ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAATAAAATACAGAGCAAAACAACTTGCTCTGCCAACTGGCCCATC  144

seq1  AGTTACAGACAATGTCTTCTTGATGGAACTGTGAAGATCACGTGGGTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAGACAATGTCTTCTTGATGGAACTGTGAAGATCACGTGGGTGTA  194

seq1  TAACTGGATGAAATTTTTAAAGGTGACCAGTCTATAAGTTGAATGAGTCT  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAACTGGATGAAATTTTTAAAGGTGACCAGTCTATAAG-TGAATGAGTCT  243

seq1  GACAGAGGAACAAGACTTGACCTAACATTCTGGGAATGGGTTTAGCAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGGAACAAGACTTGACCTAACATTCTGGGAATGGGTTTAGCAGTG  293

seq1  TTCAATGTTGTTACATCTCATGCAATACTGGAAAACACTATTGAGAGGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGTTGTTACATCTCATGCAATACTGGAAAACACTATTGAGAGGGC  343

seq1  TAATTTTATATTGAATGTTTTATTATCACCATCTTGGGTTTTTTTCTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTATATTGAATGTTTTATTATCACCATCTTGGGTTTTTTTCTGTT  393

seq1  GTTCTGTTTGTTAGTCTGTTTGTTCTATGAACAAAGTAAAATAGATGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGTTTGTTAGTCTGTTTGTTCTATGAACAAAGTAAAATAGATGTGG  443

seq1  GGAGTCCTGCTGTTTTCAGACCTGTTCCTTCCCTAGCAACTGGCTGGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCCTGCTGTTTTCAGACCTGTTCCTTCCCTAGCAACTGGCTGGAAT  493

seq1  GCTGTATGGTGTCCAAGATGTTTTATGTAGTTTATAATCTTGTTAGAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATGGTGTCCAAGATGTTTTATGTAGTTTATAATCTTGTTAGAACT  543

seq1  TGACAGCTACAAGGAACAGTGAAGCCAAAGCCCAAAACTCTGGCTGTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCTACAAGGAACAGTGAAGCCAAAGCCCAAAACTCTGGCTGTATG  593

seq1  CAGTTTTGCTCAAGTCACAACGACTAAAGCAAACTTCATCCCACTTTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTGCTCAAGTCACAACGACTAAAGCAAACTTCATCCCACTTTAGA  643

seq1  AAGTAGCATGCCACAGAAGAAAAGCATCAAGGAAAGCTAGCCAATACTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGCATGCCACAGAAGAAAAGCATCAAGGAAAGCTAGCCAATACTGC  693

seq1  AACTGTTCTCCCTTGTCATAGGAGGGGCAGCAGCTCCTTGGCACATCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTCTCCCTTGTCATAGGAGGGGCAGCAGCTCCTTGGCACATCAAC  743

seq1  ACATTGTGAGTGATTTGTGGAACTCTGGGTTGTAGTGTGACTTGTACAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTGAGTGATTTGTGGAACTCTGGGTTGTAGTGTGACTTGTACAAT  793

seq1  AAATTTTTTTCACTTTCATGGTATACTCATGCCAGACTCCCCCTGTGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTTTTCACTTTCATGGTATACTCATGCCAGACTCCCCCTGTGGCT  843

seq1  ACATAGCCAAGCTATTCACCTCACTCTCAAAGTCTATTGGAAATAGTCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCCAAGCTATTCACCTCACTCTCAAAGTCTATTGGAAATAGTCTC  893

seq1  TCCTGGGCTTCCCCATCATATTTTAGCCTTGTACACAATAAAGTGCTTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGCTTCCCCATCATATTTTAGCCTTGTACACAATAAAGTGCTTCT  943

seq1  CCTGAATGGATGTTCTTGTCCATTTGGGATTTTCTTTACAAGCAGTTTAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAATGGATGTTCTTGTCCATTTGGGATTTTCTTTACAAGCAGTTTAG  993

seq1  GATAAGAGGGCAATGCTAAGTGAGTGACAATGGATTATAAATAGAAGAGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGAGGGCAATGCTAAGTGAGTGACAATGGATTATAAATAGAAGAGG  1043

seq1  CAGTTGTGACAGTGAAGGACAGTAGACATGAGAAAAATGCACAGGCCCTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTGACAGTGAAGGACAGTAGACATGAGAAAAATGCACAGGCCCTC  1093

seq1  AACTATGGCATGGAGAAAGTAATAGATGATAAATGGGAGGCTATATAGCA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGGCATGGAGAAAGTAATAGATGATAAATGGGAGGCTATATAGCA  1143

seq1  TCTGAAAGAATTC  1163
      |||||||||||||
seq2  TCTGAAAGAATTC  1156

seq1: chr15_18392676_18393808
seq2: B6Ng01-212E23.g_65_1195

seq1  GAATTCTGTGGAACAGTGAAGAAAGGATTGTAGGAGCCAGAGGGGTCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGGAACAGTGAAGAAAGGATTGTAGGAGCCAGAGGGGTCCAG  50

seq1  GACACTACAAGAAAATCCATAGAATCAGTTGTCCTAAGCCGACTGTGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTACAAGAAAATCCATAGAATCAGTTGTCCTAAGCCGACTGTGGGA  100

seq1  TTCCCAGAGACTGAATGACTAACCAGGGATAGAGTACATAGGACTGACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGAGACTGAATGACTAACCAGGGATAGAGTACATAGGACTGACTT  150

seq1  AGCCCTCTGTACATATGTTTCAGATGTGTATTTTGGTTTTTGCTTGGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCTGTACATATGTTTCAGATGTGTATTTTGGTTTTTGCTTGGGAT  200

seq1  TCCTAAAAGTGGGAACAGGGGTTATCTATGACTCTGTTTCTTCGTACAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAAGTGGGAACAGGGGTTATCTATGACTCTGTTTCTTCGTACAGT  250

seq1  TTCACTATGAGAAAATCTTATTGCTTAAAAATAATGTAGCTGTGCTTACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTATGAGAAAATCTTATTGCTTAAAAATAATGTAGCTGTGCTTACA  300

seq1  TACGAGGCTGATGATATCTAAAATTGATTTTAATTAACAATTTGTAACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAGGCTGATGATATCTAAAATTGATTTTAATTAACAATTTGTAACTG  350

seq1  ATTTAGAATATTGTTATCAATAATACTTAATTGAAAAACAAAAGGCCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAATATTGTTATCAATAATACTTAATTGAAAAACAAAAGGCCAAC  400

seq1  CCATTTTCAATGTCTTAATTAATTTTTACGTATTTAACTTGATTGAGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTCAATGTCTTAATTAATTTTTACGTATTTAACTTGATTGAGTAA  450

seq1  GTCTCTTGATCAACCACACAGAACTACTTCTGTTCAATTGACTTGGCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTGATCAACCACACAGAACTACTTCTGTTCAATTGACTTGGCAAC  500

seq1  ATTTTTTATCTTGACTAAGTATGGAAAGGTCCATAGCTGACTTGGAATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTATCTTGACTAAGTATGGAAAGGTCCATAGCTGACTTGGAATCC  550

seq1  CAAGTATTGTGACTATCTGTTTAGTCTTGTGATGTGTTGTACAAAATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATTGTGACTATCTGTTTAGTCTTGTGATGTGTTGTACAAAATAAA  600

seq1  TAATTGCATATTCTTAAATGCAATTATTTTTCCTCACTTCAAAGCCTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCATATTCTTAAATGCAATTATTTTTCCTCACTTCAAAGCCTCCA  650

seq1  AATGAATGCAAACCTGCATGCTTTGGAAATAGTTTGCACCAATTACAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATGCAAACCTGCATGCTTTGGAAATAGTTTGCACCAATTACAGTC  700

seq1  AAGGGCAGTTAGTGTTTCTGATTCCATGTTTATAAATAATAATAAAATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCAGTTAGTGTTTCTGATTCCATGTTTATAAATAATAATAAAATAT  750

seq1  GCAAAAGACCTTTAAGATAAATACAGTAGAGAGACTTTCAATACTTATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGACCTTTAAGATAAATACAGTAGAGAGACTTTCAATACTTATAT  800

seq1  AGTTCCTAAGAACT-CCAACTGACATGGTTTTAATGAATATAAAAACTTT  849
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTAAGAACTCCCAACTGACATGGTTTTAATGAATATAAAAACTTT  850

seq1  TGTAAGTCTCTATGA-TTCATTGAAGAATAATATCCTGGATTCAAATAGT  898
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTCTCTATGATTTCATTGAAGAATAATATCCTGGATTCAAATAGT  900

seq1  ATGTAAAAGCAAAGAATGTTTTATTTTGTAGAAGTCCAGCACACTGGGGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAAGCAAAGAATGTTTTATTTTGTAGAAGTCCAGCACACTGGGGT  950

seq1  TTAGCACCTACAAAGACAGAGACACCAAGGTTTGCTCAAAGGCCCAATTA  998
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTAGCACCTACAAAGACAGAGACA-CAAGGTTTGCTCAAGGGCCCAATTA  999

seq1  AAACACACTAAGGGAATTGCAGGGAGGGGTAGGTGATCATTATCTTAATT  1048
      ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||   ||| |
seq2  AAACACACTAATGGAATTGCA-GGAAGGGTAGGTGATCAATAATCTAA-T  1047

seq1  GGTTGGCTTTATCTCTAGGGACATTACAGAACCATTTCTGGGGCATAGGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||   ||
seq2  GGTTGGCTTTATCTCTAGGGACATTACAGAATCTATCCTGGGGCAATAGG  1097

seq1  TCCTGGAAACTATTGCTGACC-TACTGCCCATTCCT  1133
      | |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  T-CTGGGAACTATTGCTGACCTTACTG-CCATTCCT  1131