BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215J11
Chromosome15 (Build37)
Map Location 31,425,971 - 31,637,707
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMarch6, Cmbl, Cct5, A930016P21Rik, LOC667231
Upstream geneCtnnd2, 9630009A06Rik, Dap, EG625796, 5730557B15Rik, Ropn1l, LOC622810
Downstream geneTas2r119, 0610007N19Rik, Sema5a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215J11.bB6Ng01-215J11.g
ACCGA032509GA032510
length1,0771,011
definitionB6Ng01-215J11.b B6Ng01-215J11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,636,630 - 31,637,707)(31,425,971 - 31,426,979)
sequence
gaattcattgctatgttagaaaaaaagaaatgtacttgctgcctttttct
aagaatcaaggggctaaggtcataaaatgctaactcatgaaacaatctaa
agagaacctgggcaaatgattgaattgctatgtaaataaaagactgggct
ttggtctgcaagagctgagccatctagaggagttgtctgcagatctctgg
agagctaattgctcaagcagaacacaaggctgtcagcttgtaccccacag
ttgattttgagtcattcttttctccgctcccagacacccctctccaagcc
aaggctggtccttggcattcagtaaagagatgggatccatggccaaacca
gcttccaagctccttcactaagggagttctttcagtagtattctatctgg
agatctggagccaagacccacatggcaatttggcagtgccaaccaaacca
ttttagcatgacaatctttagatggagcagttccatttagaataatgcaa
agaattccccctcaagtaaaagcaattgccctgagatgaatgtagggttg
ttcaccacagtgtttttctgttgttctcatttttttaacttcttatttga
aaataattcaaatttacaaaaagctacaagaatcaaaacatttgatcaca
tgcttacatgccatttgccttgattctatattaatatattattccattca
ctttatcgttcattctaattaacttcaagagtaaagattactgacatagt
aaccctcttatcctcacatcttagagagcactcctaaggatattgtcatc
aatagccattgtgatggtttgaatatgcttgactcatggagtgtgcctac
attacactattaagaggtgtggccttgttggagtaagtatgggcttgttg
gaggaagtgtatcattttgggggtgggctttaagatcctcatgctagctc
tctgggagccagtcttctccttgttttgcctttggaacaagatgtagaac
tctcagctcctcctgcaccatgcctggatgctgcatgctctgccttgatg
atatggaactgaacctgtacccagccc
gaattcacttacttggcattcaccaccactgcccggcatgaactcacttt
acaatgtccacatttcagaaagcactacaggcctgaggaggtagtttctg
tgggcaaaggattgggttttggattcctaggacccacttaagctgggcac
agtaatgttcctgtaatgctgtgccccagcatggaaacaggacgtgggac
agaagcacccctggaagcttgtggagcagtcagcagagaatctaagacgc
tgtctccagtaagggagagggcaagggtacataccaagttgccctctgac
cctcacatgcacaccatggcacatgctcagccacatttatgcatggggat
gcacaagcaaaaacaaaagcagtataaaatatgggctgataaatctggct
accttaggggcaaaaaacatttttaaaactgtatgcacatggacagacac
acatacatcttcactggctgcaattgaacatctgagtaaatgacttctag
ttgacctagagactgggatttatcaattaccaaatgcactttcttctaga
tcttcccttaggatacccacccagtatggtggcccagagtggtaatccca
gatactgcaggggaaaagatctgaggcaggaggactataaatttgaggcc
ttctgttggacttgaccagacctttccagtctcacaggaaaataaaaagg
actgaagatgtagctcaaaggggtggtaggtaccagcaagtgagaagccc
tggactcaatcctcaataccagaaaacttaacaaatcaaagtcctgccaa
taactaaatgcaaagatataattataattaactgttagttaaaacatatt
tcacttttgacttaatagaattctaaaacaagactacatgaaatgcttca
aaatatgaggtacaaaaacaaccatgctgaccttaaactaatagcagtac
ctgaataggcatggtaatgcacccttactacttctggggtagagggagag
gaggaatgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_31636630_31637707
seq2: B6Ng01-215J11.b_44_1120 (reverse)

seq1  GGGCTGGGTTACAGGTTCAGTCCATTATCATCAAGGCAGGAGCATGGCAG  50
      |||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||| |||||| ||||
seq2  GGGCTGGG-TACAGGTTCAGTTCCATATCATCAAGGCA-GAGCAT-GCAG  47

seq1  CATCCAGGCATGGTGCAGGAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTTGTTCCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGGCATGGTGCAGGAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTTGTTCCAAA  97

seq1  GGCAAA--CAGGAGAAGACTGGCTCCCAGAGAGCTAGCATGAGGATCTTA  148
      ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAACAAGGAGAAGACTGGCTCCCAGAGAGCTAGCATGAGGATCTTA  147

seq1  AAGCCCACCCCCAAAATGATACACTTCCTCCAACAAGGCCATACTTACTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGCCCACCCCCAAAATGATACACTTCCTCCAACAAGCCCATACTTACTC  197

seq1  CAACAAGGCCACACCTCTTAATAGTGTAATGTAGGCACACTCCATGAGTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGGCCACACCTCTTAATAGTGTAATGTAGGCACACTCCATGAGTC  247

seq1  AAGCATATTCAAACCATCACAATGGCTATTGATGACAATATCCTTAGGAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATATTCAAACCATCACAATGGCTATTGATGACAATATCCTTAGGAG  297

seq1  TGCTCTCTAAGATGTGAGGATAAGAGGGTTACTATGTCAGTAATCTTTAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCTAAGATGTGAGGATAAGAGGGTTACTATGTCAGTAATCTTTAC  347

seq1  TCTTGAAGTTAATTAGAATGAACGATAAAGTGAATGGAATAATATATTAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAGTTAATTAGAATGAACGATAAAGTGAATGGAATAATATATTAA  397

seq1  TATAGAATCAAGGCAAATGGCATGTAAGCATGTGATCAAATGTTTTGATT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAATCAAGGCAAATGGCATGTAAGCATGTGATCAAATGTTTTGATT  447

seq1  CTTGTAGCTTTTTGTAAATTTGAATTATTTTCAAATAAGAAGTTAAAAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAGCTTTTTGTAAATTTGAATTATTTTCAAATAAGAAGTTAAAAAA  497

seq1  ATGAGAACAACAGAAAAACACTGTGGTGAACAACCCTACATTCATCTCAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAACAACAGAAAAACACTGTGGTGAACAACCCTACATTCATCTCAG  547

seq1  GGCAATTGCTTTTACTTGAGGGGGAATTCTTTGCATTATTCTAAATGGAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATTGCTTTTACTTGAGGGGGAATTCTTTGCATTATTCTAAATGGAA  597

seq1  CTGCTCCATCTAAAGATTGTCATGCTAAAATGGTTTGGTTGGCACTGCCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCATCTAAAGATTGTCATGCTAAAATGGTTTGGTTGGCACTGCCA  647

seq1  AATTGCCATGTGGGTCTTGGCTCCAGATCTCCAGATAGAATACTACTGAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCCATGTGGGTCTTGGCTCCAGATCTCCAGATAGAATACTACTGAA  697

seq1  AGAACTCCCTTAGTGAAGGAGCTTGGAAGCTGGTTTGGCCATGGATCCCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCCCTTAGTGAAGGAGCTTGGAAGCTGGTTTGGCCATGGATCCCA  747

seq1  TCTCTTTACTGAATGCCAAGGACCAGCCTTGGCTTGGAGAGGGGTGTCTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTACTGAATGCCAAGGACCAGCCTTGGCTTGGAGAGGGGTGTCTG  797

seq1  GGAGCGGAGAAAAGAATGACTCAAAATCAACTGTGGGGTACAAGCTGACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCGGAGAAAAGAATGACTCAAAATCAACTGTGGGGTACAAGCTGACA  847

seq1  GCCTTGTGTTCTGCTTGAGCAATTAGCTCTCCAGAGATCTGCAGACAACT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTGTTCTGCTTGAGCAATTAGCTCTCCAGAGATCTGCAGACAACT  897

seq1  CCTCTAGATGGCTCAGCTCTTGCAGACCAAAGCCCAGTCTTTTATTTACA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAGATGGCTCAGCTCTTGCAGACCAAAGCCCAGTCTTTTATTTACA  947

seq1  TAGCAATTCAATCATTTGCCCAGGTTCTCTTTAGATTGTTTCATGAGTTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAATTCAATCATTTGCCCAGGTTCTCTTTAGATTGTTTCATGAGTTA  997

seq1  GCATTTTATGACCTTAGCCCCTTGATTCTTAGAAAAAGGCAGCAAGTACA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTATGACCTTAGCCCCTTGATTCTTAGAAAAAGGCAGCAAGTACA  1047

seq1  TTTCTTTTTTTCTAACATAGCAATGAATTC  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTTTCTAACATAGCAATGAATTC  1077

seq1: chr15_31425971_31426979
seq2: B6Ng01-215J11.g_67_1076

seq1  GAATTCACTTACTTGGCATTCACCACCACTGCCCGGCATGAACTCACTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTACTTGGCATTCACCACCACTGCCCGGCATGAACTCACTTT  50

seq1  ACAATGTCCACATTTCAGAAAGCACTACAGGCCTGAGGAGGTAGTTTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTCCACATTTCAGAAAGCACTACAGGCCTGAGGAGGTAGTTTCTG  100

seq1  TGGGCAAAGGATTGGGTTTTGGATTCCTAGGACCCACTTAAGCTGGGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAAAGGATTGGGTTTTGGATTCCTAGGACCCACTTAAGCTGGGCAC  150

seq1  AGTAATGTTCCTGTAATGCTGTGCCCCAGCATGGAAACAGGACGTGGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGTTCCTGTAATGCTGTGCCCCAGCATGGAAACAGGACGTGGGAC  200

seq1  AGAAGCACCCCTGGAAGCTTGTGGAGCAGTCAGCAGAGAATCTAAGACGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCACCCCTGGAAGCTTGTGGAGCAGTCAGCAGAGAATCTAAGACGC  250

seq1  TGTCTCCAGTAAGGGAGAGGGCAAGGGTACATACCAAGTTGCCCTCTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCAGTAAGGGAGAGGGCAAGGGTACATACCAAGTTGCCCTCTGAC  300

seq1  CCTCACATGCACACCATGGCACATGCTCAGCCACATTTATGCATGGGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACATGCACACCATGGCACATGCTCAGCCACATTTATGCATGGGGAT  350

seq1  GCACAAGCAAAAACAAAAGCAGTATAAAATATGGGCTGATAAATCTGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAGCAAAAACAAAAGCAGTATAAAATATGGGCTGATAAATCTGGCT  400

seq1  ACCTTAGGGGCAAAAAACATTTTTAAAACTGTATGCACATGGACAGACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAGGGGCAAAAAACATTTTTAAAACTGTATGCACATGGACAGACAC  450

seq1  ACATACATCTTCACTGGCTGCAATTGAACATCTGAGTAAATGACTTCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATCTTCACTGGCTGCAATTGAACATCTGAGTAAATGACTTCTAG  500

seq1  TTGACCTAGAGACTGGGATTTATCAATTACCAAATGCACTTTCTTCTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCTAGAGACTGGGATTTATCAATTACCAAATGCACTTTCTTCTAGA  550

seq1  TCTTCCCTTAGGATACCCACCCAGTATGGTGGCCCAGAGTGGTAATCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCTTAGGATACCCACCCAGTATGGTGGCCCAGAGTGGTAATCCCA  600

seq1  GATACTGCAGGGGAAAAGATCTGAGGCAGGAGGACTATAAATTTGAGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTGCAGGGGAAAAGATCTGAGGCAGGAGGACTATAAATTTGAGGCC  650

seq1  TTCTGTTGGACTTGACCAGACCTTTCCAGTCTCACAGGAAAATAAAAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTGGACTTGACCAGACCTTTCCAGTCTCACAGGAAAATAAAAAGG  700

seq1  ACTGAAGATGTAGCTCAAAGGGGTGGTAGGTACCAGCAAGTGAGAAGCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGATGTAGCTCAAAGGGGTGGTAGGTACCAGCAAGTGAGAAGCCC  750

seq1  TGGACTCAATCCTCAATACCAGAAAACTTAACAAATCAAAGTCCTGCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTCAATCCTCAATACCAGAAAACTTAACAAATCAAAGTCCTGCCAA  800

seq1  TAACTAAATGCAAAGATATAATTATAATTAACTGTTAAGTTAAAACATAA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  TAACTAAATGCAAAGATATAATTATAATTAACTGTT-AGTTAAAACATAT  849

seq1  TTCAC-TTTGACTTAATAAGAATTCTAAAACAAGACTACATGAAATGCTT  899
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTTTGACTTAAT-AGAATTCTAAAACAAGACTACATGAAATGCTT  898

seq1  CAAAATATGAGGTACAAAAACAACCATGCTGAACTTAAACTAATAGCAGT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAAAATATGAGGTACAAAAACAACCATGCTGACCTTAAACTAATAGCAGT  948

seq1  ACCTGAATAGGCATGGTAATGCACCCTTACTACTTCTGGGGTAGAGG--G  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  ACCTGAATAGGCATGGTAATGCACCCTTACTACTTCTGGGGTAGAGGGAG  998

seq1  AGGAGGAATGTG  1009
      ||||||||||||
seq2  AGGAGGAATGTG  1010