BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222B17
Chromosome15 (Build37)
Map Location 21,286,095 - 21,444,284
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh12
Upstream geneAcot10, LOC100040302
Downstream geneLOC100040351
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222B17.bB6Ng01-222B17.g
ACCGA037220GA037221
length1,0841,170
definitionB6Ng01-222B17.b B6Ng01-222B17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,443,201 - 21,444,284)(21,286,095 - 21,287,271)
sequence
gaattcaactatccttgtatcaaagatttgaagccctccaggacaatata
aatcataggaaaatgctaagagagagaattatttgtctgggactaaagga
agtgcttgtctagcacagaaaaggcattgtttttggtctccagtgattaa
aattaaactaaattgaagcaaataaaaataaaataaaatgtaaatattca
agtgttggcaaagcttaaaatatttcacttaatattaataaaaaacaagt
aattttcagatattaaaaacatggtaattatatttgagtatgatattaga
tgatacatagctaatgaacatttcattaagtgattgaatttagacattgc
tctgttgataatcctccattgtcccagagacatactatctaattgtatat
aaagataaaatggctttggttctctgcctttttgctattatttaggcaag
atgtctgcaagctctaggaaacacctatggagatgtggaactaagaaatt
gttgggagagttatgaaaagttttacctaacataaaatatttatggagaa
ttatctgatttctttattgctatacataaatacatactggtggcacttat
gacctcatagcatgcgtaattaagcagtctcattccatggaactaaagtg
acatgaatgttctaaggacagttgatattgcaattcaatttttatatcat
gtagactgacaatgtgagctgagtcattgtagcattggtcctatgtgatc
agctaatggaacacattcaacaataagccagatgacaaggtgatatgatc
acagattcctgccccacatgcgttgtgagctgtcaagcctgatattagaa
aggcctcctatatactagtgactccacggacttctttatgtttcctttga
ttcccaactaaactacagggctttcatttcaatatcatattatttagaaa
cctacatcttttgccatgccgtggtaatttgacataccatggtaatttga
ccaaagctaaccttttttttttttttggtttttctaagaacaggtttctc
ttgtgtagccctggctgtctgactcacttgtaga
gaattcacagatatccgtctgcctctgccttccatgtcatgagattaaag
acatgagccactaccacttggcactaaaaaacacaatttgaggacctcaa
atgatatggagaaaagattatgggtttagtgattggaaaatgtctaccca
gtgttttctttgctttttttttttaaaccaagtatagctacacagagaaa
taaatatatgattacatttgcagaacaatataatttgctttgccattttt
actttccatgtttctgtatttatataatcaatctataaagaattagactg
ctataatgattcacttctcaaatctcagcacttgggcagttggctctgat
gggtctctgtcactctaaggctagcctggtctacaaagcaagttctagac
cagccaggacaacacagtgaaaccctatcctttaaaaatagaaagtatgt
ttttaaaagttgtcattgagtaaaaacacagggtttaatcttatgatgtg
taattttctgttaaaactgtgatatgttatttaattagttagatttttca
atattcaagaagctattatattaattttcatatatattgataaactagat
attgggtaatttgatgctgtttaaaacctatacctcttttggtcaccagg
ataccactgtccatcagcagataatctgagaagcctatgcagtgactttg
atatctttctacattttgctgtgctgaggctggacagacactcagggttt
cacattacttggtggttttcagagaaccagggttcagtttctagaatcca
tttaaggactcataactctcagtcactaagaggagagtgatgtcctcttc
tcacatctctggaaatcggaagcatatgtggtacacatttctttatgtac
gcaaaacattcattagacccaaagtaacagcaaacagctttaaaagacac
caccatgtagttcaccactaaaatgagttgtgcatttagcaatgtatttc
tactactgccttagcatttaaaaaaaaaatgtttgcttctgatcatttag
tcttttgtgagactagatattttaggtcagagttaagatgggacacggaa
gagggggtagcagcttctggcatatctggatcgatgggctgacgccattc
agctttacatatttcttaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_21443201_21444284
seq2: B6Ng01-222B17.b_46_1129 (reverse)

seq1  TCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACAC-AGAGAAACCCTGT  49
      ||||| ||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||   |
seq2  TCTAC-AAGTGAGT--CA-GACAGCCAGGGCTACACAAGAGAAACCTGTT  46

seq1  C-TAGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAGGTTAGCTTTGGTCAAATTACCAT  98
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAGGTTAGCTTTGGTCAAATTACCAT  96

seq1  GGTATGTCAAATTACCACGGCATGGCAAAAGATGTAGGTTTCTAAATAAT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGTCAAATTACCACGGCATGGCAAAAGATGTAGGTTTCTAAATAAT  146

seq1  ATGATATTGAAATGAAAGCCCTGTAGTTTAGTTGGGAATCAAAGG-AACA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATGATATTGAAATGAAAGCCCTGTAGTTTAGTTGGGAATCAAAGGAAACA  196

seq1  TAAAGAAGTCCGTGGAGTCACTAGTATATAGGAGGCC-TTCTAATATCAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAAAGAAGTCCGTGGAGTCACTAGTATATAGGAGGCCTTTCTAATATCAG  246

seq1  GCTTGACAGCTCACAACGCATGTGGGGCAGGAATCTGTGATCATATCACC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGACAGCTCACAACGCATGTGGGGCAGGAATCTGTGATCATATCACC  296

seq1  TTGTCATCTGGCTTATTGTTGAATGTGTTCCATTAGCTGATCACATAGGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATCTGGCTTATTGTTGAATGTGTTCCATTAGCTGATCACATAGGA  346

seq1  CCAATGCTACAATGACTCAGCTCACATTGTCAGTCTACATGATATAAAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGCTACAATGACTCAGCTCACATTGTCAGTCTACATGATATAAAAA  396

seq1  TTGAATTGCAATATCAACTGTCCTTAGAACATTCATGTCACTTTAGTTCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTGCAATATCAACTGTCCTTAGAACATTCATGTCACTTTAGTTCC  446

seq1  ATGGAATGAGACTGCTTAATTACGCATGCTATGAGGTCATAAGTGCCACC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATGAGACTGCTTAATTACGCATGCTATGAGGTCATAAGTGCCACC  496

seq1  AGTATGTATTTATGTATAGCAATAAAGAAATCAGATAATTCTCCATAAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGTATTTATGTATAGCAATAAAGAAATCAGATAATTCTCCATAAAT  546

seq1  ATTTTATGTTAGGTAAAACTTTTCATAACTCTCCCAACAATTTCTTAGTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATGTTAGGTAAAACTTTTCATAACTCTCCCAACAATTTCTTAGTT  596

seq1  CCACATCTCCATAGGTGTTTCCTAGAGCTTGCAGACATCTTGCCTAAATA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCTCCATAGGTGTTTCCTAGAGCTTGCAGACATCTTGCCTAAATA  646

seq1  ATAGCAAAAAGGCAGAGAACCAAAGCCATTTTATCTTTATATACAATTAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAAAAAGGCAGAGAACCAAAGCCATTTTATCTTTATATACAATTAG  696

seq1  ATAGTATGTCTCTGGGACAATGGAGGATTATCAACAGAGCAATGTCTAAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATGTCTCTGGGACAATGGAGGATTATCAACAGAGCAATGTCTAAA  746

seq1  TTCAATCACTTAATGAAATGTTCATTAGCTATGTATCATCTAATATCATA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATCACTTAATGAAATGTTCATTAGCTATGTATCATCTAATATCATA  796

seq1  CTCAAATATAATTACCATGTTTTTAATATCTGAAAATTACTTGTTTTTTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAATATAATTACCATGTTTTTAATATCTGAAAATTACTTGTTTTTTA  846

seq1  TTAATATTAAGTGAAATATTTTAAGCTTTGCCAACACTTGAATATTTACA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATTAAGTGAAATATTTTAAGCTTTGCCAACACTTGAATATTTACA  896

seq1  TTTTATTTTATTTTTATTTGCTTCAATTTAGTTTAATTTTAATCACTGGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTATTTTTATTTGCTTCAATTTAGTTTAATTTTAATCACTGGA  946

seq1  GACCAAAAACAATGCCTTTTCTGTGCTAGACAAGCACTTCCTTTAGTCCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAAAACAATGCCTTTTCTGTGCTAGACAAGCACTTCCTTTAGTCCC  996

seq1  AGACAAATAATTCTCTCTCTTAGCATTTTCCTATGATTTATATTGTCCTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAATAATTCTCTCTCTTAGCATTTTCCTATGATTTATATTGTCCTG  1046

seq1  GAGGGCTTCAAATCTTTGATACAAGGATAGTTGAATTC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTTCAAATCTTTGATACAAGGATAGTTGAATTC  1084

seq1: chr15_21286095_21287271
seq2: B6Ng01-222B17.g_67_1236

seq1  GAATTCACAGATATCCGTCTGCCTCTGCCTTCCATGTCATGAGATTAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGATATCCGTCTGCCTCTGCCTTCCATGTCATGAGATTAAAG  50

seq1  ACATGAGCCACTACCACTTGGCACTAAAAAACACAATTTGAGGACCTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGCCACTACCACTTGGCACTAAAAAACACAATTTGAGGACCTCAA  100

seq1  ATGATATGGAGAAAAGATTATGGGTTTAGTGATTGGAAAATGTCTACCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATGGAGAAAAGATTATGGGTTTAGTGATTGGAAAATGTCTACCCA  150

seq1  GTGTTTTCTTTGCTTTTTTTTTTTAAACCAAGTATAGCTACACAGAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTCTTTGCTTTTTTTTTTTAAACCAAGTATAGCTACACAGAGAAA  200

seq1  TAAATATATGATTACATTTGCAGAACAATATAATTTGCTTTGCCATTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATATGATTACATTTGCAGAACAATATAATTTGCTTTGCCATTTTT  250

seq1  ACTTTCCATGTTTCTGTATTTATATAATCAATCTATAAAGAATTAGACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCATGTTTCTGTATTTATATAATCAATCTATAAAGAATTAGACTG  300

seq1  CTATAATGATTCACTTCTCAAATCTCAGCACTTGGGCAGTTGGCTCTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAATGATTCACTTCTCAAATCTCAGCACTTGGGCAGTTGGCTCTGAT  350

seq1  GGGTCTCTGTCACTCTAAGGCTAGCCTGGTCTACAAAGCAAGTTCTAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTCTGTCACTCTAAGGCTAGCCTGGTCTACAAAGCAAGTTCTAGAC  400

seq1  CAGCCAGGACAACACAGTGAAACCCTATCCTTTAAAAATAGAAAGTATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGACAACACAGTGAAACCCTATCCTTTAAAAATAGAAAGTATGT  450

seq1  TTTTAAAAGTTGTCATTGAGTAAAAACACAGGGTTTAATCTTATGATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAGTTGTCATTGAGTAAAAACACAGGGTTTAATCTTATGATGTG  500

seq1  TAATTTTCTGTTAAAACTGTGATATGTTATTTAATTAGTTAGATTTTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTCTGTTAAAACTGTGATATGTTATTTAATTAGTTAGATTTTTCA  550

seq1  ATATTCAAGAAGCTATTATATTAATTTTCATATATATTGATAAACTAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCAAGAAGCTATTATATTAATTTTCATATATATTGATAAACTAGAT  600

seq1  ATTGGGTAATTTGATGCTGTTTAAAACCTATACCTCTTTTGGTCACCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGTAATTTGATGCTGTTTAAAACCTATACCTCTTTTGGTCACCAGG  650

seq1  ATACCACTGTCCATCAGCAGATAATCTGAGAAGCCTATGCAGTGACTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCACTGTCCATCAGCAGATAATCTGAGAAGCCTATGCAGTGACTTTG  700

seq1  ATATCTTTCTACATTTTGCTGTGCTGAGGCTGGACAGACACTCAGGGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTTCTACATTTTGCTGTGCTGAGGCTGGACAGACACTCAGGGTTT  750

seq1  CACATTACTTGGTGGTTTTCAGAGAACCAGGGTTCAGTTTCTAGAATCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTACTTGGTGGTTTTCAGAGAACCAGGGTTCAGTTTCTAGAATCCA  800

seq1  TTTAAGGACTCATAACTCTCAGTCACTAAGAGGAGAGTGATGTCCTCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGACTCATAACTCTCAGTCACTAAGAGGAGAGTGATGTCCTCTTC  850

seq1  TCACATCTCTGGAAATCGGAAGCATATGTGGTACACA-TTCTTTATGTAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCACATCTCTGGAAATCGGAAGCATATGTGGTACACATTTCTTTATGTAC  900

seq1  GCAAAACATTCATTAGACCCAAAGTAACAGCAAACAGCTTTAAAAGACAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAACATTCATTAGACCCAAAGTAACAGCAAACAGCTTTAAAAGACAC  950

seq1  CACCATGTAGTTCACCACTAAAATGAGTTGTGCATTTAGCAATGTATTTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGTAGTTCACCACTAAAATGAGTTGTGCATTTAGCAATGTATTTC  1000

seq1  TAACTAACTGCCTTAGCATTTAAAAAAAAAATGTTTGCTTCTGATCATTT  1049
      | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-ACT-ACTGCCTTAGCATTTAAAAAAAAAATGTTTGCTTCTGATCATTT  1048

seq1  AGTC-TTTGTGAGACTAGATATTTTAAGTCAGAAGGTTAAAGAT-GGACA  1097
      |||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||| |||||
seq2  AGTCTTTTGTGAGACTAGATATTTTAGGTCAGA--GTT-AAGATGGGACA  1095

seq1  CGAGAGGAGGGGGTAGCAGCCTCT-GCATTTAATCTGGATTCTGATGGGG  1146
      || || |||||||||||||| ||| ||||   ||||||||   ||| |||
seq2  CG-GAAGAGGGGGTAGCAGCTTCTGGCAT---ATCTGGAT--CGAT-GGG  1138

seq1  CTGACAGCACATCAGC-TTACATA-TCCTTAAG  1177
      ||||| ||   ||||| ||||||| | ||||||
seq2  CTGAC-GCCATTCAGCTTTACATATTTCTTAAG  1170