BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224O09
Chromosome15 (Build37)
Map Location 103,147,219 - 103,354,161
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp385, Itga5, 1700006H03Rik, BC048502, LOC668321, Nckap1l, Pde1b
Upstream geneEspl1, Pfdn5, Myg1, Aaas, Sp7, Sp1, Amhr2, Prr13, Pcbp2, Map3k12, Tarbp2, Npff, Atf7, LOC100043600, Atp5g2, Calcoco1, LOC637762, LOC100043050, Hoxc13, Hoxc12, Hoxc11, Hoxc10, Hoxc9, LOC100043060, Hoxc8, Hoxc6, Hoxc5, Hoxc4, LOC432989, Smug1, Cbx5, Hnrpa1, Nfe2, Copz1, Gpr84
Downstream genePpp1r1a, Glycam1, LOC668327, LOC100043633
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224O09.bB6Ng01-224O09.g
ACCGA039231GA039232
length4911,038
definitionB6Ng01-224O09.b B6Ng01-224O09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,147,219 - 103,147,715)(103,353,130 - 103,354,161)
sequence
ttaacccctgcaggcatgtgcttgtccatcctatgatccctcctttgtgt
ctcctactcattcaatgacatcttccatctttatctccaaccacacagta
catcctcatcacactggactggatgtcgtagtttatgaaagcagtgtggg
tacactatctaccccatatcctcagaaagtgtgcagggaccacatgaaat
gatgtgtgtaaagcatctataacaatagtagttaaggaatgttaactgtc
accatcaaaaaacgcttcccatccttatttcatacaagtgctaataaact
gaaccaggatggtcagactcagaatcagccagagcacaactagaactcag
gcctggcccccagatcttggaaggtgtctgtttgcctgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggtcacagtgggggcctggatccca
tgctggtgatacagaggcttgtttctcattatttttagggt
gaattcctccctgaccacctccaccccacatacgccaataggcagcccac
cagacccacagcatttacacacatgtgcacataccccaagagctagggct
ctagccattcactctcaattctgtccctgacaatatatgcccttgggata
tctctgcctccttcaagagactcaaggctcttagagggcaaggctaatct
tcaccagagtccaggaagggatccagggctcaggacttagggaggcttct
gcagataagcttcagagtgacaatggacaaagaagacatgccactagtca
gtcctgagcatcccccacccttacccctggagggctgtgccccaaattca
gggaattttaaaggaccgtttccatgacaactgcccttgcttttgcgttg
ccatggtgtccctagagggaagggaaaaataggggggaacaggaagggaa
gagaccatggagcttgggaagggaagcctgaccaggatgcagaaaacacc
cctatcgctaacagttgtaaagcagtcaggcaggctagctaaagccaact
cactgcagctactcttggggctccctaaatctagcccttccacataggga
gagagttcagaaaaagctggtatctgaagtacatctgaaaactacatatc
gaaactggagctaggaaagggagcccacaattcttggcctgaggagacag
agctggagtgaacaaggaaagttcagtgggccaggtctcatgaaacccca
gaggagaaccccggctgagcagctcagtcagaagaggaagaatcaaaggt
cagggagagcctgcatgggcaatgttccagttaaagtaagagaagactgc
taggaggacacccccacctttactactcagaccacacccttcaaaatctg
ctacttcaccttcaacacctattgcaaccccaggtgccacccctatgcat
gccccagagcacttgtcaacccttcacactccttcttttcagaggtggag
tttccaaagtgctgggtcctggcctaattcccttccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_103147219_103147715
seq2: B6Ng01-224O09.b_49_545

seq1  GAATTCTTAACCCCTGCAGGCATGTGCTTGTCCATCCTATGATCCCTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAACCCCTGCAGGCATGTGCTTGTCCATCCTATGATCCCTCCT  50

seq1  TTGTGTCTCCTACTCATTCAATGACATCTTCCATCTTTATCTCCAACCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTCTCCTACTCATTCAATGACATCTTCCATCTTTATCTCCAACCAC  100

seq1  ACAGTACATCCTCATCACACTGGACAGGATGTCGTAGTTTATGAAAGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTACATCCTCATCACACTGGACTGGATGTCGTAGTTTATGAAAGCAG  150

seq1  TGTGGGTACACTATCTACCCCATATCCTCAGAAAGTGTGCAGGGACCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTACACTATCTACCCCATATCCTCAGAAAGTGTGCAGGGACCACA  200

seq1  TGAAATGATGTGTGTAAAGCATCTATAACAATAGTAGTTAAGGAATGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGATGTGTGTAAAGCATCTATAACAATAGTAGTTAAGGAATGTTA  250

seq1  ACTGTCACCATCAAAAAACGCTTCCCATCCTTATTTCATACAAGTGCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCACCATCAAAAAACGCTTCCCATCCTTATTTCATACAAGTGCTAA  300

seq1  TAAACTGAACCAGGATGGTCAGACTCAGAATCAGCCAGAGCACAACTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTGAACCAGGATGGTCAGACTCAGAATCAGCCAGAGCACAACTAGA  350

seq1  ACTCAGGCCTGGCCCCCAGATCTTGGAAGGTGTCTGTTTGCCTGTGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGCCTGGCCCCCAGATCTTGGAAGGTGTCTGTTTGCCTGTGTGTG  400

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTCACAGTGGGGGCCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTCACAGTGGGGGCCTGG  450

seq1  ATCCCATGCTGGTGATACAGAGGCTTGTTTCTCATTATTTTTAGGGT  497
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATGCTGGTGATACAGAGGCTTGTTTCTCATTATTTTTAGGGT  497

seq1: chr15_103353130_103354161
seq2: B6Ng01-224O09.g_74_1111 (reverse)

seq1  CTGGGAGGGAATTGGGCCAGGAACAAACACTTTGG-AACT-CACCTCTGA  48
      |||| |||||||| |||||||| | | |||||||| |||| |||||||||
seq2  CTGGAAGGGAATTAGGCCAGGACCCAGCACTTTGGAAACTCCACCTCTGA  50

seq1  AA--GAGGAGTGTGAAGGGTTGACAAGTGGCTCTGGGGCATGCAT-GGGG  95
      ||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  AAAGAAGGAGTGTGAAGGGTTGACAAGT-GCTCTGGGGCATGCATAGGGG  99

seq1  TGGCACCTGGGGTTGCAATAGGTGTTGAAGGTGAAGTAGCAGATTTTGAA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCTGGGGTTGCAATAGGTGTTGAAGGTGAAGTAGCAGATTTTGAA  149

seq1  GGGTGTGGTCTGAGTAGTAAAGGTGGGGGTGTCCTCCTAGCAGTCTTCTC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGGTCTGAGTAGTAAAGGTGGGGGTGTCCTCCTAGCAGTCTTCTC  199

seq1  TTACTTT-ACTGGAACATTGCCCATGCAGGCTCTCCCTGACCTTTGATTC  244
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTAACTGGAACATTGCCCATGCAGGCTCTCCCTGACCTTTGATTC  249

seq1  TTCCTCTTCTGACTGAGCTGCTCAGCC-GGGTTCTCCTCTGGGGTTTCAT  293
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTTCTGACTGAGCTGCTCAGCCGGGGTTCTCCTCTGGGGTTTCAT  299

seq1  GAGACCTGGCCCACTGAACTTTCCTTGTTCACTCCAGCTCTGTCTCCTCA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTGGCCCACTGAACTTTCCTTGTTCACTCCAGCTCTGTCTCCTCA  349

seq1  GGCCAAGAATTGTGGGCTCCCTTTCCTAGCTCCAGTTTCGATATGTAGTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGAATTGTGGGCTCCCTTTCCTAGCTCCAGTTTCGATATGTAGTT  399

seq1  TTCAGATGTACTTCAGATACCAGCTTTTTCTGAACTCTCTCCCTATGTGG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATGTACTTCAGATACCAGCTTTTTCTGAACTCTCTCCCTATGTGG  449

seq1  AAGGGCTAGATTTAGGGAGCCCCAAGAGTAGCTGCAGTGAGTTGGCTTTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCTAGATTTAGGGAGCCCCAAGAGTAGCTGCAGTGAGTTGGCTTTA  499

seq1  GCTAGCCTGCCTGACTGCTTTACAACTGTTAGCGATAGGGGTGTTTTCTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCCTGCCTGACTGCTTTACAACTGTTAGCGATAGGGGTGTTTTCTG  549

seq1  CATCCTGGTCAGGCTTCCCTTCCCAAGCTCCATGGTCTCTTCCCTTCCTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGGTCAGGCTTCCCTTCCCAAGCTCCATGGTCTCTTCCCTTCCTG  599

seq1  TTCCCCCCTATTTTTCCCTTCCCTCTAGGGACACCATGGCAACGCAAAAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCCTATTTTTCCCTTCCCTCTAGGGACACCATGGCAACGCAAAAG  649

seq1  CAAGGGCAGTTGTCATGGAAACGGTCCTTTAAAATTCCCTGAATTTGGGG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGCAGTTGTCATGGAAACGGTCCTTTAAAATTCCCTGAATTTGGGG  699

seq1  CACAGCCCTCCAGGGGTAAGGGTGGGGGATGCTCAGGACTGACTAGTGGC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCCTCCAGGGGTAAGGGTGGGGGATGCTCAGGACTGACTAGTGGC  749

seq1  ATGTCTTCTTTGTCCATTGTCACTCTGAAGCTTATCTGCAGAAGCCTCCC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTCTTTGTCCATTGTCACTCTGAAGCTTATCTGCAGAAGCCTCCC  799

seq1  TAAGTCCTGAGCCCTGGATCCCTTCCTGGACTCTGGTGAAGATTAGCCTT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCTGAGCCCTGGATCCCTTCCTGGACTCTGGTGAAGATTAGCCTT  849

seq1  GCCCTCTAAGAGCCTTGAGTCTCTTGAAGGAGGCAGAGATATCCCAAGGG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTAAGAGCCTTGAGTCTCTTGAAGGAGGCAGAGATATCCCAAGGG  899

seq1  CATATATTGTCAGGGACAGAATTGAGAGTGAATGGCTAGAGCCCTAGCTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATTGTCAGGGACAGAATTGAGAGTGAATGGCTAGAGCCCTAGCTC  949

seq1  TTGGGGTATGTGCACATGTGTGTAAATGCTGTGGGTCTGGTGGGCTGCCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGTATGTGCACATGTGTGTAAATGCTGTGGGTCTGGTGGGCTGCCT  999

seq1  ATTGGCGTATGTGGGGTGGAGGTGGTCAGGGAGGAATTC  1032
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCGTATGTGGGGTGGAGGTGGTCAGGGAGGAATTC  1038