BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225I14
Chromosome15 (Build37)
Map Location 102,011,958 - 102,182,997
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsad, Zfp740, Itgb7, Rarg, D15Mgi27, Espl1, Pfdn5, Myg1, Aaas
Upstream geneAcvr1b, Grasp, Nr4a1, 9430023L20Rik, 6030408B16Rik, Krt80, Krt7, Krt85, Krt83, 1700011A15Rik, 5430421N21Rik, EG574415, Krt84, Krt82, 4732456N10Rik, Krt75, EG432985, EG432986, EG406223, EG432987, Krt6b, Krt6a, Krt5, Krt71, Krt74, Krt72, Krt73, Krt2, LOC100043001, Krt1, Krt77, Krt76, Krt4, Krt79, Krt78, Krt8, Krt18, LOC676882, Eif4b, Tenc1, Spryd3, Igfbp6, Soat2
Downstream geneSp7, Sp1, Amhr2, Prr13, Pcbp2, Map3k12, Tarbp2, Npff, Atf7, LOC100043600, Atp5g2, Calcoco1, LOC637762, LOC100043050, Hoxc13, Hoxc12, Hoxc11, Hoxc10, Hoxc9, LOC100043060, Hoxc8, Hoxc6, Hoxc5, Hoxc4, LOC432989, Smug1, Cbx5, Hnrpa1, Nfe2, Copz1, Gpr84, Zfp385, Itga5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225I14.bB6Ng01-225I14.g
ACCGA039705GA039706
length1,1561,091
definitionB6Ng01-225I14.b B6Ng01-225I14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,181,847 - 102,182,997)(102,011,958 - 102,013,046)
sequence
gaattctaggacagacagggctacacagagaatccttctattgaaaaaca
aaacaaagcaaaaagttatttgggggccagagagatggctcagtggctaa
gagcagttactgttcttgcagaggatcctggttctgttccccaaatctac
atgatgattcagaaccatctgtaactcctgttccaggggagtccagcgcc
ctttactggctgctgtggacactgcatgcatgtggtgcacataggtgcat
acaggcaaaacacaaattaaaaaaatatttttaaaagccccttatactcc
ctgtatagtactacaggtgtgcatgcaccaccatgcccagtgacaaaagt
gctctcgaggaggagggtcaggctcagagtcagtttcaattaaaggctag
gtgagtccatttctttgggtgtcaggtgaggcagagcatcatagattcag
gagcaggtggaagagtttgcttattcataatggccaggaagcagagagat
agcaatagcagggaaaggctaataccgttcctgtgagtctcaccatccca
cacttccctcccatttgtctattcagattttgagctcacaattgaattaa
gttagaattaaaccatctaaacatctctctgtagttctagcccccccccc
aaccccttcagtttcagaaaaggtctcaggagagcatggtggtagatctt
taatctcagcactcttgggagatagaggtatgaatctctatgaattcaag
gtcagtcatgtctacatagcaagttccgtgctagccagagcaacatagcc
ataccctgcctcaaaataaagcctagggctggagagatggctcagcagtt
aagagcactgactgctcttctagaagtcctgagttcaattcccagcaacc
acatggtggctcacaaccatctgtaatggaatcagataccctcttctggt
gtgtcttgaaaatcatggagagtgtactcatataattaaacaaatcttaa
aacaaacaacaaactaacacaaatgcctaaatagacaagttcagggtgtg
catgtatatctcaagtttggagaagaacttatgggagtggacattcagtg
atcctctgccctgtacttccaatgctgggaattacaagatcggagtcaac
gtattt
gaattcaaggccagcctggtctccactgacagctctgggacagcaagaac
cacatagtgagaccctgtctcaaaaatgaagagaagctaagaaaataatc
tcctgtggcaaggcctggtggcactggcctataatctcagctattcaagc
agttgaggaagactgacaagtttaaaaccagcaagagatacatagagaaa
ccctgtctcaaagaacatcaatcagtcaatcaactagttaattaattaaa
gttccaaagtgagctatggagcgctcagtgatggagcacttgcttgaaat
gtccgctgcccaccaccccacgtatacacacaacgctacaggaagccaaa
ggactggcaagcgtggtaccccgcttcattaaattatgctatgtgtgatg
gtgcacacctctcagcatgtgagaggcagaagcagatggttatatttgag
ttcaaggccagccagatataaattccaggccattgagggagggctacaaa
gttaaactctgtctcacaaaataaaaaataaagacaaaaataacgtgaat
gatgaggaagtgggtagatggctcagcagttacaagcacctgctactgct
gaagacctgcagttagttaatcctagtgcccaccccgatgatgatgactt
ataactacctataacactagttccagggaatccaacacccacttctggtc
tccatgggcactgtgctcacatgcatgcccatgcacagtcacacataaag
aaaattaaaattaaaaacgagcctttaaaaattttaaatagccagcagtg
gtggcgcacgcctttaatcccagaacttgggaggcagaggcaggcagatt
tctgagttcgaggccagcctggtctacagagtgtgttccaggacagccag
ggatacacagagaaaccctgtcttgaaaacccaataaatagggcctggtg
agatggctcaacaggtaagagcacccggactgctcttccgaaagtccaga
gttcaaattcccagcaccacatggtgctcacaccaatccgtaacagatct
gaactccctcttctgtgtgtcttgaagacagcttacagtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_102181847_102182997
seq2: B6Ng01-225I14.b_42_1197 (reverse)

seq1  AAATACCGTTGACTCCGATC-TGTAA-TCCCAGCATTGGGAGGTACAGGC  48
      ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||| 
seq2  AAATA-CGTTGACTCCGATCTTGTAATTCCCAGCATT-GGAAGTACAGGG  48

seq1  AGGAGGATCACTGAATGTCCACT-CCAT-AGTTC-TCTTCCAACTTGAG-  94
        ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| | |||||||| 
seq2  CAGAGGATCACTGAATGTCCACTCCCATAAGTTCTTCTCCAAACTTGAGA  98

seq1  -ATACATAC-CACCCTGACTTTGTCTTATTTAGGCTTTGTTGTTTGTTTG  142
       |||||| | ||||||||  ||||| ||||||||| ||  |||| |||||
seq2  TATACATGCACACCCTGAACTTGTC-TATTTAGGCATTTGTGTTAGTTTG  147

seq1  TTTGTTTGTTTTAAGATTTGTTTTATTTATATGAGTACACTCT-CATGGT  191
       ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| |
seq2  -TTGTTTGTTTTAAGATTTG-TTTAATTATATGAGTACACTCTCCATGAT  195

seq1  TTTC-AGACACACCAGAAGAGGGTATCTGATTCCATTACAGATGGTTGTG  240
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGACACACCAGAAGAGGGTATCTGATTCCATTACAGATGGTTGTG  245

seq1  AGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACTTCTAGAAGAGCAG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACTTCTAGAAGAGCAG  295

seq1  TCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCTAGGCTTTATTTTG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCTAGGCTTTATTTTG  345

seq1  AGGCAGGGTATGGCTATGTTGCTCTGGCTAGCACGGAACTTGCTATGTAG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGTATGGCTATGTTGCTCTGGCTAGCACGGAACTTGCTATGTAG  395

seq1  ACATGACTGACCTTGAATTCATAGAGATTCATACCTCTATCTCCCAAGAG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACTGACCTTGAATTCATAGAGATTCATACCTCTATCTCCCAAGAG  445

seq1  TGCTGAGATTAAAGATCTACCACCATGCTCTCCTGAGACCTTTTCTGAAA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGATTAAAGATCTACCACCATGCTCTCCTGAGACCTTTTCTGAAA  495

seq1  CTGAAGGGGTTGGGGGGGGGGCTAGAACTACAGAGAGATGTTTAGATGGT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGGGTTGGGGGGGGGGCTAGAACTACAGAGAGATGTTTAGATGGT  545

seq1  TTAATTCTAACTTAATTCAATTGTGAGCTCAAAATCTGAATAGACAAATG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCTAACTTAATTCAATTGTGAGCTCAAAATCTGAATAGACAAATG  595

seq1  GGAGGGAAGTGTGGGATGGTGAGACTCACAGGAACGGTATTAGCCTTTCC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGAAGTGTGGGATGGTGAGACTCACAGGAACGGTATTAGCCTTTCC  645

seq1  CTGCTATTGCTATCTCTCTGCTTCCTGGCCATTATGAATAAGCAAACTCT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATTGCTATCTCTCTGCTTCCTGGCCATTATGAATAAGCAAACTCT  695

seq1  TCCACCTGCTCCTGAATCTATGATGCTCTGCCTCACCTGACACCCAAAGA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTGCTCCTGAATCTATGATGCTCTGCCTCACCTGACACCCAAAGA  745

seq1  AATGGACTCACCTAGCCTTTAATTGAAACTGACTCTGAGCCTGACCCTCC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACTCACCTAGCCTTTAATTGAAACTGACTCTGAGCCTGACCCTCC  795

seq1  TCCTCGAGAGCACTTTTGTCACTGGGCATGGTGGTGCATGCACACCTGTA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCGAGAGCACTTTTGTCACTGGGCATGGTGGTGCATGCACACCTGTA  845

seq1  GTACTATACAGGGAGTATAAGGGGCTTTTAAAAATATTTTTTTAATTTGT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTATACAGGGAGTATAAGGGGCTTTTAAAAATATTTTTTTAATTTGT  895

seq1  GTTTTGCCTGTATGCACCTATGTGCACCACATGCATGCAGTGTCCACAGC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCCTGTATGCACCTATGTGCACCACATGCATGCAGTGTCCACAGC  945

seq1  AGCCAGTAAAGGGCGCTGGACTCCCCTGGAACAGGAGTTACAGATGGTTC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTAAAGGGCGCTGGACTCCCCTGGAACAGGAGTTACAGATGGTTC  995

seq1  TGAATCATCATGTAGATTTGGGGAACAGAACCAGGATCCTCTGCAAGAAC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCATCATGTAGATTTGGGGAACAGAACCAGGATCCTCTGCAAGAAC  1045

seq1  AGTAACTGCTCTTAGCCACTGAGCCATCTCTCTGGCCCCCAAATAACTTT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTGCTCTTAGCCACTGAGCCATCTCTCTGGCCCCCAAATAACTTT  1095

seq1  TTGCTTTGTTTTGTTTTTCAATAGAAGGATTCTCTGTGTAGCCCTGTCTG  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTGTTTTGTTTTTCAATAGAAGGATTCTCTGTGTAGCCCTGTCTG  1145

seq1  TCCTAGAATTC  1151
      |||||||||||
seq2  TCCTAGAATTC  1156

seq1: chr15_102011958_102013046
seq2: B6Ng01-225I14.g_68_1158

seq1  GAATTCAAGGCCAGCCTGGTCTCCACTGACAGCTCTGGGACAGCAAGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCCAGCCTGGTCTCCACTGACAGCTCTGGGACAGCAAGAAC  50

seq1  CACATAGTGAGACCCTGTCTCAAAAATGAAGAGAAGCTAAGAAAATAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGTGAGACCCTGTCTCAAAAATGAAGAGAAGCTAAGAAAATAATC  100

seq1  TCCTGTGGCAAGGCCTGGTGGCACTGGCCTATAATCTCAGCTATTCAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGGCAAGGCCTGGTGGCACTGGCCTATAATCTCAGCTATTCAAGC  150

seq1  AGTTGAGGAAGACTGACAAGTTTAAAACCAGCAAGAGATACATAGAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGGAAGACTGACAAGTTTAAAACCAGCAAGAGATACATAGAGAAA  200

seq1  CCCTGTCTCAAAGAACATCAATCAGTCAATCAACTAGTTAATTAATTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCTCAAAGAACATCAATCAGTCAATCAACTAGTTAATTAATTAAA  250

seq1  GTTCCAAAGTGAGCTATGGAGCGCTCAGTGATGGAGCACTTGCTTGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAAAGTGAGCTATGGAGCGCTCAGTGATGGAGCACTTGCTTGAAAT  300

seq1  GTCCGCTGCCCACCACCCCACGTATACACACAACGCTACAGGAAGCCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGCTGCCCACCACCCCACGTATACACACAACGCTACAGGAAGCCAAA  350

seq1  GGACTGGCAAGCGTGGTACCCCGCTTCATTAAATTATGCTATGTGTGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGCAAGCGTGGTACCCCGCTTCATTAAATTATGCTATGTGTGATG  400

seq1  GTGCACACCTCTCAGCATGTGAGAGGCAGAAGCAGATGGTTATATTTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACACCTCTCAGCATGTGAGAGGCAGAAGCAGATGGTTATATTTGAG  450

seq1  TTCAAGGCCAGCCAGATATAAATTCCAGGCCATTGAGGGAGGGCTACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGCCAGCCAGATATAAATTCCAGGCCATTGAGGGAGGGCTACAAA  500

seq1  GTTAAACTCTGTCTCACAAAATAAAAAATAAAGACAAAAATAACGTGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAACTCTGTCTCACAAAATAAAAAATAAAGACAAAAATAACGTGAAT  550

seq1  GATGAGGAAGTGGGTAGATGGCTCAGCAGTTACAAGCACCTGCTACTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGGAAGTGGGTAGATGGCTCAGCAGTTACAAGCACCTGCTACTGCT  600

seq1  GAAGACCTGCAGTTAGTTAATCCTAGTGCCCACCCCGATGATGATGACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACCTGCAGTTAGTTAATCCTAGTGCCCACCCCGATGATGATGACTT  650

seq1  ATAACTACCTATAACACTAGTTCCAGGGAATCCAACACCCACTTCTGGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTACCTATAACACTAGTTCCAGGGAATCCAACACCCACTTCTGGTC  700

seq1  TCCATGGGCACTGTGCTCACATGCATGCCCATGCACAGTCACACATAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGGCACTGTGCTCACATGCATGCCCATGCACAGTCACACATAAAG  750

seq1  AAAATTAAAATTAAAAACGAGCCTTTAAAAATTTTAAATAGCCAGCAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAAATTAAAAACGAGCCTTTAAAAATTTTAAATAGCCAGCAGTG  800

seq1  GTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGAACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGAACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATT  850

seq1  TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGTGTTCCAGGACAGCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGTGTTCCAGGACAGCCAG  900

seq1  GGATACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACCAATAAATAGGG-CTGGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  GGATACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAACCCAATAAATAGGGCCTGGTG  950

seq1  AGATGGCTCAACAGGTAAGAGCACCC-GACTGCTCTTCCGAAGGTCCAGA  998
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  AGATGGCTCAACAGGTAAGAGCACCCGGACTGCTCTTCCGAAAGTCCAGA  1000

seq1  GTTCAAA-TCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTAACAAGA  1047
      ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||| |||
seq2  GTTCAAATTCCCAGC-ACCACATGGT-GCTCACACCAATCCGTAAC-AGA  1047

seq1  TCTG-ACTCCCTCTTCTGGTGTGTC-TGAAGACAGC-TACAGTGT  1089
      |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  TCTGAACTCCCTCTTCT-GTGTGTCTTGAAGACAGCTTACAGTGT  1091