BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227E06
Chromosome15 (Build37)
Map Location 80,634,982 - 80,785,504
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnrc6b, Adsl, LOC625672
Upstream geneNpcd, Nptxr, Cbx6, LOC100042748, Apobec3, Cbx7, Pdgfb, Rpl3, Syngr1, Map3k7ip1, Mgat3, EG666948, Smcr7l, Atf4, Rps19bp1, Cacna1i, Enthd1, Grap2, AW544981
Downstream geneRutbc3, Mkl1, LOC675966, Mchr1, Slc25a17, St13, Xpnpep3, Dnajb7, Rbx1, EG383080, Ep300, L3mbtl2, Rangap1, Zc3h7b, Tef, LOC667073, Tob2, Phf5a, Aco2, Polr3h, Csdc2, Pmm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227E06.bB6Ng01-227E06.g
ACCGA040980GA040981
length1,190893
definitionB6Ng01-227E06.b B6Ng01-227E06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,784,317 - 80,785,504)(80,634,982 - 80,635,869)
sequence
gaattccacccccagtgccacattaacttggaatggtagctaacacctcc
aacaccagcactttagaagcagaggcaggaggatcaagaattcaaggtca
ttcttgcccacagagcatgctcaagctaaggactagaatcagctacagga
gaggctgttagggagcggggacaacttacagagcaggaggacaggacact
ggattactgggatccataaggaacaatacctttattgttcacagtgtggt
ggctacactgactgagaacttgtgtaagtccatgggcttttacatttctt
acatggcacattccatcagtagtctctacttttcctcatccaacatccat
ccatccatccatccatccatccatccatccattgtattttctccctgaac
atttatataagcaatttatctctggctgttatggaacttagtatgtagac
caggctggctttgtcctcacagagatctgagcccctgcctcccaacttcc
aggacccttgccccatcatctatccttgatagcacaggaaggcatgatct
agaacatcagagtttaagaaacgtaaaacttcgatttcttttacccccag
tcctgaggataaaatctagagcctcatgcatacaaagatctaccactgag
ttggatcctcaagccttcaagctgctccgtggaaggcaaggggaagtatt
tgggctaactccaaaacatgtccctgtgccacaaaatcatggagacacgg
catcactgggaacttttagagaaagattctgagccagcgagatggcttat
ctggtaaaggtgtttgctgccacgcctgccaacctgagctgcagctctaa
gacttacatggtgggagagaactaactgcctcaccttgtcctctgatctc
cacactcataccatggtgcacacgttctaccccctactaagtaaatgtca
tttaaagaattttgcaagtaaggagattattcctcccacgtctaaccaat
cacacacaggaaacggaccgcagtgccacacacccgtactcatcactcag
tggctgagcaggagggcagcctggagctctcagctaagacccgtctaggc
aacacaaacagtgttctgggaccctgtcgaaaaaggaaaagcagagctgg
gccggtggggggcgccaggccctttactcagcactcagga
gaattcatatctggtcctgtaaacttggtcaaaggaatgtggttgggaac
gtcatagtcactgctgttgcttgctaaatggacgtggtgtgcctgtcaac
ctgccttccagtggctgtgctcatgcttatagatagacgagtgctgccat
cagctgtgggcagagaacctgctttcttacagtggtctgtagtgattgca
gagactggccaaagtactgagaataagtgactattgaatgcagagacatg
aatgggaatctgcatctccccctgccccccctaaagtttaggaagcctct
tggaaaagggggcataagaacataagagctggaggaagcaaaagggggtg
tggatgtaaggcttctgggaatgctatggctgtctacctgttgaactcac
cgaggctatgggcatctgcttccccatacaggctttgatctgagctcttc
ttggcataggactgggagaggcttttcagggcaccacccttccctgaaga
cttatgtacatatcctctctctctccctccctctctctctctctctctct
ctctctgtgtgtgtgtgtgtgagagagagagccccactggtaagctcctg
taaatctctatacacatgttcctgtgagaaatccaagtaaaattcattgg
ttctcagagcagaacagctcatgaaaatagatagagagatagttgggaag
aggaagggaattatatctggagcaagatgagagggtggtgaatatggtta
gaatacatcgtgaacatgtatgaaacccattagtaaacatataacagtat
ggggtttttttggtttttttttatatatatatatattttattacgtattt
tcctcaaattacattttccaatggctatcccaaaaattccccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_80784317_80785504
seq2: B6Ng01-227E06.b_46_1235 (reverse)

seq1  TCCTGAGTGCTGGAGTTAAAGGCCT-GCG-CCCCCACC-GCCCAGCTCTG  47
      ||||||||||| |||| || ||||| ||| |||||||| |||||||||| 
seq2  TCCTGAGTGCT-GAGTAAAGGGCCTGGCGCCCCCCACCGGCCCAGCTCT-  48

seq1  GCTTTTCTTTTTTCGACAGGGTCCCAGGACACTG-TTGTGTTGCCTAGAC  96
      ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  GCTTTTCCTTTTTCGACAGGGTCCCAGAACACTGTTTGTGTTGCCTAGAC  98

seq1  GGGTCTGTAGCTGGAGAGCT-CAGGCTGCCTTCCTGCTCAGCCACCTGAG  145
      |||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  GGGTCT-TAGCT-GAGAGCTCCAGGCTGCCCTCCTGCTCAGCCA-CTGAG  145

seq1  TGATTGAGTACGGGTGTGTGCCACTGCGGTCCGTTTCCTGTGTGTGATTG  195
      ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGA-TGAGTACGGGTGTGTGGCACTGCGGTCCGTTTCCTGTGTGTGATTG  194

seq1  GTTAGACGTGGGA-GAATAATCTCCTTACTTGCAAAATTCTTT-AATGAC  243
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTTAGACGTGGGAGGAATAATCTCCTTACTTGCAAAATTCTTTAAATGAC  244

seq1  ATTTACTTAGTAGGGGGTAGAACGTGTGCACCATGGTATGAGTGTGGAGA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTAGTAGGGGGTAGAACGTGTGCACCATGGTATGAGTGTGGAGA  294

seq1  TCAGAGGACAAGGTGAGGCAGTTAGTTCTCT-CCACCATGTAAGTCTTAG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGACAAGGTGAGGCAGTTAGTTCTCTCCCACCATGTAAGTCTTAG  344

seq1  AGCTGCAGCTCAGGTTGGCAGGCGTGGCAGCAAACACCTTTACCAGATAA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAGCTCAGGTTGGCAGGCGTGGCAGCAAACACCTTTACCAGATAA  394

seq1  GCCATCTCGCTGGCTCAGAATCTTTCTCTAAAAGTTCCCAGTGATGCCGT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTCGCTGGCTCAGAATCTTTCTCTAAAAGTTCCCAGTGATGCCGT  444

seq1  GTCTCCATGATTTTGTGGCACAGGGACATGTTTTGGAGTTAGCCCAAATA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCATGATTTTGTGGCACAGGGACATGTTTTGGAGTTAGCCCAAATA  494

seq1  CTTCCCCTTGCCTTCCACGGAGCAGCTTGAAGGCTTGAGGATCCAACTCA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCTTGCCTTCCACGGAGCAGCTTGAAGGCTTGAGGATCCAACTCA  544

seq1  GTGGTAGATCTTTGTATGCATGAGGCTCTAGATTTTATCCTCAGGACTGG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAGATCTTTGTATGCATGAGGCTCTAGATTTTATCCTCAGGACTGG  594

seq1  GGGTAAAAGAAATCGAAGTTTTACGTTTCTTAAACTCTGATGTTCTAGAT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAAAGAAATCGAAGTTTTACGTTTCTTAAACTCTGATGTTCTAGAT  644

seq1  CATGCCTTCCTGTGCTATCAAGGATAGATGATGGGGCAAGGGTCCTGGAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTTCCTGTGCTATCAAGGATAGATGATGGGGCAAGGGTCCTGGAA  694

seq1  GTTGGGAGGCAGGGGCTCAGATCTCTGTGAGGACAAAGCCAGCCTGGTCT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGAGGCAGGGGCTCAGATCTCTGTGAGGACAAAGCCAGCCTGGTCT  744

seq1  ACATACTAAGTTCCATAACAGCCAGAGATAAATTGCTTATATAAATGTTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTAAGTTCCATAACAGCCAGAGATAAATTGCTTATATAAATGTTC  794

seq1  AGGGAGAAAATACAATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAAAATACAATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGG  844

seq1  ATGTTGGATGAGGAAAAGTAGAGACTACTGATGGAATGTGCCATGTAAGA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGATGAGGAAAAGTAGAGACTACTGATGGAATGTGCCATGTAAGA  894

seq1  AATGTAAAAGCCCATGGACTTACACAAGTTCTCAGTCAGTGTAGCCACCA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAAAGCCCATGGACTTACACAAGTTCTCAGTCAGTGTAGCCACCA  944

seq1  CACTGTGAACAATAAAGGTATTGTTCCTTATGGATCCCAGTAATCCAGTG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGAACAATAAAGGTATTGTTCCTTATGGATCCCAGTAATCCAGTG  994

seq1  TCCTGTCCTCCTGCTCTGTAAGTTGTCCCCGCTCCCTAACAGCCTCTCCT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCCTCCTGCTCTGTAAGTTGTCCCCGCTCCCTAACAGCCTCTCCT  1044

seq1  GTAGCTGATTCTAGTCCTTAGCTTGAGCATGCTCTGTGGGCAAGAATGAC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGATTCTAGTCCTTAGCTTGAGCATGCTCTGTGGGCAAGAATGAC  1094

seq1  CTTGAATTCTTGATCCTCCTGCCTCTGCTTCTAAAGTGCTGGTGTTGGAG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATTCTTGATCCTCCTGCCTCTGCTTCTAAAGTGCTGGTGTTGGAG  1144

seq1  GTGTTAGCTACCATTCCAAGTTAATGTGGCACTGGGGGTGGAATTC  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAGCTACCATTCCAAGTTAATGTGGCACTGGGGGTGGAATTC  1190

seq1: chr15_80634982_80635869
seq2: B6Ng01-227E06.g_69_960

seq1  GAATTCATATCTGGTCCTGTAAACTTGGTCAAAGGAATGTGGTTGGGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATCTGGTCCTGTAAACTTGGTCAAAGGAATGTGGTTGGGAAC  50

seq1  GTCATAGTCACTGCTGTTGCTTGCTAAATGGACGTGGTGTGCCTGTCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAGTCACTGCTGTTGCTTGCTAAATGGACGTGGTGTGCCTGTCAAC  100

seq1  CTGCCTTCCAGTGGCTGTGCTCATGCTTATAGATAGACGAGTGCTGCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTCCAGTGGCTGTGCTCATGCTTATAGATAGACGAGTGCTGCCAT  150

seq1  CAGCTGTGGGCAGAGAACCTGCTTTCTTACAGTGGTCTGTAGTGATTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTGGGCAGAGAACCTGCTTTCTTACAGTGGTCTGTAGTGATTGCA  200

seq1  GAGACTGGCCAAAGTACTGAGAATAAGTGACTATTGAATGCAGAGACATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGGCCAAAGTACTGAGAATAAGTGACTATTGAATGCAGAGACATG  250

seq1  AATGGGAATCTGCATCTCCCCCTGCCCCCCCTAAAGTTTAGGAAGCCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAATCTGCATCTCCCCCTGCCCCCCCTAAAGTTTAGGAAGCCTCT  300

seq1  TGGAAAAGGGGGCATAAGAACATAAGAGCTGGAGGAAGCAAAAGGGGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAGGGGGCATAAGAACATAAGAGCTGGAGGAAGCAAAAGGGGGTG  350

seq1  TGGATGTAAGGCTTCTGGGAATGCTATGGCTGTCTACCTGTTGAACTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTAAGGCTTCTGGGAATGCTATGGCTGTCTACCTGTTGAACTCAC  400

seq1  CGAGGCTATGGGCATCTGCTTCCCCATACAGGCTTTGATCTGAGCTCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGCTATGGGCATCTGCTTCCCCATACAGGCTTTGATCTGAGCTCTTC  450

seq1  TTGGCATAGGACTGGGAGAGGCTTTTCAGGGCACCACCCTTCCCTGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCATAGGACTGGGAGAGGCTTTTCAGGGCACCACCCTTCCCTGAAGA  500

seq1  CTTATGTACATATCCTCTCTCTCTCCCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTACATATCCTCTCTCTCTCCCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  550

seq1  CTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGCCCCACTGGTAAGCTCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGCCCCACTGGTAAGCTCCTG  600

seq1  TAAATCTCTATACACATGTTCCTGTGAGAAATCCAAGTAAAATTCATTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTCTATACACATGTTCCTGTGAGAAATCCAAGTAAAATTCATTGG  650

seq1  TTCTCAGAGCAGAACAGCTCATGAAAATAGATAGAGAGATAGTTGGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGAGCAGAACAGCTCATGAAAATAGATAGAGAGATAGTTGGGAAG  700

seq1  AGGAAGGGAATTATATCTGGAGCAAGATGAGAGGGTGGTGAATATGGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGGAATTATATCTGGAGCAAGATGAGAGGGTGGTGAATATGGTTA  750

seq1  GAATACATCGTGAACATGTATGAAACCCATTAGTAAACATATAACAGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACATCGTGAACATGTATGAAACCCATTAGTAAACATATAACAGTAT  800

seq1  GGGG-TTTTTTGGTTTTTTTTTATATATATATATATTTTTATTACGTATT  849
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGGGTTTTTTTGGTTTTTTTTTATATATATATATA-TTTTATTACGTATT  849

seq1  TTCCTC-AATTACA-TTTCCAAT-GCTATCCCAAAAGTCCCC-  888
      |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| | ||| 
seq2  TTCCTCAAATTACATTTTCCAATGGCTATCCCAAAAATTCCCC  892