BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229L15
Chromosome15 (Build37)
Map Location 32,472,273 - 32,583,447
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSema5a
Upstream geneCmbl, Cct5, A930016P21Rik, LOC667231, Tas2r119, 0610007N19Rik
Downstream geneLOC100040962, Sdc2, Pgcp, 1700084J12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229L15.bB6Ng01-229L15.g
ACCGA042780GA042781
length1,1471,188
definitionB6Ng01-229L15.b B6Ng01-229L15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,472,273 - 32,473,405)(32,582,291 - 32,583,447)
sequence
gaattcagggcttttcgtagtggtcatgaatttataaggaaaattcaaat
actttaataaatttgcttgtgctgtagtattctgggaatgtgctcagaat
tacaaagtctcccttctccctgtaataaaaagaacaatgtgaaaatgtga
catttaaaaaatataaaacatgcaggcgttttgactgaactcagtttgtt
cctactctcccgaaaagttgtgtgtgctatacttgtgtgtgctatatggc
acactgcatttcactgtgcagccactaagatatgatgtctggaaggaggt
ggctgaacctgcagggagctactgcctgcacccacttcttctctagcgag
aacattcctcaactgactgctgagctcaggataataaatatgacaacttt
tctcccctgacatttctgggtcaagtgcaagccaccttccatggagtagg
gacatgaaatttataatctagggagccaaggtcatgagaagttacccaaa
cctttgatggaggcttgcaagggaagtagatgctgagactgtggattctg
aataaggtccaacctttaatttacttctagatttttccactcactctgtc
tccagtgctccacatgcattacagctggggagagaatccattcttattga
tgcaaaagagcagtataacaagatgcattgcatttcattgtctatgaaat
atgtgttactgaaatcaaactgtagagctctttaaatacatttcacataa
atattattttagacacaaatagccaattgtctcagcatctaacaagaatg
ccttgtctgttgtgggttcttgtgtctggactcagctgcctcctccccca
gcaacccgccaccccctgtggcgtttaagggctacacaaaggaaacataa
ctaatttattaagggaatgaaagagttactttgtgccttttatggcattt
tcataatcttcaaaatgctcttggtttatgattctctcatttcagtattt
tttgacactaaagttcttagaattattggtgctaatcagcgggagaattg
ggattagaatccaaagctctgtctatgtactcattttgtgtccagtaagt
cctgcctttctccgggtgtccaaaggtcaaagtatgccttttaaaga

gaattccatctgcttaaaggcattagatagtgtgcactacagaactccaa
aatgatgccaatggtgttgtgtttgtagttccatgttgaacaagcatttg
ttaaattacagctaggaaatgtgggtgtttttgtttgtttctttcagttt
gttttgttgttgtttttatttttatttatttattttcaaattctgttgct
gcttttcagtgagatgcagagcatgggaaacctgcaggcaagttcctttt
cagtaaaccagggcctgttcctcagtaaattttgaatggacctgtagact
cttcagtgcagaggcagattactttcaaggactcactgaaagtatggatc
tgtatctgtatagaaagtacttatctgtacactgcggaaaagtagtatga
ctacatgtatatgtatgtaggtgtacatgccacatacacatacacacata
tacatacatgtacatatacacattcatacacacacatacacacatacata
tacactcatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacc
atttgataggttcttttaaatccaacgtgattttgtttgtattacaggaa
aataatttgaagtatgatgcagcttcatctgttagtacatggaaggactt
ctactatagaaacatgaagtagaatatgtcagatcttccattagtataga
gcctcctcagagtgagcaggtgaaaggcctgctcagacccccgtaaatgt
ttgtgacttactctcaaaggttgagtgcagaatattgtttttgcatatat
tcttgggaattggtataggtcatactttatggtctaaatctcagtgtgga
cagatcctgcacatgcttcactagccttgtttcccaccccacaattgaca
caccccttctcagctcttactatctctccctaatgggttccactgcaatc
tgtggacctcacttattttccaaacctgtctttgtatttctttttttccc
aaagcctgggaaaagcagacttccttcacattcgcaaaccttccctttta
tttcacctgcttcactcacacagcacttgaattgttttacagaatggcgg
gtgttaagcacttccctgctgaacttaatacaggagagtgaattgcatca
cggtacacctcacagaaaccgaatccattcattgagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_32472273_32473405
seq2: B6Ng01-229L15.b_46_1192

seq1  GAATTCAGGGCTTTTCGTAGTGGTCATGAATTTATAAGGAAAATTCAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGCTTTTCGTAGTGGTCATGAATTTATAAGGAAAATTCAAAT  50

seq1  ACTTTAATAAATTTGCTTGTGCTGTAGTATTCTGGGAATGTGCTCAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAATAAATTTGCTTGTGCTGTAGTATTCTGGGAATGTGCTCAGAAT  100

seq1  TACAAAGTCTCCCTTCTCCCTGTAATAAAAAGAACAATGTGAAAATGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGTCTCCCTTCTCCCTGTAATAAAAAGAACAATGTGAAAATGTGA  150

seq1  CATTTAAAAAATATAAAACATGCAGGCGTTTTGACTGAACTCAGTTTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAAAAATATAAAACATGCAGGCGTTTTGACTGAACTCAGTTTGTT  200

seq1  CCTACTCTCCCGAAAAGTTGTGTGTGCTATACTTGTGTGTGCTATATGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTCTCCCGAAAAGTTGTGTGTGCTATACTTGTGTGTGCTATATGGC  250

seq1  ACACTGCATTTCACTGTGCAGCCACTAAGATATGATGTCTGGAAGGAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCATTTCACTGTGCAGCCACTAAGATATGATGTCTGGAAGGAGGT  300

seq1  GGCTGAACCTGCAGGGAGCTACTGCCTGCACCCACTTCTTCTCTAGCGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAACCTGCAGGGAGCTACTGCCTGCACCCACTTCTTCTCTAGCGAG  350

seq1  AACATTCCTCAACTGACTGCTGAGCTCAGGATAATAAATATGACAACTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCCTCAACTGACTGCTGAGCTCAGGATAATAAATATGACAACTTT  400

seq1  TCTCCCCTGACATTTCTGGGTCAAGTGCAAGCCACCTTCCATGGAGTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCTGACATTTCTGGGTCAAGTGCAAGCCACCTTCCATGGAGTAGG  450

seq1  GACATGAAATTTATAATCTAGGGAGCCAAGGTCATGAGAAGTTACCCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGAAATTTATAATCTAGGGAGCCAAGGTCATGAGAAGTTACCCAAA  500

seq1  CCTTTGATGGAGGCTTGCAAGGGAAGTAGATGCTGAGACTGTGGATTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGATGGAGGCTTGCAAGGGAAGTAGATGCTGAGACTGTGGATTCTG  550

seq1  AATAAGGTCCAACCTTTAATTTACTTCTAGATTTTTCCACTCACTCTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGTCCAACCTTTAATTTACTTCTAGATTTTTCCACTCACTCTGTC  600

seq1  TCCAGTGCTCCACATGCATTACAGCTGGGGAGAGAATCCATTCTTATTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGCTCCACATGCATTACAGCTGGGGAGAGAATCCATTCTTATTGA  650

seq1  TGCAAAAGAGCAGTATAACAAGATGCATTGCATTTCATTGTCTATGAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAAGAGCAGTATAACAAGATGCATTGCATTTCATTGTCTATGAAAT  700

seq1  ATGTGTTACTGAAATCAAACTGTAGAGCTCTTTAAATACATTTCACATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTACTGAAATCAAACTGTAGAGCTCTTTAAATACATTTCACATAA  750

seq1  ATATTATTTTAGACACAAATAGCCAATTGTCTCAGCATCTAACAAGAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATTTTAGACACAAATAGCCAATTGTCTCAGCATCTAACAAGAATG  800

seq1  CCTTGTCTGTTGTGGGTTCTTGTGTCTGGACTCAGCTGCCTCCTCCCCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTCTGTTGTGGGTTCTTGTGTCTGGACTCAGCTGCCTCCTCCCCCA  850

seq1  GCAACCCGCCACCCCCTGTGGCGTTTAAGGGCTACACAAAGGAAACATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCCGCCACCCCCTGTGGCGTTTAAGGGCTACACAAAGGAAACATAA  900

seq1  CTAA-TTATTAAGGGAATGAAAGAGTTACTTTGTGCC-TTTATGGCA-TT  947
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  CTAATTTATTAAGGGAATGAAAGAGTTACTTTGTGCCTTTTATGGCATTT  950

seq1  TCATAATCTTCAAAATGCTCTT-GTTTATGA---TCTCATTTCAGTA-TT  992
      |||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||| ||
seq2  TCATAATCTTCAAAATGCTCTTGGTTTATGATTCTCTCATTTCAGTATTT  1000

seq1  TTTGACACT-AAGTTCTTAGAATTATT-GTGCTAATCAGCGGGAGAATTT  1040
      ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTGACACTAAAGTTCTTAGAATTATTGGTGCTAATCAGCGGGAGAATTG  1050

seq1  GGATTAGAATCCAAAGCTCTGTCTATTGTTACTCATTTTGTGTCCAGT-A  1089
      ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |
seq2  GGATTAGAATCCAAAGCTCTGTCTAT--GTACTCATTTTGTGTCCAGTAA  1098

seq1  GTCCTG-CTTTCT-CGGTTGTC--AAAGTCAAAGTATG-CTTTTAAAGA  1133
      |||||| |||||| ||| ||||  || ||||||||||| ||||||||||
seq2  GTCCTGCCTTTCTCCGGGTGTCCAAAGGTCAAAGTATGCCTTTTAAAGA  1147


seq1: chr15_32582291_32583447
seq2: B6Ng01-229L15.g_69_1256 (reverse)

seq1  TTCTCAATG-ATGGATTC-GTATCTGTGAGGTGTCCCGTGATGGGCAATT  48
      ||||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||  ||||||
seq2  TTCTCAATGAATGGATTCGGTTTCTGTGAGGTGTACCGTGAT--GCAATT  48

seq1  CACTCTCCTTGTATTTAG-TCACCAGGG-AGTGCCTTACACCCG-CACTC  95
      |||||||| |||||| || ||| ||||| ||||| | ||||||| || ||
seq2  CACTCTCC-TGTATTAAGTTCAGCAGGGAAGTGCTTAACACCCGCCATTC  97

seq1  TGT-AAACAAT--CAGTGCTGTGTGAGTGAAGCAGGTG-AATAAA--GGA  139
      ||| |||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||
seq2  TGTAAAACAATTCAAGTGCTGTGTGAGTGAAGCAGGTGAAATAAAAGGGA  147

seq1  A-GTTTGCGAATGTGAA-GAAGCCTGCTTT--CCA-GCTTGGGGAAAAA-  183
      | ||||||||||||||| |||| |||||||  ||| |||| |||||||| 
seq2  AGGTTTGCGAATGTGAAGGAAGTCTGCTTTTCCCAGGCTTTGGGAAAAAA  197

seq1  --GAATAC-AAGACA-GTTTGGAAA--TAGTGAGGT-CACAGA-TGCAGT  225
         ||||| |||||| |||||||||   |||||||| |||||| ||||||
seq2  AGAAATACAAAGACAGGTTTGGAAAATAAGTGAGGTCCACAGATTGCAGT  247

seq1  GGAA-CCATTA-GGAGAGATAGTAAGAGCTGAG-AGGGGTGTGTCATTTG  272
      |||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  GGAACCCATTAGGGAGAGATAGTAAGAGCTGAGAAGGGGTGTGTCAATTG  297

seq1  T-GGGTGGGAAACAAGGCTAGTG-AGCATGTGCAGGATCTGTCCACACTG  320
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGGGAAACAAGGCTAGTGAAGCATGTGCAGGATCTGTCCACACTG  347

seq1  AGATTTAGACCAT-AAGTATGACCTATACCA--TTCCAAG-ATATATGCA  366
      ||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||| |||||||||
seq2  AGATTTAGACCATAAAGTATGACCTATACCAATTCCCAAGAATATATGCA  397

seq1  AAAACAATATTCTGCACTCAACCTTTGAGAGTAAGTCAC-AACATTTACG  415
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAACAATATTCTGCACTCAACCTTTGAGAGTAAGTCACAAACATTTACG  447

seq1  GGGGTCCTGAGCAGGCCTTTCACCTGCTCACTCTGAGGAGGCTCTATACT  465
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGT-CTGAGCAGGCCTTTCACCTGCTCACTCTGAGGAGGCTCTATACT  496

seq1  AATGGAAGATCTGACATATTCTACTTCATGTTTCTATAGTAGAAGTCCTT  515
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAGATCTGACATATTCTACTTCATGTTTCTATAGTAGAAGTCCTT  546

seq1  CCATGTACTAACAGATGAAGCTGCATCATACTTCAAATTATTTTCCTGTA  565
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTACTAACAGATGAAGCTGCATCATACTTCAAATTATTTTCCTGTA  596

seq1  ATACAAACAAAATCACGTTGGATTTAAAAGAACCTATCAAATGGTGTGTG  615
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAACAAAATCACGTTGGATTTAAAAGAACCTATCAAATGGTGTGTG  646

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAGTGTATATGTATG  665
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAGTGTATATGTATG  696

seq1  TGTGTATGTGTGTGTATGAATGTGTATATGTACATGTATGTATATGTGTG  715
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGTGTGTGTATGAATGTGTATATGTACATGTATGTATATGTGTG  746

seq1  TATGTGTATGTGGCATGTACACCTACATACATATACATGTAGTCATACTA  765
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTATGTGGCATGTACACCTACATACATATACATGTAGTCATACTA  796

seq1  CTTTTCCGCAGTGTACAGATAAGTACTTTCTATACAGATACAGATCCATA  815
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCGCAGTGTACAGATAAGTACTTTCTATACAGATACAGATCCATA  846

seq1  CTTTCAGTGAGTCCTTGAAAGTAATCTGCCTCTGCACTGAAGAGTCTACA  865
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGTGAGTCCTTGAAAGTAATCTGCCTCTGCACTGAAGAGTCTACA  896

seq1  GGTCCATTCAAAATTTACTGAGGAACAGGCCCTGGTTTACTGAAAAGGAA  915
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCATTCAAAATTTACTGAGGAACAGGCCCTGGTTTACTGAAAAGGAA  946

seq1  CTTGCCTGCAGGTTTCCCATGCTCTGCATCTCACTGAAAAGCAGCAACAG  965
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTGCAGGTTTCCCATGCTCTGCATCTCACTGAAAAGCAGCAACAG  996

seq1  AATTTGAAAATAAATAAATAAAAATAAAAACAACAACAAAACAAACTGAA  1015
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAAAATAAATAAATAAAAATAAAAACAACAACAAAACAAACTGAA  1046

seq1  AGAAACAAACAAAAACACCCACATTTCCTAGCTGTAATTTAACAAATGCT  1065
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAAACAAAAACACCCACATTTCCTAGCTGTAATTTAACAAATGCT  1096

seq1  TGTTCAACATGGAACTACAAACACAACACCATTGGCATCATTTTGGAGTT  1115
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAACATGGAACTACAAACACAACACCATTGGCATCATTTTGGAGTT  1146

seq1  CTGTAGTGCACACTATCTAATGCCTTTAAGCAGATGGAATTC  1157
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGTGCACACTATCTAATGCCTTTAAGCAGATGGAATTC  1188


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |