BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233C07
Chromosome15 (Build37)
Map Location 66,733,199 - 66,892,342
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWisp1, Ndrg1, LOC100040667
Upstream geneOc90, F930104E18Rik, LOC100040835, Kcnq3, Lrrc6, LOC100040860, Tmem71, LOC100040881, Phf20l1, Tg, Sla
Downstream geneSt3gal1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233C07.bB6Ng01-233C07.g
ACCGA045288GA045289
length1,1211,140
definitionB6Ng01-233C07.b B6Ng01-233C07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,891,217 - 66,892,342)(66,733,199 - 66,734,342)
sequence
gaattcttcccctgtgcctctcatacataatgtcaatacttaatgcatat
atgcaatacttatgccaataaggcaaagtcctatatctacagcagaagga
aacccatagatacataagtgactgttacaggagcatggtgataagatatg
aaggatatgaaaggttcaaagtgtgccaggggacctggaagaggagaaga
gggaacaggtagggtgagaagttccctgggtgggaaatgattaattcagg
ctggacattgccaggacaagaagctgaatggaggagtgatagcttagaca
tcggacacaggacagagcagttggtatctggaaacagattatggtttgga
atcaaaacaacttgtctgttttgttgttgtttcccaactatgagtcatac
aaagtcatagaggtttggagagaggctagggagatgattctgttagtaaa
gccattcctttgccaggcagtggtagcacatgactttaatcccagcactt
aggaggcagaggcaggcagatttctgagttcaaggccggcctggtctaca
gagtgagttcgaagacagccagggctacagagagaaatcctgtcttgaaa
caaaaaagaaacaaaccaaaacaagtgttcctttggtggcatgaagggtt
tgatcattgggatccatactaacaaagaaagaaagaaaacataggtgtgg
tgtcctgtgtttgaagtctcaccactaagatgatggagacagatggatcc
caagggctccctgggcaagtagcttagcctacttggtgaactccaggaca
gtaggagatcctgtcttttaaaaataaggtgaatagggcctgagcaacaa
cagctgagattgtctcctggcatgcaatctcgcacacacaaacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacactccacccaggctt
ggatatgggatgctccttgctgcagtaagagcccctccagaggatggatt
tccagtgtgagaaggccagaggaagaagagggagaagtccagtaattctg
aagcacgacctagcatatgaggagcctgggatcctgctggataaggataa
agatgcatgcaaagagactgg

gaattcagtgccagaagcacattgtaaaaggagttttatgtgaaccacgt
caatttggaaggaccaaggagcttttattcttatttctcttttcctttct
cagtccttcctactcagccttctccttacttgatggtttatttttctctt
ttcttccttcttaaggatactacagggtcccagggtactgtgtctgcaca
gatgcatctgtctagtttggggtaggcgcattgactgcttgtgttgtgac
agccagggctctcttagaagagggcagggatcctgtagggacagaaagga
cagaatcccaagaaaagtatgggtgcagaaaagggcttgtaatgctctaa
gacaatgttcctcccaagcaaggtgcttctgggaaattctatgtcacctt
aaagtgcacacggggctgctcctccctttgagtcaccaggaaattcctcc
catcctctcagtgcacccagggccctgctcccagatcttgtgaggctaag
ctttgccagctattgggcttgcctgcatgcctgttgcttccacggggatg
tctacagacttacaatttgtattctgagtccaaggttcaccaggtcttgt
tctatttggccaccagaggccccaggagaagtcctccccatggttttttc
acaaaagcaaatgagttatttacttaaaagctttagagaaggtgctgaga
aactggctctgtagtctgtagtaatgggcactcacttctcttccagagga
ccagagtttggttcctagaatctgtgtccagcagatcatgacccctctat
gattctagctggaggggatccgataccctcctctcatctgtatgagcata
tgaacacacgtagcatacacacagacacactgacacacacacatatatat
atatatatatatatacatatacacacactaataattgttgttgttgttat
tattaattattatattatataaaacattttttttcctaacccttagggca
gagaagactgatccctttcccttgacctccttagtgacctctacagatca
gttggcagatcactttagactctctaaggcccagtttcctcaccaccttc
tgaggaatcagcaaggccactttggaatgtagacaatatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_66891217_66892342
seq2: B6Ng01-233C07.b_48_1168 (reverse)

seq1  CCAGTCTCTCTGCACTGCATCTTTATCCCTTATCCAGCCAGATACCCCAG  50
      ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||  |||  |||||
seq2  CCAGTCTCTTTGCA-TGCATCTTTAT-CCTTATCCAGCAGGAT--CCCAG  46

seq1  GCTCCTCATATGCTTAGGTCTTGCTTCAGAAATCTACTGGACTTCT-CCT  99
      ||||||||||||| |||||| ||||||||||   |||||||||||| |||
seq2  GCTCCTCATATGC-TAGGTCGTGCTTCAGAA--TTACTGGACTTCTCCCT  93

seq1  C-TCTTCCTCTGGCC-TCTCACACTGAAAATCCATCCTCTGGA-GGGCTC  146
      | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  CTTCTTCCTCTGGCCTTCTCACACTGGAAATCCATCCTCTGGAGGGGCTC  143

seq1  CTACCTGCAGCAAGGAGCATCCCATTATCCAAGCCTGGGTGGAGTGTGTG  196
       || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTA-CTGCAGCAAGGAGCATCCCA-TATCCAAGCCTGGGTGGAGTGTGTG  191

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGCG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGCG  241

seq1  AGATTGCATGCCAGGAGACAATCTCAGCTGTTGTTGCTCAGGCCCTATTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCATGCCAGGAGACAATCTCAGCTGTTGTTGCTCAGGCCCTATTC  291

seq1  ACCTTATTTTTAAAAGACAGGATCTCCTACTGTCCTGGAGTTCACCAAGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTATTTTTAAAAGACAGGATCTCCTACTGTCCTGGAGTTCACCAAGT  341

seq1  AGGCTAAGCTACTTGCCCAGGGAGCCCTTGGGATCCATCTGTCTCCATCA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAAGCTACTTGCCCAGGGAGCCCTTGGGATCCATCTGTCTCCATCA  391

seq1  TCTTAGTGGTGAGACTTCAAACACAGGACACCACACCTATGTTTTCTTTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTGGTGAGACTTCAAACACAGGACACCACACCTATGTTTTCTTTC  441

seq1  TTTCTTTGTTAGTATGGATCCCAATGATCAAACCCTTCATGCCACCAAAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGTTAGTATGGATCCCAATGATCAAACCCTTCATGCCACCAAAG  491

seq1  GAACACTTGTTTTGGTTTGTTTCTTTTTTGTTTCAAGACAGGATTTCTCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACTTGTTTTGGTTTGTTTCTTTTTTGTTTCAAGACAGGATTTCTCT  541

seq1  CTGTAGCCCTGGCTGTCTTCGAACTCACTCTGTAGACCAGGCCGGCCTTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGCCCTGGCTGTCTTCGAACTCACTCTGTAGACCAGGCCGGCCTTG  591

seq1  AACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCTAAGTGCTGGGATTAAAGTCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCTAAGTGCTGGGATTAAAGTCA  641

seq1  TGTGCTACCACTGCCTGGCAAAGGAATGGCTTTACTAACAGAATCATCTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTACCACTGCCTGGCAAAGGAATGGCTTTACTAACAGAATCATCTC  691

seq1  CCTAGCCTCTCTCCAAACCTCTATGACTTTGTATGACTCATAGTTGGGAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCCTCTCTCCAAACCTCTATGACTTTGTATGACTCATAGTTGGGAA  741

seq1  ACAACAACAAAACAGACAAGTTGTTTTGATTCCAAACCATAATCTGTTTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAAAACAGACAAGTTGTTTTGATTCCAAACCATAATCTGTTTC  791

seq1  CAGATACCAACTGCTCTGTCCTGTGTCCGATGTCTAAGCTATCACTCCTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACCAACTGCTCTGTCCTGTGTCCGATGTCTAAGCTATCACTCCTC  841

seq1  CATTCAGCTTCTTGTCCTGGCAATGTCCAGCCTGAATTAATCATTTCCCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGCTTCTTGTCCTGGCAATGTCCAGCCTGAATTAATCATTTCCCA  891

seq1  CCCAGGGAACTTCTCACCCTACCTGTTCCCTCTTCTCCTCTTCCAGGTCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGAACTTCTCACCCTACCTGTTCCCTCTTCTCCTCTTCCAGGTCC  941

seq1  CCTGGCACACTTTGAACCTTTCATATCCTTCATATCTTATCACCATGCTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCACACTTTGAACCTTTCATATCCTTCATATCTTATCACCATGCTC  991

seq1  CTGTAACAGTCACTTATGTATCTATGGGTTTCCTTCTGCTGTAGATATAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACAGTCACTTATGTATCTATGGGTTTCCTTCTGCTGTAGATATAG  1041

seq1  GACTTTGCCTTATTGGCATAAGTATTGCATATATGCATTAAGTATTGACA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGCCTTATTGGCATAAGTATTGCATATATGCATTAAGTATTGACA  1091

seq1  TTATGTATGAGAGGCACAGGGGAAGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATGAGAGGCACAGGGGAAGAATTC  1121


seq1: chr15_66733199_66734342
seq2: B6Ng01-233C07.g_68_1207

seq1  GAATTCAGTGCCAGAAGCACATTGTAAAAGGAGTTTTATGTGAACCACGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGCCAGAAGCACATTGTAAAAGGAGTTTTATGTGAACCACGT  50

seq1  CAATTTGGAAGGACCAAGGAGCTTTTATTCTTATTTCTCTTTTCCTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGGAAGGACCAAGGAGCTTTTATTCTTATTTCTCTTTTCCTTTCT  100

seq1  CAGTCCTTCCTACTCAGCCTTCTCCTTACTTGATGGTTTATTTTTCTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTTCCTACTCAGCCTTCTCCTTACTTGATGGTTTATTTTTCTCTT  150

seq1  TTCTTCCTTCTTAAGGATACTACAGGGTCCCAGGGTACTGTGTCTGCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTTCTTAAGGATACTACAGGGTCCCAGGGTACTGTGTCTGCACA  200

seq1  GATGCATCTGTCTAGTTTGGGGTAGGCGCATTGACTGCTTGTGTTGTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCATCTGTCTAGTTTGGGGTAGGCGCATTGACTGCTTGTGTTGTGAC  250

seq1  AGCCAGGGCTCTCTTAGAAGAGGGCAGGGATCCTGTAGGGACAGAAAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGGCTCTCTTAGAAGAGGGCAGGGATCCTGTAGGGACAGAAAGGA  300

seq1  CAGAATCCCAAGAAAAGTATGGGTGCAGAAAAGGGCTTGTAATGCTCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCCCAAGAAAAGTATGGGTGCAGAAAAGGGCTTGTAATGCTCTAA  350

seq1  GACAATGTTCCTCCCAAGCAAGGTGCTTCTGGGAAATTCTATGTCACCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATGTTCCTCCCAAGCAAGGTGCTTCTGGGAAATTCTATGTCACCTT  400

seq1  AAAGTGCACACGGGGCTGCTCCTCCCTTTGAGTCACCAGGAAATTCCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCACACGGGGCTGCTCCTCCCTTTGAGTCACCAGGAAATTCCTCC  450

seq1  CATCCTCTCAGTGCACCCAGGGCCCTGCTCCCAGATCTTGTGAGGCTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCTCAGTGCACCCAGGGCCCTGCTCCCAGATCTTGTGAGGCTAAG  500

seq1  CTTTGCCAGCTATTGGGCTTGCCTGCATGCCTGTTGCTTCCACGGGGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCAGCTATTGGGCTTGCCTGCATGCCTGTTGCTTCCACGGGGATG  550

seq1  TCTACAGACTTACAATTTGTATTCTGAGTCCAAGGTTCACCAGGTCTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGACTTACAATTTGTATTCTGAGTCCAAGGTTCACCAGGTCTTGT  600

seq1  TCTATTTGGCCACCAGAGGCCCCAGGAGAAGTCCTCCCCATGGTTTTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTGGCCACCAGAGGCCCCAGGAGAAGTCCTCCCCATGGTTTTTTC  650

seq1  ACAAAAGCAAATGAGTTATTTACTTAAAAGCTTTAGAGAAGGTGCTGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGCAAATGAGTTATTTACTTAAAAGCTTTAGAGAAGGTGCTGAGA  700

seq1  AACTGGCTCTGTAGTCTGTAGTAATGGGCACTCACTTCTCTTCCAGAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGCTCTGTAGTCTGTAGTAATGGGCACTCACTTCTCTTCCAGAGGA  750

seq1  CCAGAGTTTGGTTCCTAGAATCTGTGTCCAGCAGATCATGACCCCTCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTTTGGTTCCTAGAATCTGTGTCCAGCAGATCATGACCCCTCTAT  800

seq1  GATTCTAGCTGGAGGGGATCCGATACCCTCCTCTCATCTGTATGAGCATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTAGCTGGAGGGGATCCGATACCCTCCTCTCATCTGTATGAGCATA  850

seq1  TGAACACACGTAGCATACACACAGACACACTGACACACACACATATATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACACGTAGCATACACACAGACACACTGACACACACACATATATAT  900

seq1  ATATATATATATATACATATACACACACTAATAATTGTTGTTGTTGTTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATACATATACACACACTAATAATTGTTGTTGTTGTTAT  950

seq1  TATT-ATTATTATTATTATATAAAACA--TTTTTTCCTAAACCTTAGGGC  997
      |||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||
seq2  TATTAATTATTA-TATTATATAAAACATTTTTTTTCCTAACCCTTAGGGC  999

seq1  AGAGAAGAACTTGATCCC-TTCCCCTGA-CTCCTTAGGTGACCTTCTACA  1045
      ||||||||   ||||||| ||||| ||| ||||||| |||||| ||||||
seq2  AGAGAAGA--CTGATCCCTTTCCCTTGACCTCCTTA-GTGACC-TCTACA  1045

seq1  GACCAATTGGCAGATCACTTAAGACTCTCTAAGGGCCCCAG-TTCCTCAC  1094
      || || |||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||
seq2  GATCAGTTGGCAGATCACTTTAGACTCTCTAAGG--CCCAGTTTCCTCAC  1093

seq1  CAC--TCTGAGGAAAATCAGCAGGCCCACTTTGTAATTTGTTAGACAATA  1142
      |||  |||||||  |||||||| | |||||||| |||    |||||||||
seq2  CACCTTCTGAGG--AATCAGCAAGGCCACTTTGGAAT---GTAGACAATA  1138

seq1  TG  1144
      ||
seq2  TG  1140


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |