BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234E18
Chromosome15 (Build37)
Map Location 54,316,157 - 54,483,271
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMal2
Upstream geneSamd12, EG665097, EG621631, Tnfrsf11b, LOC665280, EG383032, Colec10
Downstream geneNov, LOC665302, LOC100039816, Enpp2, LOC100039911, LOC100039822, Taf2, 2600005O03Rik, Depdc6, Col14a1, Mrpl13, Mtbp, Sntb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234E18.bB6Ng01-234E18.g
ACCGA046101GA046102
length1,1751,097
definitionB6Ng01-234E18.b B6Ng01-234E18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,316,157 - 54,317,324)(54,482,171 - 54,483,271)
sequence
gaattcctgcctgtccctaacatttacacatgttaattaaacttcagccc
ttgggactctgaacaagttccagtagagaaatttcagagactcccaagga
ggaagaatggatgaagaaagataaacgttaatggcaacagagaaaataaa
tctagaaagaagaaaatgagaactgtaagggaaaacccaacaaatgtaca
ttgaataccatagaattttaaaagaattatgaagtcctgtactttacatt
ccaggatttgagcagtggtgacatcaacaccaagaaatgttctccagtgt
cactcagagcagaagatgaattaacaaagaaaggtgtgcattgaaagagg
actccatggcacattcatacttctgactacagaatgactttgaaatgatg
ttaatagtaagaactttcaagaaatttatgagaatagatgataaaatata
ttaaggcacaatctaatgagcaacgtttctgcttattgagactttcaagg
ttgcatttatttaaggaaaacttataaaccgagggcaacttcagtggaag
ctccagaaagaaacaaacaggaaattagatcccagtaaaagtaaccgata
acttcacttaacattgcagggaataaaaaggaaaagtgtctagcctgatc
tagcctcactaggaattcaattctgttagatatttggaagaaatttttat
aaacttaatcataaaaaaattttaaaaagtatgtgataaaggaaaatatt
tttgacagctgaggtatttatgaatcataaaataggaaaggggtaagaac
ttctgcagtagagtttaccaatgattatcagtatccgtcctttcaggatt
ttggtgtctgaattgtagttttccctttctaccaagttatcagatttccc
tcatattattgcctggggaattttaggctcttaatagctgatcactatca
ctctagtaatatttgctaaaggatgagaagttgcaaacccaattgggaat
taaggaaaaaatgcttaaggtcaccttgcataaagttcatatctctctag
ctggtgggtgtttgctagtatatcttatttcctaaatgcaggaggagctt
agaattgggaggtaaggagtacatatgaactacatatggttgtacgtatg
gtatgggtgtgttcctatggtgttg
gaattcaagggtcacaagagtctccagtttagaagtgggggtcatgatgg
ggagggtcatagacttgagtattggattggcacattaagtggtgcacagt
ctagtcaagactagatatgacaccatctccaagtaaatggtatcagaatt
gatgtgaattataggacatatagctagtatgtattgcagaactattcagt
ctacgagaaataccagtattccgtagtgttcagcactgaaatgtttgtgt
taactagtatgtcaggttaaaacaaaaaggaatcctcttccctcattttt
agaagaactaagagaacagagagaacatttgtaatttggtaagactatca
agtagtttatgtactttctagtttagttgacgttccctggatgctgcact
gagaggcagtataaaaagatggttgaactcgagtttcagtttgacattga
ctcaccctatggtcctaggaagacaattgctcttattctcaatttccttg
ataagattggcgacaacaaaaaggacttgtttgtgaagagaaatgaggga
attgctcagagtgcacttaacacactttctcattttgttgacttctggct
acgacactatactgtaatgcaatatcaagagtgaatgacgagctattgag
aaaatatttttgcctgggactcttgaggttggattttccgcttcactccc
atgtttgaacttagagactcttgttagcttccataaagtagagagccaac
ttcttggcctccttttctttgttcagagtctgctaagttagagaccaagt
tccttttgactttgggagaaagatggaaagggataaccctttggtggata
ctattatcccatatttttggctttggagagatagttcacttacagtggat
gtcctgtcactgttaagcagacatagtgggggaagcttcccagtaactcc
gtgacagattcttctctcagattagctgccaagctttacttgggcccaag
gaacagttagccacgcagccaaggggaacagcttaaagcacttagagctt
ttaaacaactttctcttcataaaatataaaatatgtctattgtagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_54316157_54317324
seq2: B6Ng01-234E18.b_46_1220

seq1  GAATTCCTGCCTGTCCCTAACATTTACACATGTTAATTAAACTTCAGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCCTGTCCCTAACATTTACACATGTTAATTAAACTTCAGCCC  50

seq1  TTGGGACTCTGAACAAGTTCCAGTAGAGAAATTTCAGAGACTCCCAAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGACTCTGAACAAGTTCCAGTAGAGAAATTTCAGAGACTCCCAAGGA  100

seq1  GGAAGAATGGATGAAGAAAGATAAACGTTAATGGCAACAGAGAAAATAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAATGGATGAAGAAAGATAAACGTTAATGGCAACAGAGAAAATAAA  150

seq1  TCTAGAAAGAAGAAAATGAGAACTGTAAGGGAAAACCCAACAAATGTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAAAGAAGAAAATGAGAACTGTAAGGGAAAACCCAACAAATGTACA  200

seq1  TTGAATACCATAGAATTTTAAAAGAATTATGAAGTCCTGTACTTTACATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATACCATAGAATTTTAAAAGAATTATGAAGTCCTGTACTTTACATT  250

seq1  CCAGGATTTGAGCAGTGGTGACATCAACACCAAGAAATGTTCTCCAGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATTTGAGCAGTGGTGACATCAACACCAAGAAATGTTCTCCAGTGT  300

seq1  CACTCAGAGCAGAAGATGAATTAACAAAGAAAGGTGTGCATTGAAAGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGAGCAGAAGATGAATTAACAAAGAAAGGTGTGCATTGAAAGAGG  350

seq1  ACTCCATGGCACATTCATACTTCTGACTACAGAATGACTTTGAAATGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCATGGCACATTCATACTTCTGACTACAGAATGACTTTGAAATGATG  400

seq1  TTAATAGTAAGAACTTTCAAGAAATTTATGAGAATAGATGATAAAATATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGTAAGAACTTTCAAGAAATTTATGAGAATAGATGATAAAATATA  450

seq1  TTAAGGCACAATCTAATGAGCAACGTTTCTGCTTATTGAGACTTTCAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCACAATCTAATGAGCAACGTTTCTGCTTATTGAGACTTTCAAGG  500

seq1  TTGCATTTATTTAAGGAAAACTTATAAACCGAGGGCAACTTCAGTGGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTTATTTAAGGAAAACTTATAAACCGAGGGCAACTTCAGTGGAAG  550

seq1  CTCCAGAAAGAAACAAACAGGAAATTAGATCCCAGTAAAAGTAACCGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGAAAGAAACAAACAGGAAATTAGATCCCAGTAAAAGTAACCGATA  600

seq1  ACTTCACTTAACATTGCAGGGAATAAAAAGGAAAAGTGTCTAGCCTGATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCACTTAACATTGCAGGGAATAAAAAGGAAAAGTGTCTAGCCTGATC  650

seq1  TAGCCTCACTAGGAATTCAATTCTGTTAGATATTTGGAAGAAATTTTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTCACTAGGAATTCAATTCTGTTAGATATTTGGAAGAAATTTTTAT  700

seq1  AAACTTAATCATAAAAAAATTTTAAAAAGTATGTGATAAAGGAAAATATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTAATCATAAAAAAATTTTAAAAAGTATGTGATAAAGGAAAATATT  750

seq1  TTTGACAGCTGAGGTATTTATGAATCATAAAATAGGAAAGGGGTAAGAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAGCTGAGGTATTTATGAATCATAAAATAGGAAAGGGGTAAGAAC  800

seq1  TTCTGCAGTAGAGTTTACCAATGATTATCAGTATCCGTCCTTTCAGGATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCAGTAGAGTTTACCAATGATTATCAGTATCCGTCCTTTCAGGATT  850

seq1  TTGGTGTCTGAATTGTAGTTTTCCCTTTCTACCAAGTTATCAGATTT-CC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTGGTGTCTGAATTGTAGTTTTCCCTTTCTACCAAGTTATCAGATTTCCC  900

seq1  TCATATTATTGCCT-GGGAATTTTAGGCTCTTAATAGCTGATCACTATCA  948
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTATTGCCTGGGGAATTTTAGGCTCTTAATAGCTGATCACTATCA  950

seq1  CTCTAGTAATATTTGCT-AAGGATGAGAAGTTGCAAA-CCAATT-GGAAT  995
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  CTCTAGTAATATTTGCTAAAGGATGAGAAGTTGCAAACCCAATTGGGAAT  1000

seq1  TAAGGAAAAAATGCTTAAAGTCACCTTGCAATAAAGTTCATTATCTCTCT  1045
      |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  TAAGGAAAAAATGCTTAAGGTCACCTTGC-ATAAAGTTCA-TATCTCTCT  1048

seq1  AAGCTG--TGGTGTTTGCTAGTATATCTTATTTCCTAAATGCAAAGAGAG  1093
       |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||
seq2  -AGCTGGTGGGTGTTTGCTAGTATATCTTATTTCCTAAATGCAGGAGGAG  1097

seq1  CCTAGAATTTGGAGTTAA-GAGTACATATTGACTACCATATG--TGTACG  1140
      | ||||||| |||| ||| ||||||||||  |||| ||||||  ||||||
seq2  CTTAGAATTGGGAGGTAAGGAGTACATATGAACTA-CATATGGTTGTACG  1146

seq1  TAT-GTATGTGTGTATTCTTATGGTGTTG  1168
      ||| ||||| |||| ||| ||||||||||
seq2  TATGGTATGGGTGTGTTCCTATGGTGTTG  1175

seq1: chr15_54482171_54483271
seq2: B6Ng01-234E18.g_67_1163 (reverse)

seq1  TTCTACAATAAACATTATTTTATA-TTTATGAAGAGAAAGGTTGTGTTTT  49
      |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||   |||
seq2  TTCTACAATAGACA-TATTTTATATTTTATGAAGAGAAA-GTTG---TTT  45

seq1  AAAAGCTCTTAAGTGCTTTAAGCTGTTCCCCTTGGCTGCGT-GCTAACTG  98
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAAAGCTC-TAAGTGCTTTAAGCTGTTCCCCTTGGCTGCGTGGCTAACTG  94

seq1  TTCCTTTGGGCCCAAGT-AAGCTTGGCAAGCTTATCTGAGAGAAGAATCT  147
      |||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  TTCC-TTGGGCCCAAGTAAAGCTTGGC-AGCTAATCTGAGAGAAGAATCT  142

seq1  GTCACGGAGTTACTGGG-AGCTT-CCCCACTATGTCCTGCTTAACAGTGA  195
      ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTCACGGAGTTACTGGGAAGCTTCCCCCACTATGT-CTGCTTAACAGTGA  191

seq1  CAGGACATCCACTGTAAGTGAACTATCTCTCCAAAGCCAAAAATATGGGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACATCCACTGTAAGTGAACTATCTCTCCAAAGCCAAAAATATGGGA  241

seq1  TAATAGTATCCACCAAAGGGTTATCCCTTTCCATCTTTCTCCCAAAGTCA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGTATCCACCAAAGGGTTATCCCTTTCCATCTTTCTCCCAAAGTCA  291

seq1  AAAGGAACTTGGTCTCTAACTTAGCAGACTCTGAACAAAGAAAAGGAGGC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAACTTGGTCTCTAACTTAGCAGACTCTGAACAAAGAAAAGGAGGC  341

seq1  CAAGAAGTTGGCTCTCTACTTTATGGAAGCTAACAAGAGTCTCTAAGTTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGTTGGCTCTCTACTTTATGGAAGCTAACAAGAGTCTCTAAGTTC  391

seq1  AAACATGGGAGTGAAGCGGAAAATCCAACCTCAAGAGTCCCAGGCAAAAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGGGAGTGAAGCGGAAAATCCAACCTCAAGAGTCCCAGGCAAAAA  441

seq1  TATTTTCTCAATAGCTCGTCATTCACTCTTGATATTGCATTACAGTATAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTCAATAGCTCGTCATTCACTCTTGATATTGCATTACAGTATAG  491

seq1  TGTCGTAGCCAGAAGTCAACAAAATGAGAAAGTGTGTTAAGTGCACTCTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGTAGCCAGAAGTCAACAAAATGAGAAAGTGTGTTAAGTGCACTCTG  541

seq1  AGCAATTCCCTCATTTCTCTTCACAAACAAGTCCTTTTTGTTGTCGCCAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTCCCTCATTTCTCTTCACAAACAAGTCCTTTTTGTTGTCGCCAA  591

seq1  TCTTATCAAGGAAATTGAGAATAAGAGCAATTGTCTTCCTAGGACCATAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATCAAGGAAATTGAGAATAAGAGCAATTGTCTTCCTAGGACCATAG  641

seq1  GGTGAGTCAATGTCAAACTGAAACTCGAGTTCAACCATCTTTTTATACTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGTCAATGTCAAACTGAAACTCGAGTTCAACCATCTTTTTATACTG  691

seq1  CCTCTCAGTGCAGCATCCAGGGAACGTCAACTAAACTAGAAAGTACATAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCAGTGCAGCATCCAGGGAACGTCAACTAAACTAGAAAGTACATAA  741

seq1  ACTACTTGATAGTCTTACCAAATTACAAATGTTCTCTCTGTTCTCTTAGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTTGATAGTCTTACCAAATTACAAATGTTCTCTCTGTTCTCTTAGT  791

seq1  TCTTCTAAAAATGAGGGAAGAGGATTCCTTTTTGTTTTAACCTGACATAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAAAAATGAGGGAAGAGGATTCCTTTTTGTTTTAACCTGACATAC  841

seq1  TAGTTAACACAAACATTTCAGTGCTGAACACTACGGAATACTGGTATTTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAACACAAACATTTCAGTGCTGAACACTACGGAATACTGGTATTTC  891

seq1  TCGTAGACTGAATAGTTCTGCAATACATACTAGCTATATGTCCTATAATT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTAGACTGAATAGTTCTGCAATACATACTAGCTATATGTCCTATAATT  941

seq1  CACATCAATTCTGATACCATTTACTTGGAGATGGTGTCATATCTAGTCTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCAATTCTGATACCATTTACTTGGAGATGGTGTCATATCTAGTCTT  991

seq1  GACTAGACTGTGCACCACTTAATGTGCCAATCCAATACTCAAGTCTATGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGACTGTGCACCACTTAATGTGCCAATCCAATACTCAAGTCTATGA  1041

seq1  CCCTCCCCATCATGACCCCCACTTCTAAACTGGAGACTCTTGTGACCCTT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCATCATGACCCCCACTTCTAAACTGGAGACTCTTGTGACCCTT  1091

seq1  GAATTC  1101
      ||||||
seq2  GAATTC  1097