BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235D21
Chromosome15 (Build37)
Map Location 13,196,727 - 13,355,089
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039907, LOC666686
Upstream geneMtmr12, LOC100039846, Golph3, Pdzd2, LOC100040109, 6030458C11Rik, Rnasen, Cdh6
Downstream geneLOC239338, LOC666708
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235D21.bB6Ng01-235D21.g
ACCGA046765GA046766
length1,130957
definitionB6Ng01-235D21.b B6Ng01-235D21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,353,957 - 13,355,089)(13,196,727 - 13,197,346)
sequence
gaattcatttagacagtacattttgtgtgtgcatctacttgcaggtcagt
acatccacctaggcacacagttgttagctacatgaacttttgttcatgtc
ttctctgaagctgaaatttatttagtatttgttgttgttgttgttgtttg
tttgtttgcatatagctcaagacaccactattacccagtccactggagta
ggttctatgggtgctattttccagaatagtcatctgacatgtgcttcctc
taattcccttaaaaggtttgttgtctcagttaaaccagcaaaagcctaga
gaccgccctttcatctcaggaattactgtctaaaagattaataaactcta
catgcattcttctataaggggaacatgggacatttttattgttctgtaca
tgatttgtgcaaacacaactactaatatattgatagaatacaaacaaaag
ttttcgaaaaagcaatgataggatccaataaaccaacttctaatcatttt
aaaaattaaaaggctattttaaatagaatttcgtcatggttcatgttagt
tgtcagcttcagagaatcatctgggaaccaagcctgttggcatgccagtg
ggggctacgttaattatgctcactggggtgacaagatcttcctattcttg
gtgacactcattctcagggccgagatcctatcctggtctgtataggatgg
ggaaagccatctgagcaccaatatgtatacacccctctgtatcttgattg
tggatgtaatgagaccagctgcttcaaggtcctattgccttgacttccct
gatatgttgaagtgtaccgtaaaccacaagccaaagtaagtgttttctcc
ctaagctgcttttttttcaaagaattttatcacagcaagaagaaacgata
gtgaggtagaaatcaaggagtactgtgctgcttctaatacaagacataca
tgataatgactccactgtaattttaaacacgattagagactttatggata
agcagattaaaataaattactctgagacactaatcatatttctaagtgtc
acagaatataaaaaattctgtatcatacaagaaaaactaatattattgaa
ggctttacttcatccatgatgaatcaagac

gaattcattagaggctcttcttatcttgggagttaggttttaacatgtga
cactgtcgtgggcctttcatattcaaatcacacaactctcagccaatcat
gaatgaatactctaactgaagagtatgtcatatttgtttatctgtttctc
agagcctgggttagtgtttggcacagcgggtgctccatagatatttattg
aatgaaaacactatgttcaaggagaggcagctaaaattaagaggcatttg
aggggtagtatggaaacctaatacagtagaaacgtcttaaaatatataca
tgtatgaagggaatctaagtgaggtaacaaaatagtgggggaaacagagt
tccaaatggctatctcttgtcattaaatgaagctttcagtaccaggattg
ggttacatctaactgggttgttggccagaggggctccatgggaatccaca
aaaaacccaggctattaccaaaactatacattgttctttacaaactggaa
gcaaagtcccattgctgaagacaacatctacacaaagtctttgaagatgg
aaatgttcagccagtacctacttggaaccttcatccctgtgttccagtgt
ctttggcacaggaacgtactcttcactctcccaacaccaagccatacgca
aactctttgatctacagtggtatcatgcctgcaaaatatgctaggataat
ggtggcacaaaatttgtgtgagtaaccatccaatatctgatttgacttaa
gggttactttatgaaatggaacatatacccagtggtgctttgttgaccaa
gaatctgaaactagatagcccaggcacctagggtaaaaataaataataca
agtatgaaaaaaaaaaaaacaatgaaaatgactcctaatgatgttttgca
gtaaatcatagtttagtgccttgttcagatgtcatcagaagaagaattcg
tccttgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_13353957_13355089
seq2: B6Ng01-235D21.b_48_1177 (reverse)

seq1  GTCTTGA-TCATCATTGAATGAAAGTAAAACCCTTCAAATAAATATTA-T  48
      ||||||| |||||| || ||| |||| ||| |||||||   ||||||| |
seq2  GTCTTGATTCATCA-TGGATG-AAGT-AAAGCCTTCAA--TAATATTAGT  45

seq1  TTTTCTTGTATGATACAGATTTTTTTATATTCCTGTGACAACTTAGAAAT  98
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  TTTTCTTGTATGATACAGAATTTTTTATATT-CTGTGAC-ACTTAGAAAT  93

seq1  ATGATTAGTGTCTTCAGAGTAA-TTATTTTAATCTGCTTAT-CATAAAGT  146
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATGATTAGTGTC-TCAGAGTAATTTATTTTAATCTGCTTATCCATAAAGT  142

seq1  CTCTAATCGTGTTTAAAATTACAGTGGAGTCATTATCATGTATGTCTTGT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATCGTGTTTAAAATTACAGTGGAGTCATTATCATGTATGTCTTGT  192

seq1  ATTAGAAGCAGCACAGTACTCCTTGATTTCTACCTCACTATCGTTTCTTC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAAGCAGCACAGTACTCCTTGATTTCTACCTCACTATCGTTTCTTC  242

seq1  TTGCTGTGATAAAATTCTTTG-AAAAAAAGCAGCTTAGGGAGAAAACACT  295
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTGATAAAATTCTTTGAAAAAAAAGCAGCTTAGGGAGAAAACACT  292

seq1  TACTTTGGCTTGTGGTTTACGGTACACTTCAACATATCAGGGAAGTCAAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGGCTTGTGGTTTACGGTACACTTCAACATATCAGGGAAGTCAAG  342

seq1  GCAATAGGACCTTGAAGCAGCTGGTCTCATTACATCCACAATCAAGATAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAGGACCTTGAAGCAGCTGGTCTCATTACATCCACAATCAAGATAC  392

seq1  AGAGGGGTGTATACATATTGGTGCTCAGATGGCTTTCCCCATCCTATACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGGTGTATACATATTGGTGCTCAGATGGCTTTCCCCATCCTATACA  442

seq1  GACCAGGATAGGATCTCGGCCCTGAGAATGAGTGTCACCAAGAATAGGAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGGATAGGATCTCGGCCCTGAGAATGAGTGTCACCAAGAATAGGAA  492

seq1  GATCTTGTCACCCCAGTGAGCATAATTAACGTAGCCCCCACTGGCATGCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTGTCACCCCAGTGAGCATAATTAACGTAGCCCCCACTGGCATGCC  542

seq1  AACAGGCTTGGTTCCCAGATGATTCTCTGAAGCTGACAACTAACATGAAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCTTGGTTCCCAGATGATTCTCTGAAGCTGACAACTAACATGAAC  592

seq1  CATGACGAAATTCTATTTAAAATAGCCTTTTAATTTTTAAAATGATTAGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACGAAATTCTATTTAAAATAGCCTTTTAATTTTTAAAATGATTAGA  642

seq1  AGTTGGTTTATTGGATCCTATCATTGCTTTTTCGAAAACTTTTGTTTGTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTTTATTGGATCCTATCATTGCTTTTTCGAAAACTTTTGTTTGTA  692

seq1  TTCTATCAATATATTAGTAGTTGTGTTTGCACAAATCATGTACAGAACAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCAATATATTAGTAGTTGTGTTTGCACAAATCATGTACAGAACAA  742

seq1  TAAAAATGTCCCATGTTCCCCTTATAGAAGAATGCATGTAGAGTTTATTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATGTCCCATGTTCCCCTTATAGAAGAATGCATGTAGAGTTTATTA  792

seq1  ATCTTTTAGACAGTAATTCCTGAGATGAAAGGGCGGTCTCTAGGCTTTTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTAGACAGTAATTCCTGAGATGAAAGGGCGGTCTCTAGGCTTTTG  842

seq1  CTGGTTTAACTGAGACAACAAACCTTTTAAGGGAATTAGAGGAAGCACAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTAACTGAGACAACAAACCTTTTAAGGGAATTAGAGGAAGCACAT  892

seq1  GTCAGATGACTATTCTGGAAAATAGCACCCATAGAACCTACTCCAGTGGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATGACTATTCTGGAAAATAGCACCCATAGAACCTACTCCAGTGGA  942

seq1  CTGGGTAATAGTGGTGTCTTGAGCTATATGCAAACAAACAAACAACAACA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTAATAGTGGTGTCTTGAGCTATATGCAAACAAACAAACAACAACA  992

seq1  ACAACAACAAATACTAAATAAATTTCAGCTTCAGAGAAGACATGAACAAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAAATACTAAATAAATTTCAGCTTCAGAGAAGACATGAACAAA  1042

seq1  AGTTCATGTAGCTAACAACTGTGTGCCTAGGTGGATGTACTGACCTGCAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATGTAGCTAACAACTGTGTGCCTAGGTGGATGTACTGACCTGCAA  1092

seq1  GTAGATGCACACACAAAATGTACTGTCTAAATGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGCACACACAAAATGTACTGTCTAAATGAATTC  1130


seq1: chr15_13196727_13197346
seq2: B6Ng01-235D21.g_67_686

seq1  GAATTCATTAGAGGCTCTTCTTATCTTGGGAGTTAGGTTTTAACATGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAGAGGCTCTTCTTATCTTGGGAGTTAGGTTTTAACATGTGA  50

seq1  CACTGTCGTGGGCCTTTCATATTCAAATCACACAACTCTCAGCCAATCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCGTGGGCCTTTCATATTCAAATCACACAACTCTCAGCCAATCAT  100

seq1  GAATGAATACTCTAACTGAAGAGTATGTCATATTTGTTTATCTGTTTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAATACTCTAACTGAAGAGTATGTCATATTTGTTTATCTGTTTCTC  150

seq1  AGAGCCTGGGTTAGTGTTTGGCACAGCGGGTGCTCCATAGATATTTATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTGGGTTAGTGTTTGGCACAGCGGGTGCTCCATAGATATTTATTG  200

seq1  AATGAAAACACTATGTTCAAGGAGAGGCAGCTAAAATTAAGAGGCATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAACACTATGTTCAAGGAGAGGCAGCTAAAATTAAGAGGCATTTG  250

seq1  AGGGGTAGTATGGAAACCTAATACAGTAGAAACGTCTTAAAATATATACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTAGTATGGAAACCTAATACAGTAGAAACGTCTTAAAATATATACA  300

seq1  TGTATGAAGGGAATCTAAGTGAGGTAACAAAATAGTGGGGGAAACAGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGAAGGGAATCTAAGTGAGGTAACAAAATAGTGGGGGAAACAGAGT  350

seq1  TCCAAATGGCTATCTCTTGTCATTAAATGAAGCTTTCAGTACCAGGATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATGGCTATCTCTTGTCATTAAATGAAGCTTTCAGTACCAGGATTG  400

seq1  GGTTACATCTAACTGGGTTGTTGGCCAGAGGGGCTCCATGGGAATCCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACATCTAACTGGGTTGTTGGCCAGAGGGGCTCCATGGGAATCCACA  450

seq1  AAAAACCCAGGCTATTACCAAAACTATACATTGTTCTTTACAAACTGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCCAGGCTATTACCAAAACTATACATTGTTCTTTACAAACTGGAA  500

seq1  GCAAAGTCCCATTGCTGAAGACAACATCTACACAAAGTCTTTGAAGATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTCCCATTGCTGAAGACAACATCTACACAAAGTCTTTGAAGATGG  550

seq1  AAATGTTCAGCCAGTACCTACTTGGAACCTTCATCCCTGTGTTCCAGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTCAGCCAGTACCTACTTGGAACCTTCATCCCTGTGTTCCAGTGT  600

seq1  CTTTGGCACAGGAACGTACT  620
      ||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGCACAGGAACGTACT  620


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |