BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235F07
Chromosome15 (Build37)
Map Location 29,844,068 - 30,008,657
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC382975
Upstream genenone
Downstream geneCtnnd2, 9630009A06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235F07.bB6Ng01-235F07.g
ACCGA046832GA046833
length1,227887
definitionB6Ng01-235F07.b B6Ng01-235F07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,007,435 - 30,008,657)(29,844,068 - 29,844,950)
sequence
gaattccatagaatatacatctgagagaaatgacataattacttctgttg
ttatctgattatgattggatttatttttcctgtacatgtttaaagtttat
aataaagacaaactgaagatataatctaatttattttaagctgacctcct
tggagatactttgttttctattgttgttctagtgcattgaagcaatagta
agccatgtgtggtagctcacacccatcatcctcaccctcaggaggctgaa
gcagaaggatcatgagttcaaggctaacctttgctacacagtgaattcac
aaccaatttgggctgaatatatgagatccaaaaatccaaatgggataaaa
acataaaactggaaatatatttagagcatttagaagtctttcttttttag
tgttctcttaaaagcaatattcaggaggttttatacagcctctttgaagc
agatggatcacttgggactgttttatgaccctcctgtgcactgtttaact
gaatcaagaatttatgatatatgtagttaattgagacaaggaaggaaaga
ccactaggtcttatccactacccatgtaaataaatttacactaaggtaaa
aagatcatgaatggctctactgtaccacagactccctaccatctgtcact
ttaagaatgaagggaaaaatgaaaacaccaggaagtcacaggatgaaaga
aaaggagcaagttaaaaaggatccgttcttgtcaaaacagaaacagtcat
tgttagcaaacagtaagaagccacatctcctccattcttagctctaattt
gtatagttaaaaattcaaccaaactgcaaacaaagaacaagctagcaggt
aggaatagtagatttactttgtgtgggaaagtgagctttatcgttgattc
aatttgaagagtatctgttaatgtgcctcatgaacctgaagggaaattta
gacacactagaaattcctatgtggttctccaaagaagggaaaatcacttg
taggattaactttattgaagagttatatgcatattgtaatggttggggat
atcttgttcagaatatgggcaaatgtactcaggaatttggtctgggattt
ccgggccatccacctctggaactcttgttgaatgaccttgttaaagtgtt
tatgtatgttcagcccattaacatgcctagagtcgacttcggtcacaaca
gtcactgttcacgtgtcatgtagaagc
gaattccaatttgacagatatcagtactccaccctttgaaagtgttattc
ggccattctgtcttattcccttttctgtgcttggggagtaggttttctgt
gattctgttgaaacctgtgtcattttgctttagttttttgaagatttctt
aacatgttaatgtcctacagatattggaaaaattctttctagttaatcat
gaattaatcatgaatttaagggagagaaagaatagaactttggggtagtc
acctgggtctctggcctgatattgatgcattagaaagaaccatctctgtg
ctctgataacaaataaatgagaggtatgttggccaacaaaactcatagct
ctttcttctgttttatatagttaaggaaaaacaataaaaatcttgtataa
ctatgtaaaaatttgattagctcattcaactcttctcaaatgaagagtgt
taaaatttcctcaaggagctgaaggggtctgcaacactataggaagaaca
acaatatgaactaatcagtactccccagagcttgtgtctctagctgcata
tgaagcagaggatggcctagttggccattaatgggagaagaggcccttgg
tcttgtgaagatcatatgccccagtagagatgactgccaggattggatgg
tttcgggaacaggtctagggggagggtataggggactttggggatagcat
ttgaaatgtaaatgaagaaaatatctaataaaaataaaataaataaataa
cccagtatgagaactggctgtcacaattggtcatctgtcctcccctgagc
acatcatggtgcatatgcatacagacacaggcagacagacaaacagacga
tagatagaatggtagggtagggaggtagatcgataga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_30007435_30008657
seq2: B6Ng01-235F07.b_43_1269 (reverse)

seq1  GCTTCTTCATGACA-GTG-ACAGTGACTGTTGTTAAACAGAAGTGTCCCA  48
      |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||   || |||||      
seq2  GCTTCTACATGACACGTGAACAGTGACTGTTGT--GACCGAAGT------  42

seq1  GGCATCTTGAGCATGTTAAT-GGCTG-ACATACTTTTAACACTCTTACCA  96
       |  ||| | |||||||||| ||||| ||||||  | |||||| ||| ||
seq2  CGACTCTAG-GCATGTTAATGGGCTGAACATAC-ATAAACACT-TTAACA  89

seq1  AGACCCTTCA--CAGAGTTCCCAGAGGT-GATG--CCCGAAAT-CCAGAC  140
      ||  | ||||   |||||| |||||||| ||||  || ||||| ||||||
seq2  AGGTCATTCAACAAGAGTT-CCAGAGGTGGATGGCCCGGAAATCCCAGAC  138

seq1  CAAATTCTTGAAGTACATTTG-CCATA-TCTTGACAAG-TATCCCCAAAC  187
      ||||||| || |||||||||| ||||| |||  ||||| ||||||| |||
seq2  CAAATTCCTG-AGTACATTTGCCCATATTCTGAACAAGATATCCCC-AAC  186

seq1  CATTAC-ATATGGCATAT-ACTC-TCAATAAAGTTAATCCTACAAGTGAT  234
      |||||| |||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACAATAT-GCATATAACTCTTCAATAAAGTTAATCCTACAAGTGAT  235

seq1  TTT-CCTTCTTTGGAGAACCACATAGGAATTTCTAGTGTGTCTAAA-TTC  282
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTCCCTTCTTTGGAGAACCACATAGGAATTTCTAGTGTGTCTAAATTTC  285

seq1  CCTTCAGGTTCATGA-GCACATTAACAGATACTCTTCAAATTGAATCAAC  331
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGGTTCATGAGGCACATTAACAGATACTCTTCAAATTGAATCAAC  335

seq1  GATAAAGCTCACTTTCCCACACAAAGTAAATCTACTATTCCTACCTGCTA  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGCTCACTTTCCCACACAAAGTAAATCTACTATTCCTACCTGCTA  385

seq1  GCTTGTTCTTTGTTTGCAGTTTGGTTGAATTTTTAACTATACAAATTAGA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTTCTTTGTTTGCAGTTTGGTTGAATTTTTAACTATACAAATTAGA  435

seq1  GCTAAGAATGGAGGAGATGTGGCTTCTTACTGTTTGCTAACAATGACTGT  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGAATGGAGGAGATGTGGCTTCTTACTGTTTGCTAACAATGACTGT  485

seq1  TTCTGTTTTGACAAGAACGGATCCTTTTTAACTTGCTCCTTTTCTTTCAT  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTTTGACAAGAACGGATCCTTTTTAACTTGCTCCTTTTCTTTCAT  535

seq1  CCTGTGACTTCCTGGTGTTTTCATTTTTCCCTTCATTCTTAAAGTGACAG  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGACTTCCTGGTGTTTTCATTTTTCCCTTCATTCTTAAAGTGACAG  585

seq1  ATGGTAGGGAGTCTGTGGTACAGTAGAGCCATTCATGATCTTTTTACCTT  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGGGAGTCTGTGGTACAGTAGAGCCATTCATGATCTTTTTACCTT  635

seq1  AGTGTAAATTTATTTACATGGGTAGTGGATAAGACCTAGTGGTCTTTCCT  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAAATTTATTTACATGGGTAGTGGATAAGACCTAGTGGTCTTTCCT  685

seq1  TCCTTGTCTCAATTAACTACATATATCATAAATTCTTGATTCAGTTAAAC  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTCTCAATTAACTACATATATCATAAATTCTTGATTCAGTTAAAC  735

seq1  AGTGCACAGGAGGGTCATAAAACAGTCCCAAGTGATCCATCTGCTTCAAA  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCACAGGAGGGTCATAAAACAGTCCCAAGTGATCCATCTGCTTCAAA  785

seq1  GAGGCTGTATAAAACCTCCTGAATATTGCTTTTAAGAGAACACTAAAAAA  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGTATAAAACCTCCTGAATATTGCTTTTAAGAGAACACTAAAAAA  835

seq1  GAAAGACTTCTAAATGCTCTAAATATATTTCCAGTTTTATGTTTTTATCC  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACTTCTAAATGCTCTAAATATATTTCCAGTTTTATGTTTTTATCC  885

seq1  CATTTGGATTTTTGGATCTCATATATTCAGCCCAAATTGGTTGTGAATTC  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGGATTTTTGGATCTCATATATTCAGCCCAAATTGGTTGTGAATTC  935

seq1  ACTGTGTAGCAAAGGTTAGCCTTGAACTCATGATCCTTCTGCTTCAGCCT  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTAGCAAAGGTTAGCCTTGAACTCATGATCCTTCTGCTTCAGCCT  985

seq1  CCTGAGGGTGAGGATGATGGGTGTGAGCTACCACACATGGCTTACTATTG  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGGGTGAGGATGATGGGTGTGAGCTACCACACATGGCTTACTATTG  1035

seq1  CTTCAATGCACTAGAACAACAATAGAAAACAAAGTATCTCCAAGGAGGTC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAATGCACTAGAACAACAATAGAAAACAAAGTATCTCCAAGGAGGTC  1085

seq1  AGCTTAAAATAAATTAGATTATATCTTCAGTTTGTCTTTATTATAAACTT  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAAAATAAATTAGATTATATCTTCAGTTTGTCTTTATTATAAACTT  1135

seq1  TAAACATGTACAGGAAAAATAAATCCAATCATAATCAGATAACAACAGAA  1181
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATGTACAGGAAAAATAAATCCAATCATAATCAGATAACAACAGAA  1185

seq1  GTAATTATGTCATTTCTCTCAGATGTATATTCTATGGAATTC  1223
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTATGTCATTTCTCTCAGATGTATATTCTATGGAATTC  1227

seq1: chr15_29844068_29844950
seq2: B6Ng01-235F07.g_68_954

seq1  GAATTCCAATTTGACAGATATCAGTACTCCACCCTTTGAAAGTGTTATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATTTGACAGATATCAGTACTCCACCCTTTGAAAGTGTTATTC  50

seq1  GGCCATTCTGTCTTATTCCCTTTTCTGTGCTTGGGGAGTAGGTTTTCTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATTCTGTCTTATTCCCTTTTCTGTGCTTGGGGAGTAGGTTTTCTGT  100

seq1  GATTCTGTTGAAACCTGTGTCATTTTGCTTTAGTTTTTTGAAGATTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGTTGAAACCTGTGTCATTTTGCTTTAGTTTTTTGAAGATTTCTT  150

seq1  AACATGTTAATGTCCTACAGATATTGGAAAAATTCTTTCTAGTTAATCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTTAATGTCCTACAGATATTGGAAAAATTCTTTCTAGTTAATCAT  200

seq1  GAATTAATCATGAATTTAAGGGAGAGAAAGAATAGAACTTTGGGGTAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAATCATGAATTTAAGGGAGAGAAAGAATAGAACTTTGGGGTAGTC  250

seq1  ACCTGGGTCTCTGGCCTGATATTGATGCATTAGAAAGAACCATCTCTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGTCTCTGGCCTGATATTGATGCATTAGAAAGAACCATCTCTGTG  300

seq1  CTCTGATAACAAATAAATGAGAGGTATGTTGGCCAACAAAACTCATAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATAACAAATAAATGAGAGGTATGTTGGCCAACAAAACTCATAGCT  350

seq1  CTTTCTTCTGTTTTATATAGTTAAGGAAAAACAATAAAAATCTTGTATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTCTGTTTTATATAGTTAAGGAAAAACAATAAAAATCTTGTATAA  400

seq1  CTATGTAAAAATTTGATTAGCTCATTCAACTCTTCTCAAATGAAGAGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAAAAATTTGATTAGCTCATTCAACTCTTCTCAAATGAAGAGTGT  450

seq1  TAAAATTTCCTCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAACACTATAGGAAGAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTCCTCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAACACTATAGGAAGAACA  500

seq1  ACAATATGAACTAATCAGTACTCCCCAGAGCTTGTGTCTCTAGCTGCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATGAACTAATCAGTACTCCCCAGAGCTTGTGTCTCTAGCTGCATA  550

seq1  TGAAGCAGAGGATGGCCTAGTTGGCCATTAATGGGAGAAGAGGCCCTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAGAGGATGGCCTAGTTGGCCATTAATGGGAGAAGAGGCCCTTGG  600

seq1  TCTTGTGAAGATCATATGCCCCAGTAGAGATGACTGCCAGGATTGGATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGAAGATCATATGCCCCAGTAGAGATGACTGCCAGGATTGGATGG  650

seq1  TTTCGGGAACAGGTCTAGGGGGAGGGTATAGGGGACTTTGGGGATAGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGGGAACAGGTCTAGGGGGAGGGTATAGGGGACTTTGGGGATAGCAT  700

seq1  TTGAAATGTAAATGAAGAAAATATCTAATAAAA--TAAATAAATAAATAA  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  TTGAAATGTAAATGAAGAAAATATCTAATAAAAATAAAATAAATAAATAA  750

seq1  CCCAGTATGAGAACTGGCTGTCACAATTGGTCATCTGTCCT-CCCTGAGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCAGTATGAGAACTGGCTGTCACAATTGGTCATCTGTCCTCCCCTGAGC  800

seq1  ACATCATGGTGCATATGCATACAGACACAGGCAGACAGACAAACAGACGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATGGTGCATATGCATACAGACACAGGCAGACAGACAAACAGACGA  850

seq1  TAGATAGATAGGTA-GGTAGGTAGGTAGATAGATAGA  883
      ||||||||  |||| |||||| |||||||| ||||||
seq2  TAGATAGAATGGTAGGGTAGGGAGGTAGATCGATAGA  887