BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236O04
Chromosome15 (Build37)
Map Location 41,474,627 - 41,569,997
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneZfpm2, Ppia-ps25
Downstream geneOxr1, Abra, EG432946, LOC432947, LOC100039268, LOC100039197, Angpt1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236O04.bB6Ng01-236O04.g
ACCGA047993GA047994
length1,1271,140
definitionB6Ng01-236O04.b B6Ng01-236O04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,568,581 - 41,569,997)(41,474,627 - 41,475,768)
sequence
gaattcaatccctatgtaaaaagattcgtacaaatctctgtacccactga
agcacaggttcttatgaacactcacatgctcttagacagaaggagccagc
taacatcatttctgaaatgcttccctcttggtagaagttttaaccaaacc
atattacataaacatattgtaagcaactctataagagcaaagaagggaag
gcttatgtaaccctgatcaaaagttaggcatgtctctcatgccgttacaa
gcagctgccccgacatttgttaagcagctgttcactggaaaggcttattc
aataaacccttcctcgctccctttttgtcccacatttacagtcatgcaag
ctaacacttttaagaagcaactgagtctcacaactagatacattctctgt
atttgtccacataaaacaagtggatgagttcaaaggtagtaatttttaat
gtttcaaatctttttatgcttgtttctttttaaattttttgtttgtttgt
ttgttatttggagacagaatctcatgtaacccaatctggcctcaaactga
ctctcccaggctggcctttaactcctgatccagccgcctctgccttccaa
gttcgaggcttcccggcatgcaccatggcactgggcttgaatttcacaag
tctttatatacttcttacaattatatggcatgtgtatgtgtggatgcata
cataccgtaacatgtgtgcacaccataatgcgtgtgtggaggtcagtaga
caattctctccttccaccatgtggatctgagatctatctgagagggttgt
caggctcggtggcaaacacctttcctgctgagtgactgaacaggtcctgc
aagtcatgtctttctcccacaatctcctaagtgtatgtaatgaacttgaa
tcattttcaccctccattacctctctcccttctctctctcatcaaaccca
atcttccctccaagtccatgtgtactttggtaatctttgtgaacagctga
gtttacctctggtagtttctgtgagcatgagacaggttatctattgtaat
atgatcactattcagtggggtctaccactgaaagcgacacccttccccac
agcatcgtggaaggtccttatgagaaa

gaattccttggaatgaagacaaggtcagactgctattttatggtaacaag
ctatctaattctgatgtcctattaacgactccaattctaatttgcattcc
cagaggatacttttatttaagctctttgcattggtttggaagtataaatt
agaacgataatttctgatgcaactgggggaataaaatggctactgcagtc
atggagtaagccagaattgctgttttcttcaccccaggaaacaggttcct
tgtttcaatgcctaagtttccaatttgccttttcttcggaatgtgaactg
agtatgcccgattatttttttttctttctcattttgtttacagctgctga
cttctcagttacactctatagtaggggtaacaaaagcccttaattttgca
agtgaatttttttttaggcatttgctccccaaagctcttttttagtgagc
tgagactcttgcagaaaccacagtgtctaacttggaaaacctgcactctc
agcagcttcactagtttcaataatacccttgcattagctctttcaggact
ccaggagacagcagcttctctggcagtaatgagatgtgcaagccacagaa
ggcctgctggaaattacaggaagtgctataagtgttgatccttgggatac
atggttatccaggtacattcaggtttgtgtttgagtaccgtacaagaaac
acttggcaccatgtgaatttgaacagtttttcttcgcatctcaaattcca
ttagttggatctacaaccctgtttaacaaatttctcatatcttatgctca
caaaggctttcttgtctaaagtctctttacatcatgcctgccattatcaa
aggtgagagcacgattgctcaagaatctttcaggatcttaaaagacctgg
attataaggctaaaattctcctctatcttttaattctaagagcgaaattt
agttctaaatgtcccggctggtttccagctttccgagtttgtcacctcat
cactttcgatactctcacttgactttctgcacgtggggaatatgatgcgt
ttgctaatgttcatgatcaatataatgatagtgcatgaacatttaaacct
tgtatatcaaacagtataaattgtaattgacctgctcatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_41568581_41569997
seq2: B6Ng01-236O04.b_46_1172 (reverse)

seq1  TTTCTCATAAGGCCTTCAGTGATTGGATAAGGCCTAGCCACCTTATATAA  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AATTCTTAGCTTTATTCAGAAATCTACTGATGTCTCTTTAGATGTTAATC  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACATTTAAATATGCCTCCATAGCATCTAGACTGGCCTTTGACTGACTAAC  150
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TGGGCATCTTCAACCAACCAAACTGACTCAGAAAATTAGTCCCTATCGTA  200
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  GATGGACTAGATACAGCTGTGTTCCTACCCTGAGTTGTTGAGGGGTCTTT  250
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  GCTATCTAATTAGTTAAGCTATTGGATTATATAAAACTGAGTTTCTCATA  300
                                               |||||||||
seq2  -----------------------------------------TTTCTCATA  9

seq1  AG--ACTTCAACGGTGCTGTGGGG-AGGGTGTCGCCTTCAGTGGTAGA-C  346
      ||   |||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| |
seq2  AGGACCTTCCACGATGCTGTGGGGAAGGGTGTCGCTTTCAGTGGTAGACC  59

seq1  CCACTGAATAGTTGATCATATTACAATAGATAACCTGTTCTCATGCTCAC  396
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCACTGAATAG-TGATCATATTACAATAGATAACCTG-TCTCATGCTCAC  107

seq1  AGAAAACTACCAGAGGTAAACTCAGCTGTTCACAAAGATTTACAAAGTAC  446
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  AG-AAACTACCAGAGGTAAACTCAGCTGTTCACAAAGATTACCAAAGTAC  156

seq1  ACATGGACTTGGAGGGAAGATTGGGTTTGATGAGAGAGAGAAGGGAGAGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGACTTGGAGGGAAGATTGGGTTTGATGAGAGAGAGAAGGGAGAGA  206

seq1  GGTAATGGAGGGTGAAAATGATTCAAGTTCATTACATACACTTAGGAGAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATGGAGGGTGAAAATGATTCAAGTTCATTACATACACTTAGGAGAT  256

seq1  TGTGGGAGAAAGACATGACTTGCAGGACCTGTTCAGTCACTCAGCAGGAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGAGAAAGACATGACTTGCAGGACCTGTTCAGTCACTCAGCAGGAA  306

seq1  AGGTGTTTGCCACCGAGCCTGACAACCCTCTCAGATAGATCTCAGATCCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTTGCCACCGAGCCTGACAACCCTCTCAGATAGATCTCAGATCCA  356

seq1  CATGGTGGAAGGAGAGAATTGTCTACTGACCTCCACACACGCATTATGGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGGAAGGAGAGAATTGTCTACTGACCTCCACACACGCATTATGGT  406

seq1  GTGCACACATGTTACGGTATGTATGCATCCACACATACACATGCCATATA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACACATGTTACGGTATGTATGCATCCACACATACACATGCCATATA  456

seq1  ATTGTAAGAAGTATATAAAGACTTGTGAAATTCAAGCCCAGTGCCATGGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAAGAAGTATATAAAGACTTGTGAAATTCAAGCCCAGTGCCATGGT  506

seq1  GCATGCCGGGAAGCCTCGAACTTGGAAGGCAGAGGCGGCTGGATCAGGAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCCGGGAAGCCTCGAACTTGGAAGGCAGAGGCGGCTGGATCAGGAG  556

seq1  TTAAAGGCCAGCCTGGGAGAGTCAGTTTGAGGCCAGATTGGGTTACATGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGCCAGCCTGGGAGAGTCAGTTTGAGGCCAGATTGGGTTACATGA  606

seq1  GATTCTGTCTCCAAATAACAAACAAACAAACAAAAAATTTAAAAAGAAAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGTCTCCAAATAACAAACAAACAAACAAAAAATTTAAAAAGAAAC  656

seq1  AAGCATAAAAAGATTTGAAACATTAAAAATTACTACCTTTGAACTCATCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATAAAAAGATTTGAAACATTAAAAATTACTACCTTTGAACTCATCC  706

seq1  ACTTGTTTTATGTGGACAAATACAGAGAATGTATCTAGTTGTGAGACTCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTTTTATGTGGACAAATACAGAGAATGTATCTAGTTGTGAGACTCA  756

seq1  GTTGCTTCTTAAAAGTGTTAGCTTGCATGACTGTAAATGTGGGACAAAAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTCTTAAAAGTGTTAGCTTGCATGACTGTAAATGTGGGACAAAAA  806

seq1  GGGAGCGAGGAAGGGTTTATTGAATAAGCCTTTCCAGTGAACAGCTGCTT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCGAGGAAGGGTTTATTGAATAAGCCTTTCCAGTGAACAGCTGCTT  856

seq1  AACAAATGTCGGGGCAGCTGCTTGTAACGGCATGAGAGACATGCCTAACT  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATGTCGGGGCAGCTGCTTGTAACGGCATGAGAGACATGCCTAACT  906

seq1  TTTGATCAGGGTTACATAAGCCTTCCCTTCTTTGCTCTTATAGAGTTGCT  1246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATCAGGGTTACATAAGCCTTCCCTTCTTTGCTCTTATAGAGTTGCT  956

seq1  TACAATATGTTTATGTAATATGGTTTGGTTAAAACTTCTACCAAGAGGGA  1296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATATGTTTATGTAATATGGTTTGGTTAAAACTTCTACCAAGAGGGA  1006

seq1  AGCATTTCAGAAATGATGTTAGCTGGCTCCTTCTGTCTAAGAGCATGTGA  1346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTCAGAAATGATGTTAGCTGGCTCCTTCTGTCTAAGAGCATGTGA  1056

seq1  GTGTTCATAAGAACCTGTGCTTCAGTGGGTACAGAGATTTGTACGAATCT  1396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCATAAGAACCTGTGCTTCAGTGGGTACAGAGATTTGTACGAATCT  1106

seq1  TTTTACATAGGGATTGAATTC  1417
      |||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACATAGGGATTGAATTC  1127


seq1: chr15_41474627_41475768
seq2: B6Ng01-236O04.g_65_1204

seq1  GAATTCCTTGGAATGAAGACAAGGTCAGACTGCTATTTTATGGTAACAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGGAATGAAGACAAGGTCAGACTGCTATTTTATGGTAACAAG  50

seq1  CTATCTAATTCTGATGTCCTATTAACGACTCCAATTCTAATTTGCATTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTAATTCTGATGTCCTATTAACGACTCCAATTCTAATTTGCATTCC  100

seq1  CAGAGGATACTTTTATTTAAGCTCTTTGCATTGGTTTGGAAGTATAAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGATACTTTTATTTAAGCTCTTTGCATTGGTTTGGAAGTATAAATT  150

seq1  AGAACGATAATTTCTGATGCAACTGGGGGAATAAAATGGCTACTGCAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACGATAATTTCTGATGCAACTGGGGGAATAAAATGGCTACTGCAGTC  200

seq1  ATGGAGTAAGCCAGAATTGCTGTTTTCTTCACCCCAGGAAACAGGTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGTAAGCCAGAATTGCTGTTTTCTTCACCCCAGGAAACAGGTTCCT  250

seq1  TGTTTCAATGCCTAAGTTTCCAATTTGCCTTTTCTTCGGAATGTGAACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAATGCCTAAGTTTCCAATTTGCCTTTTCTTCGGAATGTGAACTG  300

seq1  AGTATGCCCGATTATTTTTTTTTCTTTCTCATTTTGTTTACAGCTGCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGCCCGATTATTTTTTTTTCTTTCTCATTTTGTTTACAGCTGCTGA  350

seq1  CTTCTCAGTTACACTCTATAGTAGGGGTAACAAAAGCCCTTAATTTTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGTTACACTCTATAGTAGGGGTAACAAAAGCCCTTAATTTTGCA  400

seq1  AGTGAATTTTTTTTTAGGCATTTGCTCCCCAAAGCTCTTTTTTAGTGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATTTTTTTTTAGGCATTTGCTCCCCAAAGCTCTTTTTTAGTGAGC  450

seq1  TGAGACTCTTGCAGAAACCACAGTGTCTAACTTGGAAAACCTGCACTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTCTTGCAGAAACCACAGTGTCTAACTTGGAAAACCTGCACTCTC  500

seq1  AGCAGCTTCACTAGTTTCAATAATACCCTTGCATTAGCTCTTTCAGGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTTCACTAGTTTCAATAATACCCTTGCATTAGCTCTTTCAGGACT  550

seq1  CCAGGAGACAGCAGCTTCTCTGGCAGTAATGAGATGTGCAAGCCACAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGACAGCAGCTTCTCTGGCAGTAATGAGATGTGCAAGCCACAGAA  600

seq1  GGCCTGCTGGAAATTACAGGAAGTGCTATAAGTGTTGATCCTTGGGATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGCTGGAAATTACAGGAAGTGCTATAAGTGTTGATCCTTGGGATAC  650

seq1  ATGGTTATCCAGGTACATTCAGGTTTGTGTTTGAGTACCGTACAAGAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTATCCAGGTACATTCAGGTTTGTGTTTGAGTACCGTACAAGAAAC  700

seq1  ACTTGGCACCATGTGAATTTGAACAGTTTTTCTTCGCATCTCAAATTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGCACCATGTGAATTTGAACAGTTTTTCTTCGCATCTCAAATTCCA  750

seq1  TTAGTTGGATCTACAACCCTGTTTAACAAATTTCTCATATCTTATGCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTGGATCTACAACCCTGTTTAACAAATTTCTCATATCTTATGCTCA  800

seq1  CAAAGGCTTTCTTGTCTAAAGTCTCTTTACATCATGCCTGCCATTATC-A  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAAAGGCTTTCTTGTCTAAAGTCTCTTTACATCATGCCTGCCATTATCAA  850

seq1  AGGTGAGAGCACGATTGCTCAAGAATCTTTCAGGATCTTAAAAGACCTGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGAGCACGATTGCTCAAGAATCTTTCAGGATCTTAAAAGACCTGG  900

seq1  ATTATAAAGGCTAAAATTCTCCTCTATCTTTTAATTCTAAGAGCGAAATT  949
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAT-AAGGCTAAAATTCTCCTCTATCTTTTAATTCTAAGAGCGAAATT  949

seq1  TAGTTCTAAATGTCCCGGCTGGTTTCCAGCTTTCCGAGTTTGTCACCTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCTAAATGTCCCGGCTGGTTTCCAGCTTTCCGAGTTTGTCACCTCA  999

seq1  TCACTTTCGATACTCTCACTTGACCTTTCTGCACGT-GGGAATATGATGC  1048
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| 
seq2  TCACTTTCGATACTCTCACTTGA-CTTTCTGCACGTGGGGAATATGATG-  1047

seq1  CTTTTGCTTAATTGTTCATGATCAATATAATGTATAGTGCATG-ACATTT  1097
      | ||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  CGTTTGCT--AATGTTCATGATCAATATAATG-ATAGTGCATGAACATTT  1094

seq1  AAACCTTGTATATCAAACAGTATAAATGGTTATTGA-CTGCTCATG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||
seq2  AAACCTTGTATATCAAACAGTATAAATTGTAATTGACCTGCTCATG  1140


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |