BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238A13
Chromosome15 (Build37)
Map Location 57,947,679 - 58,097,129
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtad2, LOC665244, 2410187C16Rik, Fbxo32
Upstream geneBC026439, Zhx2, Derl1, Wdr67, BC030396, 9130401M01Rik, Zhx1
Downstream gene8230402K04Rik, Anxa13, LOC100040231, D15Ertd621e, EG631797, Tmem65, EG546638, Trmt12, Rnf139, Tatdn1, Ndufb9, Mtss1, LOC100040330, EG268809, LOC665565
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238A13.bB6Ng01-238A13.g
ACCGA048836GA048837
length1,1341,102
definitionB6Ng01-238A13.b B6Ng01-238A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,096,004 - 58,097,129)(57,947,679 - 57,948,797)
sequence
gaattccaggctgtggttcccagcagaattctagcaaagtgaaccaagat
attgttaccaacatgggggtgacaatctgtgcccccaagtcaggggtggc
cacctgtcctcaataacctaatcaaaggagcccagttaaaagggaaagca
ggttgcctgtcagtgggacatgttcttctagatgggctgtcttgtctggc
cccagtaggagaggatgtgcctagcctcagagagactggaagcatcagag
ttggggaatacccaagggggcccccacctgctcagaggagaaagggaggc
aagaaggggacggtttgtcggagggggtgactgggaggggacagtgagta
ggacgtaaagtgaataaagtttaaaacattaataaataaaaaattaaatt
aaaaaagtagaaagtagaaaagggagatttgttgaatgtgggcatcttgg
ggagaaggtcagagagatccagtgaacccctcaagtcatggtcttagcta
gagtattattgctgtgaagaggcaccatgaccaaggcaacttttataagg
acaacatttaattggggctggcttacaggttcagaggttctgtccattaa
aatcaaggcaggagcatggcagcatccaggcaggcttggtgtaggtagag
ctgagagttctacatccagatatataaaaaggaagccaggaagaaactgt
cttctaagcagctaggagaagggtctcaaagctcaccctcacggtgacac
acttcctccaacaaggccacacctactccaacaaagccacaccttctaac
agtgccacttcctggaccaagcatatttaaaccaccacagagctaaaggg
agatcaaagttttaaaaaggaggccaaggatatgcatatctaagtggttc
tgtcaagatgtgctttggacaaccattgggcccatcattgtctgggcttc
agtgtcatcctgtagaccgtttccacaagttgttagagctgtatgggaat
ttctttactgaacaacaactttcctattcttggctggtgcctttctcttc
tcccacatgagatttatatggagaattccaattccttgggggttctttgt
ttccaatagctggataagtcagaactgagagacc
gaattctctttttttttctttaatgtggatgggtttaaaacccatcagtg
atcctgtgtgcagactagagaacaactggagctgggtcttcccttccctg
ttactatagctctaggcacactcaggttgccaggctatgattaaaggcat
ctgatgctcttccagaaggccagggcttggctcccagcattcaagtctga
tggctcacaactgtgattccagcttgatggcttgaatgacctcttctggc
ctccacaggcaatcctagacaggtggcacacactcatacatgcacactca
tacttaagaagactggggaaatggctaggccagtaaaagcactggctgta
caggcatgcacacctgagttcaaatcccaaagcacatgaaaaagctgact
acagtcatgtgtacatctgtaaccccagtgttggtgagaggatgggggct
caggcttgttggataccagcctaactccagtgtcagtgagagaccgtctc
aaggtaagtatcagagcacactcctgacatctgcttatgtgaacctgcac
ccacatctctaacgcacacaagatttaaggaagtcaagagaagcagcact
gcacacacacactgtgactataagtaaaagcgtctttctattaccttggg
ggttgaattttaaacttttcgaagacttctggataaagtaagggaaacac
caccatctcttttagagctgcaatgtgactggacaggccgccaacactgt
caaagcgcacctgcagtgaattaggacacagatctgcattaaaattaaaa
cactgcctatgtcttcataatcaacccacatcaactgattaacaatagta
gttcaagatattttttaaatgttgtttattttacatgtagggcaccatgt
ggatgctggatttaaactgagatcttctctagagctacaaatgctctaag
tgctgagccatctctcaattccccaaagattttgctttaaaaatatatat
aaaagttagtttctgataaggaaaaaaaggttgttactatagacaaacat
acgtgaatggattacacttccaggtcagttacaagttaaatactcactga
ag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_58096004_58097129
seq2: B6Ng01-238A13.b_47_1180 (reverse)

seq1  GGTCTCTCAG-TCTGAC-TATCAGGCTATT-GAAACAAAGAACCCCCAAG  47
      |||||||||| |||||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTCAGTTCTGACTTATCCAGCTATTGGAAACAAAGAACCCCCAAG  50

seq1  GAAATGGGAATTTCCATATAAATCTCATGTGGGAGAAGAGAAAGGCACCA  97
      ||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGGAATTCTCCATATAAATCTCATGTGGGAGAAGAGAAAGGCACCA  100

seq1  GCCA--GATAGGAAAGTTG-TGTTCAGTAAAGAAATT-CCATACAGCTCT  143
      ||||   |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCCAAGAATAGGAAAGTTGTTGTTCAGTAAAGAAATTCCCATACAGCTCT  150

seq1  AACAACTTGTGGAAACGGTCTACAGGATGACACTGAAGCCCAGACAATGA  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTTGTGGAAACGGTCTACAGGATGACACTGAAGCCCAGACAATGA  200

seq1  TGGG-CCAATGGTTGTCCAAAGCACATCTTGACAGAACCACTTAGATATG  242
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCCAATGGTTGTCCAAAGCACATCTTGACAGAACCACTTAGATATG  250

seq1  CATATCCTTGGCCTCCTTTTTAAAACTTTGATCTCCCTTTAGCTCTGTGG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCCTTGGCCTCCTTTTTAAAACTTTGATCTCCCTTTAGCTCTGTGG  300

seq1  TGGTTTAAATATGCTTGGTCCAGGAAGTGGCACTGTTAGAAGGTGTGGCT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTAAATATGCTTGGTCCAGGAAGTGGCACTGTTAGAAGGTGTGGCT  350

seq1  TTGTTGGAGTAGGTGTGGCCTTGTTGGAGGAAGTGTGTCACCGTGAGGGT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGAGTAGGTGTGGCCTTGTTGGAGGAAGTGTGTCACCGTGAGGGT  400

seq1  GAGCTTTGAGACCCTTCTCCTAGCTGCTTAGAAGACAGTTTCTTCCTGGC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTGAGACCCTTCTCCTAGCTGCTTAGAAGACAGTTTCTTCCTGGC  450

seq1  TTCCTTTTTATATATCTGGATGTAGAACTCTCAGCTCTACCTACACCAAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTTATATATCTGGATGTAGAACTCTCAGCTCTACCTACACCAAG  500

seq1  CCTGCCTGGATGCTGCCATGCTCCTGCCTTGATTTTAATGGACAGAACCT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTGGATGCTGCCATGCTCCTGCCTTGATTTTAATGGACAGAACCT  550

seq1  CTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTCCTTATAAAAGTTGCC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTCCTTATAAAAGTTGCC  600

seq1  TTGGTCATGGTGCCTCTTCACAGCAATAATACTCTAGCTAAGACCATGAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCATGGTGCCTCTTCACAGCAATAATACTCTAGCTAAGACCATGAC  650

seq1  TTGAGGGGTTCACTGGATCTCTCTGACCTTCTCCCCAAGATGCCCACATT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGGGTTCACTGGATCTCTCTGACCTTCTCCCCAAGATGCCCACATT  700

seq1  CAACAAATCTCCCTTTTCTACTTTCTACTTTTTTAATTTAATTTTTTATT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAATCTCCCTTTTCTACTTTCTACTTTTTTAATTTAATTTTTTATT  750

seq1  TATTAATGTTTTAAACTTTATTCACTTTACGTCCTACTCACTGTCCCCTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATGTTTTAAACTTTATTCACTTTACGTCCTACTCACTGTCCCCTC  800

seq1  CCAGTCACCCCCTCCGACAAACCGTCCCCTTCTTGCCTCCCTTTCTCCTC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCACCCCCTCCGACAAACCGTCCCCTTCTTGCCTCCCTTTCTCCTC  850

seq1  TGAGCAGGTGGGGGCCCCCTTGGGTATTCCCCAACTCTGATGCTTCCAGT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGGTGGGGGCCCCCTTGGGTATTCCCCAACTCTGATGCTTCCAGT  900

seq1  CTCTCTGAGGCTAGGCACATCCTCTCCTACTGGGGCCAGACAAGACAGCC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGAGGCTAGGCACATCCTCTCCTACTGGGGCCAGACAAGACAGCC  950

seq1  CATCTAGAAGAACATGTCCCACTGACAGGCAACCTGCTTTCCCTTTTAAC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAGAAGAACATGTCCCACTGACAGGCAACCTGCTTTCCCTTTTAAC  1000

seq1  TGGGCTCCTTTGATTAGGTTATTGAGGACAGGTGGCCACCCCTGACTTGG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCCTTTGATTAGGTTATTGAGGACAGGTGGCCACCCCTGACTTGG  1050

seq1  GGGCACAGATTGTCACCCCCATGTTGGTAACAATATCTTGGTTCACTTTG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACAGATTGTCACCCCCATGTTGGTAACAATATCTTGGTTCACTTTG  1100

seq1  CTAGAATTCTGCTGGGAACCACAGCCTGGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAATTCTGCTGGGAACCACAGCCTGGAATTC  1134

seq1: chr15_57947679_57948797
seq2: B6Ng01-238A13.g_67_1168

seq1  GAATTCTCTTTTTTTTTCTTTAATGTGGATGGGTTTAAAACCCATCAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTTTTTTTCTTTAATGTGGATGGGTTTAAAACCCATCAGTG  50

seq1  ATCCTGTGTGCAGACTAGAGAACAACTGGAGCTGGGTCTTCCCTTCCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTGTGCAGACTAGAGAACAACTGGAGCTGGGTCTTCCCTTCCCTG  100

seq1  TTACTATAGCTCTAGGCACACTCAGGTTGCCAGGCTATGATTAAAGGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTATAGCTCTAGGCACACTCAGGTTGCCAGGCTATGATTAAAGGCAT  150

seq1  CTGATGCTCTTCCAGAAGGCCAGGGCTTGGCTCCCAGCATTCAAGTCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCTCTTCCAGAAGGCCAGGGCTTGGCTCCCAGCATTCAAGTCTGA  200

seq1  TGGCTCACAACTGTGATTCCAGCTTGATGGCTTGAATGACCTCTTCTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCACAACTGTGATTCCAGCTTGATGGCTTGAATGACCTCTTCTGGC  250

seq1  CTCCACAGGCAATCCTAGACAGGTGGCACACACTCATACATGCACACTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACAGGCAATCCTAGACAGGTGGCACACACTCATACATGCACACTCA  300

seq1  TACTTAAGAAGACTGGGGAAATGGCTAGGCCAGTAAAAGCACTGGCTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAAGAAGACTGGGGAAATGGCTAGGCCAGTAAAAGCACTGGCTGTA  350

seq1  CAGGCATGCACACCTGAGTTCAAATCCCAAAGCACATGAAAAAGCTGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATGCACACCTGAGTTCAAATCCCAAAGCACATGAAAAAGCTGACT  400

seq1  ACAGTCATGTGTACATCTGTAACCCCAGTGTTGGTGAGAGGATGGGGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCATGTGTACATCTGTAACCCCAGTGTTGGTGAGAGGATGGGGGCT  450

seq1  CAGGCTTGTTGGATACCAGCCTAACTCCAGTGTCAGTGAGAGACCGTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTGTTGGATACCAGCCTAACTCCAGTGTCAGTGAGAGACCGTCTC  500

seq1  AAGGTAAGTATCAGAGCACACTCCTGACATCTGCTTATGTGAACCTGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAAGTATCAGAGCACACTCCTGACATCTGCTTATGTGAACCTGCAC  550

seq1  CCACATCTCTAACGCACACAAGATTTAAGGAAGTCAAGAGAAGCAGCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCTCTAACGCACACAAGATTTAAGGAAGTCAAGAGAAGCAGCACT  600

seq1  GCACACACACACTGTGACTATAAGTAAAAGCGTCTTTCTATTACCTTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACACACTGTGACTATAAGTAAAAGCGTCTTTCTATTACCTTGGG  650

seq1  GGTTGAATTTTAAACTTTTCGAAGACTTCTGGATAAAGTAAGGGAAACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAATTTTAAACTTTTCGAAGACTTCTGGATAAAGTAAGGGAAACAC  700

seq1  CACCATCTCTTTTAGAGCTGCAATGTGACTGGACAGGCCGCCAACACTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCTCTTTTAGAGCTGCAATGTGACTGGACAGGCCGCCAACACTGT  750

seq1  CAAAGCGCACCTGCAGTGAATTAGGACACAGATCTGCATTAAAATTAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCGCACCTGCAGTGAATTAGGACACAGATCTGCATTAAAATTAAAA  800

seq1  CACTGCCTATGTCTTCATAATCAACCCACATCAACTGATTAACAATAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCTATGTCTTCATAATCAACCCACATCAACTGATTAACAATAGTA  850

seq1  GTTCAAAGATATTTTTTAAATGTTTGTTTATTTTACATGTAGGGCACCAT  900
      |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTC-AAGATATTTTTTAAATG-TTGTTTATTTTACATGTAGGGCACCAT  898

seq1  GTGGATGCTGGGAATTAAACTGAGATCTTCTCTAAGAGCTACAAATGCTC  950
      ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGGATGCT-GGATTTAAACTGAGATCTTCTCT-AGAGCTACAAATGCTC  946

seq1  TAAGTGCTGAGCCATCTCTCCAATTCCCCAAAGATTTTTGCTTTTAAAAT  1000
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  TAAGTGCTGAGCCATCTCT-CAATTCCCCAAAGA-TTTTGCTTTAAAAAT  994

seq1  ATATATAAAAGTTTAAGTTTCTGATAAGGAAAAAAAAGGTTTGTTTACCT  1050
      |||||||||||||  |||||||||||||||||||||  | |||||   ||
seq2  ATATATAAAAGTT--AGTTTCTGATAAGGAAAAAAA--GGTTGTT--ACT  1038

seq1  ATAAGACAAACATAAAGTGATTGAAATTACACTT-CAAGTCAAGTACAAA  1099
      || |||||||||| | |||| ||  ||||||||| || ||||  ||||| 
seq2  AT-AGACAAACAT-ACGTGAATG-GATTACACTTCCAGGTCAGTTACAAG  1085

seq1  TTTTAAAATACTCACTGAAG  1119
      ||   |||||||||||||||
seq2  TT---AAATACTCACTGAAG  1102