BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238H18
Chromosome15 (Build37)
Map Location 61,573,656 - 61,741,831
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG632412, LOC100040311, D330050I23Rik, 9930014A18Rik, A1bg, LOC100040323
Downstream geneMyc, Pvt1, LOC100040584, H2afy3, LOC100040430
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238H18.bB6Ng01-238H18.g
ACCGA049167GA049168
length1,116436
definitionB6Ng01-238H18.b B6Ng01-238H18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,740,745 - 61,741,831)(61,573,656 - 61,574,097)
sequence
gaattcactcaattttaaaaaagggtaaatggaggcccagagaaattaat
gacatgcccaatgtcacagagttagaaagtggtggggctcagctagcaga
gagctcagtggtagaggacatgcttacaatgtatgatgctcctaactaaa
atgtcaataatagtgataataataataataataataataataataataat
aataatagaaaagaacaaggcaaggagttgactcaagcagtctgttatag
ccccaaggccctaatgccacataagattgccaaggacacataagcttggc
ttcacacctgtcaatcactggtactgttgatcccttcaaggaaagcaaag
aggcatggcaagtgaaacctgtaagcaaatgcaggaaagaatgaaccatg
gttcagaaggtgggtggtttagaaggtgggtcaggtggtgcccctgtgat
atgaggggatactgaactgtggaacaacagagactcagaacaaaccaggt
ctttattttaaagtgatggagaccctcctcttatgctggatggtaattta
ccaaggagatccctagcaggtcttgttgcttgatagcctaccttgactca
gctatgtggtgaaattcagaagaataacggcaaaaatgttaagaagcgat
aaacggcctctagtgcctagtccagtgccctggacaaaatagttgtctct
gagtatccatggggggattggtcccaggactctcctgcagataacaaagt
ccgaagttgctcagtttttcttatgtaaaaatttgcagtatttacatata
gtctactctcatctccaaaccctttccatgtacttcatctctccatagct
catcatacatttcatatcataaaatcccataaacactctcttgttatgat
ttattggaaaagtggacaaaaaccaagggcaacccaattcttttaaggaa
agaatggatcctcccttgctttggcaactctcagctggccagcagctcct
tgggtaagaaggtgaagccccttgggctgacttgaatattggtgcagatt
ctttatggtagaataaacccacagctgcataccgatcaaggagtgcatat
agtcatgtccttgttc

aggaaggagggatgaacctgatacttggctctctatcaacacattacaat
gcaggagcaactggatccaaatctgggagacttttttcaagagtaacagg
aggggaaatgttaaggcagagtggaaagaggtcaacaaagttaggttgac
tattccccattgttacaagaagcactgtaaaatactgcctatggttagtc
agtgagctgtggaggcagctggcaggaatggctcaatggactcacagtcc
agtgaaagaagcagtgctactcagtagaaagagaagagttaaaagacgga
agagagtaaaactatgttgcacagcaaaggcaatggtggtccccataggc
ccatagattagatatgaatacttagtcattggggagtggcactacttagg
aggaattaggggtgtgttactggggagtgggttttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_61740745_61741831
seq2: B6Ng01-238H18.b_51_1166 (reverse)

seq1  GAAC-AGGACATGACTAT-TGCACTCCTGGACTGATA-GCAGCTGTGG--  45
      |||| ||||||||||||| ||||||||| ||  | || ||||||||||  
seq2  GAACAAGGACATGACTATATGCACTCCTTGATCGGTATGCAGCTGTGGGT  50

seq1  TTA-TCTA-CATAAAG-ATCTGCA-CAATA-TCAAGTCAG-CCAAGGGGC  89
      ||| |||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||
seq2  TTATTCTACCATAAAGAATCTGCACCAATATTCAAGTCAGCCCAAGGGGC  100

seq1  -TCACC-TCTTA-CCAAGGAGCTGCTGG-CAGCTGAGAGTTG-CAAAGCA  134
       ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  TTCACCTTCTTACCCAAGGAGCTGCTGGCCAGCTGAGAGTTGCCAAAGCA  150

seq1  AGGGAGGATC--ATCTTTCCTTAAA--GATTGGGTTG-CCTTGGTTTTTG  179
      ||||||||||   ||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||
seq2  AGGGAGGATCCATTCTTTCCTTAAAAGAATTGGGTTGCCCTTGGTTTTTG  200

seq1  T-CACTTTTCC-ATAAATCAT-ACAAGAGAGTGTTTATGGGA-TTTATGA  225
      | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCCACTTTTCCAATAAATCATAACAAGAGAGTGTTTATGGGATTTTATGA  250

seq1  TATGAAATGTATGATGAGCTATGGAGAGATGAAGTACATGG-AAGGGTTT  274
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TATGAAATGTATGATGAGCTATGGAGAGATGAAGTACATGGAAAGGGTTT  300

seq1  GGAGATGAGAGTAGACTATATGTAAATACTGCAAATTTTTACATAAG-AA  323
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGAGATGAGAGTAGACTATATGTAAATACTGCAAATTTTTACATAAGAAA  350

seq1  AACTGAGCAACTTCGGACTTTGTTATCTGCAGGAGAGTCCTGGGACCAAT  373
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGCAACTTCGGACTTTGTTATCTGCAGGAGAGTCCTGGGACCAAT  400

seq1  -CCCCCATGGATACTCAGAGACAACTATTTTGTCCA-GGCACTGGACTAG  421
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCCCCCATGGATACTCAGAGACAACTATTTTGTCCAGGGCACTGGACTAG  450

seq1  GCACTAGAGGCCGTTTATCGCTTCTTAACATTTTTGCCGTTATTCTTCTG  471
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTAGAGGCCGTTTATCGCTTCTTAACATTTTTGCCGTTATTCTTCTG  500

seq1  AATTTCACCACATAGCTGAGTCAAGGTAGGCTATCAAGCAACAAGACCTG  521
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCACCACATAGCTGAGTCAAGGTAGGCTATCAAGCAACAAGACCTG  550

seq1  CTAGGGATCTCCTTGGTAAATTACCATCCAGCATAAGAGGAGGGTCTCCA  571
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGATCTCCTTGGTAAATTACCATCCAGCATAAGAGGAGGGTCTCCA  600

seq1  TCACTTTAAAATAAAGACCTGGTTTGTTCTGAGTCTCTGTTGTTCCACAG  621
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTAAAATAAAGACCTGGTTTGTTCTGAGTCTCTGTTGTTCCACAG  650

seq1  TTCAGTATCCCCTCATATCACAGGGGCACCACCTGACCCACCTTCTAAAC  671
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTATCCCCTCATATCACAGGGGCACCACCTGACCCACCTTCTAAAC  700

seq1  CACCCACCTTCTGAACCATGGTTCATTCTTTCCTGCATTTGCTTACAGGT  721
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACCTTCTGAACCATGGTTCATTCTTTCCTGCATTTGCTTACAGGT  750

seq1  TTCACTTGCCATGCCTCTTTGCTTTCCTTGAAGGGATCAACAGTACCAGT  771
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTGCCATGCCTCTTTGCTTTCCTTGAAGGGATCAACAGTACCAGT  800

seq1  GATTGACAGGTGTGAAGCCAAGCTTATGTGTCCTTGGCAATCTTATGTGG  821
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGACAGGTGTGAAGCCAAGCTTATGTGTCCTTGGCAATCTTATGTGG  850

seq1  CATTAGGGCCTTGGGGCTATAACAGACTGCTTGAGTCAACTCCTTGCCTT  871
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGGGCCTTGGGGCTATAACAGACTGCTTGAGTCAACTCCTTGCCTT  900

seq1  GTTCTTTTCTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTA  921
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTTCTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTA  950

seq1  TCACTATTATTGACATTTTAGTTAGGAGCATCATACATTGTAAGCATGTC  971
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATTATTGACATTTTAGTTAGGAGCATCATACATTGTAAGCATGTC  1000

seq1  CTCTACCACTGAGCTCTCTGCTAGCTGAGCCCCACCACTTTCTAACTCTG  1021
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCACTGAGCTCTCTGCTAGCTGAGCCCCACCACTTTCTAACTCTG  1050

seq1  TGACATTGGGCATGTCATTAATTTCTCTGGGCCTCCATTTACCCTTTTTT  1071
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTGGGCATGTCATTAATTTCTCTGGGCCTCCATTTACCCTTTTTT  1100

seq1  AAAATTGAGTGAATTC  1087
      ||||||||||||||||
seq2  AAAATTGAGTGAATTC  1116


seq1: chr15_61573656_61574097
seq2: B6Ng01-238H18.g_71_512

seq1  GAATTCAGGAAGGAGGGATGAACCTGATACTTGGCTCTCTATCAACACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGAAGGAGGGATGAACCTGATACTTGGCTCTCTATCAACACAT  50

seq1  TACAATGCAGGAGCAACTGGATCCAAATCTGGGAGACTTTTTTCAAGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGCAGGAGCAACTGGATCCAAATCTGGGAGACTTTTTTCAAGAGT  100

seq1  AACAGGAGGGGAAATGTTAAGGCAGAGTGGAAAGAGGTCAACAAAGTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAGGGGAAATGTTAAGGCAGAGTGGAAAGAGGTCAACAAAGTTAG  150

seq1  GTTGACTATTCCCCATTGTTACAAGAAGCACTGTAAAATACTGCCTATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACTATTCCCCATTGTTACAAGAAGCACTGTAAAATACTGCCTATGG  200

seq1  TTAGTCAGTGAGCTGTGGAGGCAGCTGGCAGGAATGGCTCAATGGACTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCAGTGAGCTGTGGAGGCAGCTGGCAGGAATGGCTCAATGGACTCA  250

seq1  CAGTCCAGTGAAAGAAGCAGTGCTACTCAGTAGAAAGAGAAGAGTTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCAGTGAAAGAAGCAGTGCTACTCAGTAGAAAGAGAAGAGTTAAAA  300

seq1  GACGGAAGAGAGTAAAACTATGTTGCACAGCAAAGGCAATGGTGGTCCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGAAGAGAGTAAAACTATGTTGCACAGCAAAGGCAATGGTGGTCCCC  350

seq1  ATAGGCCCATAGATTAGATATGAATACTTAGTCATTGGGGAGTGGCACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCCCATAGATTAGATATGAATACTTAGTCATTGGGGAGTGGCACTA  400

seq1  CTTAGGAGGAATTAGGGGTGTGTTACTGGGGAGTGGGTTTTG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGAGGAATTAGGGGTGTGTTACTGGGGAGTGGGTTTTG  442


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |