BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242E04
Chromosome15 (Build37)
Map Location 61,184,077 - 61,332,508
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC211832, LOC623094, EG632412, LOC100040311, D330050I23Rik, 9930014A18Rik, A1bg, LOC100040323
Downstream geneMyc, Pvt1, LOC100040584, H2afy3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242E04.bB6Ng01-242E04.g
ACCGA051954GA051955
length3381,040
definitionB6Ng01-242E04.b B6Ng01-242E04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,332,171 - 61,332,508)(61,184,077 - 61,185,102)
sequence
accatccagcaacatacattcgactcacatgcacaggataatttcaacct
gaagaattggaatgaatatttgaggaggatctggaaggataccgttccat
aatccttttaagtgcagacctgattcaagagtcagtttctgcatttgttg
tgtgagcctttcagctgtatttaaatcaacagcttcaaaagcacaagact
tggcctctccatcttttaatttaaggcagagcctggttcattgtacatat
gcaatggcagatggaagtgctcttttgagtctacattgctactaaggagc
tacatacttactcatcaataggggatagtgtgtggggt

gaattcactgcctttgtcactgcagagtttatacacacaagtcctatgac
agatgcccaatagctatttattaaccctgtcaataattgaaacagtgaaa
actgcctgatacaatatatatctggaaaagaaaagcatacaaaaaaaaaa
ctttttccttgaatattcatccacttagaatggggattttgaaaaaacaa
tcaaatgtgaacttagtgtaatggcaactaataaatgctagataaggtgt
ggggatgtcataaatgttatgcctattacaatgggtcattggaaacgttt
ttagtatcacaattttaatatcaggagattagaattttataactattaca
gacaatactcttaacacatccacgaaatgggggcattccatatgataaat
taagggaactgttgcaattcctgtacaggctgacccaggatgtctttcta
ttcttgtctaaatataaaattaacagagttatccttatggaataacattt
cttctcatttctcagtgaggataagggttgtttgcaagtatcacagaaaa
ggaagtcatgcctgagccaagaggaaatttggggaggaaatgtgattggg
acattattatgaagggtgagagggaggaggaaagagacagaagaggaaaa
attagaaattggaaatgaagtcacttcagtctcttgctttccagaggaag
caggctctgacaggattctgtgcactgatgaatgatatgtgaacaggggc
ccccagcaaggtgggggcacgtggggctcaggtctgggaccctctgcttc
taactcctcatctgaaaaataagagcagaatcaaacttgcttttaaatgg
caattggtagaaagaaatgatgtacagatactcttctctagtcctgcctt
ctgagagtagcaatcacagggaggaattagggaaatgattccacttacat
accagaacttaagaagacacatttatgaactttgaacaattaggtttggg
cattagaattcccctaaatctctcttggataccaatccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_61332171_61332508
seq2: B6Ng01-242E04.b_48_385 (reverse)

seq1  ACCCCACACACTATCCCCTATTGATGAGTAAGTATGTAGCTCCTTAGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACACACTATCCCCTATTGATGAGTAAGTATGTAGCTCCTTAGTAG  50

seq1  CAATGTAGACTCAAAAGAGCACTTCCATCTGCCATTGCATATGTACAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTAGACTCAAAAGAGCACTTCCATCTGCCATTGCATATGTACAATG  100

seq1  AACCAGGCTCTGCCTTAAATTAAAAGATGGAGAGGCCAAGTCTTGTGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGCTCTGCCTTAAATTAAAAGATGGAGAGGCCAAGTCTTGTGCTT  150

seq1  TTGAAGCTGTTGATTTAAATACAGCTGAAAGGCTCACACAACAAATGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCTGTTGATTTAAATACAGCTGAAAGGCTCACACAACAAATGCAG  200

seq1  AAACTGACTCTTGAATCAGGTCTGCACTTAAAAGGATTATGGAACGGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGACTCTTGAATCAGGTCTGCACTTAAAAGGATTATGGAACGGTAT  250

seq1  CCTTCCAGATCCTCCTCAAATATTCATTCCAATTCTTCAGGTTGAAATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCAGATCCTCCTCAAATATTCATTCCAATTCTTCAGGTTGAAATTA  300

seq1  TCCTGTGCATGTGAGTCGAATGTATGTTGCTGGATGGT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGCATGTGAGTCGAATGTATGTTGCTGGATGGT  338


seq1: chr15_61184077_61185102
seq2: B6Ng01-242E04.g_68_1106

seq1  GAATTCACTGCCTTTGTCACTGCAGAGTTTATACACACAAGTCCTATGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGCCTTTGTCACTGCAGAGTTTATACACACAAGTCCTATGAC  50

seq1  AGATGCCCAATAGCTATTTATTAACCCTGTCAATAATTGAAACAGTGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCCAATAGCTATTTATTAACCCTGTCAATAATTGAAACAGTGAAA  100

seq1  ACTGCCTGATACAATATATATCTGGAAAAGAAAAGCATACAAAAAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTGATACAATATATATCTGGAAAAGAAAAGCATACAAAAAAAAAA  150

seq1  CTTTTTCCTTGAATATTCATCCACTTAGAATGGGGATTTTGAAAAAACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCCTTGAATATTCATCCACTTAGAATGGGGATTTTGAAAAAACAA  200

seq1  TCAAATGTGAACTTAGTGTAATGGCAACTAATAAATGCTAGATAAGGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGTGAACTTAGTGTAATGGCAACTAATAAATGCTAGATAAGGTGT  250

seq1  GGGGATGTCATAAATGTTATGCCTATTACAATGGGTCATTGGAAACGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGTCATAAATGTTATGCCTATTACAATGGGTCATTGGAAACGTTT  300

seq1  TTAGTATCACAATTTTAATATCAGGAGATTAGAATTTTATAACTATTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATCACAATTTTAATATCAGGAGATTAGAATTTTATAACTATTACA  350

seq1  GACAATACTCTTAACACATCCACGAAATGGGGGCATTCCATATGATAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATACTCTTAACACATCCACGAAATGGGGGCATTCCATATGATAAAT  400

seq1  TAAGGGAACTGTTGCAATTCCTGTACAGGCTGACCCAGGATGTCTTTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGAACTGTTGCAATTCCTGTACAGGCTGACCCAGGATGTCTTTCTA  450

seq1  TTCTTGTCTAAATATAAAATTAACAGAGTTATCCTTATGGAATAACATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTCTAAATATAAAATTAACAGAGTTATCCTTATGGAATAACATTT  500

seq1  CTTCTCATTTCTCAGTGAGGATAAGGGTTGTTTGCAAGTATCACAGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCATTTCTCAGTGAGGATAAGGGTTGTTTGCAAGTATCACAGAAAA  550

seq1  GGAAGTCATGCCTGAGCCAAGAGGAAATTTGGGGAGGAAATGTGATTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCATGCCTGAGCCAAGAGGAAATTTGGGGAGGAAATGTGATTGGG  600

seq1  ACATTATTATGAAGGGTGAGAGGGAGGAGGAAAGAGACAGAAGAGGAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATTATGAAGGGTGAGAGGGAGGAGGAAAGAGACAGAAGAGGAAAA  650

seq1  ATTAGAAATTGGAAATGAAGTCACTTCAGTCTCTTGCTTTCCAGAGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAAATTGGAAATGAAGTCACTTCAGTCTCTTGCTTTCCAGAGGAAG  700

seq1  CAGGCTCTGACAGGATTCTGTGCACTGATGAATGATATGTGAACAGGGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCTGACAGGATTCTGTGCACTGATGAATGATATGTGAACAGGGGC  750

seq1  CCCCAGCAAGGT-GGGGCACGTGGGGCTCAGGTCTGGGACCCTCTGCTTC  799
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCAAGGTGGGGGCACGTGGGGCTCAGGTCTGGGACCCTCTGCTTC  800

seq1  TAACTCCTCATCTGAAAAATAAGAGCAGAATCAAACTTGCTTTTAAATGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCCTCATCTGAAAAATAAGAGCAGAATCAAACTTGCTTTTAAATGG  850

seq1  CAATTGGTAG-AAGAAATGATGTACAGATACTC-TCTCTAGT-CTGCCTC  896
      |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| 
seq2  CAATTGGTAGAAAGAAATGATGTACAGATACTCTTCTCTAGTCCTGCCTT  900

seq1  CTGAGAGTAGCAATCACA-GGAGGAATTA-GGAAATGATTCCACTTACAT  944
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGTAGCAATCACAGGGAGGAATTAGGGAAATGATTCCACTTACAT  950

seq1  A-CAGAAACTAAGAAGAACACA-TTATGAA-TTTGAACAA-TAGGTTT-G  989
      | |||||  ||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |
seq2  ACCAGAACTTAAGAAG-ACACATTTATGAACTTTGAACAATTAGGTTTGG  999

seq1  GCATTAGAAATCCCCT-AATCTCTCTT-GATACC-ATCCC  1026
      ||||||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||
seq2  GCATTAGAATTCCCCTAAATCTCTCTTGGATACCAATCCC  1039


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |