BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246G21
Chromosome15 (Build37)
Map Location 47,586,175 - 47,686,529
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd3
Upstream geneLOC100039438, LOC665130, LOC100039485, LOC100039493
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246G21.bB6Ng01-246G21.g
ACCGA055046GA055047
length1,1811,131
definitionB6Ng01-246G21.b B6Ng01-246G21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,685,347 - 47,686,529)(47,586,175 - 47,587,296)
sequence
gaattcattccaacaaaattgacagtgtgaagattactttgacattgcca
gagggaaagtagctgcactcaatatgaaggtaaataacaaagacattagt
gtgggtgggttgctgagaaagacagtacatgaataaaattgaattggcaa
aaaaattaagaagatggtaaaatagattcatagctgctgctcgtgttact
gtctcaaaaaaaaaaatacactcagaacaaatcgtgcatgtcaggatccc
agagaagccaactgaaatttaattcatggatgcctttgattttattttgg
gcattttatgattagacatgtaaaaaagaaaaacctaatggatttctaac
tactatttaaagttgaagatgttttaaaataattttatgtattcattggc
agactaggatttataaatcagagagttgtactctctggttggctctgttg
gattttcaaatatagccatagctatgaaatacataagggaaactttgata
aggtaaataatgtactaaaaagaggttggcagctcttatccctaaagaac
aagaaagtcttcatcaacatccagtaggattatgaatatacatataatta
actttctttctttgtaatgcattcacatgtgtacatatgaatttgcatat
aatttccaacagtgcaaagattattgtttctagtagcaataaagaaatct
gaaactaaattgatcccattctatacacataatcccactccataaccccc
ctaaagacttaaaaggcttatcattctatttttatatgcctaatgtgcat
atttgcatttgctattgtgcacagctttgtatatcttacatatttgctca
tcattcatacatgattttaaaagtcctaaacagaaactaagctgttattt
tccacggaacattaaaccactcattaggctacacattcgttcatacagct
gttaccattcttttcataatcaatatgaggaaccattagcatgtagacaa
tatttgtagaaacatcacatgcactggacaaaataatactgtataagaag
ccatcttgactttttacgtaagtgtgaatgcccgacacatgacatagtgt
gcaatgaagagatcatgaacatagaagctgatcatgagttgcctagtgtt
ctcatagcatggtttccagaaagcttgaggc
gaattccagtagatttatccctctagtataacttgaagaaatgcatataa
gttctttcagtgcctttgaggaaagagtttatgccataaccaatgtgaaa
aagtgagatgacggaatttaataagaatacagtgtcacaaatgtttatat
atttcttagtaagaatgtgcaaaatacttttgagaagagttattacatga
tcatatacaattgatctaaaatatctcgaatgagtcttgatttagtttag
tgacattataaaatgttcataaaaggcaagaaaaaagtgggaaaattaag
tatttactgcacaaaatatttagtagctattcagaagttcaattttactg
agagaatgagaaagcatactgtttacatgggacaatgtttactttaacta
aataaattacaacaaatgtatgcatgtttaatttaaagtacaggactatg
agaaaaacaaaaaatgataagagtcaagaataataaggataacatgaatg
tttttgaaccaaaatgttggaatggaaggaaaatcagacatttaaattga
gaaaggtgatgggacaatgcattctttttaaaagttggataaagcaccag
tgttccagggaaagaattcatggggaggaatcaatacaactacttaaaac
aactttcctcattcctacacagttatgaggataatattggtcaactgagc
acagcatggaaatggacatcaagccttagtgtgtttctagactacagtgt
cacttaccttgataaacaaagtgaaatcccttagctgttatgggtccaac
tgaagtgaatcgaattgtgatctgattacctgaactcagtggaagtgact
ctcctactcaacaaaacaaacactcagatatcataaataatcttcattca
gtaaacctaaaaaactatatcattttacactctcatttggaaaaggtcaa
actagggttctatcaaattatttcaaaatatcctactgctagcaatatat
tttccttggggttcagcttcaatgaatctttttttttttttaaaccagaa
agcttcaaataacattttaatacatatgtcttcagtcttaaatattttta
tatcaatggaaacaggccacagaattgtgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_47685347_47686529
seq2: B6Ng01-246G21.b_45_1225 (reverse)

seq1  GCCTC-AGCTTTCTTGAA--CATGCTATGAG-ACACTAGCAACCTCATTG  46
      ||||| |||||||| |||  ||||||||||| |||||||  | |||| ||
seq2  GCCTCAAGCTTTCTGGAAACCATGCTATGAGAACACTAGGCAACTCA-TG  49

seq1  ATCCAACCTCTATGTTCATGGTCTCTTCATTTGCACACTATTGTCATGTG  96
      || || | |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  AT-CAGCTTCTATGTTCATGATCTCTTCA-TTGCACACTA-TGTCATGTG  96

seq1  TC-GGCATTCACCACTTACGTAAAAAGTCAAGATGGCTTCTTATACAGTA  145
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGCATTCA-CACTTACGTAAAAAGTCAAGATGGCTTCTTATACAGTA  145

seq1  TTATTTTGTCCAGGTGCATGTGATGTTTCTACAAATATTTGTCTACATGC  195
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTATTTTGTCCA-GTGCATGTGATGTTTCTACAAATA-TTGTCTACATGC  193

seq1  TAATGGTTCCTCATATTGATTATGAAAAGAATGGTAACAGCTGTATGAAC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGTTCCTCATATTGATTATGAAAAGAATGGTAACAGCTGTATGAAC  243

seq1  GAATGTGTAGCCTAATGAGTGGTTTAATGTTCCGTGGAAAATAACAGCTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGTAGCCTAATGAGTGGTTTAATGTTCCGTGGAAAATAACAGCTT  293

seq1  AGTTTCTGTTTAGGACTTTTAAAATCATGTATGAATGATGAGCAAATATG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTGTTTAGGACTTTTAAAATCATGTATGAATGATGAGCAAATATG  343

seq1  TAAGATATACAAAGCTGTGCACAATAGCAAATGCAAATATGCACATTAGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATATACAAAGCTGTGCACAATAGCAAATGCAAATATGCACATTAGG  393

seq1  CATATAAAAATAGAATGATAAGCCTTTTAAGTCTTTAGGGGGGTTATGGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAAAATAGAATGATAAGCCTTTTAAGTCTTTAGGGGGGTTATGGA  443

seq1  GTGGGATTATGTGTATAGAATGGGATCAATTTAGTTTCAGATTTCTTTAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGATTATGTGTATAGAATGGGATCAATTTAGTTTCAGATTTCTTTAT  493

seq1  TGCTACTAGAAACAATAATCTTTGCACTGTTGGAAATTATATGCAAATTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTAGAAACAATAATCTTTGCACTGTTGGAAATTATATGCAAATTC  543

seq1  ATATGTACACATGTGAATGCATTACAAAGAAAGAAAGTTAATTATATGTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTACACATGTGAATGCATTACAAAGAAAGAAAGTTAATTATATGTA  593

seq1  TATTCATAATCCTACTGGATGTTGATGAAGACTTTCTTGTTCTTTAGGGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATAATCCTACTGGATGTTGATGAAGACTTTCTTGTTCTTTAGGGA  643

seq1  TAAGAGCTGCCAACCTCTTTTTAGTACATTATTTACCTTATCAAAGTTTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCTGCCAACCTCTTTTTAGTACATTATTTACCTTATCAAAGTTTC  693

seq1  CCTTATGTATTTCATAGCTATGGCTATATTTGAAAATCCAACAGAGCCAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATGTATTTCATAGCTATGGCTATATTTGAAAATCCAACAGAGCCAA  743

seq1  CCAGAGAGTACAACTCTCTGATTTATAAATCCTAGTCTGCCAATGAATAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAGTACAACTCTCTGATTTATAAATCCTAGTCTGCCAATGAATAC  793

seq1  ATAAAATTATTTTAAAACATCTTCAACTTTAAATAGTAGTTAGAAATCCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATTATTTTAAAACATCTTCAACTTTAAATAGTAGTTAGAAATCCA  843

seq1  TTAGGTTTTTCTTTTTTACATGTCTAATCATAAAATGCCCAAAATAAAAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTTTTCTTTTTTACATGTCTAATCATAAAATGCCCAAAATAAAAT  893

seq1  CAAAGGCATCCATGAATTAAATTTCAGTTGGCTTCTCTGGGATCCTGACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCATCCATGAATTAAATTTCAGTTGGCTTCTCTGGGATCCTGACA  943

seq1  TGCACGATTTGTTCTGAGTGTATTTTTTTTTTTGAGACAGTAACACGAGC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGATTTGTTCTGAGTGTATTTTTTTTTTTGAGACAGTAACACGAGC  993

seq1  AGCAGCTATGAATCTATTTTACCATCTTCTTAATTTTTTTGCCAATTCAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTATGAATCTATTTTACCATCTTCTTAATTTTTTTGCCAATTCAA  1043

seq1  TTTTATTCATGTACTGTCTTTCTCAGCAACCCACCCACACTAATGTCTTT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTCATGTACTGTCTTTCTCAGCAACCCACCCACACTAATGTCTTT  1093

seq1  GTTATTTACCTTCATATTGAGTGCAGCTACTTTCCCTCTGGCAATGTCAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTACCTTCATATTGAGTGCAGCTACTTTCCCTCTGGCAATGTCAA  1143

seq1  AGTAATCTTCACACTGTCAATTTTGTTGGAATGAATTC  1183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATCTTCACACTGTCAATTTTGTTGGAATGAATTC  1181

seq1: chr15_47586175_47587296
seq2: B6Ng01-246G21.g_66_1196

seq1  GAATTCCAGTAGATTTATCCCTCTAGTATAACTTGAAGAAATGCATATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTAGATTTATCCCTCTAGTATAACTTGAAGAAATGCATATAA  50

seq1  GTTCTTTCAGTGCCTTTGAGGAAAGAGTTTATGCCATAACCAATGTGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTCAGTGCCTTTGAGGAAAGAGTTTATGCCATAACCAATGTGAAA  100

seq1  AAGTGAGATGACGGAATTTAATAAGAATACAGTGTCACAAATGTTTATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGATGACGGAATTTAATAAGAATACAGTGTCACAAATGTTTATAT  150

seq1  ATTTCTTAGTAAGAATGTGCAAAATACTTTTGAGAAGAGTTATTACATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTAGTAAGAATGTGCAAAATACTTTTGAGAAGAGTTATTACATGA  200

seq1  TCATATACAATTGATCTAAAATATCTCGAATGAGTCTTGATTTAGTTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATACAATTGATCTAAAATATCTCGAATGAGTCTTGATTTAGTTTAG  250

seq1  TGACATTATAAAATGTTCATAAAAGGCAAGAAAAAAGTGGGAAAATTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTATAAAATGTTCATAAAAGGCAAGAAAAAAGTGGGAAAATTAAG  300

seq1  TATTTACTGCACAAAATATTTAGTAGCTATTCAGAAGTTCAATTTTACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACTGCACAAAATATTTAGTAGCTATTCAGAAGTTCAATTTTACTG  350

seq1  AGAGAATGAGAAAGCATACTGTTTACATGGGACAATGTTTACTTTAACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATGAGAAAGCATACTGTTTACATGGGACAATGTTTACTTTAACTA  400

seq1  AATAAATTACAACAAATGTATGCATGTTTAATTTAAAGTACAGGACTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTACAACAAATGTATGCATGTTTAATTTAAAGTACAGGACTATG  450

seq1  AGAAAAACAAAAAATGATAAGAGTCAAGAATAATAAGGATAACATGAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAACAAAAAATGATAAGAGTCAAGAATAATAAGGATAACATGAATG  500

seq1  TTTTTGAACCAAAATGTTGGAATGGAAGGAAAATCAGACATTTAAATTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAACCAAAATGTTGGAATGGAAGGAAAATCAGACATTTAAATTGA  550

seq1  GAAAGGTGATGGGACAATGCATTCTTTTTAAAAGTTGGATAAAGCACCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTGATGGGACAATGCATTCTTTTTAAAAGTTGGATAAAGCACCAG  600

seq1  TGTTCCAGGGAAAGAATTCATGGGGAGGAATCAATACAACTACTTAAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCAGGGAAAGAATTCATGGGGAGGAATCAATACAACTACTTAAAAC  650

seq1  AACTTTCCTCATTCCTACACAGTTATGAGGATAATATTGGTCAACTGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTCCTCATTCCTACACAGTTATGAGGATAATATTGGTCAACTGAGC  700

seq1  ACAGCATGGAAATGGACATCAAGCCTTAGTGTGTTTCTAGACTACAGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATGGAAATGGACATCAAGCCTTAGTGTGTTTCTAGACTACAGTGT  750

seq1  CACTTACCTTGATAAACAAAGTGAAATCCCTTAGCTGTTATGGGTCCAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTACCTTGATAAACAAAGTGAAATCCCTTAGCTGTTATGGGTCCAAC  800

seq1  TGAAGTGAATCGAATTGTGATCTGATTACCTGAACTCAGTGGAAGTGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGAATCGAATTGTGATCTGATTACCTGAACTCAGTGGAAGTGACT  850

seq1  CTCCTACTCAACAAAACAAACACTCAGATATCATAAATAATCTTCATTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTACTCAACAAAACAAACACTCAGATATCATAAATAATCTTCATTCA  900

seq1  GTAAACCTAAAAAACTATATCATTTTACACTCTCATTT-GAAAAGGTCAA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTAAACCTAAAAAACTATATCATTTTACACTCTCATTTGGAAAAGGTCAA  950

seq1  ACTA-GGTTCTATCAAATTATTTCAAAATATCCTACTGCTAGCAATATAT  998
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGGTTCTATCAAATTATTTCAAAATATCCTACTGCTAGCAATATAT  1000

seq1  TTTCCTT-GGGTTCAGCTTCAATTGAAATCTTTTTTTTTTTT--AACCAG  1045
      ||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||  ||||||
seq2  TTTCCTTGGGGTTCAGCTTCAAT--GAATCTTTTTTTTTTTTTAAACCAG  1048

seq1  AAAGCTTC-AATTACATTTTAATACATATGTC-TCAGTCTTAAATA-TTT  1092
      |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  AAAGCTTCAAATAACATTTTAATACATATGTCTTCAGTCTTAAATATTTT  1098

seq1  TATATCATATGAAACAG--CACAG-ATTGTGAT  1122
      |||||||   |||||||  ||||| ||||||||
seq2  TATATCAATGGAAACAGGCCACAGAATTGTGAT  1131