BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246P11
Chromosome15 (Build37)
Map Location 23,213,875 - 23,300,217
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG545091, Cdh18
Downstream geneLOC624863, LOC666989
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246P11.bB6Ng01-246P11.g
ACCGA055432GA055433
length787751
definitionB6Ng01-246P11.b B6Ng01-246P11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,299,435 - 23,300,217)(23,213,875 - 23,214,625)
sequence
gaattcagaagcaatcatagaaatattaattggatcaacttcagtgctgt
ctgcaaggaaccacaaaggcccaaggagagggagatatatgatggagtgg
tcagtctacaagcactcacaacaggtagtgtttaccaggtaagtgtgtca
ttttgtgtgtacatgattcatgataatccaaaacaatcctgtaacatcag
gatctgtggtcacagatcactttggcagatattgtgatactgaaactgta
aaacagtacattatattccaactgcaatggaattaagagaatataatgag
tcatacttgtaaaagattaaactaaacaaaacatccttgagggtattaaa
ctttcttcaaattgaaaaaaaaatataaaggcaaatcacaaaggcaaggg
attcaaaggataagaactggatccctaaaatggagtaactgtaaagtaaa
acaataatttttataatgtattaatttagctacggataaatcttaggcct
tctgcactcggatgcatggcaatttatatgggattttaaggagcattata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatcta
tatatataaatataaatacacatatatattatcattgatataggaatcca
tatgctaaaattgtatcacattatctcaatatttatctattaatgtcttc
aaatgcttccagaattttagcactgtacccaaaccaacctcattaatttc
ccccattttggtatctgaatgggtcattatttcatgc

gaattcaatattccctgtgtgatctagaagacatctcttcaacttttact
gtgatcaatcagtgtccagacagtgactatcttccttcaggcagtagcaa
ctaaagaaattgattccaaagatgatgtaatagcagaaaagccaaccaga
gagcactgatgctagaaagaggactcaagcccacagcaggcagaagattt
gttcttggtgctataaggcagagatatggaaaatggaggcaaagattgct
gcctggaagtctgtctacccactgtagagttgcactgtaccaccaagaaa
gagcacaaaacttttagaatcaggatgaaggagcacaatgcttccaacac
ttatttcaatttatttaagttaccacagagaaagtaggacatgtttgata
acaagaaatttacctacacaaggtaacactgggcagactatgttctcatg
atgcagttatgtaataaaacagggacccttatggtagagttagggaagga
ctgaagaagatgaaagggattgcaacctcattggaacaaaaacaatatca
actaactggatccctcagagctcctaggaactaagccaccaacaaaagta
catgggctagtctgtggtccatgctacctatgcagcagaggactgcctta
tctagcttcaaagagagggaatgtgcttggttctgtggaggcttggtgcc
ccagagaagggggatgttagaaggatgaggtagcagtgggtggatggttt
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_23299435_23300217
seq2: B6Ng01-246P11.b_48_834 (reverse)

seq1  GCATGAAATTATGACCCATTCAGATACAAAAATGGGG---AATAATGAGG  47
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||   | ||||||||
seq2  GCATGAAATAATGACCCATTCAGATACCAAAATGGGGGAAATTAATGAGG  50

seq1  TTGGTTTGGCTACAGTGCTAAAATTCTGGCAGCATTTGAAGACATTAAAA  97
      ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  TTGGTTTGGGTACAGTGCTAAAATTCTGGAAGCATTTGAAGACATTAATA  100

seq1  GAAAAATAATGTGCTAATGTGATACAA-TTTAGCAAATGGATTTCTCTAT  146
      || ||||| || | ||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||
seq2  GATAAATATTGAGATAATGTGATACAATTTTAGCATATGGATTCCTATAT  150

seq1  CAATGATATTCAAATTGTGAAATAAGACTTTTAAAAACTGATATATATAT  196
      |||||||| |  |  |||| | | | | || || | |  |||||||||||
seq2  CAATGATAATATATATGTGTATTTATATTTATATATATAGATATATATAT  200

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATGCTCCTT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATGCTCCTT  250

seq1  AAAATCCCATATAAATTGCCATGCATCCGAGTGCAGAAGGCCTAAGATTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCCATATAAATTGCCATGCATCCGAGTGCAGAAGGCCTAAGATTT  300

seq1  ATCCGTAGCTAAATTAATACATTATAAAAATTATTGTTTTACTTTACAGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGTAGCTAAATTAATACATTATAAAAATTATTGTTTTACTTTACAGT  350

seq1  TACTCCATTTTAGGGATCCAGTTCTTATCCTTTGAATCCCTTGCCTTTGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCATTTTAGGGATCCAGTTCTTATCCTTTGAATCCCTTGCCTTTGT  400

seq1  GATTTGCCTTTATATTTTTTTTTCAATTTGAAGAAAGTTTAATACCCTCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGCCTTTATATTTTTTTTTCAATTTGAAGAAAGTTTAATACCCTCA  450

seq1  AGGATGTTTTGTTTAGTTTAATCTTTTACAAGTATGACTCATTATATTCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTTTTGTTTAGTTTAATCTTTTACAAGTATGACTCATTATATTCT  500

seq1  CTTAATTCCATTGCAGTTGGAATATAATGTACTGTTTTACAGTTTCAGTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTCCATTGCAGTTGGAATATAATGTACTGTTTTACAGTTTCAGTA  550

seq1  TCACAATATCTGCCAAAGTGATCTGTGACCACAGATCCTGATGTTACAGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATATCTGCCAAAGTGATCTGTGACCACAGATCCTGATGTTACAGG  600

seq1  ATTGTTTTGGATTATCATGAATCATGTACACACAAAATGACACACTTACC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTTGGATTATCATGAATCATGTACACACAAAATGACACACTTACC  650

seq1  TGGTAAACACTACCTGTTGTGAGTGCTTGTAGACTGACCACTCCATCATA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAACACTACCTGTTGTGAGTGCTTGTAGACTGACCACTCCATCATA  700

seq1  TATCTCCCTCTCCTTGGGCCTTTGTGGTTCCTTGCAGACAGCACTGAAGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCCCTCTCCTTGGGCCTTTGTGGTTCCTTGCAGACAGCACTGAAGT  750

seq1  TGATCCAATTAATATTTCTATGATTGCTTCTGAATTC  783
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCAATTAATATTTCTATGATTGCTTCTGAATTC  787


seq1: chr15_23213875_23214625
seq2: B6Ng01-246P11.g_67_817

seq1  GAATTCAATATTCCCTGTGTGATCTAGAAGACATCTCTTCAACTTTTACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATATTCCCTGTGTGATCTAGAAGACATCTCTTCAACTTTTACT  50

seq1  GTGATCAATCAGTGTCCAGACAGTGACTATCTTCCTTCAGGCAGTAGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCAATCAGTGTCCAGACAGTGACTATCTTCCTTCAGGCAGTAGCAA  100

seq1  CTAAAGAAATTGATTCCAAAGATGATGTAATAGCAGAAAAGCCAACCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGAAATTGATTCCAAAGATGATGTAATAGCAGAAAAGCCAACCAGA  150

seq1  GAGCACTGATGCTAGAAAGAGGACTCAAGCCCACAGCAGGCAGAAGATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTGATGCTAGAAAGAGGACTCAAGCCCACAGCAGGCAGAAGATTT  200

seq1  GTTCTTGGTGCTATAAGGCAGAGATATGGAAAATGGAGGCAAAGATTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGGTGCTATAAGGCAGAGATATGGAAAATGGAGGCAAAGATTGCT  250

seq1  GCCTGGAAGTCTGTCTACCCACTGTAGAGTTGCACTGTACCACCAAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAAGTCTGTCTACCCACTGTAGAGTTGCACTGTACCACCAAGAAA  300

seq1  GAGCACAAAACTTTTAGAATCAGGATGAAGGAGCACAATGCTTCCAACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAAAACTTTTAGAATCAGGATGAAGGAGCACAATGCTTCCAACAC  350

seq1  TTATTTCAATTTATTTAAGTTACCACAGAGAAAGTAGGACATGTTTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCAATTTATTTAAGTTACCACAGAGAAAGTAGGACATGTTTGATA  400

seq1  ACAAGAAATTTACCTACACAAGGTAACACTGGGCAGACTATGTTCTCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAATTTACCTACACAAGGTAACACTGGGCAGACTATGTTCTCATG  450

seq1  ATGCAGTTATGTAATAAAACAGGGACCCTTATGGTAGAGTTAGGGAAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTTATGTAATAAAACAGGGACCCTTATGGTAGAGTTAGGGAAGGA  500

seq1  CTGAAGAAGATGAAAGGGATTGCAACCTCATTGGAACAAAAACAATATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAAGATGAAAGGGATTGCAACCTCATTGGAACAAAAACAATATCA  550

seq1  ACTAACTGGATCCCTCAGAGCTCCTAGGAACTAAGCCACCAACAAAAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACTGGATCCCTCAGAGCTCCTAGGAACTAAGCCACCAACAAAAGTA  600

seq1  CATGGGCTAGTCTGTGGTCCATGCTACCTATGCAGCAGAGGACTGCCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCTAGTCTGTGGTCCATGCTACCTATGCAGCAGAGGACTGCCTTA  650

seq1  TCTAGCTTCAAAGAGAGGGAATGTGCTTGGTTCTGTGGAGGCTTGGTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTTCAAAGAGAGGGAATGTGCTTGGTTCTGTGGAGGCTTGGTGCC  700

seq1  CCAGAGAAGGGGGATGTTAGAAGGATGAGGTAGCAGTGGGTGGATGGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAAGGGGGATGTTAGAAGGATGAGGTAGCAGTGGGTGGATGGTTT  750

seq1  G  751
      |
seq2  G  751


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |