BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-247B17
Chromosome15 (Build37)
Map Location 28,816,371 - 28,966,129
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTrio, LOC667126, Dnahc5, EG382974, LOC100040675, LOC100040689, LOC100040702, LOC667153
Downstream geneLOC382975
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-247B17.bB6Ng01-247B17.g
ACCGA055537GA055538
length8751,093
definitionB6Ng01-247B17.b B6Ng01-247B17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,965,261 - 28,966,129)(28,816,371 - 28,817,473)
sequence
gaattcagaaagttgtatattctaagtgtaacagaaaagaggcaatattg
gcatgagaaagcatattccattactagatgaccttgaacaaaaacagagc
tggaaggaagccccctcctttctgaaaaagaagttaaattcatcgtatct
ataaatgcacagagactcttcagtttctgataacctagattaattttctc
tattttagaactcaacaaaagagcacacatcgctaagagcaaaaatgaag
acatgccattttcatctcttcagaaaatatcctaaatgctgtatcctaca
tcagttagatttaggatagccattatcatctgatcaactttcagtccaaa
tatttattgtaaaaaaaacagtattattcaatgtcagtgatatgcatgtt
attccatgtctgtgttaattacatgggagttgctatgaggtattatttga
cataaacagttatgagtgaaaagacttgttctagctcagtgcttcagttt
tcagtccctcatgatcaatagtgtgtggtagaggagagtgtaggacttgt
atgatttggtatcctagtggatcaggtgagagtggtcattctggaactct
tgacccaaggaagcaaccacaaccctgttgaagggaagcctgtggctagc
tacgccctctgtagcaccctcctagatgcctccttcctccagcatgttct
gcaattcactcatagcaccacttacaatgggtgccccctgtgttatgaat
ctgtcccaggatgagccactcattagatgtagtactcgggggtctaattg
tctctgaaatgtcatcatagacataccctcaaaatttgtatgtattcctt
agagttgttatctttcataactaac

gaattctctgtgggtcaagtgtttaaaaaacatatctaacagtgccacag
atggattgctgtgtagcactgtcctcagggtgtctcacggtgagtactac
acactcatctactttcctggggtttgtttgctttcttttagtcctttatg
accagaaaacataaagtagacaattttcaactacatttataatgggaata
aataattattaatatgacatggtagacgtttttatgaagtaaaatgaatc
acatgaaatgagattaattttcatataggaattctcacatgaaggattaa
ggtatggaccaaacagaacaactttatttagtgaaataaagaaagagaga
acatgcacagctttcattcatgttaaggaaaaatattacctttgacccaa
ttacttaatgtttcagtaaatagtatttatgctgacagaatgtcccacat
aatttgggtaaaaacagttagctcttttaggatatatttgtttaggatag
gtcttgtctgactgttcagtgtctataaagccacattggtagattttatg
atataactcaaacatcattagttgctcatggctgagcatggtggtggtgt
tgaaaagggcagttttgggtgtaattagaaaggaaaggagaaaaatgaag
aaccaaccaccaatctgaatctgttcttctcacagactcaaagtcctcag
cctgtttggagaactcaaagatgatggagaactcaaagacctgtcactgc
agttcctcaggaccagtcatatatgtggtgaaatactcataaagtaaaag
agtccataaaataactggataaacttgagtcagaaagaaaggacattata
tatttctactagaaagagaatttgtctcaaagtaggtttatagctaagta
aacattttaaaattataagaaagtgtcttattaaattgtatttgttgaga
ttcagtaacttctgggaaaaatagtatcaatttaatttttaaatgattga
tttttcttaaaaaaataaaatacaatcataatatttcccactacgtcact
tctcaccctgtcatgtactatcttgctcttcagattcatagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_28965261_28966129
seq2: B6Ng01-247B17.b_46_920 (reverse)

seq1  GTTAGTTATGAAGGTAAACAACTCTTAGG-ATACATAC-AATTTTG-GGG  47
      |||||||||||| |  ||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||
seq2  GTTAGTTATGAAAGATAACAACTCTAAGGAATACATACAAATTTTGAGGG  50

seq1  TATGTCTATGATGACATTTCAGAGACAATTAGA-CCCCGAGTACTAACAT  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  TATGTCTATGATGACATTTCAGAGACAATTAGACCCCCGAGTACT-ACAT  99

seq1  CTAATGAGTGGCTCATCCTGGGACAGATTCATAACACA-GGGGCA-CCAT  144
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  CTAATGAGTGGCTCATCCTGGGACAGATTCATAACACAGGGGGCACCCAT  149

seq1  TGTAAGTGGTGCTATGAGTGAATTGCAG-ACATGCTGGAGGAAGGAGGCA  193
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTGGTGCTATGAGTGAATTGCAGAACATGCTGGAGGAAGGAGGCA  199

seq1  TCTAGGAGGGTGCTACAGAGGGCGTAGCTAGCCACAGGCTTCCCTTCAAC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGAGGGTGCTACAGAGGGCGTAGCTAGCCACAGGCTTCCCTTCAAC  249

seq1  AGGGTTGTGGTTGCTTCCTTGGGTCAAGAGTTCCAGAATGACCACTCTCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTGTGGTTGCTTCCTTGGGTCAAGAGTTCCAGAATGACCACTCTCA  299

seq1  CCTGATCCACTAGGATACCAAATCATACAAGTCCTACACTCTCCTCTACC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATCCACTAGGATACCAAATCATACAAGTCCTACACTCTCCTCTACC  349

seq1  ACACACTATTGATCATGAGGGACTGAAAACTGAAGCACTGAGCTAGAACA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTATTGATCATGAGGGACTGAAAACTGAAGCACTGAGCTAGAACA  399

seq1  AGTCTTTTCACTCATAACTGTTTATGTCAAATAATACCTCATAGCAACTC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTTCACTCATAACTGTTTATGTCAAATAATACCTCATAGCAACTC  449

seq1  CCATGTAATTAACACAGACATGGAATAACATGCATATCACTGACATTGAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTAATTAACACAGACATGGAATAACATGCATATCACTGACATTGAA  499

seq1  TAATACTGTTTTTTTTACAATAAATATTTGGACTGAAAGTTGATCAGATG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTGTTTTTTTTACAATAAATATTTGGACTGAAAGTTGATCAGATG  549

seq1  ATAATGGCTATCCTAAATCTAACTGATGTAGGATACAGCATTTAGGATAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGCTATCCTAAATCTAACTGATGTAGGATACAGCATTTAGGATAT  599

seq1  TTTCTGAAGAGATGAAAATGGCATGTCTTCATTTTTGCTCTTAGCGATGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAAGAGATGAAAATGGCATGTCTTCATTTTTGCTCTTAGCGATGT  649

seq1  GTGCTCTTTTGTTGAGTTCTAAAATAGAGAAAATTAATCTAGGTTATCAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCTTTTGTTGAGTTCTAAAATAGAGAAAATTAATCTAGGTTATCAG  699

seq1  AAACTGAAGAGTCTCTGTGCATTTATAGATACGATGAATTTAACTTCTTT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAAGAGTCTCTGTGCATTTATAGATACGATGAATTTAACTTCTTT  749

seq1  TTCAGAAAGGAGGGGGCTTCCTTCCAGCTCTGTTTTTGTTCAAGGTCATC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAAGGAGGGGGCTTCCTTCCAGCTCTGTTTTTGTTCAAGGTCATC  799

seq1  TAGTAATGGAATATGCTTTCTCATGCCAATATTGCCTCTTTTCTGTTACA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAATGGAATATGCTTTCTCATGCCAATATTGCCTCTTTTCTGTTACA  849

seq1  CTTAGAATATACAACTTTCTGAATTC  869
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAATATACAACTTTCTGAATTC  875


seq1: chr15_28816371_28817473
seq2: B6Ng01-247B17.g_66_1158

seq1  GAATTCTCTGTGGGTCAAGTGTTTAAAAAACATATCTAACAGTGCCACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTGGGTCAAGTGTTTAAAAAACATATCTAACAGTGCCACAG  50

seq1  ATGGATTGCTGTGTAGCACTGTCCTCAGGGTGTCTCACGGTGAGTACTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATTGCTGTGTAGCACTGTCCTCAGGGTGTCTCACGGTGAGTACTAC  100

seq1  ACACTCATCTACTTTCCTGGGGTTTGTTTGCTTTCTTTTAGTCCTTTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCATCTACTTTCCTGGGGTTTGTTTGCTTTCTTTTAGTCCTTTATG  150

seq1  ACCAGAAAACATAAAGTAGACAATTTTCAACTACATTTATAATGGGAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAAAACATAAAGTAGACAATTTTCAACTACATTTATAATGGGAATA  200

seq1  AATAATTATTAATATGACATGGTAGACGTTTTTATGAAGTAAAATGAATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTATTAATATGACATGGTAGACGTTTTTATGAAGTAAAATGAATC  250

seq1  ACATGAAATGAGATTAATTTTCATATAGGAATTCTCACATGAAGGATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAATGAGATTAATTTTCATATAGGAATTCTCACATGAAGGATTAA  300

seq1  GGTATGGACCAAACAGAACAACTTTATTTAGTGAAATAAAGAAAGAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGGACCAAACAGAACAACTTTATTTAGTGAAATAAAGAAAGAGAGA  350

seq1  ACATGCACAGCTTTCATTCATGTTAAGGAAAAATATTACCTTTGACCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACAGCTTTCATTCATGTTAAGGAAAAATATTACCTTTGACCCAA  400

seq1  TTACTTAATGTTTCAGTAAATAGTATTTATGCTGACAGAATGTCCCACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTAATGTTTCAGTAAATAGTATTTATGCTGACAGAATGTCCCACAT  450

seq1  AATTTGGGTAAAAACAGTTAGCTCTTTTAGGATATATTTGTTTAGGATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGGGTAAAAACAGTTAGCTCTTTTAGGATATATTTGTTTAGGATAG  500

seq1  GTCTTGTCTGACTGTTCAGTGTCTATAAAGCCACATTGGTAGATTTTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGTCTGACTGTTCAGTGTCTATAAAGCCACATTGGTAGATTTTATG  550

seq1  ATATAACTCAAACATCATTAGTTGCTCATGGCTGAGCATGGTGGTGGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACTCAAACATCATTAGTTGCTCATGGCTGAGCATGGTGGTGGTGT  600

seq1  TGAAAAGGGCAGTTTTGGGTGTAATTAGAAAGGAAAGGAGAAAAATGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGGGCAGTTTTGGGTGTAATTAGAAAGGAAAGGAGAAAAATGAAG  650

seq1  AACCAACCACCAATCTGAATCTGTTCTTCTCACAGACTCAAAGTCCTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACCACCAATCTGAATCTGTTCTTCTCACAGACTCAAAGTCCTCAG  700

seq1  CCTGTTTGGAGAACTCAAAGATGATGGAGAACTCAAAGACCTGTCACTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTGGAGAACTCAAAGATGATGGAGAACTCAAAGACCTGTCACTGC  750

seq1  AGTTCCTCAGGACCAGTCATATATGTGGTGAAATACTCATAAAGTAAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTCAGGACCAGTCATATATGTGGTGAAATACTCATAAAGTAAAAG  800

seq1  AGTCCATAAAATAACTGGATAAACTTGAGTCAGAAAG-AAGGACATTATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTCCATAAAATAACTGGATAAACTTGAGTCAGAAAGAAAGGACATTATA  850

seq1  TATTTCTACTAGAAAGAGAATTTGTCTCAAAGTAGGTTTATAGCTAAGTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTACTAGAAAGAGAATTTGTCTCAAAGTAGGTTTATAGCTAAGTA  900

seq1  AACATTTTAAAATTATAAGAAAGTGTCTTATTAAATTGTATTTGTTGAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AACATTTTAAAATTATAAGAAAGTGTCTTATTAAATTGTATTTGTTGAG-  949

seq1  ATTCAGTAACTTCTGGG-AAAATAGTATCAATTTAATTTTTAAATGATTT  998
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATTCAGTAACTTCTGGGAAAAATAGTATCAATTTAATTTTTAAATGA-TT  998

seq1  GAATTTTCTTAAAAAAATAAAATTACAATCATATAATTTTCCCACTACCT  1048
      || ||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||||||||| | 
seq2  GATTTTTCTTAAAAAAATAAAA-TACAATCATA-ATATTTCCCACTA-CG  1045

seq1  TCACTTTCTCCAACCCCTGTCATGTACTATCTTGCTCTTTTCAAGATTCA  1098
      |||| |||||    |||||||||||||||||||||||||    |||||||
seq2  TCAC-TTCTC---ACCCTGTCATGTACTATCTTGCTCTT---CAGATTCA  1088

seq1  TAGCT  1103
      |||||
seq2  TAGCT  1093


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |