BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249M04
Chromosome15 (Build37)
Map Location 101,526,027 - 101,705,509
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKrt5, Krt71, Krt74, Krt72, Krt73, Krt2, LOC100043001, Krt1, Krt77
Upstream geneGalnt6, Slc4a8, Scn8a, EG668225, Ankrd33, Acvrl1, Acvr1b, Grasp, Nr4a1, 9430023L20Rik, 6030408B16Rik, Krt80, Krt7, Krt85, Krt83, 1700011A15Rik, 5430421N21Rik, EG574415, Krt84, Krt82, 4732456N10Rik, Krt75, EG432985, EG432986, EG406223, EG432987, Krt6b, Krt6a
Downstream geneKrt76, Krt4, Krt79, Krt78, Krt8, Krt18, LOC676882, Eif4b, Tenc1, Spryd3, Igfbp6, Soat2, Csad, Zfp740, Itgb7, Rarg, D15Mgi27, Espl1, Pfdn5, Myg1, Aaas, Sp7, Sp1, Amhr2, Prr13, Pcbp2, Map3k12, Tarbp2, Npff, Atf7, LOC100043600, Atp5g2, Calcoco1, LOC637762, LOC100043050
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249M04.bB6Ng01-249M04.g
ACCGA057495GA057496
length1,086743
definitionB6Ng01-249M04.b B6Ng01-249M04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,704,443 - 101,705,509)(101,526,027 - 101,526,768)
sequence
gaattcagtttggggctgggatctttagtgtaaggacagtcttttgcctt
gttcagaatgctgtttctgccctcctacagagaaccagggtcttatcaca
tagcccaggctggcttggaacttgtaatcctccttcattggtctttactt
gtgcaggggtgtgaaagaagccctcactcttttcaatagttaggagatta
aagcaaagcaatttgaagtcttttgcatggtttatggtatattgcagctt
atgtttttatggtgaaattgatgctgtaatttgttttaagaaactggatg
gaaaacctagtgtagctgatggagagttgctttgtttagtagcatagtaa
ctgttaaagttactgtgtgaaactgaagatcttatggttgctggagggtt
gctttgtttagcaacagagtaactgttaaagttactgtgtgaaactgtga
agatcttctggttgctggagggttgctttgtttagcagcacagtaactgt
taaagtgaggctcttgtcatttgcctggctctgtgctaagagcatctcaa
gaattaactgctccaacttttccagtcccactagctaggcagtgcctgtg
ctttgtaaatgaggaaacttaaatgtggagagatgagcgaacttgtagag
ggccagataatatgaggtggaatcaagactcagattccagcagtggagtt
ctaaaatcttaccctgtgaagcagaaagcatgctatctgtctttggaatc
agtctacccaggtgagatctggggttggggctatagtcttctggctgctt
ggtcacttccagcctcacaccaaagtcatcagtaaaatgtggtttgcatg
gcttgggatgtggcgcagtcactagagtacctttctttaccattgcccga
agtcctcagtttctgtcttggcacttcatatgcccaggcattggttgaca
caagccctgcaatcacagcattgcgggatgtggaagaaggggtatcagaa
aatccaaagtcattctttagttacacacgagagtttgaggtctcgtctgg
gttaacaagacctcttgtccctctccaaaaactggt
gaattcaattgcagttctcagacacactgggatccagcatccaggaaggt
aggaagctccctacccctcaaaggtgctaactcagcgtctgacaggagag
agataccttcctcagacaacggaaacagctgccctccctccaccctgttg
cacaattcttcaccaagaatgtgcttccacccagttctgggaaacaagtg
ccctcgtggtttggagctccgattctctactctcccgagttaggggccct
gggtgtggcagggctgcaaggtgaggaagccagttgatgaagcacgtggc
atccccctttcctagtgtgtggctatttcagtgtctctaactgctccaca
ccatggcaaccaagactaatatgcaaagccaagagaattccctatacatt
ttccttcaaggaaatcctttgccaaccctggtacagagcttgagccccgg
ggtcagacagagcaggttctcctgtgctcatatgcaaactgctggaccaa
ccatttgtgcttactcttacgtccatacacaagatgggaaattggacagt
gttgtgaagctgagatgagaaagttccttcccatgagggtcttggaatgg
tatctgacacagacgttctcagtgaggataagctattatcaccattaaaa
gggagcttgaagaagtctgatttgtagaaatccacgagaagtttcaggaa
ctagaacacaggtacagcatatatgtgtgtgggggtggggttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_101704443_101705509
seq2: B6Ng01-249M04.b_46_1131 (reverse)

seq1  ACCAGTTTTTGGAG-GGGAC-AGTGTTCTTG-TAACCCAGAC-TGGCCTC  46
      |||||||||||||| ||||| || | ||||| ||||||||||  | ||||
seq2  ACCAGTTTTTGGAGAGGGACAAGAGGTCTTGTTAACCCAGACGAGACCTC  50

seq1  AAACTCTC-TGTGTAACT-AAGAATGACTTT-GAATTTCTGATACCCCTT  93
      |||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||
seq2  AAACTCTCGTGTGTAACTAAAGAATGACTTTGGATTTTCTGATACCCCTT  100

seq1  C-TCCACCTCCCGC-ATGCTGTGATTGCA-GGCTTGTGTCA--CCATGCC  138
      | ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||  | |||||
seq2  CTTCCACATCCCGCAATGCTGTGATTGCAGGGCTTGTGTCAACCAATGCC  150

seq1  T-GGCATATGAAGTGCC-AGACAG-AACTGAGGACTTCGGGC-ATGGTAA  184
      | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGGGCATATGAAGTGCCAAGACAGAAACTGAGGACTTCGGGCAATGGTAA  200

seq1  --GAAGGTACTCTAGTGACTGCGCCACATCCCAAGCCATGC-AACCACAT  231
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGAAAGGTACTCTAGTGACTGCGCCACATCCCAAGCCATGCAAACCACAT  250

seq1  TTTACTGATGACTTTGGTGTGAGGCTGGAAGTGACCAAGCAGCCAGAAGA  281
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGATGACTTTGGTGTGAGGCTGGAAGTGACCAAGCAGCCAGAAGA  300

seq1  CTATAGCCCCAACCCCAGATCTCACCTGGGTAGACTGATTCCAAAGACAG  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCCCCAACCCCAGATCTCACCTGGGTAGACTGATTCCAAAGACAG  350

seq1  ATAGCATGCTTTCTGCTTCACAGGGTAAGATTTTAGAACTCCACTGCTGG  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATGCTTTCTGCTTCACAGGGTAAGATTTTAGAACTCCACTGCTGG  400

seq1  AATCTGAGTCTTGATTCCACCTCATATTATCTGGCCCTCTACAAGTTCGC  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGAGTCTTGATTCCACCTCATATTATCTGGCCCTCTACAAGTTCGC  450

seq1  TCATCTCTCCACATTTAAGTTTCCTCATTTACAAAGCACAGGCACTGCCT  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCTCCACATTTAAGTTTCCTCATTTACAAAGCACAGGCACTGCCT  500

seq1  AGCTAGTGGGACTGGAAAAGTTGGAGCAGTTAATTCTTGAGATGCTCTTA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGTGGGACTGGAAAAGTTGGAGCAGTTAATTCTTGAGATGCTCTTA  550

seq1  GCACAGAGCCAGGCAAATGACAAGAGCCTCACTTTAACAGTTACTGTGCT  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGAGCCAGGCAAATGACAAGAGCCTCACTTTAACAGTTACTGTGCT  600

seq1  GCTAAACAAAGCAACCCTCCAGCAACCAGAAGATCTTCACAGTTTCACAC  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAACAAAGCAACCCTCCAGCAACCAGAAGATCTTCACAGTTTCACAC  650

seq1  AGTAACTTTAACAGTTACTCTGTTGCTAAACAAAGCAACCCTCCAGCAAC  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTTTAACAGTTACTCTGTTGCTAAACAAAGCAACCCTCCAGCAAC  700

seq1  CATAAGATCTTCAGTTTCACACAGTAACTTTAACAGTTACTATGCTACTA  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGATCTTCAGTTTCACACAGTAACTTTAACAGTTACTATGCTACTA  750

seq1  AACAAAGCAACTCTCCATCAGCTACACTAGGTTTTCCATCCAGTTTCTTA  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGCAACTCTCCATCAGCTACACTAGGTTTTCCATCCAGTTTCTTA  800

seq1  AAACAAATTACAGCATCAATTTCACCATAAAAACATAAGCTGCAATATAC  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATTACAGCATCAATTTCACCATAAAAACATAAGCTGCAATATAC  850

seq1  CATAAACCATGCAAAAGACTTCAAATTGCTTTGCTTTAATCTCCTAACTA  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACCATGCAAAAGACTTCAAATTGCTTTGCTTTAATCTCCTAACTA  900

seq1  TTGAAAAGAGTGAGGGCTTCTTTCACACCCCTGCACAAGTAAAGACCAAT  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAGAGTGAGGGCTTCTTTCACACCCCTGCACAAGTAAAGACCAAT  950

seq1  GAAGGAGGATTACAAGTTCCAAGCCAGCCTGGGCTATGTGATAAGACCCT  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGGATTACAAGTTCCAAGCCAGCCTGGGCTATGTGATAAGACCCT  1000

seq1  GGTTCTCTGTAGGAGGGCAGAAACAGCATTCTGAACAAGGCAAAAGACTG  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCTGTAGGAGGGCAGAAACAGCATTCTGAACAAGGCAAAAGACTG  1050

seq1  TCCTTACACTAAAGATCCCAGCCCCAAACTGAATTC  1067
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACACTAAAGATCCCAGCCCCAAACTGAATTC  1086

seq1: chr15_101526027_101526768
seq2: B6Ng01-249M04.g_70_811

seq1  GAATTCAATTGCAGTTCTCAGACACACTGGGATCCAGCATCCAGGAAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTGCAGTTCTCAGACACACTGGGATCCAGCATCCAGGAAGGT  50

seq1  AGGAAGCTCCCTACCCCTCAAAGGTGCTAACTCAGCGTCTGACAGGAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCTCCCTACCCCTCAAAGGTGCTAACTCAGCGTCTGACAGGAGAG  100

seq1  AGATACCTTCCTCAGACAACGGAAACAGCTGCCCTCCCTCCACCCTGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCTTCCTCAGACAACGGAAACAGCTGCCCTCCCTCCACCCTGTTG  150

seq1  CACAATTCTTCACCAAGAATGTGCTTCCACCCAGTTCTGGGAAACAAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTCTTCACCAAGAATGTGCTTCCACCCAGTTCTGGGAAACAAGTG  200

seq1  CCCTCGTGGTTTGGAGCTCCGATTCTCTACTCTCCCGAGTTAGGGGCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCGTGGTTTGGAGCTCCGATTCTCTACTCTCCCGAGTTAGGGGCCCT  250

seq1  GGGTGTGGCAGGGCTGCAAGGTGAGGAAGCCAGTTGATGAAGCACGTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGGCAGGGCTGCAAGGTGAGGAAGCCAGTTGATGAAGCACGTGGC  300

seq1  ATCCCCCTTTCCTAGTGTGTGGCTATTTCAGTGTCTCTAACTGCTCCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCCTTTCCTAGTGTGTGGCTATTTCAGTGTCTCTAACTGCTCCACA  350

seq1  CCATGGCAACCAAGACTAATATGCAAAGCCAAGAGAATTCCCTATACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCAACCAAGACTAATATGCAAAGCCAAGAGAATTCCCTATACATT  400

seq1  TTCCTTCAAGGAAATCCTTTGCCAACCCTGGTACAGAGCTTGAGCCCCGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCAAGGAAATCCTTTGCCAACCCTGGTACAGAGCTTGAGCCCCGG  450

seq1  GGTCAGACAGAGCAGGTTCTCCTGTGCTCATATGCAAACTGCTGGACCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGACAGAGCAGGTTCTCCTGTGCTCATATGCAAACTGCTGGACCAA  500

seq1  CCATTTGTGCTTACTCTTACGTCCATACACAAGATGGGAAATTGGACAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGTGCTTACTCTTACGTCCATACACAAGATGGGAAATTGGACAGT  550

seq1  GTTGTGAAGCTGAGATGAGAAAGTTCCTTCCCATGAGGGTCTTGGAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGAAGCTGAGATGAGAAAGTTCCTTCCCATGAGGGTCTTGGAATGG  600

seq1  TATCTGACACAGACGTTCTCAGTGAGGATAAGCTATTATCACCATTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGACACAGACGTTCTCAGTGAGGATAAGCTATTATCACCATTAAAA  650

seq1  GGGAGCTTGAAGAAGTCTGATTTGTAGAAATCCACGAGAAGTTTCAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCTTGAAGAAGTCTGATTTGTAGAAATCCACGAGAAGTTTCAGGAA  700

seq1  CTAGAACACAGGTACAGCATATATGTGTGTGGGGGTGGGGTT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACACAGGTACAGCATATATGTGTGTGGGGGTGGGGTT  742