BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253A15
Chromosome15 (Build37)
Map Location 85,970,639 - 86,119,459
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCerk, LOC100042300, Tbc1d22a
Upstream geneRibc2, Fbln1, Atxn10, EG223745, Wnt7b, LOC100042240, Ppara, 2210021J22Rik, Pkdrej, AW124722, Gtse1, Trmu, Celsr1, BC021523
Downstream geneLOC100042309
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253A15.bB6Ng01-253A15.g
ACCGA059880GA059881
length1,1321,089
definitionB6Ng01-253A15.b B6Ng01-253A15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,118,319 - 86,119,459)(85,970,639 - 85,971,729)
sequence
gaattccaatcccaaatacccatgtacctatacagcagcacatgttggga
tcccagcatgctaggcaggagtagtagccagaaggatcgctgagcctggg
ccttgctggccagctaggccagacaaattcatgaattccaaattcagtaa
ggaactctttctcagaaaataagtggaaatttttgaagaagaaatgtgac
attgacctctggcctctatgcacatgtgcacacacatgcacagacatgca
cacaatacaccacacaataaataagataaaaactgtggagctggagagat
ggtccggtgattacccaagttcaattcctagcacccacatcaatagctca
caaccatctggaactccagctccagaggaccaggtgactctggccacgga
caccagcattcatgtgcacatacccacaggcagacaaacgcctatataat
ttaaaataataaaaacatgtctctaaaaatgttttcaaaaaaataaaggc
atggttgcacatacctttaaccctagcactcgggaggcaaaggcagatgg
atctctgagttcaaagtcaagatggtctagacagccaggactacacagag
aaactttgtcgatagatagatagatagatagatagacagacagacagaca
gacagacagagtaaacagattcacagtgagagttaagaaaacccacggca
gagttacaggcatgaagacaggagccttctgtgagagcctatgggaaaga
gccccatgaggcaggaaaaatgcttcaaaatcaagcctgtgcacacatga
gcgctgagatgtgataatgcagcattcacaggacactgcacctacttcta
caaagagtctggatcttaccacaaaagcaaggtctgaatgataccaagtc
taaatgtggccagcctggctgcttctgtgtgcaaggaacagaatcttctg
ctatatttaatggggaaaggccttccaaaatgacacatgaatctcagaaa
cgacaaataggaagatcaataagctaaatatacagtcagagccacttaca
gtgaagacctagatataaaacagcgatgcaggttgaacagttcatgtagc
acatggaagggatcccagtatttccacacata
gaattctgtagcgagtaactggaccagcacgagatgcacacttcccccag
tgcagaacctaaaaccagctcttgtaacagtcagtgcccttccccgtttg
caagtcaagtttaagctgtgtaggcctgaatttcacataaaaccctttta
tacacatttcagatgcatccatctggagacacagcacaggccatagtatg
tggccgagaagcccctgggttgggaatgccttcagaggaaaactggtcat
gcgcccagggcttcggcctgagcagcttagcgcccccttgtggagacaga
gcaaatagccaagacgtgatggatagggagaaagctatgaataagaacag
aatccacagtgcggaagaatggatgtggaaccaggagtagacataaggct
tgcaccagagtacctgggggtgacccgagatcacccaccattcgctggtg
acagtcaggttgagggtggtatcgaactcaccgagtaccctctgtgtgtg
tcagtgactctctgtccccgccaccccctacctctttcaaaacccagctg
tagaagtgctttgattccaaatggagcctcctcttagccagtgcttcaga
ctgccttggccagggtgtgcaggctaccagggctgacagaatgaagcttc
caagtgggcgctttgctgaattgtctcacgggatgcggctgtgatggcag
cagacgtgggggatcctgaggatgagacgtcaccctgggtgtcttctcgc
tgtgacatggccctgctctgcaggcatggctgtgcggaggacctcgctga
gtcagttgtggtgtgcagcaagggccacatagcgacgtcctgatcgtaaa
tgaaggtgtgtgtaaagcggaggccaagacagctatttaccttcccaaac
ctggccacggacaattccagaggaagtccaccaaaggggtcaaaggtgac
cgggttttacccatgtgaccagatggtgtaacctgatttctgggacgtag
tcatatataatgtcctaaaattattgcagtgtagcccacttaggggctgt
ctgaaatatgcacgttcggccatggcttaaatcctagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_86118319_86119459
seq2: B6Ng01-253A15.b_46_1177 (reverse)

seq1  TATGTGTG--AATACTGGGATCCTTTCCATGTGCTACATGAAACTGTCAA  48
      ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  |
seq2  TATGTGTGGAAATACTGGGATCCCTTCCATGTGCTACATG-AACTGTTCA  49

seq1  ACCTGCCATCGCTGTTTAATAATCTAGGTCCTTTCACTGTAAAGTTGCCT  98
      ||||| ||||||||||| || |||||||||  |||||||| |||| ||  
seq2  ACCTG-CATCGCTGTTTTAT-ATCTAGGTC--TTCACTGT-AAGTGGC--  92

seq1  CCTGACTTGTATATTTAGCTTATTGATCTTCTTATTTGTCGTTTCTGAGA  148
       ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTGAC-TGTATATTTAGCTTATTGATCTTCCTATTTGTCGTTTCTGAGA  141

seq1  TTCATGTGTCATTTTGGAAGGCCTTTCCCCATTAAAATATAGCAGAAGAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCATGTGTCATTTTGGAAGGCCTTTCCCCATT-AAATATAGCAGAAGAT  190

seq1  TCTGTTCCCTTGCACACAGAAGCAGCCAGGCTGGCCACATTTAGACTTGG  248
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTT-CCTTGCACACAGAAGCAGCCAGGCTGGCCACATTTAGACTTGG  239

seq1  TATCATTCAGACCTTGCTTTTGTGGTAAGATCCAGACTCTTTGTAGAAGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTCAGACCTTGCTTTTGTGGTAAGATCCAGACTCTTTGTAGAAGT  289

seq1  AGGTGCAGTGTCCTGTGAATGCTGCATTATCACATCTCAGCGCTCATGTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCAGTGTCCTGTGAATGCTGCATTATCACATCTCAGCGCTCATGTG  339

seq1  TGCACAGGCTTGATTTTGAAGCATTTTTCCTGCCTCATGGGGCTCTTTCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGGCTTGATTTTGAAGCATTTTTCCTGCCTCATGGGGCTCTTTCC  389

seq1  CATAGGCTCTCACAGAAGGCTCCTGTCTTCATGCCTGTAACTCTGCCGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGCTCTCACAGAAGGCTCCTGTCTTCATGCCTGTAACTCTGCCGTG  439

seq1  GGTTTTCTTAACTCTCACTGTGAATCTGTTTACTCTGTCTGTCTGTCTGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCTTAACTCTCACTGTGAATCTGTTTACTCTGTCTGTCTGTCTGT  489

seq1  CTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCGACAAAGTTTCTCTGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCGACAAAGTTTCTCTGTG  539

seq1  TAGTCCTGGCTGTCTAGACCATCTTGACTTTGAACTCAGAGATCCATCTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCTGGCTGTCTAGACCATCTTGACTTTGAACTCAGAGATCCATCTG  589

seq1  CCTTTGCCTCCCGAGTGCTAGGGTTAAAGGTATGTGCAACCATGCCTTTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCCTCCCGAGTGCTAGGGTTAAAGGTATGTGCAACCATGCCTTTA  639

seq1  TTTTTTTGAAAACATTTTTAGAGACATGTTTTTATTATTTTAAATTATAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGAAAACATTTTTAGAGACATGTTTTTATTATTTTAAATTATAT  689

seq1  AGGCGTTTGTCTGCCTGTGGGTATGTGCACATGAATGCTGGTGTCCGTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGTTTGTCTGCCTGTGGGTATGTGCACATGAATGCTGGTGTCCGTGG  739

seq1  CCAGAGTCACCTGGTCCTCTGGAGCTGGAGTTCCAGATGGTTGTGAGCTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTCACCTGGTCCTCTGGAGCTGGAGTTCCAGATGGTTGTGAGCTA  789

seq1  TTGATGTGGGTGCTAGGAATTGAACTTGGGTAATCACCGGACCATCTCTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTGGGTGCTAGGAATTGAACTTGGGTAATCACCGGACCATCTCTC  839

seq1  CAGCTCCACAGTTTTTATCTTATTTATTGTGTGGTGTATTGTGTGCATGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCACAGTTTTTATCTTATTTATTGTGTGGTGTATTGTGTGCATGT  889

seq1  CTGTGCATGTGTGTGCACATGTGCATAGAGGCCAGAGGTCAATGTCACAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCATGTGTGTGCACATGTGCATAGAGGCCAGAGGTCAATGTCACAT  939

seq1  TTCTTCTTCAAAAATTTCCACTTATTTTCTGAGAAAGAGTTCCTTACTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTCAAAAATTTCCACTTATTTTCTGAGAAAGAGTTCCTTACTGA  989

seq1  ATTTGGAATTCATGAATTTGTCTGGCCTAGCTGGCCAGCAAGGCCCAGGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAATTCATGAATTTGTCTGGCCTAGCTGGCCAGCAAGGCCCAGGC  1039

seq1  TCAGCGATCCTTCTGGCTACTACTCCTGCCTAGCATGCTGGGATCCCAAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCGATCCTTCTGGCTACTACTCCTGCCTAGCATGCTGGGATCCCAAC  1089

seq1  ATGTGCTGCTGTATAGGTACATGGGTATTTGGGATTGGAATTC  1141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTGCTGTATAGGTACATGGGTATTTGGGATTGGAATTC  1132

seq1: chr15_85970639_85971729
seq2: B6Ng01-253A15.g_64_1152

seq1  GAATTCTGTAGCGAGTAACTGGACCAGCACGAGATGCACACTTCCCCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAGCGAGTAACTGGACCAGCACGAGATGCACACTTCCCCCAG  50

seq1  TGCAGAACCTAAAACCAGCTCTTGTAACAGTCAGTGCCCTTCCCCGTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAACCTAAAACCAGCTCTTGTAACAGTCAGTGCCCTTCCCCGTTTG  100

seq1  CAAGTCAAGTTTAAGCTGTGTAGGCCTGAATTTCACATAAAACCCTTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCAAGTTTAAGCTGTGTAGGCCTGAATTTCACATAAAACCCTTTTA  150

seq1  TACACATTTCAGATGCATCCATCTGGAGACACAGCACAGGCCATAGTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATTTCAGATGCATCCATCTGGAGACACAGCACAGGCCATAGTATG  200

seq1  TGGCCGAGAAGCCCCTGGGTTGGGAATGCCTTCAGAGGAAAACTGGTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCGAGAAGCCCCTGGGTTGGGAATGCCTTCAGAGGAAAACTGGTCAT  250

seq1  GCGCCCAGGGCTTCGGCCTGAGCAGCTTAGCGCCCCCTTGTGGAGACAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCCAGGGCTTCGGCCTGAGCAGCTTAGCGCCCCCTTGTGGAGACAGA  300

seq1  GCAAATAGCCAAGACGTGATGGATAGGGAGAAAGCTATGAATAAGAACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATAGCCAAGACGTGATGGATAGGGAGAAAGCTATGAATAAGAACAG  350

seq1  AATCCACAGTGCGGAAGAATGGATGTGGAACCAGGAGTAGACATAAGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCACAGTGCGGAAGAATGGATGTGGAACCAGGAGTAGACATAAGGCT  400

seq1  TGCACCAGAGTACCTGGGGGTGACCCGAGATCACCCACCATTCGCTGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCAGAGTACCTGGGGGTGACCCGAGATCACCCACCATTCGCTGGTG  450

seq1  ACAGTCAGGTTGAGGGTGGTATCGAACTCACCGAGTACCCTCTGTGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCAGGTTGAGGGTGGTATCGAACTCACCGAGTACCCTCTGTGTGTG  500

seq1  TCAGTGACTCTCTGTCCCCGCCACCCCCTACCTCTTTCAAAACCCAGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGACTCTCTGTCCCCGCCACCCCCTACCTCTTTCAAAACCCAGCTG  550

seq1  TAGAAGTGCTTTGATTCCAAATGGAGCCTCCTCTTAGCCAGTGCTTCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTGCTTTGATTCCAAATGGAGCCTCCTCTTAGCCAGTGCTTCAGA  600

seq1  CTGCCTTGGCCAGGGTGTGCAGGCTACCAGGGCTGACAGAATGAAGCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTGGCCAGGGTGTGCAGGCTACCAGGGCTGACAGAATGAAGCTTC  650

seq1  CAAGTGGGCGCTTTGCTGAATTGTCTCACGGGATGCGGCTGTGATGGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGGGCGCTTTGCTGAATTGTCTCACGGGATGCGGCTGTGATGGCAG  700

seq1  CAGACGTGGGGGATCCTGAGGATGAGACGTCACCCTGGGTGTCTTCTCGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACGTGGGGGATCCTGAGGATGAGACGTCACCCTGGGTGTCTTCTCGC  750

seq1  TGTGACATGGCCCTGCTCTGCAGGCATGGCTGTGCGGAGGACCTCGCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACATGGCCCTGCTCTGCAGGCATGGCTGTGCGGAGGACCTCGCTGA  800

seq1  GTCAGTTGTGGTGTGCAGCAAGGGCCACATAGCGACGTCCTGATCGTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTGTGGTGTGCAGCAAGGGCCACATAGCGACGTCCTGATCGTAAA  850

seq1  TGAAGGTGTGTGTAAAGCGGAGGCCAAGACAGCTATTTACCTTCCCAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGTGTGTGTAAAGCGGAGGCCAAGACAGCTATTTACCTTCCCAAAC  900

seq1  CTGGCCACGGACAATTCCAGAGGAAGTCCCACCAAAGGGGTC-AAGGTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  CTGGCCACGGACAATTCCAGAGGAAGT-CCACCAAAGGGGTCAAAGGTGA  949

seq1  CCGGGTTTTACCCATGTGACCAGATGGTGTAACCTGATTCCTGGGACGTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCGGGTTTTACCCATGTGACCAGATGGTGTAACCTGATTTCTGGGACGTA  999

seq1  GTCATATTATAATGTCCCTAAAAATTATTGCAGTGTAGCCCACTAAGGGG  1049
      |||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTCATA-TATAATGTCC--TAAAATTATTGCAGTGTAGCCCACTTAGGGG  1046

seq1  CTGTCTTGAAATATGCACGGTCGG-CATGGCTAAAAT-CTAGGA  1091
      ||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||
seq2  CTGTC-TGAAATATGCACGTTCGGCCATGGCTTAAATCCTAGGA  1089