BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255K15
Chromosome15 (Build37)
Map Location 68,476,533 - 68,650,552
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665945
Upstream geneZfat1, LOC100041000
Downstream geneEG633752, Khdrbs3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255K15.bB6Ng01-255K15.g
ACCGA061818GA061819
length9331,098
definitionB6Ng01-255K15.b B6Ng01-255K15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,649,620 - 68,650,552)(68,476,533 - 68,477,635)
sequence
gaattcatgaagcttaaaggacaaagtaaacttgaggctgccccttaagg
cttcatggtggcatgtagaatgaagcctcatgttattgaccatggaaggt
ggagaactcatgatctataaaagagatggggccttgaaacccatataaat
taaacatgtgaattacatatctgggctggatgcccagaagttagggtgga
gcagacagaatggacagactagagattacaatctattttatgagaatggt
atgagcttgtattattcaatgatgattgtgcacacatcgtatattcatca
caaccaaaccaagtcacattattatgttgagatagccctgccacatacca
ttcatgtgcccttggacacatttcttagtctatttgtatctataaaataa
gaatattgtacatatcttctagggcagttgcggagattaaatggattaat
gtacctaatgtctggtgcagtgtctggtgtggtaaagctggctggacaag
tcatttttaacattagtgcaaatgggcttgtcttcaaggggagatcagca
atgctgtgaatactgtcctctgaaagctttgtatccaagtaaaatggata
aagagggacagttaggcatgaagagttcccagtcaagcctgctctgcacc
ccataatgtcagaggttaaaagtcagttaaaggtagaattggttaagagg
ctacacaaatgcatgatttttttccttttttaataaaaactatttttatg
ttcctcagaatggctacagactctcagctgtgcttttgtatttttcttgc
atgtagaatacaaacctccttgctcagaatccacaccacctcatatatcc
agataagcaaaataaatccctaaagaacataagcaaccctagttctctta
agtgtgtgatatatgggggttgaggtggtggag

gaattctttgtaactgtagagaggatagtttctttagctactgtacgtat
agccatgcccattcctaactgtaaactacacccttttgttcagagcagga
aactgtggaggcctaccatctccaggaagagttgtagagaacagatagat
cggcacattgtaactgtaattggtctctcactaatctcttggctctctgg
atgttctatgatgcctcccattaatccaaatagctcatagacccgttatc
gggtaatatctccaatgagttgcccctccttgcaaaaacagcctcctaga
actacccagttagttgtctgtctgtctactcacctgggctttcctgctgt
gggagtcaattttaaattttaattatttgtccagctctggcacacaggca
cactctgtactttctgagtaactgtattgcagtggtttttgtggttttga
gaacataaacttggtgggctttctctttcatttgttttctgttactagga
ctgtcaaggccaagccaaaaagggggtgggaagtgagatgttttacaggt
aatgaagacatcactcatatttcacagggggaaaagtggctgcatgttag
aaactgaggggagaatttagagcatatgtttagaatctctaacaacctaa
tttgttccccaaagacagttctgtgagaaaggaggtcggtttggtcagag
gaaggcaattgaaaggagttagggctcttagcaccagggagattgttaag
gaagatgctcccagaggaggcaatgaacactagatttgcaaatatttcct
ccagctagttgtttgctgagagctgacaggggccatgtttactggcatcc
cccacctctcagatgagtatgcccacccagagcgaggaaggggttaatct
aattgagacttttattggcttgtggggaagctgaagggaaaccaccacag
aggaactcatgagccttcatgaaagttaatttgattttgttgaaagggga
acaactgtatctgggctgctgtgtttatattaaagcacgatgggccctaa
gacaggcatggagctggttaagcataggccacagaacggagtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_68649620_68650552
seq2: B6Ng01-255K15.b_47_979 (reverse)

seq1  CACCACCACCTCAACCCCCATATATCACACACTTAAGAGAACTAGGGTTG  50
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACCACCTCAACCCCCATATATCACACACTTAAGAGAACTAGGGTTG  50

seq1  CTTATGTTCTTTAGGGATTTATTTTGCTTATCTGGATATATGAGGTGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTTCTTTAGGGATTTATTTTGCTTATCTGGATATATGAGGTGGTG  100

seq1  TGGATTCTGAGCAAGGAGGTTTGTATTCTACATGCAAGAAAAATACAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCTGAGCAAGGAGGTTTGTATTCTACATGCAAGAAAAATACAAAA  150

seq1  GCACAGCTGAGAGTCTGTAGCCATTCTGAGGAACATAAAAATAGTTTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCTGAGAGTCTGTAGCCATTCTGAGGAACATAAAAATAGTTTTTA  200

seq1  TTAAAAAAGGAAAAAAATCATGCATTTGTGTAGCCTCTTAACCAATTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAGGAAAAAAATCATGCATTTGTGTAGCCTCTTAACCAATTCTA  250

seq1  CCTTTAACTGACTTTTAACCTCTGACATTATGGGGTGCAGAGCAGGCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAACTGACTTTTAACCTCTGACATTATGGGGTGCAGAGCAGGCTTG  300

seq1  ACTGGGAACTCTTCATGCCTAACTGTCCCTCTTTATCCATTTTACTTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGAACTCTTCATGCCTAACTGTCCCTCTTTATCCATTTTACTTGGA  350

seq1  TACAAAGCTTTCAGAGGACAGTATTCACAGCATTGCTGATCTCCCCTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGCTTTCAGAGGACAGTATTCACAGCATTGCTGATCTCCCCTTGA  400

seq1  AGACAAGCCCATTTGCACTAATGTTAAAAATGACTTGTCCAGCCAGCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGCCCATTTGCACTAATGTTAAAAATGACTTGTCCAGCCAGCTTT  450

seq1  ACCACACCAGACACTGCACCAGACATTAGGTACATTAATCCATTTAATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACCAGACACTGCACCAGACATTAGGTACATTAATCCATTTAATCT  500

seq1  CCGCAACTGCCCTAGAAGATATGTACAATATTCTTATTTTATAGATACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAACTGCCCTAGAAGATATGTACAATATTCTTATTTTATAGATACAA  550

seq1  ATAGACTAAGAAATGTGTCCAAGGGCACATGAATGGTATGTGGCAGGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTAAGAAATGTGTCCAAGGGCACATGAATGGTATGTGGCAGGGCT  600

seq1  ATCTCAACATAATAATGTGACTTGGTTTGGTTGTGATGAATATACGATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAACATAATAATGTGACTTGGTTTGGTTGTGATGAATATACGATGT  650

seq1  GTGCACAATCATCATTGAATAATACAAGCTCATACCATTCTCATAAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAATCATCATTGAATAATACAAGCTCATACCATTCTCATAAAATA  700

seq1  GATTGTAATCTCTAGTCTGTCCATTCTGTCTGCTCCACCCTAACTTCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTAATCTCTAGTCTGTCCATTCTGTCTGCTCCACCCTAACTTCTGG  750

seq1  GCATCCAGCCCAGATATGTAATTCACATGTTTAATTTATATGGGTTTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCAGCCCAGATATGTAATTCACATGTTTAATTTATATGGGTTTCAA  800

seq1  GGCCCCATCTCTTTTATAGATCATGAGTTCTCCACCTTCCATGGTCAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCATCTCTTTTATAGATCATGAGTTCTCCACCTTCCATGGTCAATA  850

seq1  ACATGAGGCTTCATTCTACATGCCACCATGAAGCCTTAAGGGGCAGCCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGGCTTCATTCTACATGCCACCATGAAGCCTTAAGGGGCAGCCTC  900

seq1  AAGTTTACTTTGTCCTTTAAGCTTCATGAATTC  933
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTACTTTGTCCTTTAAGCTTCATGAATTC  933


seq1: chr15_68476533_68477635
seq2: B6Ng01-255K15.g_69_1166

seq1  GAATTCTTTGTAACTGTAGAGAGGATAGTTTCTTTAGCTACTGTACGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTAACTGTAGAGAGGATAGTTTCTTTAGCTACTGTACGTAT  50

seq1  AGCCATGCCCATTCCTAACTGTAAACTACACCCTTTTGTTCAGAGCAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGCCCATTCCTAACTGTAAACTACACCCTTTTGTTCAGAGCAGGA  100

seq1  AACTGTGGAGGCCTACCATCTCCAGGAAGAGTTGTAGAGAACAGATAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGGAGGCCTACCATCTCCAGGAAGAGTTGTAGAGAACAGATAGAT  150

seq1  CGGCACATTGTAACTGTAATTGGTCTCTCACTAATCTCTTGGCTCTCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCACATTGTAACTGTAATTGGTCTCTCACTAATCTCTTGGCTCTCTGG  200

seq1  ATGTTCTATGATGCCTCCCATTAATCCAAATAGCTCATAGACCCGTTATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTATGATGCCTCCCATTAATCCAAATAGCTCATAGACCCGTTATC  250

seq1  GGGTAATATCTCCAATGAGTTGCCCCTCCTTGCAAAAACAGCCTCCTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAATATCTCCAATGAGTTGCCCCTCCTTGCAAAAACAGCCTCCTAGA  300

seq1  ACTACCCAGTTAGTTGTCTGTCTGTCTACTCACCTGGGCTTTCCTGCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCCAGTTAGTTGTCTGTCTGTCTACTCACCTGGGCTTTCCTGCTGT  350

seq1  GGGAGTCAATTTTAAATTTTAATTATTTGTCCAGCTCTGGCACACAGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTCAATTTTAAATTTTAATTATTTGTCCAGCTCTGGCACACAGGCA  400

seq1  CACTCTGTACTTTCTGAGTAACTGTATTGCAGTGGTTTTTGTGGTTTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGTACTTTCTGAGTAACTGTATTGCAGTGGTTTTTGTGGTTTTGA  450

seq1  GAACATAAACTTGGTGGGCTTTCTCTTTCATTTGTTTTCTGTTACTAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATAAACTTGGTGGGCTTTCTCTTTCATTTGTTTTCTGTTACTAGGA  500

seq1  CTGTCAAGGCCAAGCCAAAAAGGGGGTGGGAAGTGAGATGTTTTACAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAAGGCCAAGCCAAAAAGGGGGTGGGAAGTGAGATGTTTTACAGGT  550

seq1  AATGAAGACATCACTCATATTTCACAGGGGGAAAAGTGGCTGCATGTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGACATCACTCATATTTCACAGGGGGAAAAGTGGCTGCATGTTAG  600

seq1  AAACTGAGGGGAGAATTTAGAGCATATGTTTAGAATCTCTAACAACCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAGGGGAGAATTTAGAGCATATGTTTAGAATCTCTAACAACCTAA  650

seq1  TTTGTTCCCCAAAGACAGTTCTGTGAGAAAGGAGGTCGGTTTGGTCAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCCCCAAAGACAGTTCTGTGAGAAAGGAGGTCGGTTTGGTCAGAG  700

seq1  GAAGGCAATTGAAAGGAGTTAGGGCTCTTAGCACCAGGGAGATTGTTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAATTGAAAGGAGTTAGGGCTCTTAGCACCAGGGAGATTGTTAAG  750

seq1  GAAGATGCTCCCAGAGGAGGCAATGAACACTAGATTTGCAAATATTTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGCTCCCAGAGGAGGCAATGAACACTAGATTTGCAAATATTTCCT  800

seq1  CCAGCTAGTTGTTTGCTGAGAGCTGACAGGGGCCATGTTTACTGGCATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTAGTTGTTTGCTGAGAGCTGACAGGGGCCATGTTTACTGGCATCC  850

seq1  CCCACCTCTCAGATGAGTATGCCCACCCAGAGCGAGGAAGGGGTTAATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTCTCAGATGAGTATGCCCACCCAGAGCGAGGAAGGGGTTAATCT  900

seq1  AATTGAGAC-TTTATTGGCTTGTGGGGAAGCTGAAGGGAAAACCACACAG  949
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||
seq2  AATTGAGACTTTTATTGGCTTGTGGGGAAGCTGAAGGGAAACCACCACAG  950

seq1  AGGAACTCATGAGCCTTCATGAAAGTTTAATTTGATTTTG-TGAAAGGGG  998
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  AGGAACTCATGAGCCTTCATGAAAG-TTAATTTGATTTTGTTGAAAGGGG  999

seq1  AACAACTTGTATCTGGGCTTGCTGTGTTTAATATTAAAGCAACGATGGGC  1048
      |||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  AACAAC-TGTATCTGGGC-TGCTGTGTTT-ATATTAAAGC-ACGATGGGC  1045

seq1  TCCTAAGACAGGCATGGAGCTGGGTAAAGCATAAGCCACAG-ACGGAGTG  1097
       |||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||| 
seq2  -CCTAAGACAGGCATGGAGCT-GGTTAAGCATAGGCCACAGAACGGAGT-  1092

seq1  GTGTGT  1103
      ||||||
seq2  GTGTGT  1098


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |