BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257D09
Chromosome15 (Build37)
Map Location 30,189,362 - 30,341,297
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnnd2
Upstream geneLOC382975
Downstream gene9630009A06Rik, Dap, EG625796, 5730557B15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257D09.bB6Ng01-257D09.g
ACCGA062968GA062969
length1,1291,109
definitionB6Ng01-257D09.b B6Ng01-257D09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,189,362 - 30,190,485)(30,340,187 - 30,341,297)
sequence
gaattcacccaactgagacaaagtgaactaagtatgttagatagacacca
ttgaaagtgtaggactgtttttatccattctttgctctgctgaggttccc
ttagtaacaaatcataggttggagtgggaatctactgagatgtttcctgg
agtgtatcaagatggctgccagggccctggtgaaggggacagggttaaag
aggcagaagtgctttctttgtcttggctttatccagactctttgaccatg
acaacagttgcttcagcagccatgcagggaagtgatctactctgagctca
ccaggcagaggattgaacaatcaccagctacccaggcttatgccgacagc
agtactgggggttagtttgctgttaaacccctctgggtaccctcattctc
cagcagatcattgaaaaggccaagatggggaggcagacttgctgttgcct
gtgacctactgacctactgacctactgacctactgacctactgagcggag
cacaggtaattgcaccaacctagttcccactttttctcagtattggggaa
aacgttccttacagttgtaccatggattttggtttttgttgtcgttttgt
tttgtttttccattatgaggtttaaagtggggctggagagatggtgccac
agggaagggcacatgctgctcttccaggaaggctgggtttggtttccagc
gctcacatcaggtcaccacagaccacctgtaaggacagcctcagatggtc
tcctgtgctcttttggcctctgcaggcaattgcatgcctatgtgcatatg
tgcacatgcacatacacacatactcatcatttaaaataaatctttaaagg
aaaaaatagatttaaaaagacttttccatttcttttaaattccatgccct
ttttattcttctgtatttccaagacttgatatcatgcaactactttaaat
attattgggattatcactggtgcagatatgtttatatagggacttcctag
actaactcacacagcctggtgtataaggacacccagcgaaggagcaaagc
aaggcaaacaaaggtcattgtaccacataggagaaaggtttctgggctct
ggaaacagttctaggccttttttctgact

gaattcttctcttcttgtctatagataacactgaatacccaagaccttgc
caaactgattggttcaaatgggacgtcttagtcctaattgaactgaatcc
acaaactaccaagaagggttgctgtcttctgccttgcagcttgaacagca
atatcccttgccactttccagtaggaagccaggttcttccctacttcatc
tgtattgtttccctatttactctgagaattaattccttctgctaaatagc
catttctcccagtcactaaatggatttacattgagcaagcatttgccttg
aggatttttttttcccaaatggataaaatgcttaagaaaatgtttccttc
ctcagtgtcactaaaaccacctcctacaagtcttcattccatctcccatg
aggctatgttacaaattacaggttaatgtcacctcagaagtccctgtgca
ggaaaatgatttcagggcagttggtactcaaagaatatggagcccttgag
agacaaggctcaatggacaattcttagtaaaaagaagtatgtcctcaaaa
gacatttgtcatttccagtgggattttggttagttctgaagagagggctg
ttacagaagcctcactcttcccctatgcgctgtcttgtgttctcattagt
ggtttaattaatcacttctaccatggccttctacaatgatggatgaatgg
agggtttcccctacatcagagttaacatgagcaccatgctcactcaacct
ctaagtgtgagctaagtaagtttcttttatttcattggtgacctgagtcg
ggtgttttgatataaaaacaaaaggctaactaattcagattgtctgccac
atttagttctttaaaacagaagcttaatagggttgtcaacagcaagccaa
gtttctatgcaagcgtgttgttgttgttttcataaatccaaagttacata
tatgcatggttcttctctctgggctcttctataccaaccatatgcttgct
attcataaaggaaattcagattttatttttactatgaacattttctattg
tttcccagaagaaactctgatgttcatttatatactaaatatcaggatgt
ctagcattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_30189362_30190485
seq2: B6Ng01-257D09.b_48_1176

seq1  GAATTCACCCAACTGAGACAAAGTGAACTAAGTATGTTAGATAGACACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCAACTGAGACAAAGTGAACTAAGTATGTTAGATAGACACCA  50

seq1  TTGAAAGTGTAGGACTGTTTTTATCCATTCTTTGCTCTGCTGAGGTTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGTGTAGGACTGTTTTTATCCATTCTTTGCTCTGCTGAGGTTCCC  100

seq1  TTAGTAACAAATCATAGGTTGGAGTGGGAATCTACTGAGATGTTTCCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAACAAATCATAGGTTGGAGTGGGAATCTACTGAGATGTTTCCTGG  150

seq1  AGTGTATCAAGATGGCTGCCAGGGCCCTGGTGAAGGGGACAGGGTTAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATCAAGATGGCTGCCAGGGCCCTGGTGAAGGGGACAGGGTTAAAG  200

seq1  AGGCAGAAGTGCTTTCTTTGTCTTGGCTTTATCCAGACTCTTTGACCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAAGTGCTTTCTTTGTCTTGGCTTTATCCAGACTCTTTGACCATG  250

seq1  ACAACAGTTGCTTCAGCAGCCATGCAGGGAAGTGATCTACTCTGAGCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGTTGCTTCAGCAGCCATGCAGGGAAGTGATCTACTCTGAGCTCA  300

seq1  CCAGGCAGAGGATTGAACAATCACCAGCTACCCAGGCTTATGCCGACAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCAGAGGATTGAACAATCACCAGCTACCCAGGCTTATGCCGACAGC  350

seq1  AGTACTGGGGGTTAGTTTGCTGTTAAACCCCTCTGGGTACCCTCATTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGGGGGTTAGTTTGCTGTTAAACCCCTCTGGGTACCCTCATTCTC  400

seq1  CAGCAGATCATTGAAAAGGCCAAGATGGGGAGGCAGACTTGCTGTTGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGATCATTGAAAAGGCCAAGATGGGGAGGCAGACTTGCTGTTGCCT  450

seq1  GTGACCTACTGACCTACTGACCTACTGACCTACTGACCTACTGAGCGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTACTGACCTACTGACCTACTGACCTACTGACCTACTGAGCGGAG  500

seq1  CACAGGTAATTGCACCAACCTAGTTCCCACTTTTTCTCAGTATTGGGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTAATTGCACCAACCTAGTTCCCACTTTTTCTCAGTATTGGGGAA  550

seq1  AACGTTCCTTACAGTTGTACCATGGATTTTGGTTTTTGTTGTCGTTTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTTCCTTACAGTTGTACCATGGATTTTGGTTTTTGTTGTCGTTTTGT  600

seq1  TTTGTTTTTCCATTATGAGGTTTAAAGTGGGGCTGGAGAGATGGTGCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTCCATTATGAGGTTTAAAGTGGGGCTGGAGAGATGGTGCCAC  650

seq1  AGGGAAGGGCACATGCTGCTCTTCCAGGAAGGCTGGGTTTGGTTTCCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGGGCACATGCTGCTCTTCCAGGAAGGCTGGGTTTGGTTTCCAGC  700

seq1  GCTCACATCAGGTCACCACAGACCACCTGTAAGGACAGCCTCAGATGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACATCAGGTCACCACAGACCACCTGTAAGGACAGCCTCAGATGGTC  750

seq1  TCCTGTGCTCTTTTGGCCTCTGCAGGCAATTGCATGCCTATGTGCATATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGCTCTTTTGGCCTCTGCAGGCAATTGCATGCCTATGTGCATATG  800

seq1  TGCACATGCACATACACACATACTCATCATTTAAAATAAATCTTTAAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATGCACATACACACATACTCATCATTTAAAATAAATCTTTAAAGG  850

seq1  AAAAAATAGATTTAAAAAGACTTTTCCATTTCTTTTAAATTCCATGCCC-  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAAAAATAGATTTAAAAAGACTTTTCCATTTCTTTTAAATTCCATGCCCT  900

seq1  TTTTATTCTTCTGTATTTCCAAGACTTGATATCATGCAACTAC-TTAAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTTATTCTTCTGTATTTCCAAGACTTGATATCATGCAACTACTTTAAAT  950

seq1  ATTTATTGGATTATCACT-GTGCAGATATGTTTATATAGGGACTTCCTAG  997
      |||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGGGATTATCACTGGTGCAGATATGTTTATATAGGGACTTCCTAG  1000

seq1  ACTAACTCACACAGCCT-GTGTATAAGGAACAACCAGCGAAAGAGCAAAG  1046
      ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||
seq2  ACTAACTCACACAGCCTGGTGTATAAGG-ACACCCAGCGAAGGAGCAAAG  1049

seq1  CAAGGCAAACAAAGGCCATTTGTACCACATAGGAGAAA-GTTTCTGGGCT  1095
      ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAAGGCAAACAAAGGTCA-TTGTACCACATAGGAGAAAGGTTTCTGGGCT  1098

seq1  CTGGAAACAGTTCTAG--CCTTTTTCTGACT  1124
      ||||||||||||||||  | |||||||||||
seq2  CTGGAAACAGTTCTAGGCCTTTTTTCTGACT  1129


seq1: chr15_30340187_30341297
seq2: B6Ng01-257D09.g_67_1175 (reverse)

seq1  GAATG-TAGACAT-CTGATATTTAGTATATAAATGAAACATCAGAGTTTC  48
      ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAATGCTAGACATCCTGATATTTAGTATATAAATG-AACATCAGAGTTTC  49

seq1  TTCTTGGGAAACAATAGAAAAATGTTCATAGT-AAAATAAAATCTGAATT  97
      ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTC-TGGGAAACAATAG-AAAATGTTCATAGTAAAAATAAAATCTGAATT  97

seq1  T-CTTTATGAATAAGCAAGCATATGGTTGGTATAGAAGAGCCCAGAGAGA  146
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTATGAAT-AGCAAGCATATGGTTGGTATAGAAGAGCCCAGAGAGA  146

seq1  AGAACCATGCATATATGTAACCTTGGATTTATGAAAAACAACAACAACAC  196
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGAACCATGCATATATGTAACTTTGGATTTATG-AAAACAACAACAACAC  195

seq1  GCTTGCATAGAAACTTGGCTTGCTGTTTGACAACCCTATTAAGCTTCTGT  246
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCATAGAAACTTGGCTTGCTG-TTGACAACCCTATTAAGCTTCTGT  244

seq1  TTTAAAGAACTAAATGTGGCAGACAATCTGAATTAGTTAGCCTTTTGTTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGAACTAAATGTGGCAGACAATCTGAATTAGTTAGCCTTTTGTTT  294

seq1  TTATATCAAAACACCCGACTCAGGTCACCAATGAAATAAAAGAAACTTAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCAAAACACCCGACTCAGGTCACCAATGAAATAAAAGAAACTTAC  344

seq1  TTAGCTCACACTTAGAGGTTGAGTGAGCATGGTGCTCATGTTAACTCTGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCACACTTAGAGGTTGAGTGAGCATGGTGCTCATGTTAACTCTGA  394

seq1  TGTAGGGGAAACCCTCCATTCATCCATCATTGTAGAAGGCCATGGTAGAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGGGAAACCCTCCATTCATCCATCATTGTAGAAGGCCATGGTAGAA  444

seq1  GTGATTAATTAAACCACTAATGAGAACACAAGACAGCGCATAGGGGAAGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTAATTAAACCACTAATGAGAACACAAGACAGCGCATAGGGGAAGA  494

seq1  GTGAGGCTTCTGTAACAGCCCTCTCTTCAGAACTAACCAAAATCCCACTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGCTTCTGTAACAGCCCTCTCTTCAGAACTAACCAAAATCCCACTG  544

seq1  GAAATGACAAATGTCTTTTGAGGACATACTTCTTTTTACTAAGAATTGTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGACAAATGTCTTTTGAGGACATACTTCTTTTTACTAAGAATTGTC  594

seq1  CATTGAGCCTTGTCTCTCAAGGGCTCCATATTCTTTGAGTACCAACTGCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAGCCTTGTCTCTCAAGGGCTCCATATTCTTTGAGTACCAACTGCC  644

seq1  CTGAAATCATTTTCCTGCACAGGGACTTCTGAGGTGACATTAACCTGTAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATCATTTTCCTGCACAGGGACTTCTGAGGTGACATTAACCTGTAA  694

seq1  TTTGTAACATAGCCTCATGGGAGATGGAATGAAGACTTGTAGGAGGTGGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAACATAGCCTCATGGGAGATGGAATGAAGACTTGTAGGAGGTGGT  744

seq1  TTTAGTGACACTGAGGAAGGAAACATTTTCTTAAGCATTTTATCCATTTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGACACTGAGGAAGGAAACATTTTCTTAAGCATTTTATCCATTTG  794

seq1  GGAAAAAAAAATCCTCAAGGCAAATGCTTGCTCAATGTAAATCCATTTAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAAAAATCCTCAAGGCAAATGCTTGCTCAATGTAAATCCATTTAG  844

seq1  TGACTGGGAGAAATGGCTATTTAGCAGAAGGAATTAATTCTCAGAGTAAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGGAGAAATGGCTATTTAGCAGAAGGAATTAATTCTCAGAGTAAA  894

seq1  TAGGGAAACAATACAGATGAAGTAGGGAAGAACCTGGCTTCCTACTGGAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAAACAATACAGATGAAGTAGGGAAGAACCTGGCTTCCTACTGGAA  944

seq1  AGTGGCAAGGGATATTGCTGTTCAAGCTGCAAGGCAGAAGACAGCAACCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCAAGGGATATTGCTGTTCAAGCTGCAAGGCAGAAGACAGCAACCC  994

seq1  TTCTTGGTAGTTTGTGGATTCAGTTCAATTAGGACTAAGACGTCCCATTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGTAGTTTGTGGATTCAGTTCAATTAGGACTAAGACGTCCCATTT  1044

seq1  GAACCAATCAGTTTGGCAAGGTCTTGGGTATTCAGTGTTATCTATAGACA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAATCAGTTTGGCAAGGTCTTGGGTATTCAGTGTTATCTATAGACA  1094

seq1  AGAAGAGAAGAATTC  1111
      |||||||||||||||
seq2  AGAAGAGAAGAATTC  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |