BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258K14
Chromosome15 (Build37)
Map Location 68,168,021 - 68,349,563
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneZfat1, LOC100041000
Downstream geneEG665945, EG633752, Khdrbs3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258K14.bB6Ng01-258K14.g
ACCGA064044GA064045
length1,1521,148
definitionB6Ng01-258K14.b B6Ng01-258K14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,348,410 - 68,349,563)(68,168,021 - 68,169,077)
sequence
gaattctcatgtttatctgaccagaactttatttgattataattttatat
ggtggacaagtttatccccgtgacaagttcatgaacagtgacaagtgaga
acatcttgccatacttgatctgtcagtttcaggggtcctggtctcacaaa
tagaagtcagacagctccccttgtttgtttgcaggatggatataagaatg
atattgttttcccctcactatctcccttttattttttatcttggagatat
tcggggtagagagccatatctagttaggtgtcttttagagaggcattggg
ccagtctttggaactaggtcactcacagaatgcctacatgcatagatgtg
gagccttctctgattatttttaggctctttgcttcagtatctgtctctat
aaagtaaagacaacacttgcttcaaatgaatagtgtaaaaattaaataaa
aataataaacacaattactgtccatcggtaattcccatatgctcccttcc
tcaccgttgccagaacgctcaggatcacgttgggatccttcagcttgggc
ctcagatattccataattcatgcaagtctctcagactctacagagtcaac
ccagtatggctgacttggaagtgactggaatccagaagacacaatggaag
tgtgtatggtttcttgatgcaaaaggtttagaatcaaccaatatcatttc
agtcacattcatgaagtgagagaagagaatcgtgaatattgaagagtagc
aagatctaagttgtgagagggcaagaattgcaagaattgggatcatcatg
tgcaattagtctattccttagcagctgttgtccccttaactcacatcatc
acacacagcttcaatcccacaccatactaggatcaacgttggagctgggt
ttaagttaagacaattctactttaagaaaaacaacagatttgatgaaacc
cgcaaaaatcatccgttaggcaaatcttctgacacctgctcatggtaaaa
tgcccttctctcccctcatatccatggttatggtaagatgccgaaggggt
gtcaacaagcttgattttaaacttcctaagtttgttcttcaagacataag
agctgccttcttattagttcttatttagactctatgctcatgttagttcg
ca

gaattctctgtttagctctctctataccccattttttgattcggttgttt
gggtttttgcttcttgagttctttctatattttggatattaggcctctat
gggatgtggtgttagtgaagatttttttcctcaatctataggttgccaat
ttgattaactgactacatcctttgccttacagaagctgagaagtttcatg
acgttccatttattaattcttgatcttagagtctgagccattggagttct
atttaggaaatacccacccccacctccccagcccagtgccaatgagcttg
aggctctttcccactttcttttctattagagtcagtgaatctggttttat
gttgaggtccttgatccacttggacttgagctttgtgccaggtgacaaat
atggatctattttcatttttctacatactaactgccagttagaccagtac
catttattgaagatgctttcttttttccactgtatattttttggcttctt
tttcaaatatcaagtgtccataagtgtgtggttttatttctgagtcttca
attctattacattgatcaacctgtctgcctggtacaaatataaaagtagc
agttagaccaatcaggtctgtgaaaagggtaatggattaaaaaatcttaa
aatagtaacaataatgataactaccgtatgtcaagaacattcaactgaca
tcgactcacttcatcaacaatcctgtcaggtactatgacaatgcaattca
gctgacaaagaagtggagaccaggaaaattaatactttccttaattatta
tagaacctgaagctaggcttaaggctatttagcaacaaattacagtgata
tgtaagatttacactacttctgaatcaaaatattggtatcatctatatta
agataaacaagtatctattttaaatagtacagcaagtatttactgaaaac
ctaaatataaacagtatttataataagtgccctttagctggcatggtgat
atactctgtatgccacttaagtcatgtatcaatatgtaactggtgatact
caagacagctgacgtaaacatcaacatccagcaacgcacatgttatgaac
agcttgaagttagatgttacaatgaacttgaacttggccttagagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_68348410_68349563
seq2: B6Ng01-258K14.b_45_1196 (reverse)

seq1  TGCGACCTAACATGAACCATGAGTCT-AATTAGAACTAATTAAGGAGGCA  49
      ||||| ||||||||| |   |||||| ||| |||||||| |||| |||||
seq2  TGCGAACTAACATGAGCATAGAGTCTAAATAAGAACTAA-TAAGAAGGCA  49

seq1  GCTC-TATGTCTTGAAGAACCAAACTTAGGAAGTTTTAAAATCAAGC-TG  97
      |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  GCTCTTATGTCTTGAAGAA-CAAACTTAGGAAG-TTTAAAATCAAGCTTG  97

seq1  TTGACACCCCTTCGGCATTCTTACCATTACCATGGATAATGAGGGGAAGA  147
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| |||
seq2  TTGACACCCCTTCGGCA-TCTTACCATAACCATGGAT-ATGAGGGG-AGA  144

seq1  G-AGGGCATTTTTACCATGAGCAGGTGTCAGGAGGTTTGCCT-ACGGATG  195
      | |||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||
seq2  GAAGGGCA-TTTTACCATGAGCAGGTGTCAGAAGATTTGCCTAACGGATG  193

seq1  ATTTTTGCGGGTTTCATCAAATCTGTTGTTTTTCTTAAAGTAGAATTGTC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGCGGGTTTCATCAAATCTGTTGTTTTTCTTAAAGTAGAATTGTC  243

seq1  TTAACTTAAACCCAGCTCCAACGTTGATCCTAGTATGGTGTGGGATTGAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTTAAACCCAGCTCCAACGTTGATCCTAGTATGGTGTGGGATTGAA  293

seq1  GCTGTGTGTGATGATGTGAGTTAAGGGGACAACAGCTGCTAAGGAATAGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTGTGATGATGTGAGTTAAGGGGACAACAGCTGCTAAGGAATAGA  343

seq1  CTAATTGCACATGATGATCCCAATTCTTGCAATTCTTGCCCTCTCACAAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTGCACATGATGATCCCAATTCTTGCAATTCTTGCCCTCTCACAAC  393

seq1  TTAGATCTTGCTACTCTTCAATATTCACGATTCTCTTCTCTCACTTCATG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCTTGCTACTCTTCAATATTCACGATTCTCTTCTCTCACTTCATG  443

seq1  AATGTGACTGAAATGATATTGGTTGATTCTAAACCTTTTGCATCAAGAAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGACTGAAATGATATTGGTTGATTCTAAACCTTTTGCATCAAGAAA  493

seq1  CCATACACACTTCCATTGTGTCTTCTGGATTCCAGTCACTTCCAAGTCAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACACACTTCCATTGTGTCTTCTGGATTCCAGTCACTTCCAAGTCAG  543

seq1  CCATACTGGGTTGACTCTGTAGAGTCTGAGAGACTTGCATGAATTATGGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTGGGTTGACTCTGTAGAGTCTGAGAGACTTGCATGAATTATGGA  593

seq1  ATATCTGAGGCCCAAGCTGAAGGATCCCAACGTGATCCTGAGCGTTCTGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGAGGCCCAAGCTGAAGGATCCCAACGTGATCCTGAGCGTTCTGG  643

seq1  CAACGGTGAGGAAGGGAGCATATGGGAATTACCGATGGACAGTAATTGTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGGTGAGGAAGGGAGCATATGGGAATTACCGATGGACAGTAATTGTG  693

seq1  TTTATTATTTTTATTTAATTTTTACACTATTCATTTGAAGCAAGTGTTGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATTTTTATTTAATTTTTACACTATTCATTTGAAGCAAGTGTTGT  743

seq1  CTTTACTTTATAGAGACAGATACTGAAGCAAAGAGCCTAAAAATAATCAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACTTTATAGAGACAGATACTGAAGCAAAGAGCCTAAAAATAATCAG  793

seq1  AGAAGGCTCCACATCTATGCATGTAGGCATTCTGTGAGTGACCTAGTTCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCTCCACATCTATGCATGTAGGCATTCTGTGAGTGACCTAGTTCC  843

seq1  AAAGACTGGCCCAATGCCTCTCTAAAAGACACCTAACTAGATATGGCTCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTGGCCCAATGCCTCTCTAAAAGACACCTAACTAGATATGGCTCT  893

seq1  CTACCCCGAATATCTCCAAGATAAAAAATAAAAGGGAGATAGTGAGGGGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCCGAATATCTCCAAGATAAAAAATAAAAGGGAGATAGTGAGGGGA  943

seq1  AAACAATATCATTCTTATATCCATCCTGCAAACAAACAAGGGGAGCTGTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATATCATTCTTATATCCATCCTGCAAACAAACAAGGGGAGCTGTC  993

seq1  TGACTTCTATTTGTGAGACCAGGACCCCTGAAACTGACAGATCAAGTATG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCTATTTGTGAGACCAGGACCCCTGAAACTGACAGATCAAGTATG  1043

seq1  GCAAGATGTTCTCACTTGTCACTGTTCATGAACTTGTCACGGGGATAAAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATGTTCTCACTTGTCACTGTTCATGAACTTGTCACGGGGATAAAC  1093

seq1  TTGTCCACCATATAAAATTATAATCAAATAAAGTTCTGGTCAGATAAACA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCACCATATAAAATTATAATCAAATAAAGTTCTGGTCAGATAAACA  1143

seq1  TGAGAATTC  1154
      |||||||||
seq2  TGAGAATTC  1152


seq1: chr15_68168021_68169077
seq2: B6Ng01-258K14.g_162_1215

seq1  CTCTATGGGATGTGGTGTTAGTGAAGATTTTTTTCCTCAATCTATAGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGGGATGTGGTGTTAGTGAAGATTTTTTTCCTCAATCTATAGGTT  50

seq1  GCCAATTTGATTAACTGACTACATCCTTTGCCTTACAGAAGCTGAGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATTTGATTAACTGACTACATCCTTTGCCTTACAGAAGCTGAGAAGT  100

seq1  TTCATGACGTTCCATTTATTAATTCTTGATCTTAGAGTCTGAGCCATTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGACGTTCCATTTATTAATTCTTGATCTTAGAGTCTGAGCCATTGG  150

seq1  AGTTCTATTTAGGAAATACCCACCCCCACCTCCCCAGCCCAGTGCCAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTATTTAGGAAATACCCACCCCCACCTCCCCAGCCCAGTGCCAATG  200

seq1  AGCTTGAGGCTCTTTCCCACTTTCTTTTCTATTAGAGTCAGTGAATCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGAGGCTCTTTCCCACTTTCTTTTCTATTAGAGTCAGTGAATCTGG  250

seq1  TTTTATGTTGAGGTCCTTGATCCACTTGGACTTGAGCTTTGTGCCAGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTTGAGGTCCTTGATCCACTTGGACTTGAGCTTTGTGCCAGGTG  300

seq1  ACAAATATGGATCTATTTTCATTTTTCTACATACTAACTGCCAGTTAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATATGGATCTATTTTCATTTTTCTACATACTAACTGCCAGTTAGAC  350

seq1  CAGTACCATTTATTGAAGATGCTTTCTTTTTTCCACTGTATATTTTTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACCATTTATTGAAGATGCTTTCTTTTTTCCACTGTATATTTTTTGG  400

seq1  CTTCTTTTTCAAATATCAAGTGTCCATAAGTGTGTGGTTTTATTTCTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTTTCAAATATCAAGTGTCCATAAGTGTGTGGTTTTATTTCTGAG  450

seq1  TCTTCAATTCTATTACATTGATCAACCTGTCTGCCTGGTACAAATATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAATTCTATTACATTGATCAACCTGTCTGCCTGGTACAAATATAAA  500

seq1  AGTAGCAGTTAGACCAATCAGGTCTGTGAAAAGGGTAATGGATTAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCAGTTAGACCAATCAGGTCTGTGAAAAGGGTAATGGATTAAAAAA  550

seq1  TCTTAAAATAGTAACAATAATGATAACTACCGTATGTCAAGAACATTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAATAGTAACAATAATGATAACTACCGTATGTCAAGAACATTCAA  600

seq1  CTGACATCGACTCACTTCATCAACAATCCTGTCAGGTACTATGACAATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATCGACTCACTTCATCAACAATCCTGTCAGGTACTATGACAATGC  650

seq1  AATTCAGCTGACAAAGAAGTGGAGACCAGGAAAATTAATACTTTCCTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGCTGACAAAGAAGTGGAGACCAGGAAAATTAATACTTTCCTTAA  700

seq1  TTATTATAGAACCTGAAGCTAGGCTTAAGGCTATTTAGCAACAAATTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATAGAACCTGAAGCTAGGCTTAAGGCTATTTAGCAACAAATTACA  750

seq1  GTGATATGTAAGATTTACACTACTTCTGAATCAAAATATTGGTATCATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATATGTAAGATTTACACTACTTCTGAATCAAAATATTGGTATCATCT  800

seq1  ATATTAAGATAAACAAGTATCTATTTTAAATAGTACAGCAAGTATTTACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAGATAAACAAGTATCTATTTTAAATAGTACAGCAAGTATTTACT  850

seq1  GAAAACCTAAATATAAACAGTATTTATAATAAGTGCCCTTTAGCTGGGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAAACCTAAATATAAACAGTATTTATAATAAGTGCCCTTTAGCT-GGCA  899

seq1  TGGTGATATACTCCTGTAATGCCACTTAAGTCATGTATCAATATGTTAAC  950
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGGTGATATACT-CTGT-ATGCCACTTAAGTCATGTATCAATATG-TAAC  946

seq1  TGGTGGATACTCCAAGACAGCTGACGTAAACATCCACATCCCAGCCAACG  1000
      |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||
seq2  TGGT-GATACT-CAAGACAGCTGACGTAAACATCAACAT-CCAG-CAACG  992

seq1  --CATG-TATG-ACAGCTGAGTGTAGGATGTTTACATGAACTGAAACTTG  1046
        |||| |||| ||||||    ||  ||||||   |||||||  ||||||
seq2  CACATGTTATGAACAGCTTGAAGTTAGATGTTACAATGAACTTGAACTTG  1042

seq1  G-CTTAGAGAGA  1057
      | ||||||||||
seq2  GCCTTAGAGAGA  1054


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |