BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260H18
Chromosome15 (Build37)
Map Location 59,243,281 - 59,420,058
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNsmce2
Upstream geneD15Ertd621e, EG631797, Tmem65, EG546638, Trmt12, Rnf139, Tatdn1, Ndufb9, Mtss1, LOC100040330, EG268809, LOC665565, Sqle, E430025E21Rik
Downstream geneTrib1, LOC665602, EG632248, LOC665613, 4933412E24Rik, LOC100040266, LOC623048, LOC211832, LOC623094
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260H18.bB6Ng01-260H18.g
ACCGA065397GA065398
length1,2061,138
definitionB6Ng01-260H18.b B6Ng01-260H18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,418,855 - 59,420,058)(59,243,281 - 59,244,426)
sequence
gaattcaccggaaaatctgttagacgtattaacagagttcagcccacgtg
aaagactgtgggtttgttggtctttttctatttttaaatttcaaaaggtg
gaggaagcaagaaagcataactcagatgcaatgccaaccgctagggaggc
cgagcagggaactaagagatggcagagatcacgaacagggaggtaacgag
agagaagggtgaatgccagccgtgagtaatagcccacagaccgagagagt
ctaaaagaggaaagattgcaatagcgacacttctctaaagagagcatttc
ctcacccttcacctgtatttatagaaagtgacattaatgctgggattcta
caaggtgctcacaaaaggtcgcatctggcaataaatatcacttctggtgg
tttacctggtctccaggacagaactgcatggtacgtgtggtaaaaggcag
gcgggagagaaaggcacagatctgccagaaccacagacatttggagagtg
gggttagctgccaaccaaagtcttacttatcccagaacatcaagagccag
acaaagcatagcttgtgcttaaaactgtccagggtgcatgtcattctacg
ttctcccgatgcatcctctgagcactgtgaacagtgtgctgcttctagag
tgttccattgccaggtgtctcattaatactaataatagctcacttactga
agactgctccagtgacttgatattatttcatttaatactcacataatacc
cacgatggactatattgttatgtctagtatatagacaagaataagtcttt
aagtcccatgatatttcaaaggcaactgtagaaactagacctttaataaa
ggagcagctggattaagccaatgtaatctttattaaagaatcacaaaata
gtcctgattttgcatatataagcaagcaaatgagatgtcatgtttcccac
actcctgggttctgcatatatgaattaaatcagcatagagatgaagaatg
tttagagaagcaactgtgcctgtcctgaacatgcaacagaacttttcttc
tgttactgatccctagtagtgcagtgcctctgagtataagcatttaacac
aactggtattgggtggagtaccagagatgacttaaagaactctctaagag
gaagttgttcatgcaaacactggccattgtgtcttattgataccttgaac
catttg
gaattcaggttttggtttgattttgacacagaagttgagaatattgttta
tactgtcatctgtttgtatttctcaaaaaaaaaggtaaatgtcttttaca
gaaaatatggaagaatcaagttctcatataaagagatctggaaataactt
attcccagtctttagaaaataaacttttctggctgtgtgtgccatttagt
ctaaggaatttaaactaaagtcaggcaacccttgccaccatccttcttct
tcgccaaaatggtctgtgtatttaatgacatttcgtgtttatcagattct
tctaagtgtgtgagtcatgttgactcacagtcagcaatccttagcaacac
taaatgtctgctttgtcttagcttggtaagtcactaataaaatacatgct
gctgaatttaatcaactccatgtaattggttgtttctgttcagacatgct
tgtgtgtggctttgtagaatagaaaaattaacctgatcccacagttttct
tgttgtttgtttagaacaaaactttagaaagcagcttgaccctggacaaa
gccgtgcagctgattagatatgcaggtgggaagaataagtaggtgacatt
tgtcttgagggtgtgtctctctagtgtgtgtgtgcacacatgtcctactt
gtaaaagtaaagagattttatgggttgataagagctggaatactaggtcc
tcttctggacagtagagagatgttagagaggggaccttatatctgagatc
atagggagctttcaacaagggcacctcagaaatccatgtgaggtgtagtg
aagttcaaggtctttgtatgtggtttgcttggagagacaaggagggcaaa
gcctacattttgatgttttagtgaaggctgggctagtaaaggcctagaga
ctgtgagtgactttcagctctatttcccaacccccagagctggacctcag
gaagtttattccatgggctgcagcacagcaccctgtggttaagggaaggc
ccttgtttagaatagtagtcagagtgtaccttcttacccccccttcctca
ctgaactggttgccgtctggaatgcagttgggtgctctgttgatcatgac
caagtgaacaggaattgccatgataggacctgcttccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_59418855_59420058
seq2: B6Ng01-260H18.b_50_1255 (reverse)

seq1  CAAAT-GTTCAA-GTACCA--TAGACACAATGGCAAGTGTTTGCATAGAA  46
      ||||| |||||| ||| ||   |||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  CAAATGGTTCAAGGTATCAATAAGACACAATGGCCAGTGTTTGCAT-GAA  49

seq1  CACACTCCCTCTTAGAG---TCTTTAAGTCATCTCTGGGTTTACT-CACC  92
      || ||| ||||||||||   ||||||||||||||||||   |||| ||||
seq2  CA-ACTTCCTCTTAGAGAGTTCTTTAAGTCATCTCTGG---TACTCCACC  95

seq1  --ATACCCAATTTGGTGTAAATGC-TATACTCAGAGGCACTGCACTACTT  139
        |||||  | |||   ||||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAATACC--AGTTGTGTTAAATGCTTATACTCAGAGGCACTGCACTAC-T  142

seq1  AGGGATCAGTAACAAGAAGAAAAGTTCTG-TGCATGTTCAGGACAGGCAC  188
      ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATCAGTAAC-AGAAGAAAAGTTCTGTTGCATGTTCAGGACAGGCAC  191

seq1  AGTTGCTTCTCTAAACATTCTTCATCTCTATGCCTGATTTAATTCATATA  238
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTTCTCTAAACATTCTTCATCTCTATG-CTGATTTAATTCATATA  240

seq1  TGCAGAACCCAGGAGTGTGGGAAACATGACATCTCATTTGCTTGCTTATA  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAACCCAGGAGTGTGGGAAACATGACATCTCATTTGCTTGCTTATA  290

seq1  TATGCAAAATCAGGACTATTTTGTGATTCTTTAATAAAGATTACATTGGC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAAATCAGGACTATTTTGTGATTCTTTAATAAAGATTACATTGGC  340

seq1  TTAATCCAGCTGCTCCTTTATTAAAGGTCTAGTTTCTACAGTTGCCTTTG  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCAGCTGCTCCTTTATTAAAGGTCTAGTTTCTACAGTTGCCTTTG  390

seq1  AAATATCATGGGACTTAAAGACTTATTCTTGTCTATATACTAGACATAAC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCATGGGACTTAAAGACTTATTCTTGTCTATATACTAGACATAAC  440

seq1  AATATAGTCCATCGTGGGTATTATGTGAGTATTAAATGAAATAATATCAA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGTCCATCGTGGGTATTATGTGAGTATTAAATGAAATAATATCAA  490

seq1  GTCACTGGAGCAGTCTTCAGTAAGTGAGCTATTATTAGTATTAATGAGAC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGGAGCAGTCTTCAGTAAGTGAGCTATTATTAGTATTAATGAGAC  540

seq1  ACCTGGCAATGGAACACTCTAGAAGCAGCACACTGTTCACAGTGCTCAGA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGCAATGGAACACTCTAGAAGCAGCACACTGTTCACAGTGCTCAGA  590

seq1  GGATGCATCGGGAGAACGTAGAATGACATGCACCCTGGACAGTTTTAAGC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCATCGGGAGAACGTAGAATGACATGCACCCTGGACAGTTTTAAGC  640

seq1  ACAAGCTATGCTTTGTCTGGCTCTTGATGTTCTGGGATAAGTAAGACTTT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTATGCTTTGTCTGGCTCTTGATGTTCTGGGATAAGTAAGACTTT  690

seq1  GGTTGGCAGCTAACCCCACTCTCCAAATGTCTGTGGTTCTGGCAGATCTG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGCAGCTAACCCCACTCTCCAAATGTCTGTGGTTCTGGCAGATCTG  740

seq1  TGCCTTTCTCTCCCGCCTGCCTTTTACCACACGTACCATGCAGTTCTGTC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTCTCTCCCGCCTGCCTTTTACCACACGTACCATGCAGTTCTGTC  790

seq1  CTGGAGACCAGGTAAACCACCAGAAGTGATATTTATTGCCAGATGCGACC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGACCAGGTAAACCACCAGAAGTGATATTTATTGCCAGATGCGACC  840

seq1  TTTTGTGAGCACCTTGTAGAATCCCAGCATTAATGTCACTTTCTATAAAT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGAGCACCTTGTAGAATCCCAGCATTAATGTCACTTTCTATAAAT  890

seq1  ACAGGTGAAGGGTGAGGAAATGCTCTCTTTAGAGAAGTGTCGCTATTGCA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGAAGGGTGAGGAAATGCTCTCTTTAGAGAAGTGTCGCTATTGCA  940

seq1  ATCTTTCCTCTTTTAGACTCTCTCGGTCTGTGGGCTATTACTCACGGCTG  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCCTCTTTTAGACTCTCTCGGTCTGTGGGCTATTACTCACGGCTG  990

seq1  GCATTCACCCTTCTCTCTCGTTACCTCCCTGTTCGTGATCTCTGCCATCT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCACCCTTCTCTCTCGTTACCTCCCTGTTCGTGATCTCTGCCATCT  1040

seq1  CTTAGTTCCCTGCTCGGCCTCCCTAGCGGTTGGCATTGCATCTGAGTTAT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTCCCTGCTCGGCCTCCCTAGCGGTTGGCATTGCATCTGAGTTAT  1090

seq1  GCTTTCTTGCTTCCTCCACCTTTTGAAATTTAAAAATAGAAAAAGACCAA  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTTGCTTCCTCCACCTTTTGAAATTTAAAAATAGAAAAAGACCAA  1140

seq1  CAAACCCACAGTCTTTCACGTGGGCTGAACTCTGTTAATACGTCTAACAG  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCCACAGTCTTTCACGTGGGCTGAACTCTGTTAATACGTCTAACAG  1190

seq1  ATTTTCCGGTGAATTC  1204
      ||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCGGTGAATTC  1206

seq1: chr15_59243281_59244426
seq2: B6Ng01-260H18.g_66_1203

seq1  GAATTCAGGTTTTGGTTTGATTTTGACACAGAAGTTGAGAATATTGTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTTTTGGTTTGATTTTGACACAGAAGTTGAGAATATTGTTTA  50

seq1  TACTGTCATCTGTTTGTATTTCTCAAAAAAAAAGGTAAATGTCTTTTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTCATCTGTTTGTATTTCTCAAAAAAAAAGGTAAATGTCTTTTACA  100

seq1  GAAAATATGGAAGAATCAAGTTCTCATATAAAGAGATCTGGAAATAACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATGGAAGAATCAAGTTCTCATATAAAGAGATCTGGAAATAACTT  150

seq1  ATTCCCAGTCTTTAGAAAATAAACTTTTCTGGCTGTGTGTGCCATTTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCAGTCTTTAGAAAATAAACTTTTCTGGCTGTGTGTGCCATTTAGT  200

seq1  CTAAGGAATTTAAACTAAAGTCAGGCAACCCTTGCCACCATCCTTCTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGAATTTAAACTAAAGTCAGGCAACCCTTGCCACCATCCTTCTTCT  250

seq1  TCGCCAAAATGGTCTGTGTATTTAATGACATTTCGTGTTTATCAGATTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCAAAATGGTCTGTGTATTTAATGACATTTCGTGTTTATCAGATTCT  300

seq1  TCTAAGTGTGTGAGTCATGTTGACTCACAGTCAGCAATCCTTAGCAACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTGTGTGAGTCATGTTGACTCACAGTCAGCAATCCTTAGCAACAC  350

seq1  TAAATGTCTGCTTTGTCTTAGCTTGGTAAGTCACTAATAAAATACATGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTCTGCTTTGTCTTAGCTTGGTAAGTCACTAATAAAATACATGCT  400

seq1  GCTGAATTTAATCAACTCCATGTAATTGGTTGTTTCTGTTCAGACATGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAATTTAATCAACTCCATGTAATTGGTTGTTTCTGTTCAGACATGCT  450

seq1  TGTGTGTGGCTTTGTAGAATAGAAAAATTAACCTGATCCCACAGTTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGCTTTGTAGAATAGAAAAATTAACCTGATCCCACAGTTTTCT  500

seq1  TGTTGTTTGTTTAGAACAAAACTTTAGAAAGCAGCTTGACCCTGGACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTTGTTTAGAACAAAACTTTAGAAAGCAGCTTGACCCTGGACAAA  550

seq1  GCCGTGCAGCTGATTAGATATGCAGGTGGGAAGAATAAGTAGGTGACATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGCAGCTGATTAGATATGCAGGTGGGAAGAATAAGTAGGTGACATT  600

seq1  TGTCTTGAGGGTGTGTCTCTCTAGTGTGTGTGTGCACACATGTCCTACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGAGGGTGTGTCTCTCTAGTGTGTGTGTGCACACATGTCCTACTT  650

seq1  GTAAAAGTAAAGAGATTTTATGGGTTGATAAGAGCTGGAATACTAGGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAGTAAAGAGATTTTATGGGTTGATAAGAGCTGGAATACTAGGTCC  700

seq1  TCTTCTGGACAGTAGAGAGATGTTAGAGAGGGGACCTTATATCTGAGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGACAGTAGAGAGATGTTAGAGAGGGGACCTTATATCTGAGATC  750

seq1  ATAGGGAGCTTTCAACAAGGGCACCTCAGAAATCCATGTGAGGTGTAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGAGCTTTCAACAAGGGCACCTCAGAAATCCATGTGAGGTGTAGTG  800

seq1  AAGTTCAAGGTCTTTGTATGTGGTTTGCTTGGAGAGACAAGGAGGGCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCAAGGTCTTTGTATGTGGTTTGCTTGGAGAGACAAGGAGGGCAAA  850

seq1  GCCTACATTTTGATGTTTTAGTGAAGGCTGGGCTAGTAAAGGCCTAGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACATTTTGATGTTTTAGTGAAGGCTGGGCTAGTAAAGGCCTAGAGA  900

seq1  CTGTGAGTGACTTTCAGCTCTATTTCCCAACCCCCAGAGCTGGACCTCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTGTGAGTGACTTTCAGCTCTATTTCCCAACCCCCAGAGCTGGACCTCA-  949

seq1  GGAAGTTTATTCCATGGGCTGCAGGCACAGCACCCCTGTGGTT-AGGGAA  999
      ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||
seq2  GGAAGTTTATTCCATGGGCTGCA-GCACAGCA-CCCTGTGGTTAAGGGAA  997

seq1  GGCCC-TGTTTAGAATAAGTAGGTCCAGAAGTGTACC-TCTTACCCCCCC  1047
      ||||| |||||||||| |||||   ||| |||||||| ||||||||||||
seq2  GGCCCTTGTTTAGAAT-AGTAG--TCAG-AGTGTACCTTCTTACCCCCCC  1043

seq1  TCCCTCACTGACCTGGTTGCCGGTCTGGAATGGCAGTTGGGTTGCTCTGT  1097
      | ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  TTCCTCACTGAACTGGTTGCC-GTCTGGAAT-GCAGTTGGG-TGCTCTGT  1090

seq1  TGATCATGACCAGGTGGACAAGGATATGCCATGATAAGAACTGCTTCCC  1146
      |||||||||||| ||| || ||||  |||||||||| || |||||||||
seq2  TGATCATGACCAAGTGAAC-AGGAATTGCCATGATAGGACCTGCTTCCC  1138