BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-264D20
Chromosome15 (Build37)
Map Location 18,749,137 - 18,859,372
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh10
Upstream geneLOC100040162, LOC666835, LOC666839
Downstream geneEG666857, EG666875, LOC621884, LOC100040265
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-264D20.bB6Ng01-264D20.g
ACCGA068194GA068195
length1,1481,025
definitionB6Ng01-264D20.b B6Ng01-264D20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,858,220 - 18,859,372)(18,749,137 - 18,750,147)
sequence
gaattcagtttgacctcaattatatggacaatgaacttttgactaagctg
tgactatgtgggtgttttcaaaaccaaacgcacaactttttaaacatttt
tagacatactagaagatctatttctgattttgaagttttttattgaaaaa
tgtttcattcaaaatatttctatgaaaaacattacaccacagaaaaaagt
attttcagagcctgtgtggaaaggttgaaactctaatctatagcagctaa
gttagaaggaattagaaacaaaccacagacaacaataagctgctggtact
gaggtaagtcaagatttgtgggacctgccaaaaggcaccaagcatgaaag
gattatatatgtatatgcatattatatatgtatatatatataaagtcata
tagcccttaaaattattttttcctgcaacataaacaaaagtgactgagtg
aaagccatttatcataaccacatatataatttatatgttaccaggtgaac
ctgcctgactcatatagaatgcaataagctagaaaaggttttgtgcaaat
attagacataggctacacaaggacacatacacatattggacagttgcact
gagttactatgttaatctgagcattcttagtcatcaagtataagccaaca
tagagtgttttaaagctccactctatgtgttttagatgaattaaagtcac
tggcaagcatgtaaccaggggcaatgaaattttgatgccctattatacca
caggcgatggtatttatttcacatgcagttaagaaaattaagcaaatgcc
gagtccatagcagaaaattgtacatttatgcatttgaaaagtattgaaca
cttataagccccaaatgaacataaacagtaattgaaaataaacaaaatgt
gataaactatgacaagtgaaaatatttccacagtaaacagaaagcaacca
aagacacaagaagggcggctacatttcccccaagtctgatgtgcataata
agccacatacaaacagcagagctatgcacatgcacttcttctgaggaatc
ctgaactcagtcagtgcaattcagaacgattggtttgcagatgcagacta
ccctgaacaggttgtagctatcacctgtgttgtaagattgtgccatac

gaattcattcattctgaacaattgctgaaaatgtttacggagtgtcatta
gtcttgctcgttcctgtttacctctgtctcggatagcagcttagcaggta
gcactgtttgctgtgaactctagcttcagctaacattactttgcattcca
tatgaacgggttcactcctcacttatccctggtcatagttcgttatgcat
tcagtatagagagaaatgacagccagaggacagatgccttgaagctgtga
gtggtcacatctacaggaagacagtcgattgacattcatcagaaacagga
tggatataattcctatgctcaccttttgtatgagtaggaagtatcagggg
gtaaaatttaaaaggggggggggattaaatgcatgcagtcagcagttgca
gcatttattgtctctgctgcaataaaatccatattttatgtggtgttaaa
ttaatgcagcatgttggcatgtctaaatggatgtcctcaacaagtaacta
ttatagcactgtaagtatgggccaaagcagtagtcggcaaatgtttccat
gccaccacaataaaaaccaagtacctctttcccatgtacaggggagaggc
tataggtataatcaaagacaaacatttaaaactgacctatcatctcttgc
tttcaaaaagaaaaaagaaaaaaaaaaaggaaagccgatctatttcctac
aattgttggtccttcattccagtaaaagctcctattatccaaagcggcac
atgcattgctactctttggagatgcttcctttaaaaaaatatatctaatt
tttttttctcttgtaagatctattttaaaaaataatctgtccctgtgatg
ctgacaactgttatacttcaatgcatatgttaggagacttctcctccttc
tcaacacccccctccctgcccttttcttttaaaacgtagttacacagctt
ccactggtggttgaattaacacttggccagagggtgctcattttttaggt
tcttggatatgggtgaggatcttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_18858220_18859372
seq2: B6Ng01-264D20.b_45_1192 (reverse)

seq1  GTATGGCACAATCTTACAACACA-GTGATTAGCCTAACACACTGTCCA-G  48
      ||||||||||||||||||||||| |||| ||||   |||  |||| || |
seq2  GTATGGCACAATCTTACAACACAGGTGA-TAGC--TACAACCTGTTCAGG  47

seq1  GTAGTCTGCATCCTGCAACCCAAATCGTTCTGAA-TGCACTGACTGAAGT  97
      ||||||||||| |||||| || |||||||||||| ||||||||||||  |
seq2  GTAGTCTGCAT-CTGCAAACC-AATCGTTCTGAATTGCACTGACTGAGTT  95

seq1  CAGGATTCCCTCAG-AGAAGTGCATGTGCATAGCTCTTGCTGTTTGTATG  146
      ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAGGATT-CCTCAGAAGAAGTGCATGTGCATAGCTC-TGCTGTTTGTATG  143

seq1  TGGCTTATTATTGCACATCAGACTTGGGGGAAATGTAGCCGCCCTTCTTT  196
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGGCTTATTA-TGCACATCAGACTTGGGGGAAATGTAGCCGCCCTTC-TT  191

seq1  GTGTCCTTGGTTGCTTTCTGTTTACTGTGGAAATATTTTCACTTGTCATA  246
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTTGGTTGCTTTCTGTTTACTGTGGAAATATTTTCACTTGTCATA  241

seq1  GTTTATCACATTTTGTTTATTTTCAATTACTGTTTATGTTCATTTGGGGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATCACATTTTGTTTATTTTCAATTACTGTTTATGTTCATTTGGGGC  291

seq1  TTATAAGTGTTCAATACTTTTCAAATGCATAAATGTACAATTTTCTGCTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGTGTTCAATACTTTTCAAATGCATAAATGTACAATTTTCTGCTA  341

seq1  TGGACTCGGCATTTGCTTAATTTTCTTAACTGCATGTGAAATAAATACCA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTCGGCATTTGCTTAATTTTCTTAACTGCATGTGAAATAAATACCA  391

seq1  TCGCCTGTGGTATAATAGGGCATCAAAATTTCATTGCCCCTGGTTACATG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCTGTGGTATAATAGGGCATCAAAATTTCATTGCCCCTGGTTACATG  441

seq1  CTTGCCAGTGACTTTAATTCATCTAAAACACATAGAGTGGAGCTTTAAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCAGTGACTTTAATTCATCTAAAACACATAGAGTGGAGCTTTAAAA  491

seq1  CACTCTATGTTGGCTTATACTTGATGACTAAGAATGCTCAGATTAACATA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTATGTTGGCTTATACTTGATGACTAAGAATGCTCAGATTAACATA  541

seq1  GTAACTCAGTGCAACTGTCCAATATGTGTATGTGTCCTTGTGTAGCCTAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCAGTGCAACTGTCCAATATGTGTATGTGTCCTTGTGTAGCCTAT  591

seq1  GTCTAATATTTGCACAAAACCTTTTCTAGCTTATTGCATTCTATATGAGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAATATTTGCACAAAACCTTTTCTAGCTTATTGCATTCTATATGAGT  641

seq1  CAGGCAGGTTCACCTGGTAACATATAAATTATATATGTGGTTATGATAAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGGTTCACCTGGTAACATATAAATTATATATGTGGTTATGATAAA  691

seq1  TGGCTTTCACTCAGTCACTTTTGTTTATGTTGCAGGAAAAAATAATTTTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTCACTCAGTCACTTTTGTTTATGTTGCAGGAAAAAATAATTTTA  741

seq1  AGGGCTATATGACTTTATATATATATACATATATAATATGCATATACATA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTATATGACTTTATATATATATACATATATAATATGCATATACATA  791

seq1  TATAATCCTTTCATGCTTGGTGCCTTTTGGCAGGTCCCACAAATCTTGAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCCTTTCATGCTTGGTGCCTTTTGGCAGGTCCCACAAATCTTGAC  841

seq1  TTACCTCAGTACCAGCAGCTTATTGTTGTCTGTGGTTTGTTTCTAATTCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTCAGTACCAGCAGCTTATTGTTGTCTGTGGTTTGTTTCTAATTCC  891

seq1  TTCTAACTTAGCTGCTATAGATTAGAGTTTCAACCTTTCCACACAGGCTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAACTTAGCTGCTATAGATTAGAGTTTCAACCTTTCCACACAGGCTC  941

seq1  TGAAAATACTTTTTTCTGTGGTGTAATGTTTTTCATAGAAATATTTTGAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATACTTTTTTCTGTGGTGTAATGTTTTTCATAGAAATATTTTGAA  991

seq1  TGAAACATTTTTCAATAAAAAACTTCAAAATCAGAAATAGATCTTCTAGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACATTTTTCAATAAAAAACTTCAAAATCAGAAATAGATCTTCTAGT  1041

seq1  ATGTCTAAAAATGTTTAAAAAGTTGTGCGTTTGGTTTTGAAAACACCCAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTAAAAATGTTTAAAAAGTTGTGCGTTTGGTTTTGAAAACACCCAC  1091

seq1  ATAGTCACAGCTTAGTCAAAAGTTCATTGTCCATATAATTGAGGTCAAAC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCACAGCTTAGTCAAAAGTTCATTGTCCATATAATTGAGGTCAAAC  1141

seq1  TGAATTC  1153
      |||||||
seq2  TGAATTC  1148


seq1: chr15_18749137_18750147
seq2: B6Ng01-264D20.g_65_1089

seq1  GAATTCATTCATTCTGAACAATTGCTGAAAATGTTTACGGAGTGTCATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCATTCTGAACAATTGCTGAAAATGTTTACGGAGTGTCATTA  50

seq1  GTCTTGCTCGTTCCTGTTTACCTCTGTCTCGGATAGCAGCTTAGCAGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGCTCGTTCCTGTTTACCTCTGTCTCGGATAGCAGCTTAGCAGGTA  100

seq1  GCACTGTTTGCTGTGAACTCTAGCTTCAGCTAACATTACTTTGCATTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGTTTGCTGTGAACTCTAGCTTCAGCTAACATTACTTTGCATTCCA  150

seq1  TATGAACGGGTTCACTCCTCACTTATCCCTGGTCATAGTTCGTTATGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACGGGTTCACTCCTCACTTATCCCTGGTCATAGTTCGTTATGCAT  200

seq1  TCAGTATAGAGAGAAATGACAGCCAGAGGACAGATGCCTTGAAGCTGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATAGAGAGAAATGACAGCCAGAGGACAGATGCCTTGAAGCTGTGA  250

seq1  GTGGTCACATCTACAGGAAGACAGTCGATTGACATTCATCAGAAACAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCACATCTACAGGAAGACAGTCGATTGACATTCATCAGAAACAGGA  300

seq1  TGGATATAATTCCTATGCTCACCTTTTGTATGAGTAGGAAGTATCAGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATAATTCCTATGCTCACCTTTTGTATGAGTAGGAAGTATCAGGGG  350

seq1  GTAAAATTTAAAAGGGGGGGGGGATTAAATGCATGCAGTCAGCAGTTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATTTAAAAGGGGGGGGGGATTAAATGCATGCAGTCAGCAGTTGCA  400

seq1  GCATTTATTGTCTCTGCTGCAATAAAATCCATATTTTATGTGGTGTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTATTGTCTCTGCTGCAATAAAATCCATATTTTATGTGGTGTTAAA  450

seq1  TTAATGCAGCATGTTGGCATGTCTAAATGGATGTCCTCAACAAGTAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGCAGCATGTTGGCATGTCTAAATGGATGTCCTCAACAAGTAACTA  500

seq1  TTATAGCACTGTAAGTATGGGCCAAAGCAGTAGTCGGCAAATGTTTCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCACTGTAAGTATGGGCCAAAGCAGTAGTCGGCAAATGTTTCCAT  550

seq1  GCCACCACAATAAAAACCAAGTACCTCTTTCCCATGTACAGGGGAGAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCACAATAAAAACCAAGTACCTCTTTCCCATGTACAGGGGAGAGGC  600

seq1  TATAGGTATAATCAAAGACAAACATTTAAAACTGACCTATCATCTCTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGTATAATCAAAGACAAACATTTAAAACTGACCTATCATCTCTTGC  650

seq1  TTTCAAAAAGAAAAAAGAAAAAAAAAAAGGAAAGCCGATCTATTTCCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAAAAGAAAAAAGAAAAAAAAAAAGGAAAGCCGATCTATTTCCTAC  700

seq1  AATTG-TGGTCCTTCATTCCAGTAAAAGCTCCTATTATCCAAAGCGGCAC  749
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTTGGTCCTTCATTCCAGTAAAAGCTCCTATTATCCAAAGCGGCAC  750

seq1  ATGCATTGCTACTCTTTGGAGATGCTTCCTTTAAAAAAATATATCTAATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTGCTACTCTTTGGAGATGCTTCCTTTAAAAAAATATATCTAATT  800

seq1  TTTTTTTCTCTTGTAAGATCTATTTT-AAAAATAATCTGTCCCTGTGATG  848
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCTCTTGTAAGATCTATTTTAAAAAATAATCTGTCCCTGTGATG  850

seq1  CTGACAACTGTTATACTTCAATGCATATGTTAGGAGAC-TCTCTCCCTTC  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||
seq2  CTGACAACTGTTATACTTCAATGCATATGTTAGGAGACTTCTCCTCCTTC  900

seq1  TCAACACCCCC--CCCTGCC--TTTCTTTTAAAACGTAGTTACAAGAGCT  943
      |||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||
seq2  TCAACACCCCCCTCCCTGCCCTTTTCTTTTAAAACGTAGTTAC-ACAGCT  949

seq1  T-CACT-GTGG-TGAA-TAACACTTGGCAAGAGGGTGCTCATTTTTTAGG  989
      | |||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGGTGGTTGAATTAACACTTGGCCAGAGGGTGCTCATTTTTTAGG  999

seq1  -TCTGGTAT---GGTGAGGATTTTTA  1011
       ||| | ||   ||||||||| ||||
seq2  TTCTTGGATATGGGTGAGGATCTTTA  1025


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |