BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267P10
Chromosome15 (Build37)
Map Location 52,839,669 - 53,045,507
singlet/doubletdoublet
Overlap geneExt1
Upstream geneAard, LOC100039720, LOC665219, Slc30a8, LOC100039748, Thrap6, LOC100039745
Downstream geneSamd12, EG665097, EG621631
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267P10.bB6Ng01-267P10.g
ACCGA070950GA070951
length7861,078
definitionB6Ng01-267P10.b B6Ng01-267P10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,839,669 - 52,840,452)(53,044,426 - 53,045,507)
sequence
gaattccatgccttgcactgtgagtttcttttagtaacttgtataagctt
tataaggtttcaaccttgttcacccatgtagagtaatcccattataattc
ttaatatctactgtggtactttctttgtaggcctatgggaagaccactaa
ggtctccagaactttatcatatctgatctactaggaaatcactttaaagg
atatttaaaccttatacttgtgactcagactgtcctgcattcaaatcata
gtactctctcacaccaattgtaatacattaaggaaagtatttatcttcct
gactaaccctgtaagctataattgacctaaggctgtttggagaattaaat
taagaaagtagccaagataaaatggtgccagattctagctgtctttcaac
aaagtgtctgagcggaggcacagtgaaaacaacattgttgcatagagctt
gtgtgatgatttcattatgggttgtacttgaatgtccttcataggctcgt
gtctcagactgcttggtcctcaacaaatgactgacttgagatgttgtgaa
gtgtttgttatttggagagtagctggacaaagtaggtcgttatgaggtgg
gccttgcagtttctagactaatcccactcccagccttcgttctgcttctt
caccttcaataagcaaagagcaagcatccttactgtcctgcatccacagc
agatctcatgtgctctgctccatcatgatgaactgaactatttttttttt
ttggtttggtttggtttggtttggtttggtttggtt

gaattctttgtcctgcttattgggcaggtgacttaataatatctttgtac
ggtcttcttaagttattgaaactctctcttcactgtcctaaggaatggca
gcaaccatgaatagacatcaataaatgtcaaatacaatgggtcctgttag
caacagcaatggtagcagctcattattgcaggggatagtgggcctagtta
ctacatgttcacctcttttggtttgtggagttacccacagtttcataagc
atttaacttttatccttggaatgtaactagttagatttaatcttacgttt
gatatttctgttattttgtttttcccaattcttagccagttttttttgtg
gttttcatcttgaacgtattctccgatgataactgaggtaaaattttgag
agtgccgtttaaggaccccctgtttaggacttttctttttaatttcatga
ctccttatggttctgtgtgagaggaaagggaatttatttccttggccacc
gttcaaaacaaagactaatgacacaaatgagcagaaacagtgactttgtg
agtgacaggtggggcctagccacagctctcccttcctcagagttttcagg
tacattctgggaaagttagctgaattcaaaagactcaccttggtggggtc
acctctccgtgcccagcacaaaacggcaaggagcttttccatcccataat
tctccctttcatgattttctcagctggattcttcaaaggcttatttgtaa
agacctttatggtgtgttatgatttaatcagatgtagctcaaatttccca
agatgtgttaattatccttgtcatgcaagtgcagccgaggaagcaaatgc
ttttcatttggatgggttgagggtttgttaaaatgttacttagggccatt
aggatcaatcaaacatagtgcatggtaattatgtatggattaaaagatta
cctgccgtttaagtagccagtttcccgatcagattgcagcaaagtcttga
gaagaaaattggcatccccatagcagtagaatacaggagaataccttatt
tagaacatagtgacttacactagtctac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_52839669_52840452
seq2: B6Ng01-267P10.b_45_830

seq1  GAATTCCATGCCTTGCACTGTGAGTTTCTTTTAGTAACTTGTATAAGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCCTTGCACTGTGAGTTTCTTTTAGTAACTTGTATAAGCTT  50

seq1  TATAAGGTTTCAACCTTGTTCACCCATGTAGAGTAATCCCATTATAATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGTTTCAACCTTGTTCACCCATGTAGAGTAATCCCATTATAATTC  100

seq1  TTAATATCTACTGTGGTACTTTCTTTGTAGGCCTATGGGAAGACCACTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATCTACTGTGGTACTTTCTTTGTAGGCCTATGGGAAGACCACTAA  150

seq1  GGTCTCCAGAACTTTATCATATCTGATCTACTAGGAAATCACTTTAAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCCAGAACTTTATCATATCTGATCTACTAGGAAATCACTTTAAAGG  200

seq1  ATATTTAAACCTTATACTTGTGACTCAGACTGTCCTGCATTCAAATCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAAACCTTATACTTGTGACTCAGACTGTCCTGCATTCAAATCATA  250

seq1  GTACTCTCTCACACCAATTGTAATACATTAAGGAAAGTATTTATCTTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCTCTCACACCAATTGTAATACATTAAGGAAAGTATTTATCTTCCT  300

seq1  GACTAACCCTGTAAGCTATAATTGACCTAAGGCTGTTTGGAGAATTAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAACCCTGTAAGCTATAATTGACCTAAGGCTGTTTGGAGAATTAAAT  350

seq1  TAAGAAAGTAGCCAAGATAAAATGGTGCCAGATTCTAGCTGTCTTTCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAGTAGCCAAGATAAAATGGTGCCAGATTCTAGCTGTCTTTCAAC  400

seq1  AAAGTGTCTGAGCGGAGGCACAGTGAAAACAACATTGTTGCATAGAGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTCTGAGCGGAGGCACAGTGAAAACAACATTGTTGCATAGAGCTT  450

seq1  GTGTGATGATTTCATTATGGGTTGTACTTGAATGTCCTTCATAGGCTCGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGATGATTTCATTATGGGTTGTACTTGAATGTCCTTCATAGGCTCGT  500

seq1  GTCTCAGACTGCTTGGTCCTCAACAAATGACTGACTTGAGATGTTGTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGACTGCTTGGTCCTCAACAAATGACTGACTTGAGATGTTGTGAA  550

seq1  GTGTTTGTTATTTGGAGAGTAGCTGGACAAAGTAGGTCGTTATGAGGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGTTATTTGGAGAGTAGCTGGACAAAGTAGGTCGTTATGAGGTGG  600

seq1  GCCTTGCAGTTTCTAGACTAATCCCACTCCCAGCCTTCGTTCTGCTTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCAGTTTCTAGACTAATCCCACTCCCAGCCTTCGTTCTGCTTCTT  650

seq1  CACCTTCAATAAGCAAAGAGCAAGCATCCTTACTGTCCTGCATCCACAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCAATAAGCAAAGAGCAAGCATCCTTACTGTCCTGCATCCACAGC  700

seq1  AGATCTCATGTGCTCTGCTCCATCATGATGAACTGAACTA--TTTTTTTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  AGATCTCATGTGCTCTGCTCCATCATGATGAACTGAACTATTTTTTTTTT  750

seq1  TTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTT  786


seq1: chr15_53044426_53045507
seq2: B6Ng01-267P10.g_68_1145 (reverse)

seq1  GTAGACTAGTGTAGTTCACTATGTTCCTTAAATAAGGTATTCTCCTGTAT  50
      |||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACTAGTGTAAGTCACTATGTTC--TAAATAAGGTATTCTCCTGTAT  48

seq1  TCTACTGCTATGGGGATGCCAATTTTC-TCTCAAGACTTTGCTGCAATCT  99
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTGCTATGGGGATGCCAATTTTCTTCTCAAGACTTTGCTGCAATCT  98

seq1  GATCGGGAAACTGGCTACTTAAACGGCAGGTAATCTTTTATTCCATACAT  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GATCGGGAAACTGGCTACTTAAACGGCAGGTAATCTTTTAATCCATACAT  148

seq1  AATTACCATGCACTATGTTTTGATTTGATCCTAATGGCCCTAAGT-ACAT  198
      ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AATTACCATGCACTATG-TTTGA-TTGATCCTAATGGCCCTAAGTAACAT  196

seq1  TTTAAACAAACCCTCAACCCATCCAAATGAAAAGCATTTTGCTTCCTCGG  248
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTT-AACAAACCCTCAACCCATCCAAATGAAAAGCA-TTTGCTTCCTCGG  244

seq1  CTGCACTTGCATGACAAGGATAATTAACACATCTTGGGAAATTTGAGCTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTTGCATGACAAGGATAATTAACACATCTTGGGAAATTTGAGCTA  294

seq1  CATCTGATTAAATCATAACACACCATAAAGGTCTTTACAAATAAGCCTTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGATTAAATCATAACACACCATAAAGGTCTTTACAAATAAGCCTTT  344

seq1  GAAGAATCCAGCTGAGAAAATCATGAAAGGGAGAATTATGGGATGGAAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATCCAGCTGAGAAAATCATGAAAGGGAGAATTATGGGATGGAAAA  394

seq1  GCTCCTTGCCGTTTTGTGCTGGGCACGGAGAGGTGACCCCACCAAGGTGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTGCCGTTTTGTGCTGGGCACGGAGAGGTGACCCCACCAAGGTGA  444

seq1  GTCTTTTGAATTCAGCTAACTTTCCCAGAATGTACCTGAAAACTCTGAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTGAATTCAGCTAACTTTCCCAGAATGTACCTGAAAACTCTGAGG  494

seq1  AAGGGAGAGCTGTGGCTAGGCCCCACCTGTCACTCACAAAGTCACTGTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGAGCTGTGGCTAGGCCCCACCTGTCACTCACAAAGTCACTGTTT  544

seq1  CTGCTCATTTGTGTCATTAGTCTTTGTTTTGAACGGTGGCCAAGGAAATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCATTTGTGTCATTAGTCTTTGTTTTGAACGGTGGCCAAGGAAATA  594

seq1  AATTCCCTTTCCTCTCACACAGAACCATAAGGAGTCATGAAATTAAAAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCTTTCCTCTCACACAGAACCATAAGGAGTCATGAAATTAAAAAG  644

seq1  AAAAGTCCTAAACAGGGGGTCCTTAAACGGCACTCTCAAAATTTTACCTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCCTAAACAGGGGGTCCTTAAACGGCACTCTCAAAATTTTACCTC  694

seq1  AGTTATCATCGGAGAATACGTTCAAGATGAAAACCACAAAAAAAACTGGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCATCGGAGAATACGTTCAAGATGAAAACCACAAAAAAAACTGGC  744

seq1  TAAGAATTGGGAAAAACAAAATAACAGAAATATCAAACGTAAGATTAAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATTGGGAAAAACAAAATAACAGAAATATCAAACGTAAGATTAAAT  794

seq1  CTAACTAGTTACATTCCAAGGATAAAAGTTAAATGCTTATGAAACTGTGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTAGTTACATTCCAAGGATAAAAGTTAAATGCTTATGAAACTGTGG  844

seq1  GTAACTCCACAAACCAAAAGAGGTGAACATGTAGTAACTAGGCCCACTAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCCACAAACCAAAAGAGGTGAACATGTAGTAACTAGGCCCACTAT  894

seq1  CCCCTGCAATAATGAGCTGCTACCATTGCTGTTGCTAACAGGACCCATTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCAATAATGAGCTGCTACCATTGCTGTTGCTAACAGGACCCATTG  944

seq1  TATTTGACATTTATTGATGTCTATTCATGGTTGCTGCCATTCCTTAGGAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGACATTTATTGATGTCTATTCATGGTTGCTGCCATTCCTTAGGAC  994

seq1  AGTGAAGAGAGAGTTTCAATAACTTAAGAAGACCGTACAAAGATATTATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGAGAGAGTTTCAATAACTTAAGAAGACCGTACAAAGATATTATT  1044

seq1  AAGTCACCTGCCCAATAAGCAGGACAAAGAATTC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACCTGCCCAATAAGCAGGACAAAGAATTC  1078


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |