BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269B23
Chromosome15 (Build37)
Map Location 29,675,360 - 29,676,534
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC382975, Ctnnd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269B23.bB6Ng01-269B23.g
ACCGA071803GA071804
length1,1611,147
definitionB6Ng01-269B23.b B6Ng01-269B23.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattctgacctctaacttgtattattttgaaaagctataaaaactttaa
ggaggtagaacctacaagcagaaaataggtccttgagggtgaggatcaaa
ggttgtaactcaggactttttctctctccacgtttgtctttcttcttatc
tgcttgcctgggaaatgctctcctacactcagcccatcgtgaaccatgag
ccatgatatgtaactcttctgtttgatcagctctgtcatactttctttct
tttcataaccagaaaggtaactaatccaccgtcatgcagctgccctctta
ttcactgtactactcaagcaaagcaaaacagttattagcagtcagtacaa
ctgttatgtatgtctgtcatttgctgttttaaggagtaagaaactgactt
ctttttcacataggaaaacaccaagttggggaatctaagagaactaagag
tgatttaactgaccaaacaaggacttggatccttgtacacacacacacac
acatacacatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacgagtaaattgtaatgcaaaggtagaagactgtgggctcagtt
caaatcacagatgtttgtgtgcacatacatgtgcatgcattgtgagagtg
tgcatgcatgcctgtgtgtgtgtgtgatttcttctaattcagctctttat
tcattcatttcctcagatgagtgatgccactcaaattagaggggccgatc
ttgcttaattgccctactgtttaaactattacattgtaagtatcctgaga
agtacattcagtgtttcggctgagcatccatagcaacctccatacaacaa
ggtaagaagtaagatcataactgcccttcttctgactgcctaagagctat
cagaactttggggacccatttatcctaagttaagtgtctgtcaaaatagc
ctcaataaatctctgaaatagcaaaccccaaactcaccttgataataaaa
cactatatggttgatgtacacctgtgttgacttgttatttgttaataccc
atctgcacacactgggatataaacttccctcccaggtgagaccacaagcc
tttgtcacctgtttgcaccatgatcacatatgacgatgcatgacctcctg
ctacttgaatg

gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaagcacctgaaaaaatg
ttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tccacctcacaccagtgagaatggctaagatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggtgaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtg
ggattgcaggcttgtacaaccactctggaaatcagtctggcggttcctca
gaaaattggacatagtactaccggaggatccagcaatacctctcctgggc
atatatccagaagatgccccaactggtaagaaggacacatgctccactat
gttcatagcagccttatttataatagccagaaactggaaaggacccagat
gcccctcaacagaggaatggatacagaaaatgtggtacatctacacaatg
gagtactactcagctattaaaaagaatgaatttatgaaattcctagccaa
atggatggacctggagagcatcatcctgagtgaggtaacacaatcacaaa
ggaactcacacaatatgtactcactgataagtggatactagcccaaaacc
taggatacccacgatataagatacaatttcctaaacacatgaaactcaag
aaaaatgaagactgaagtgtggacactatgcccctccttagaagtgggaa
caaaacacccatggaaggagttacagaaacaaagtttggagctgagatga
aaggatggaccatgtagagactgccatatccagggatccaccccataatc
agcatccaaacgctgacaccattgcatatactagcaagattttatcgaaa
ggacccagatgtagctgtctcttgtgagactatgctgggggcctagcaaa
cacagaagtggatgctcacagtcagctaatgggatggatcacagggctcc
caatggaggagctagagaaagtaccaagagctaaagggatctcacctata
gtgacacatatgactaccagtaccctgagctctgactctagctgcatatg
gtatcaaaggattgctagtccgcaatcactgaagagagtcatgaacacgc
gactggtgcctgtaaggaacgcagtcaaggggggaaatgtgcgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_29675360_29676534
seq2: B6Ng01-269B23.b_46_1206 (reverse)

seq1  CATTCAAGTACAAGTATGTTCATGCATCTGTCAATTATTTGTTGATCCAT  50
      ||||||||||  || | | ||||||||| ||||  ||| || |    |||
seq2  CATTCAAGTAGCAGGA-GGTCATGCATC-GTCA--TATGTGAT----CAT  42

seq1  GGTGCAAAACAGGTGACAAAAGCCCTGTGGTCTCA-CTGGGAGGG-AGTT  98
      ||||| ||||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||| ||||
seq2  GGTGC-AAACAGGTGAC-AAAGGCTTGTGGTCTCACCTGGGAGGGAAGTT  90

seq1  TATATCCCAGTGTGTGCAGATGGGTATTTACCAAATAACCAAGTTCAAAC  148
      |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||   |||
seq2  TATATCCCAGTGTGTGCAGATGGGTA-TTAACAAATAA-CAAGT--CAAC  136

seq1  ACA-GTGTACATCAACATTATAAGTGTTTTATTATCAAAGGTGAGTTTTG  197
      ||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  ACAGGTGTACATCAACCATAT-AGTGTTTTATTATC-AAGGTGAG-TTTG  183

seq1  GGGTTTGCTATTTCAGAGATTTATTGAGGCTATTTTGACAGACACTTAAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTGCTATTTCAGAGATTTATTGAGGCTATTTTGACAGACACTTAAC  233

seq1  TTAGGATAAATGGGTCCCCAAAGTTCTGATAGCTCTTAGGCAGTCAGAAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGATAAATGGGTCCCCAAAGTTCTGATAGCTCTTAGGCAGTCAGAAG  283

seq1  AAGGGCAGTTATGATCTTACTTCTTACCTTGTTGTATGGAGGTTGCTATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCAGTTATGATCTTACTTCTTACCTTGTTGTATGGAGGTTGCTATG  333

seq1  GATGCTCAGCCGAAACACTGAATGTACTTCTCAGGATACTTACAATGTAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCAGCCGAAACACTGAATGTACTTCTCAGGATACTTACAATGTAA  383

seq1  TAGTTTAAACAGTAGGGCAATTAAGCAAGATCGGCCCCTCTAATTTGAGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTAAACAGTAGGGCAATTAAGCAAGATCGGCCCCTCTAATTTGAGT  433

seq1  GGCATCACTCATCTGAGGAAATGAATGAATAAAGAGCTGAATTAGAAGAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCACTCATCTGAGGAAATGAATGAATAAAGAGCTGAATTAGAAGAA  483

seq1  ATCACACACACACACAGGCATGCATGCACACTCTCACAATGCATGCACAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACACACACACACAGGCATGCATGCACACTCTCACAATGCATGCACAT  533

seq1  GTATGTGCACACAAACATCTGTGATTTGAACTGAGCCCACAGTCTTCTAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGCACACAAACATCTGTGATTTGAACTGAGCCCACAGTCTTCTAC  583

seq1  CTTTGCATTACAATTTACTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCATTACAATTTACTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  633

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTACAAGGAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTACAAGGAT  683

seq1  CCAAGTCCTTGTTTGGTCAGTTAAATCACTCTTAGTTCTCTTAGATTCCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCCTTGTTTGGTCAGTTAAATCACTCTTAGTTCTCTTAGATTCCC  733

seq1  CAACTTGGTGTTTTCCTATGTGAAAAAGAAGTCAGTTTCTTACTCCTTAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTGGTGTTTTCCTATGTGAAAAAGAAGTCAGTTTCTTACTCCTTAA  783

seq1  AACAGCAAATGACAGACATACATAACAGTTGTACTGACTGCTAATAACTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCAAATGACAGACATACATAACAGTTGTACTGACTGCTAATAACTG  833

seq1  TTTTGCTTTGCTTGAGTAGTACAGTGAATAAGAGGGCAGCTGCATGACGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTTTGCTTGAGTAGTACAGTGAATAAGAGGGCAGCTGCATGACGG  883

seq1  TGGATTAGTTACCTTTCTGGTTATGAAAAGAAAGAAAGTATGACAGAGCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTAGTTACCTTTCTGGTTATGAAAAGAAAGAAAGTATGACAGAGCT  933

seq1  GATCAAACAGAAGAGTTACATATCATGGCTCATGGTTCACGATGGGCTGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAACAGAAGAGTTACATATCATGGCTCATGGTTCACGATGGGCTGA  983

seq1  GTGTAGGAGAGCATTTCCCAGGCAAGCAGATAAGAAGAAAGACAAACGTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGGAGAGCATTTCCCAGGCAAGCAGATAAGAAGAAAGACAAACGTG  1033

seq1  GAGAGAGAAAAAGTCCTGAGTTACAACCTTTGATCCTCACCCTCAAGGAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAAAAAGTCCTGAGTTACAACCTTTGATCCTCACCCTCAAGGAC  1083

seq1  CTATTTTCTGCTTGTAGGTTCTACCTCCTTAAAGTTTTTATAGCTTTTCA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTCTGCTTGTAGGTTCTACCTCCTTAAAGTTTTTATAGCTTTTCA  1133

seq1  AAATAATACAAGTTAGAGGTCAGAATTC  1175
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATACAAGTTAGAGGTCAGAATTC  1161


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |