BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271M16
Chromosome15 (Build37)
Map Location 69,182,231 - 69,358,604
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG665945, EG633752, Khdrbs3
Downstream geneLOC383050
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271M16.bB6Ng01-271M16.g
ACCGA073780GA073781
length1,139622
definitionB6Ng01-271M16.b B6Ng01-271M16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,357,469 - 69,358,604)(69,182,231 - 69,182,852)
sequence
gaattcaattttgagatgtgtcacagcctaagcacatcccctgtatttgt
ttgtcacatccctggttgtcttcccctccctagaggacacattccacgag
gcttcagagttctgtctgctgaactcatctctgttccctatgcaaatgaa
aaactatatgattatgggaagagaagaaggtctgttttgattgccagcta
aaggaacattgttttcattcagttttattcagccaccttatcagtcccta
agttgatgtgtgttcatcctaaggctacttttaaattcccctgtaccaag
ttgttagccactgagctacacttattgaaaatcctagtcactttgggact
ctgaatttctttagcctattactactagttctagctactgacatcattat
tgtcatcagtttttattgtcacaccatagtaccatctcatgagaatacct
gtctctttcatatacatttcctatagcctacacacttctgtttccttgtt
taagcctcagaataagcacaagttgatattattttctttacatgtgagat
ggagaaaaatgatggctttgtgctcagagagtttaaatggcatgttgaaa
atcacacaactcttaggtgaaggggtatatttctggcctgggattgctca
gtctgacatgcttgctttccctggcaaactatcctctaccatctattcca
aatctccttggctctcacacattgtctgtctctgagattctagtttacaa
ccatctgttagattctataaaaaaacaaaacaaacaaacaaaaaaaaacc
tgttcattctatgtcttctctcaacaacattgacctttgaagcatctcac
cttgctcagtctttacagattcagtacaatatgtcatcaacagttactaa
tcaaagtatacttcaggtctcctctgaactggagaaatactgagaatgta
aactagattaatggagtgcagtctattaaactcaccggaaaggggctctc
acatccccttgtaatctctaaagatctggtgttttcctctagaaagaaac
ttcttttcttgatatagcaataaacattcaagcctcaaaggaatgcaaaa
gaatggtgtacatcgtatagttcaagtcttggctctcta

gaattctctgtcctagtcttagaagactgtacccataattctggtgacta
cgtattgtaaagaaaacatttatatctatgaagaaaatgcataaataaac
atttttaagatagaatgatggtgataaaatatatagcttatatatatagc
aaattctaaatctataaaaatattaaaatctgaatcgatgatggcaaaca
tatctgtgattaacaaattggtatggggattgatacatagatatgttgtc
atagaggcaggtatgtaggtagatagatgaatggacagacagacagacag
acagacagatgaaaaccatgctgaaacctcacctagctgattcagtaaac
aactaagtgtaattaaattagtagatcactgatgtagtaaacagattgga
caacttttatgatgttgcagaaaattgctgctgttagggtcctataggaa
agggattcaagtgggaataaagatagctgtggatggctccagctgcatgc
atagcagaggaaggctttgctatacatcaatgggaagagagttctttggc
cctataaatgctcaatcgatgccccagtgtaagggaatcaagggtgggag
gtggcagtggatgggtgggtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_69357469_69358604
seq2: B6Ng01-271M16.b_49_1187 (reverse)

seq1  TAGAGAGCCAAGAC-TGGACTATAAGGAATGTACAC--ATCTTTTGGTAT  47
      |||||||||||||| || |||||| |  ||||||||   |||||||   |
seq2  TAGAGAGCCAAGACTTGAACTATACG--ATGTACACCATTCTTTTGCATT  48

seq1  TCTTTGAGCTTTGAATGTTTTATGCTATATCAAG-AAAGAAGTTTCTTTC  96
       |||||||  ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTTTGAGGCTTGAATGTTTATTGCTATATCAAGAAAAGAAGTTTCTTTC  98

seq1  TAGA-GAAAACA-CAGATCTTTAGAGATTACAAGGGGATGGTGAGAGCCC  144
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAGAGGAAAACACCAGATCTTTAGAGATTACAAGGGGAT-GTGAGAGCCC  147

seq1  CCTTCCGGTGAGTTTAATAGACTGCACT-CATTAATCTAGTTTTACATTC  193
      | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  CTTTCCGGTGAGTTTAATAGACTGCACTCCATTAATCTAG-TTTACATTC  196

seq1  TCAGTA-TTCTCCAGTTCAGAGGAGACCTGAAGTATACTTTTGATTAGTA  242
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCAGTATTTCTCCAGTTCAGAGGAGACCTGAAGTATAC-TTTGATTAGTA  245

seq1  ACTGTTGATGACATATTGTACTGAATCTGTAAAGACTGAGCAAGGTGAGA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTGATGACATATTGTACTGAATCTGTAAAGACTGAGCAAGGTGAGA  295

seq1  TGCTTCAAAGGTCAATGTTGTTGAGAGAAGACATAGAATGAACAGGTTTT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCAAAGGTCAATGTTGTTGAGAGAAGACATAGAATGAACAGGTTTT  345

seq1  TTTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTTTTATAGAATCTAACAGATGGTTGTAA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTTTTATAGAATCTAACAGATGGTTGTAA  395

seq1  ACTAGAATCTCAGAGACAGACAATGTGTGAGAGCCAAGGAGATTTGGAAT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAATCTCAGAGACAGACAATGTGTGAGAGCCAAGGAGATTTGGAAT  445

seq1  AGATGGTAGAGGATAGTTTGCCAGGGAAAGCAAGCATGTCAGACTGAGCA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTAGAGGATAGTTTGCCAGGGAAAGCAAGCATGTCAGACTGAGCA  495

seq1  ATCCCAGGCCAGAAATATACCCCTTCACCTAAGAGTTGTGTGATTTTCAA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGGCCAGAAATATACCCCTTCACCTAAGAGTTGTGTGATTTTCAA  545

seq1  CATGCCATTTAAACTCTCTGAGCACAAAGCCATCATTTTTCTCCATCTCA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCATTTAAACTCTCTGAGCACAAAGCCATCATTTTTCTCCATCTCA  595

seq1  CATGTAAAGAAAATAATATCAACTTGTGCTTATTCTGAGGCTTAAACAAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAAGAAAATAATATCAACTTGTGCTTATTCTGAGGCTTAAACAAG  645

seq1  GAAACAGAAGTGTGTAGGCTATAGGAAATGTATATGAAAGAGACAGGTAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGAAGTGTGTAGGCTATAGGAAATGTATATGAAAGAGACAGGTAT  695

seq1  TCTCATGAGATGGTACTATGGTGTGACAATAAAAACTGATGACAATAATG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGAGATGGTACTATGGTGTGACAATAAAAACTGATGACAATAATG  745

seq1  ATGTCAGTAGCTAGAACTAGTAGTAATAGGCTAAAGAAATTCAGAGTCCC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGTAGCTAGAACTAGTAGTAATAGGCTAAAGAAATTCAGAGTCCC  795

seq1  AAAGTGACTAGGATTTTCAATAAGTGTAGCTCAGTGGCTAACAACTTGGT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGACTAGGATTTTCAATAAGTGTAGCTCAGTGGCTAACAACTTGGT  845

seq1  ACAGGGGAATTTAAAAGTAGCCTTAGGATGAACACACATCAACTTAGGGA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGGAATTTAAAAGTAGCCTTAGGATGAACACACATCAACTTAGGGA  895

seq1  CTGATAAGGTGGCTGAATAAAACTGAATGAAAACAATGTTCCTTTAGCTG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAGGTGGCTGAATAAAACTGAATGAAAACAATGTTCCTTTAGCTG  945

seq1  GCAATCAAAACAGACCTTCTTCTCTTCCCATAATCATATAGTTTTTCATT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCAAAACAGACCTTCTTCTCTTCCCATAATCATATAGTTTTTCATT  995

seq1  TGCATAGGGAACAGAGATGAGTTCAGCAGACAGAACTCTGAAGCCTCGTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAGGGAACAGAGATGAGTTCAGCAGACAGAACTCTGAAGCCTCGTG  1045

seq1  GAATGTGTCCTCTAGGGAGGGGAAGACAACCAGGGATGTGACAAACAAAT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGTCCTCTAGGGAGGGGAAGACAACCAGGGATGTGACAAACAAAT  1095

seq1  ACAGGGGATGTGCTTAGGCTGTGACACATCTCAAAATTGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGGATGTGCTTAGGCTGTGACACATCTCAAAATTGAATTC  1139


seq1: chr15_69182231_69182852
seq2: B6Ng01-271M16.g_66_687

seq1  GAATTCTCTGTCCTAGTCTTAGAAGACTGTACCCATAATTCTGGTGACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTCCTAGTCTTAGAAGACTGTACCCATAATTCTGGTGACTA  50

seq1  CGTATTGTAAAGAAAACATTTATATCTATGAAGAAAATGCATAAATAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATTGTAAAGAAAACATTTATATCTATGAAGAAAATGCATAAATAAAC  100

seq1  ATTTTTAAGATAGAATGATGGTGATAAAATATATAGCTTATATATATAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAAGATAGAATGATGGTGATAAAATATATAGCTTATATATATAGC  150

seq1  AAATTCTAAATCTATAAAAATATTAAAATCTGAATCGATGATGGCAAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTAAATCTATAAAAATATTAAAATCTGAATCGATGATGGCAAACA  200

seq1  TATCTGTGATTAACAAATTGGTATGGGGATTGATACATAGATATGTTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTGATTAACAAATTGGTATGGGGATTGATACATAGATATGTTGTC  250

seq1  ATAGAGGCAGGTATGTAGGTAGATAGATGAATGGACAGACAGACAGACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGCAGGTATGTAGGTAGATAGATGAATGGACAGACAGACAGACAG  300

seq1  ACAGACAGATGAAAACCATGCTGAAACCTCACCTAGCTGATTCAGTAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAGATGAAAACCATGCTGAAACCTCACCTAGCTGATTCAGTAAAC  350

seq1  AACTAAGTGTAATTAAATTAGTAGATCACTGATGTAGTAAACAGATTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGTGTAATTAAATTAGTAGATCACTGATGTAGTAAACAGATTGGA  400

seq1  CAACTTTTATGATGTTGCAGAAAATTGCTGCTGTTAGGGTCCTATAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTTATGATGTTGCAGAAAATTGCTGCTGTTAGGGTCCTATAGGAA  450

seq1  AGGGATTCAAGTGGGAATAAAGATAGCTGTGGATGGCTCCAGCTGCATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTCAAGTGGGAATAAAGATAGCTGTGGATGGCTCCAGCTGCATGC  500

seq1  ATAGCAGAGGAAGGCTTTGCTATACATCAATGGGAAGAGAGTTCTTTGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGAGGAAGGCTTTGCTATACATCAATGGGAAGAGAGTTCTTTGGC  550

seq1  CCTATAAATGCTCAATCGATGCCCCAGTGTAAGGGAATCAAGGGTGGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAAATGCTCAATCGATGCCCCAGTGTAAGGGAATCAAGGGTGGGAG  600

seq1  GTGGCAGTGGATGGGTGGGTAG  622
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAGTGGATGGGTGGGTAG  622


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |