BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276K07
Chromosome15 (Build37)
Map Location 68,125,862 - 68,297,055
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041000
Upstream geneZfat1
Downstream geneEG665945, EG633752, Khdrbs3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276K07.bB6Ng01-276K07.g
ACCGA077375GA077376
length6351,086
definitionB6Ng01-276K07.b B6Ng01-276K07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,295,897 - 68,297,055)(68,125,862 - 68,126,965)
sequence
gaattcatttattgcatacaaatgatgcccagcaccttctacatggggct
acagaggtgaatgaacccaagcagtcactgatacagaaccacactcacgg
ttcatctccctcccctcagcccacccaaggactcctcttgcatctatgca
tgggtgctctctagtcaactaacactattgctcagacaaaggaaccatta
gatcaatttataggaacatccaaagccgaataggaagacacggcaattaa
gaaaatagattcttgcttcctcagcctgcaatgggaccgttctgtagtgt
gtctgaaataggttcccagagagaacctatttttgtcctttgtcccccat
gagacaaagtcctcattacctgcttgggcagtagtcactcatcagtggca
ctttatgagctacccttccagtgcttgtcctcttcctattgtctcgggat
ttcctactacattaaatgcacccaaacacttgtttcccatctactgggga
cacgagaggctactgtgtcaaagctcacaatctagtaagaggaaaaagag
ctgtaaataatcactttgctcatagccttgaacaaatacctgacagaaac
aacttaggagggaaaatggttaccttttcctcatg

gaattcctaagcaacacatatcagttttatctgctcctgaattattgaaa
tggcattgtgcttcacagtgtttatgatgtacttcctctcagcactgtaa
aattcatcacattgctgcagagaactgaatatttatctccttactttata
gagatgcataccaatattccatacaccaagcctttcacttatttctggat
tttggtaattactaaaaatgttgttcccaatattcttgtcccttttctta
atctatataaacaagtctatctccagggtccatggaatatccacctgtat
tcagtgatatcacagcaaagactttcttgcctcacattcttaccatcaat
taccacataatttctaaatcacttatagcctggcccacattttatattgc
tggactttgggatttttttgccaaacctttgagaatatggttgcatctga
ttctgacttaaattgtctaagtgactaagagactgagtgcttttcatatg
tccatgagccctgtagacatcactttctgtgaggagcattcacctttgac
ctttcctttctctatcatgctttattggtattttttcatttgtttttttt
aacattctttatatattttgcatactggtccttttaaaaattataaacat
tacaattatgtttttctattttatgtcttatacttaaactctttgcatta
tattttgatccgtaggtgagttttcatacttcctactttaccatttttcc
tttatactgtatttttcacacaaataatttaaaaatactaagaaattctc
tcatatgactttctaaaaggttagaattattaagtctttgtcttggtttc
cttacctgctataataaactacctcagagctggggatttataagtaacag
aaatgtattgtttaatctttgaaggatccggatccaggagccagcagtgt
tggtgtttggtgggaacctgtttctgtgacaggaccctaatatggcatgt
gaagaaggcaggagctcagtcacaatctctttggaaggccccaatgtttc
accctaaatgtcacactggttctgtaacagtctcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_68295897_68297055
seq2: B6Ng01-276K07.b_46_1210 (reverse)

seq1  GCCAGAT---ACA--TTAGTTCTTGGGAACTGGAGAT-GGTGAGA-TTC-  42
      |||||||   |||  |||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||| 
seq2  GCCAGATAACACATTTTAGTTCTTGGG-ACT-GAGATGGGTGAGAGTTCA  48

seq1  ATTA--GCTGGG-ATGGGGCTAATGT-GCA-CACCCTTGGAGTCTCCCAT  87
      ||||   ||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||  
seq2  ATTAAGCCTGGGAATGGGCCTAATGTGGCACCACCCTTGGAGTCTCCCCA  98

seq1  TGGGACTGGA-GAGAAGTCAGTG-ACATTATTTATTCAACAAGCTTCTTC  135
      | |||||||| ||| |||||||| |||||| |||||| |||||| || ||
seq2  T-GGACTGGAGGAGGAGTCAGTGAACATTA-TTATTC-ACAAGCCTC-TC  144

seq1  CATGTGCCTTTCAGGAAGTAACACCAAAGAAATTCAAGTCAGGCATCCCC  185
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  CATGTGCCTTTCAGGAAGTAACA-CAAAGAAATTCAAGTCAGGCAT-CCC  192

seq1  TCAGCTTTTCAGAAGTCTCTCCTCTCCATACACAATGCAGAGGAGCACAC  235
      ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGC-TTTCAGAAGTCTCT-CTCTCCATACACAATGCAGAGGAGCACAC  240

seq1  CAAGGAAGCTTGCACTCAGTTCTTCCCTATGGAAACTGAGGACCTAAGTC  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAGCTTGCACTCAGTTCTTCCCTATGGAAACTGAGGACCTAAGTC  290

seq1  TTTTTCT-GGTTGTAGTCTTTTAAGGGTTGAGTGTAAATGTCCCCCACAG  334
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGGGTTGTAGTCTTTTAAGGGTTGAGTGTAAATGTCCCCCACAG  340

seq1  GTTCCTGTGTTTGAACCCTTGGTCCCCTCTGTTGATGGCACTCTGTTGAG  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGTGTTTGAACCCTTGGTCCCCTCTGTTGATGGCACTCTGTTGAG  390

seq1  AAATGGTAACATAGTTAGAAGAAGTGGGTCACTGGGAATGGTCTTTGCAG  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTAACATAGTTAGAAGAAGTGGGTCACTGGGAATGGTCTTTGCAG  440

seq1  GGAATATCTGCCCATGATTCTGGCCAGATCTCTATGCTTTCTAATCTACC  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATCTGCCCATGATTCTGGCCAGATCTCTATGCTTTCTAATCTACC  490

seq1  ATGAGCCCATGGATACCTTCATAGCAAGATGAACAGAAACCATGAGGAAA  534
      ||||||||||||||||||||||                  ||||||||||
seq2  ATGAGCCCATGGATACCTTCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGAGGAAA  540

seq1  AGGTAACCATTTTCCCTCCTAAGTTGTTTCTGTCAGGTATTTGTTCAAGG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAACCATTTTCCCTCCTAAGTTGTTTCTGTCAGGTATTTGTTCAAGG  590

seq1  CTATGAGCAAAGTGATTATTTACAGCTCTTTTTCCTCTTACTAGATTGTG  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGCAAAGTGATTATTTACAGCTCTTTTTCCTCTTACTAGATTGTG  640

seq1  AGCTTTGACACAGTAGCCTCTCGTGTCCCCAGTAGATGGGAAACAAGTGT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGACACAGTAGCCTCTCGTGTCCCCAGTAGATGGGAAACAAGTGT  690

seq1  TTGGGTGCATTTAATGTAGTAGGAAATCCCGAGACAATAGGAAGAGGACA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGCATTTAATGTAGTAGGAAATCCCGAGACAATAGGAAGAGGACA  740

seq1  AGCACTGGAAGGGTAGCTCATAAAGTGCCACTGATGAGTGACTACTGCCC  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGGAAGGGTAGCTCATAAAGTGCCACTGATGAGTGACTACTGCCC  790

seq1  AAGCAGGTAATGAGGACTTTGTCTCATGGGGGACAAAGGACAAAAATAGG  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGTAATGAGGACTTTGTCTCATGGGGGACAAAGGACAAAAATAGG  840

seq1  TTCTCTCTGGGAACCTATTTCAGACACACTACAGAACGGTCCCATTGCAG  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTGGGAACCTATTTCAGACACACTACAGAACGGTCCCATTGCAG  890

seq1  GCTGAGGAAGCAAGAATCTATTTTCTTAATTGCCGTGTCTTCCTATTCGG  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGAAGCAAGAATCTATTTTCTTAATTGCCGTGTCTTCCTATTCGG  940

seq1  CTTTGGATGTTCCTATAAATTGATCTAATGGTTCCTTTGTCTGAGCAATA  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGATGTTCCTATAAATTGATCTAATGGTTCCTTTGTCTGAGCAATA  990

seq1  GTGTTAGTTGACTAGAGAGCACCCATGCATAGATGCAAGAGGAGTCCTTG  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAGTTGACTAGAGAGCACCCATGCATAGATGCAAGAGGAGTCCTTG  1040

seq1  GGTGGGCTGAGGGGAGGGAGATGAACCGTGAGTGTGGTTCTGTATCAGTG  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGCTGAGGGGAGGGAGATGAACCGTGAGTGTGGTTCTGTATCAGTG  1090

seq1  ACTGCTTGGGTTCATTCACCTCTGTAGCCCCATGTAGAAGGTGCTGGGCA  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTGGGTTCATTCACCTCTGTAGCCCCATGTAGAAGGTGCTGGGCA  1140

seq1  TCATTTGTATGCAATAAATGAATTC  1159
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGTATGCAATAAATGAATTC  1165


seq1: chr15_68125862_68126965
seq2: B6Ng01-276K07.g_66_1151

seq1  GAATTCCTAAGCAACACATATCAGTTTTATCTGCTCCTGAATTATTGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAGCAACACATATCAGTTTTATCTGCTCCTGAATTATTGAAA  50

seq1  TGGCATTGTGCTTCACAGTGTTTATGATGTACTTCCTCTCAGCACTGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTGTGCTTCACAGTGTTTATGATGTACTTCCTCTCAGCACTGTAA  100

seq1  AATTCATCACATTGCTGCAGAGAACTGAATATTTATCTCCTTACTTTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATCACATTGCTGCAGAGAACTGAATATTTATCTCCTTACTTTATA  150

seq1  GAGATGCATACCAATATTCCATACACCAAGCCTTTCACTTATTTCTGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGCATACCAATATTCCATACACCAAGCCTTTCACTTATTTCTGGAT  200

seq1  TTTGGTAATTACTAAAAATGTTGTTCCCAATATTCTTGTCCCTTTTCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTAATTACTAAAAATGTTGTTCCCAATATTCTTGTCCCTTTTCTTA  250

seq1  ATCTATATAAACAAGTCTATCTCCAGGGTCCATGGAATATCCACCTGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATATAAACAAGTCTATCTCCAGGGTCCATGGAATATCCACCTGTAT  300

seq1  TCAGTGATATCACAGCAAAGACTTTCTTGCCTCACATTCTTACCATCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGATATCACAGCAAAGACTTTCTTGCCTCACATTCTTACCATCAAT  350

seq1  TACCACATAATTTCTAAATCACTTATAGCCTGGCCCACATTTTATATTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACATAATTTCTAAATCACTTATAGCCTGGCCCACATTTTATATTGC  400

seq1  TGGACTTTGGGATTTTTTTGCCAAACCTTTGAGAATATGGTTGCATCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTTGGGATTTTTTTGCCAAACCTTTGAGAATATGGTTGCATCTGA  450

seq1  TTCTGACTTAAATTGTCTAAGTGACTAAGAGACTGAGTGCTTTTCATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACTTAAATTGTCTAAGTGACTAAGAGACTGAGTGCTTTTCATATG  500

seq1  TCCATGAGCCCTGTAGACATCACTTTCTGTGAGGAGCATTCACCTTTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGAGCCCTGTAGACATCACTTTCTGTGAGGAGCATTCACCTTTGAC  550

seq1  CTTTCCTTTCTCTATCATGCTTTATTGGTATTTTTTCATTTGTTTTTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTTCTCTATCATGCTTTATTGGTATTTTTTCATTTGTTTTTTTT  600

seq1  AACATTCTTTATATATTTTGCATACTGGTCCTTTTAAAAATTATAAACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCTTTATATATTTTGCATACTGGTCCTTTTAAAAATTATAAACAT  650

seq1  TACAATTATGTTTTTCTATTTTATGTCTTATACTTAAACTCTTTGCATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTATGTTTTTCTATTTTATGTCTTATACTTAAACTCTTTGCATTA  700

seq1  TATTTTGATCCGTAGGTGAGTTTTCATACTTCCTACTTTACCATTTTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGATCCGTAGGTGAGTTTTCATACTTCCTACTTTACCATTTTTCC  750

seq1  TTTATACTGTATTTTTCACACAAATAATTTAAAAATACTAAGAAATTCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACTGTATTTTTCACACAAATAATTTAAAAATACTAAGAAATTCTC  800

seq1  TCATATGACTTTCTAAAAGGTTAGAATTATTAAGTCTTTGTCTTGGTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGACTTTCTAAAAGGTTAGAATTATTAAGTCTTTGTCTTGGTTTC  850

seq1  CTTACCTGCTATAATAAACTACCTCAGAGCTGGGGATTTATAAGTAACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTGCTATAATAAACTACCTCAGAGCTGGGGATTTATAAGTAACAG  900

seq1  AAATGTATTGTTTAAATCTTTGAAGGATCCGGATCCAGGAGCCAGCAGTG  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATTGTTT-AATCTTTGAAGGATCCGGATCCAGGAGCCAGCAGTG  949

seq1  TTGGTGTTTGGTGGGAACCTGTTTCCTGTGGACAGGGCCCCTATATGGCC  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||  |||||| |
seq2  TTGGTGTTTGGTGGGAACCTGTTT-CTGT-GACAGGACCCTAATATGG-C  996

seq1  ATGTGGAAGAAGGGGCAAGGGAGCTCAGTCAC-ATCTCTTTGGGAGGGCC  1049
      |||| ||||||  ||||  ||||||||||||| |||||||||| |||  |
seq2  ATGT-GAAGAA--GGCA--GGAGCTCAGTCACAATCTCTTTGGAAGG--C  1039

seq1  CCAAATGTTTTCACCCCTAAAAATGTCACACTGGGTTCTGTAACAGTTTC  1099
      || |||| ||||||||    |||||||||||| ||||||||||||||   
seq2  CCCAATG-TTTCACCC---TAAATGTCACACT-GGTTCTGTAACAGT---  1081

seq1  CTCCA  1104
      |||||
seq2  CTCCA  1086


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |