BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277M18
Chromosome15 (Build37)
Map Location 87,711,682 - 87,815,600
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042329
Upstream geneLOC100042309, AW049604
Downstream geneLOC100042340, Zdhhc25, Brd1, Zbed4, Alg12, Creld2, Pim3, 1700019P01Rik, Mlc1, LOC667558
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277M18.bB6Ng01-277M18.g
ACCGA078215GA078216
length1,0041,126
definitionB6Ng01-277M18.b B6Ng01-277M18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,814,598 - 87,815,600)(87,711,682 - 87,712,799)
sequence
gaattctcagctccttctccagcaccacattgtctgcatgctgccatgct
tcctgccatgatgataatgaaccagacctctgaaactgtaagccagcccc
aatgaaatgttttcctttataagagctgccattgtcatggtgtctcttca
cagcaatgaaaccctaacgaagacaacaaaactctaaaatgttgactatc
aaacattatataagcaaactccaggggcggacagattctaaaggaatctg
ccacctcagatcacaaagagcagaggaagtgcaagatactctggggaaca
gacaaacatcctggtagctcagttagtaccaggcctgagatgtaacttaa
agaagaggaaatgggtctggtgagatggctcaacagtcaagagcactagc
tgcccttccagaggacctgggttaggtttccaacccctgtgatagctcac
aaccaactgaaatttaagttacaagtgacctgatgacttttttctcactt
ctgtgagcattacactctgtggcatgcatacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatgcacaatattccatgcacacaaagtaaaa
ataaatcctttttctgaaagaagagaaactgttattgtatgttcaaagtc
aagttccttttagtaattatatcaccaggtatactttattaattatacta
attatattgctaactgtttttgctattctttctctatttgattgacaagc
tccaggggtaattgttcaaaggcagcgggtcacatctgctgctaacactg
tgcagaaagctcctaacagaagcttccagaaaggcagagtgtccagcagt
gactgcggcatctccatgtctgattctctgtgttctggccatcagtgttg
acgggttctcttgtggggagtgtaactgtgagggcatgagttggggccag
ggag

gaattctcttagggttgcttgcatatgcacaggggaggttagttactggg
gcacagaggacttatcagtggctacaccacagaagaaaatgactccccat
cctcccagcatccattaactgttagtgaaccctgagggagggtccctcct
ctatgcttcatgaaaggttcgtggaaccccatcttgtgcagataacacag
ctgcagtgagctcatgaatgtatggccatgtcatgtttgagaggtgcctc
ttgacagacagggttagttgtcttctcccttaggctaattgctacacagg
gtgtggactagggctgtggccagaactaccaacctcttgcttatgtgtag
ctgtggatttcttggagcaccgttggctagagtagcatcctttctcatta
acttgtctttgtgcctttgttgagaactcccctaatgacatgctttgggt
cagtttctatgctgtgccttcgggtctcctaactggcctgtatctctctt
tctgccagcacttcccagatgcttgaatcttgagaatggtttcctgcgaa
tcctggcactttgttctcctttctctcagttgttttggttcacaggatta
tcttgcatcccacacacgctttaaaaatcagctgtgaatttctgcagaaa
ataccactgagataattgttgaggttgtattaaaactataaataacttta
ttgtgaactgacaactgagccacatttattctgagagttcataggtgacc
ctttctctgtgtgttgtttgttgattgatgctgttacactaaagattgaa
cctatagccatacatgtactgtgagcttgaccctgggactgcattctcag
ctttgtttttgtttttgtttttttaaattttgagacagagatcttgctaa
gttgcataggctggcttttaagttgctccatagcccaggcagaactattg
gcaatctttttcagtacctagagttgggggctgaagtcagcaggcccccc
acttttctccattcttctaggcaagagtaaccaacagaacacaatgccct
tgccttcaccaccttggggaaactgtggatatcctaccttctgccttgga
aaagagaaagaaaagaaagaaagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_87814598_87815600
seq2: B6Ng01-277M18.b_53_1056 (reverse)

seq1  CTCCCT-GCCCCCACTCAT-CCCTCACAGTTACACTCCCCACAAGAGAAC  48
      |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGGCCCCAACTCATGCCCTCACAGTTACACTCCCCACAAGAGAAC  50

seq1  CCGTCAACACTGATGGCCAGAACACAGAGAATCAGACATGGAGATGCCTG  98
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCGTCAACACTGATGGCCAGAACACAGAGAATCAGACATGGAGATGCC-G  99

seq1  CAGTCACTGCTGGACACTCTGCCTTTCTGGAAGCTTCTGTTAGGAGCTTT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCACTGCTGGACACTCTGCCTTTCTGGAAGCTTCTGTTAGGAGCTTT  149

seq1  CTGCACAGTGTTAGCAGCAGATGTGACCCGCTGCCTTTGAACAATTACCC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACAGTGTTAGCAGCAGATGTGACCCGCTGCCTTTGAACAATTACCC  199

seq1  CTGGAGCTTGTCAATCAAATAGAGAAAGAATAGCAAAAACAGTTAGCAAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCTTGTCAATCAAATAGAGAAAGAATAGCAAAAACAGTTAGCAAT  249

seq1  ATAATTAGTATAATTAATAAAGTATACCTGGTGATATAATTACTAAAAGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAGTATAATTAATAAAGTATACCTGGTGATATAATTACTAAAAGG  299

seq1  AACTTGACTTTGAACATACAATAACAGTTTCTCTTCTTTCAGAAAAAGGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGACTTTGAACATACAATAACAGTTTCTCTTCTTTCAGAAAAAGGA  349

seq1  TTTATTTTTACTTTGTGTGCATGGAATATTGTGCATATATATATATATAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTACTTTGTGTGCATGGAATATTGTGCATATATATATATATAT  399

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  449

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCATGCCACAGAGTGTAATGCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCATGCCACAGAGTGTAATGCT  499

seq1  CACAGAAGTGAGAAAAAAGTCATCAGGTCACTTGTAACTTAAATTTCAGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAGTGAGAAAAAAGTCATCAGGTCACTTGTAACTTAAATTTCAGT  549

seq1  TGGTTGTGAGCTATCACAGGGGTTGGAAACCTAACCCAGGTCCTCTGGAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTGAGCTATCACAGGGGTTGGAAACCTAACCCAGGTCCTCTGGAA  599

seq1  GGGCAGCTAGTGCTCTTGACTGTTGAGCCATCTCACCAGACCCATTTCCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGCTAGTGCTCTTGACTGTTGAGCCATCTCACCAGACCCATTTCCT  649

seq1  CTTCTTTAAGTTACATCTCAGGCCTGGTACTAACTGAGCTACCAGGATGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTAAGTTACATCTCAGGCCTGGTACTAACTGAGCTACCAGGATGT  699

seq1  TTGTCTGTTCCCCAGAGTATCTTGCACTTCCTCTGCTCTTTGTGATCTGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGTTCCCCAGAGTATCTTGCACTTCCTCTGCTCTTTGTGATCTGA  749

seq1  GGTGGCAGATTCCTTTAGAATCTGTCCGCCCCTGGAGTTTGCTTATATAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCAGATTCCTTTAGAATCTGTCCGCCCCTGGAGTTTGCTTATATAA  799

seq1  TGTTTGATAGTCAACATTTTAGAGTTTTGTTGTCTTCGTTAGGGTTTCAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGATAGTCAACATTTTAGAGTTTTGTTGTCTTCGTTAGGGTTTCAT  849

seq1  TGCTGTGAAGAGACACCATGACAATGGCAGCTCTTATAAAGGAAAACATT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGAAGAGACACCATGACAATGGCAGCTCTTATAAAGGAAAACATT  899

seq1  TCATTGGGGCTGGCTTACAGTTTCAGAGGTCTGGTTCATTATCATCATGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGGGGCTGGCTTACAGTTTCAGAGGTCTGGTTCATTATCATCATGG  949

seq1  CAGGAAGCATGGCAGCATGCAGACAATGTGGTGCTGGAGAAGGAGCTGAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGCATGGCAGCATGCAGACAATGTGGTGCTGGAGAAGGAGCTGAG  999

seq1  AATTC  1003
      |||||
seq2  AATTC  1004


seq1: chr15_87711682_87712799
seq2: B6Ng01-277M18.g_68_1193

seq1  GAATTCTCTTAGGGTTGCTTGCATATGCACAGGGGAGGTTAGTTACTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTAGGGTTGCTTGCATATGCACAGGGGAGGTTAGTTACTGGG  50

seq1  GCACAGAGGACTTATCAGTGGCTACACCACAGAAGAAAATGACTCCCCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGAGGACTTATCAGTGGCTACACCACAGAAGAAAATGACTCCCCAT  100

seq1  CCTCCCAGCATCCATTAACTGTTAGTGAACCCTGAGGGAGGGTCCCTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAGCATCCATTAACTGTTAGTGAACCCTGAGGGAGGGTCCCTCCT  150

seq1  CTATGCTTCATGAAAGGTTCGTGGAACCCCATCTTGTGCAGATAACACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTTCATGAAAGGTTCGTGGAACCCCATCTTGTGCAGATAACACAG  200

seq1  CTGCAGTGAGCTCATGAATGTATGGCCATGTCATGTTTGAGAGGTGCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTGAGCTCATGAATGTATGGCCATGTCATGTTTGAGAGGTGCCTC  250

seq1  TTGACAGACAGGGTTAGTTGTCTTCTCCCTTAGGCTAATTGCTACACAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAGACAGGGTTAGTTGTCTTCTCCCTTAGGCTAATTGCTACACAGG  300

seq1  GTGTGGACTAGGGCTGTGGCCAGAACTACCAACCTCTTGCTTATGTGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGACTAGGGCTGTGGCCAGAACTACCAACCTCTTGCTTATGTGTAG  350

seq1  CTGTGGATTTCTTGGAGCACCGTTGGCTAGAGTAGCATCCTTTCTCATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGATTTCTTGGAGCACCGTTGGCTAGAGTAGCATCCTTTCTCATTA  400

seq1  ACTTGTCTTTGTGCCTTTGTTGAGAACTCCCCTAATGACATGCTTTGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCTTTGTGCCTTTGTTGAGAACTCCCCTAATGACATGCTTTGGGT  450

seq1  CAGTTTCTATGCTGTGCCTTCGGGTCTCCTAACTGGCCTGTATCTCTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCTATGCTGTGCCTTCGGGTCTCCTAACTGGCCTGTATCTCTCTT  500

seq1  TCTGCCAGCACTTCCCAGATGCTTGAATCTTGAGAATGGTTTCCTGCGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCAGCACTTCCCAGATGCTTGAATCTTGAGAATGGTTTCCTGCGAA  550

seq1  TCCTGGCACTTTGTTCTCCTTTCTCTCAGTTGTTTTGGTTCACAGGATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCACTTTGTTCTCCTTTCTCTCAGTTGTTTTGGTTCACAGGATTA  600

seq1  TCTTGCATCCCACACACGCTTTAAAAATCAGCTGTGAATTTCTGCAGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCATCCCACACACGCTTTAAAAATCAGCTGTGAATTTCTGCAGAAA  650

seq1  ATACCACTGAGATAATTGTTGAGGTTGTATTAAAACTATAAATAACTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCACTGAGATAATTGTTGAGGTTGTATTAAAACTATAAATAACTTTA  700

seq1  TTGTGAACTGACAACTGAGCCACATTTATTCTGAGAGTTCATAGGTGACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAACTGACAACTGAGCCACATTTATTCTGAGAGTTCATAGGTGACC  750

seq1  CTTTCTCTGTGTGTTGTTTGTTGATTGATGCTGTTACACTAAAGATTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTGTGTGTTGTTTGTTGATTGATGCTGTTACACTAAAGATTGAA  800

seq1  CCTATAGCCATACATGTACTGTGAGCTTGACCCTGGGACTGCATTCTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGCCATACATGTACTGTGAGCTTGACCCTGGGACTGCATTCTCAG  850

seq1  CTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTAAATTTTGAGACAGAGATCTTGCTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTAAATTTTGAGACAGAGATCTTGCTAA  900

seq1  GTTGCATAGGCTGGCTTTTAAGTTGCTCCATAGCCCAGGCAGAACTATTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCATAGGCTGGCTTTTAAGTTGCTCCATAGCCCAGGCAGAACTATTG  950

seq1  GCAATC-TTTTCAGTACCTAGGAGTTGGGGGCTGAAGTCAGCAGG-CCCC  998
      |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCAATCTTTTTCAGTACCTA-GAGTTGGGGGCTGAAGTCAGCAGGCCCCC  999

seq1  CACTTTTCTCCATTCTTCTAGGC-AGAGTAACC-ACAGACCACAATGCCC  1046
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  CACTTTTCTCCATTCTTCTAGGCAAGAGTAACCAACAGAACACAATGCCC  1049

seq1  TTGCCTTCA-CACCT--GGGGAACTGTGGATATCCTACC-TCTGCCTGGA  1092
      ||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||| ||||||| | 
seq2  TTGCCTTCACCACCTTGGGGAAACTGTGGATATCCTACCTTCTGCCTTGG  1099

seq1  AAAAGAGAAAG-AAAGAAAGAAAGAAA  1118
      ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAAAGAGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAA  1126


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |