BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-278C18
Chromosome15 (Build37)
Map Location 55,754,904 - 55,932,948
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665348, LOC100039908
Upstream geneLOC100039911, LOC100039822, Taf2, 2600005O03Rik, Depdc6, Col14a1, Mrpl13, Mtbp, Sntb1
Downstream geneHba-ps3, Has2, EG594843, LOC435442, LOC100040067, LOC100039984
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278C18.bB6Ng01-278C18.g
ACCGA078487GA078488
length1,1591,109
definitionB6Ng01-278C18.b B6Ng01-278C18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,931,796 - 55,932,948)(55,754,904 - 55,756,033)
sequence
gaattcttaaatgcatgagttcatctttataactgcccatgatgatagac
atttcatcctattttggagagggaaaatcaagtcttacagaagttgggta
acttgctaggcatacaaacctcatcaagagtgggtctgatagcttatctc
agcctgtctgttttgagatcccaactttttaatatctaagtgatagtctg
tgtaagggcagccaggacagtgaccatgatgtcaaagcatccacacaaca
agaagtttatcattaatctgcaggcccctcactggtgggagtcttgctgt
ttttaaagggtggtaatcatttaagtgagtgtcctgccagggtacatgtc
agcatatttcatcattacaggaaggaagaaaaggagagtgagaaagaagt
gggaagagaacccaggaccaaagttaggagagtataatgagaagatcaga
tctctgtctttccagcatgtctctggctcagcagaaattatggaagaaca
aactaatagatgatctgtgactttgcttcttaaaactaagttaaaactaa
agtaaatagatgccattggaggacagcttatgcaacagcctgttcatggt
gccagacagcttgcttttgtttctagtgatttgatctttacatgggccat
tgagtgaggattcagagttgagtacatcaagttgcaccctgggtcttatt
gttaattttaagtaaaatcttaccagctgcctggtctagttggaggcagg
cataattaaacagtaacacattactgataattattctgaaagtgtacata
tgcttgggagtacaaagcagagtggccccagcaggcattacattcctgaa
catcatcctaaagagcacagatgcctaatgcagagacacaatgtgaatag
ctgtgcacggggtccatgtgtatcagatgcctcaattccaaagtaaatag
aaatcctcagaagagttgaatgattatgtttcctgtgattggtttatcca
gcctgtgtgcataagaaaaatattggtgttatcagagtctctagatcagg
cctttggaaaccacagctacagagcattgtcttgttattctagttcctgc
ctcagcattctcattctatgctatggagaacagaacaaggtccattggtt
actagcaaa

gaattcaaccttacttctgccagatgtcaaagtcctatagtttccctgca
ccactctgactcactaagcatacacaggggcctactgtggtgggaactaa
gcccctaaacatcgagaaaataagcaagtgcggaatccatacaagggcag
gaccagagaagtgagcagttgagtaagaaatggttggcttgcattggtgc
agactggcaggtggtaaggagggtgggctagttgggtgtggcctgggaaa
tgacacacagattggttaatgctgtggaaaaccaatgcaccctcagaggt
tcagcatcttatgcagctgcacacatgctgaccagcatgcctggatgttc
tgggagctagatttagaactgggtttctttgttcagaaagataatttatt
gcttttgccatgttccttggatgcctgttctctgttactccctgggatga
acaaaaatcaagggcttgcagcatctgtgggaggagaggaaagggcgtct
ctgcatgttagtggtgttaaacatacttgtttcataacatagttctttgc
acatgttcttgaaagagcaatcagaatgttgtcacaactaaatcatgatc
caaggatttttcttgatggatgtattttagaaaattgagaaatcttacca
aaaaaaaaaaaaatagtctaatttaccttctagattcttttgggaaaaga
aatcaatcagatatagccagtgcagtatctttagttcctagaaagacaat
gcttgtttgcggttcagaattgggctaagtaaaaacttccttcattctca
caatgacttcagggtggacgagtgactggtatccccccacttaacactag
aaagctgaggcacaggagaggcataggagcaaacttagttatcagggagc
ctttaatgcttttgtgaatacattaaatggacatgatatgaatcatcaca
tattttcctactatgctgatactcttattctaattagccctccttcactt
tattgtctcgccccccccccacctcactgtgtgtgtatgtgactcacaca
cattggcctcataagttgttaccgctgtgggtggggatttgtacaagatg
tgtacactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_55931796_55932948
seq2: B6Ng01-278C18.b_46_1204 (reverse)

seq1  TTTGCTAGTTACCAATGGGAACTTG-TCTGTTCTCATTAGCATAGAATGA  49
      ||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||  |||||||||||||
seq2  TTTGCTAGTAACCAAT-GGACCTTGTTCTGTTCTCCATAGCATAGAATGA  49

seq1  GAATGCTGAGGCAAGAACTAGATTAAC-AGACAATGCTCTGGTGGCTGT-  97
      ||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| || ||||| 
seq2  GAATGCTGAGGCAGGAACTAGAATAACAAGACAATGCTCT-GTAGCTGTG  98

seq1  GTTTCC-AAGGCCTGGATCTAGAGACTCCTGAT-ACAC--ATATTTT--C  141
      |||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||  |||||||   
seq2  GTTTCCAAAGGCCT-GATCTAGAGACT-CTGATAACACCAATATTTTTCT  146

seq1  TATGCACACAGGCTGGATAAACCAATCACAGGAAACAATAATCATTCAAC  191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TATGCACACAGGCTGGATAAACCAATCACAGGAAAC-ATAATCATTCAAC  195

seq1  TCTTCTGAGGATTTCTA-TTAC-TTGGAATTGAGGCATCTGATAACACAT  239
      ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCTTCTGAGGATTTCTATTTACTTTGGAATTGAGGCATCTGAT-ACACAT  244

seq1  GGACCCCGTGCACAGCTATTCACATTGTGTCTCTGCATTAGGCATCTGTG  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCCGTGCACAGCTATTCACATTGTGTCTCTGCATTAGGCATCTGTG  294

seq1  CTCTTTAGGATGATGTTCAGGAATGTAATGCCTGCTGGGGCCACTCTGCT  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTAGGATGATGTTCAGGAATGTAATGCCTGCTGGGGCCACTCTGCT  344

seq1  TTGTACT-CCAAGCATATGTACACTTTCAGAATAATTATCAGTAATGTGT  388
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTCCCAAGCATATGTACACTTTCAGAATAATTATCAGTAATGTGT  394

seq1  TACTGTTTAATTATGCCTGCCTCCAACTAGACCAGGCAGCTGGTAAGATT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTTAATTATGCCTGCCTCCAACTAGACCAGGCAGCTGGTAAGATT  444

seq1  TTACTTAAAATTAACAATAAGACCCAGGGTGCAACTTGATGTACTCAACT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTAAAATTAACAATAAGACCCAGGGTGCAACTTGATGTACTCAACT  494

seq1  CTGAATCCTCACTCAATGGCCCATGTAAAGATCAAATCACTAGAAACAAA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCCTCACTCAATGGCCCATGTAAAGATCAAATCACTAGAAACAAA  544

seq1  AGCAAGCTGTCTGGCACCATGAACAGGCTGTTGCATAAGCTGTCCTCCAA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCTGTCTGGCACCATGAACAGGCTGTTGCATAAGCTGTCCTCCAA  594

seq1  TGGCATCTATTTACTTTAGTTTTAACTTAGTTTTAAGAAGCAAAGTCACA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATCTATTTACTTTAGTTTTAACTTAGTTTTAAGAAGCAAAGTCACA  644

seq1  GATCATCTATTAGTTTGTTCTTCCATAATTTCTGCTGAGCCAGAGACATG  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATCTATTAGTTTGTTCTTCCATAATTTCTGCTGAGCCAGAGACATG  694

seq1  CTGGAAAGACAGAGATCTGATCTTCTCATTATACTCTCCTAACTTTGGTC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAAGACAGAGATCTGATCTTCTCATTATACTCTCCTAACTTTGGTC  744

seq1  CTGGGTTCTCTTCCCACTTCTTTCTCACTCTCCTTTTCTTCCTTCCTGTA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTTCTCTTCCCACTTCTTTCTCACTCTCCTTTTCTTCCTTCCTGTA  794

seq1  ATGATGAAATATGCTGACATGTACCCTGGCAGGACACTCACTTAAATGAT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGAAATATGCTGACATGTACCCTGGCAGGACACTCACTTAAATGAT  844

seq1  TACCACCCTTTAAAAACAGCAAGACTCCCACCAGTGAGGGGCCTGCAGAT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCCTTTAAAAACAGCAAGACTCCCACCAGTGAGGGGCCTGCAGAT  894

seq1  TAATGATAAACTTCTTGTTGTGTGGATGCTTTGACATCATGGTCACTGTC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATAAACTTCTTGTTGTGTGGATGCTTTGACATCATGGTCACTGTC  944

seq1  CTGGCTGCCCTTACACAGACTATCACTTAGATATTAAAAAGTTGGGATCT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGCCCTTACACAGACTATCACTTAGATATTAAAAAGTTGGGATCT  994

seq1  CAAAACAGACAGGCTGAGATAAGCTATCAGACCCACTCTTGATGAGGTTT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAGACAGGCTGAGATAAGCTATCAGACCCACTCTTGATGAGGTTT  1044

seq1  GTATGCCTAGCAAGTTACCCAACTTCTGTAAGACTTGATTTTCCCTCTCC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCCTAGCAAGTTACCCAACTTCTGTAAGACTTGATTTTCCCTCTCC  1094

seq1  AAAATAGGATGAAATGTCTATCATCATGGGCAGTTATAAAGATGAACTCA  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGGATGAAATGTCTATCATCATGGGCAGTTATAAAGATGAACTCA  1144

seq1  TGCATTTAAGAATTC  1153
      |||||||||||||||
seq2  TGCATTTAAGAATTC  1159


seq1: chr15_55754904_55756033
seq2: B6Ng01-278C18.g_65_1173

seq1  GAATTCAACCTTACTTCTGCCAGATGTCAAAGTCCTATAGTTTCCCTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCTTACTTCTGCCAGATGTCAAAGTCCTATAGTTTCCCTGCA  50

seq1  CCACTCTGACTCACTAAGCATACACAGGGGCCTACTGTGGTGGGAACTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTGACTCACTAAGCATACACAGGGGCCTACTGTGGTGGGAACTAA  100

seq1  GCCCCTAAACATCGAGAAAATAAGCAAGTGCGGAATCCATACAAGGGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTAAACATCGAGAAAATAAGCAAGTGCGGAATCCATACAAGGGCAG  150

seq1  GACCAGAGAAGTGAGCAGTTGAGTAAGAAATGGTTGGCTTGCATTGGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGAGAAGTGAGCAGTTGAGTAAGAAATGGTTGGCTTGCATTGGTGC  200

seq1  AGACTGGCAGGTGGTAAGGAGGGTGGGCTAGTTGGGTGTGGCCTGGGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGCAGGTGGTAAGGAGGGTGGGCTAGTTGGGTGTGGCCTGGGAAA  250

seq1  TGACACACAGATTGGTTAATGCTGTGGAAAACCAATGCACCCTCAGAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACACAGATTGGTTAATGCTGTGGAAAACCAATGCACCCTCAGAGGT  300

seq1  TCAGCATCTTATGCAGCTGCACACATGCTGACCAGCATGCCTGGATGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATCTTATGCAGCTGCACACATGCTGACCAGCATGCCTGGATGTTC  350

seq1  TGGGAGCTAGATTTAGAACTGGGTTTCTTTGTTCAGAAAGATAATTTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCTAGATTTAGAACTGGGTTTCTTTGTTCAGAAAGATAATTTATT  400

seq1  GCTTTTGCCATGTTCCTTGGATGCCTGTTCTCTGTTACTCCCTGGGATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGCCATGTTCCTTGGATGCCTGTTCTCTGTTACTCCCTGGGATGA  450

seq1  ACAAAAATCAAGGGCTTGCAGCATCTGTGGGAGGAGAGGAAAGGGCGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAATCAAGGGCTTGCAGCATCTGTGGGAGGAGAGGAAAGGGCGTCT  500

seq1  CTGCATGTTAGTGGTGTTAAACATACTTGTTTCATAACATAGTTCTTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGTTAGTGGTGTTAAACATACTTGTTTCATAACATAGTTCTTTGC  550

seq1  ACATGTTCTTGAAAGAGCAATCAGAATGTTGTCACAACTAAATCATGATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTCTTGAAAGAGCAATCAGAATGTTGTCACAACTAAATCATGATC  600

seq1  CAAGGATTTTTCTTGATGGATGTATTTTAGAAAATTGAGAAATCTTACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGATTTTTCTTGATGGATGTATTTTAGAAAATTGAGAAATCTTACCA  650

seq1  AAAAAAAAAAAAATAGTCTAATTTACCTTCTAGATTCTTTTGGGAAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAATAGTCTAATTTACCTTCTAGATTCTTTTGGGAAAAGA  700

seq1  AATCAATCAGATATAGCCAGTGCAGTATCTTTAGTTCCTAGAAAGACAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATCAGATATAGCCAGTGCAGTATCTTTAGTTCCTAGAAAGACAAT  750

seq1  GCTTGTTTGCGGTTCAGAATTGGGCTAAGTAAAAACTTCCTTCATTCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTTTGCGGTTCAGAATTGGGCTAAGTAAAAACTTCCTTCATTCTCA  800

seq1  CAATGACTTCAGGGTGGACGAGTGACTGGTATCCCCCCACTTAACACTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACTTCAGGGTGGACGAGTGACTGGTATCCCCCCACTTAACACTAG  850

seq1  AAAGCTGAGGCACAGGAGAGGCATAGAAGCAAAACTTAGTTATCAGGGAG  900
      |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGAGGCACAGGAGAGGCATAGGAGC-AAACTTAGTTATCAGGGAG  899

seq1  CCTTTAATGCTTTTGTGAATACATTAAATGGACATGATAATGAATTCATC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  CCTTTAATGCTTTTGTGAATACATTAAATGGACATGAT-ATGAA-TCATC  947

seq1  ACAATATTTTCCTACTATGCTTGATAACCTCTTATTCCTAATTAGCCCTC  1000
      || ||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||||||
seq2  AC-ATATTTTCCTACTATGC-TGATA--CTCTTATT-CTAATTAGCCCTC  992

seq1  CTTCAACTTTTATGTCTCGCCCCCCCCCCCAACCTCCACTGTGTGTGTAT  1050
      |||| |||||  |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||
seq2  CTTC-ACTTTATTGTCTCGCCCCCCCCCC--ACCT-CACTGTGTGTGTAT  1038

seq1  GTGACTCACACACAATGGGCTTCATTAGGGTTGTTTACGGGAATGTGGGT  1100
      ||||||||||||| || ||| |||| |  ||||||  ||    |||||||
seq2  GTGACTCACACAC-ATTGGCCTCATAA--GTTGTTACCG---CTGTGGGT  1082

seq1  GGGAGTTTGTTTACAAGAGTGTGTACACTT  1130
      |||  ||||  ||||||| |||||||||||
seq2  GGGGATTTG--TACAAGA-TGTGTACACTT  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |