BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-278O15
Chromosome15 (Build37)
Map Location 30,396,762 - 30,534,485
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnnd2
Upstream geneLOC382975
Downstream gene9630009A06Rik, Dap, EG625796, 5730557B15Rik, Ropn1l, LOC622810, March6, Cmbl, Cct5, A930016P21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278O15.bB6Ng01-278O15.g
ACCGA079033GA079034
length1,218864
definitionB6Ng01-278O15.b B6Ng01-278O15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,396,762 - 30,397,965)(30,533,623 - 30,534,485)
sequence
gaattcatgtacttgcatccactttaatggagccgagcttatggtgtcgg
atcctgccgcccatcataactaagttgttatgcggccctcatttgctcga
agctgctgtatcctgagcaaacccaactgccttgatgggtcccatggtac
ttactatggattaaatgtggagtcttttacttttccccctgtggtctcac
ataatgatattagcttgtctgcagtgtgacaaattcagtgtaccgggaac
atctggtaagctgttcttgataactggaaagagcctgggagctcagtgat
gcacacccagtaaggcattccacataccgggggctgtggaaagatggaga
ctgtggagcggggaggcaccggcacagttcatgtagctgcaatgtaaatg
attcacactgtggcacgttcatcagcacagcatccctacaacttcctgtt
tgattatcaagaggcaaatatgaacatactccttgtcgaaccatgcttag
tttgttcccggcagagggatttcaaaatgggggagcataataaagggaaa
agaaagtaaaaaccgtcacagcttgaagccaggtttaaaattcagtcttt
tgatgttgatctgagaacagatcacactgatatgttcaaaccatgaaagc
cacgatagtaaagagactttaacactgaacccagagcagtgcagaagtga
acagtgcatcagattctgttgttttatttggatttaaacatgttaatatc
agagttttgactgctgtctcctaaggtggggaaaatagatttcccagatg
aaaagcaagacttgacatgtatatgcatattaattatcttatgaagaatg
gtaaagagctctaggctgtctttcttggctttctttcatactgtaccact
gactcattgaatagtcttaaattgtttacttaaccccgagtgccagttca
ccccctttacactagttatacttttgcattatcagtcttttccactgggg
cctcaaaagagggaaattcaggaaggacttgttagctgctgttacctaaa
tggcaaaacatccatccagcagtacaattacagtaggtgaactcgtttat
tctggtgttgcttctgatgatgacctggagacctttaggttcaattcagg
ccactccaagtagcaagggaaaaattgttctggaatgtggcctgaggttt
taaatggcaatgaattat

gaattcagatcataactgttagagcgacactccaaagctccaaggaacca
gtcaatcctgataaaacaagtctaactagacaactagacacacatctaat
aagcaatgccaaggcacattaaacaaactgggaacactcttgccatcgcc
agccttgaggaagaaatggtggtttctcttcttccccttgagactggctg
cccaatgacctgtatctactaataaaagggaggagttgggatgagggaga
tgttaatttctaactcctgcaggatggatcttaggcgacctccagctgtt
agtcctttccataaatgaaagtaccgatggggctcaggcttccatatatg
atgtttggctacaccgtgacacccatactgtgaaaaagcccaagctggcc
agcttgagagacaggagctgcagggactgggcagatgtgagagaaatggc
cttgaactttacttctgagcttggctgctagagtgaaagaccttggctgg
tggcacaaggaataggagagaggcctcccccaggagtattctctacacac
aagccctggaggaagcacatccatgcccctgagcttggaaggtttgttaa
agtacaatcaataactggaatagtgtgcacggcacacagtgctcctcttc
agccaacactaagtgaaactggccaaatggctgactatcaaatgtgcaag
tcatactgaatttctgcaagggaattttctccccaagaaaaagacagaca
gatacagaaacactgggttcagcatgatgtattattttcatttgcataat
tgagtcaatgttggactttatttaattctccctctctctctctctctctc
tctctctctctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_30396762_30397965
seq2: B6Ng01-278O15.b_45_1262

seq1  GAATTCATGTACTTGCATCCACTTTAATGGAGCCGAGCTTATGGTGTCGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTACTTGCATCCACTTTAATGGAGCCGAGCTTATGGTGTCGG  50

seq1  ATCCTGCCGCCCATCATAACTAAGTTGTTATGCGGCCCTCATTTGCTCGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGCCGCCCATCATAACTAAGTTGTTATGCGGCCCTCATTTGCTCGA  100

seq1  AGCTGCTGTATCCTGAGCAAACCCAACTGCCTTGATGGGTCCCATGGTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTGTATCCTGAGCAAACCCAACTGCCTTGATGGGTCCCATGGTAC  150

seq1  TTACTATGGATTAAATGTGGAGTCTTTTACTTTTCCCCCTGTGGTCTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTATGGATTAAATGTGGAGTCTTTTACTTTTCCCCCTGTGGTCTCAC  200

seq1  ATAATGATATTAGCTTGTCTGCAGTGTGACAAATTCAGTGTACCGGGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGATATTAGCTTGTCTGCAGTGTGACAAATTCAGTGTACCGGGAAC  250

seq1  ATCTGGTAAGCTGTTCTTGATAACTGGAAAGAGCCTGGGAGCTCAGTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGTAAGCTGTTCTTGATAACTGGAAAGAGCCTGGGAGCTCAGTGAT  300

seq1  GCACACCCAGTAAGGCATTCCACATACCGGGGGCTGTGGAAAGATGGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCCAGTAAGGCATTCCACATACCGGGGGCTGTGGAAAGATGGAGA  350

seq1  CTGTGGAGCGGGGAGGCACCGGCACAGTTCATGTAGCTGCAATGTAAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGAGCGGGGAGGCACCGGCACAGTTCATGTAGCTGCAATGTAAATG  400

seq1  ATTCACACTGTGGCACGTTCATCAGCACAGCATCCCTACAACTTCCTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACACTGTGGCACGTTCATCAGCACAGCATCCCTACAACTTCCTGTT  450

seq1  TGATTATCAAGAGGCAAATATGAACATACTCCTTGTCGAACCATGCTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATCAAGAGGCAAATATGAACATACTCCTTGTCGAACCATGCTTAG  500

seq1  TTTGTTCCCGGCAGAGGGATTTCAAAATGGGGGAGCATAATAAAGGGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCCCGGCAGAGGGATTTCAAAATGGGGGAGCATAATAAAGGGAAA  550

seq1  AGAAAGTAAAAACCGTCACAGCTTGAAGCCAGGTTTAAAATTCAGTCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTAAAAACCGTCACAGCTTGAAGCCAGGTTTAAAATTCAGTCTTT  600

seq1  TGATGTTGATCTGAGAACAGATCACACTGATATGTTCAAACCATGAAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTGATCTGAGAACAGATCACACTGATATGTTCAAACCATGAAAGC  650

seq1  CACGATAGTAAAGAGACTTTAACACTGAACCCAGAGCAGTGCAGAAGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGATAGTAAAGAGACTTTAACACTGAACCCAGAGCAGTGCAGAAGTGA  700

seq1  ACAGTGCATCAGATTCTGTTGTTTTATTTGGATTTAAACATGTTAATATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCATCAGATTCTGTTGTTTTATTTGGATTTAAACATGTTAATATC  750

seq1  AGAGTTTTGACTGCTGTCTCCTAAGGTGGGGAAAATAGATTTCCCAGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTTGACTGCTGTCTCCTAAGGTGGGGAAAATAGATTTCCCAGATG  800

seq1  AAAAGCAAGACTTGACATGTATATGCATATTAATTATCTTATGAAGAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAGACTTGACATGTATATGCATATTAATTATCTTATGAAGAATG  850

seq1  GTAAAGAGCTCTAGGCTGTCTTTCTTGGCTTTCTTTCATACTGTACCACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGAGCTCTAGGCTGTCTTTCTTGGCTTTCTTTCATACTGTACCACT  900

seq1  GACTCATTGAATAGTCTTAAATTGTTTACTTAACCCCGAGTGCCAGTTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCATTGAATAGTCTTAAATTGTTTACTTAACCCCGAGTGCCAGTTCA  950

seq1  CCCCCTTTACACTAGTTTAATACTTTTTGCATTATCAGTCTTT--CACTG  998
      |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||  |||||
seq2  CCCCCTTTACACTAGTT--ATAC-TTTTGCATTATCAGTCTTTTCCACTG  997

seq1  GGG-CTC-ACAGAAGGAAATTCAGGAA-GACT--GTAGCTGCTGTTACCT  1043
      ||| ||| | ||| ||||||||||||| ||||   |||||||||||||||
seq2  GGGCCTCAAAAGAGGGAAATTCAGGAAGGACTTGTTAGCTGCTGTTACCT  1047

seq1  AAATGGCAAAACAT-CATCACACAAGGTACAATTACAGTA-GTG-ACTCG  1090
      |||||||||||||| ||||   ||  |||||||||||||| ||| |||||
seq2  AAATGGCAAAACATCCATCCAGCA--GTACAATTACAGTAGGTGAACTCG  1095

seq1  GTTTATCTGGTGTTGC-TCTGATGATGACCT-GAGACCCTTTAG--TCAA  1136
       ||  ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||  ||||
seq2  TTTATTCTGGTGTTGCTTCTGATGATGACCTGGAGA-CCTTTAGGTTCAA  1144

seq1  TATCAGGC--ATCACAGTAGCA--GGAAAAATGTGTCTGGAAATGTG--C  1180
      | ||||||   ||  |||||||  ||||||||   ||||| ||||||  |
seq2  T-TCAGGCCACTCCAAGTAGCAAGGGAAAAATTGTTCTGG-AATGTGGCC  1192

seq1  TTAG--TTTATATGGCAATGATTTAT  1204
      | ||  |||| |||||||||| ||||
seq2  TGAGGTTTTAAATGGCAATGAATTAT  1218


seq1: chr15_30533623_30534485
seq2: B6Ng01-278O15.g_67_930 (reverse)

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAATTAAATAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAATTAAATAAAGT  50

seq1  CCAACATTGACTCAATTATGC-AATGAAAATAATACATCATGCTGAACCC  99
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATTGACTCAATTATGCAAATGAAAATAATACATCATGCTGAACCC  100

seq1  AGTGTTTCTGTATCTGTCTGTCTTTTTCTTGGGGAGAAAATTCCCTTGCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTCTGTATCTGTCTGTCTTTTTCTTGGGGAGAAAATTCCCTTGCA  150

seq1  GAAATTCAGTATGACTTGCACATTTGATAGTCAGCCATTTGGCCAGTTTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCAGTATGACTTGCACATTTGATAGTCAGCCATTTGGCCAGTTTC  200

seq1  ACTTAGTGTTGGCTGAAGAGGAGCACTGTGTGCCGTGCACACTATTCCAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGTGTTGGCTGAAGAGGAGCACTGTGTGCCGTGCACACTATTCCAG  250

seq1  TTATTGATTGTACTTTAACAAACCTTCCAAGCTCAGGGGCATGGATGTGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATTGTACTTTAACAAACCTTCCAAGCTCAGGGGCATGGATGTGC  300

seq1  TTCCTCCAGGGCTTGTGTGTAGAGAATACTCCTGGGGGAGGCCTCTCTCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCAGGGCTTGTGTGTAGAGAATACTCCTGGGGGAGGCCTCTCTCC  350

seq1  TATTCCTTGTGCCACCAGCCAAGGTCTTTCACTCTAGCAGCCAAGCTCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTTGTGCCACCAGCCAAGGTCTTTCACTCTAGCAGCCAAGCTCAG  400

seq1  AAGTAAAGTTCAAGGCCATTTCTCTCACATCTGCCCAGTCCCTGCAGCTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAGTTCAAGGCCATTTCTCTCACATCTGCCCAGTCCCTGCAGCTC  450

seq1  CTGTCTCTCAAGCTGGCCAGCTTGGGCTTTTTCACAGTATGGGTGTCACG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCTCAAGCTGGCCAGCTTGGGCTTTTTCACAGTATGGGTGTCACG  500

seq1  GTGTAGCCAAACATCATATATGGAAGCCTGAGCCCCATCGGTACTTTCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGCCAAACATCATATATGGAAGCCTGAGCCCCATCGGTACTTTCAT  550

seq1  TTATGGAAAGGACTAACAGCTGGAGGTCGCCTAAGATCCATCCTGCAGGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGAAAGGACTAACAGCTGGAGGTCGCCTAAGATCCATCCTGCAGGA  600

seq1  GTTAGAAATTAACATCTCCCTCATCCCAACTCCTCCCTTTTATTAGTAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAATTAACATCTCCCTCATCCCAACTCCTCCCTTTTATTAGTAGA  650

seq1  TACAGGTCATTGGGCAGCCAGTCTCAAGGGGAAGAAGAGAAACCACCATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTCATTGGGCAGCCAGTCTCAAGGGGAAGAAGAGAAACCACCATT  700

seq1  TCTTCCTCAAGGCTGGCGATGGCAAGAGTGTTCCCAGTTTGTTTAATGTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTCAAGGCTGGCGATGGCAAGAGTGTTCCCAGTTTGTTTAATGTG  750

seq1  CCTTGGCATTGCTTATTAGATGTGTGTCTAGTTGTCTAGTTAGACTTGTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGCATTGCTTATTAGATGTGTGTCTAGTTGTCTAGTTAGACTTGTT  800

seq1  TTATCAGGATTGACTGGTTCCTTGGAGCTTTGGAGTGTCGCTCTAACAGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGGATTGACTGGTTCCTTGGAGCTTTGGAGTGTCGCTCTAACAGT  850

seq1  TATGATCTGAATTC  863
      ||||||||||||||
seq2  TATGATCTGAATTC  864


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |