BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279G23
Chromosome15 (Build37)
Map Location 100,669,881 - 100,820,392
singlet/doubletdoublet
Overlap geneScn8a
Upstream geneLOC100042918, 1700030F18Rik, Gm920, D330037H05Rik, 4930478M13Rik, Dip2b, Atf1, 4930478A21Rik, EG432981, Mettl7a, ENSMUSG00000058057, LOC554292, Ubie, Yghl1-4, Slc11a2, EG432982, Letmd1, BC035295, Tcfcp2, Pou6f1, Dazap2, BC004728, Bin2, Ela1, Galnt6, Slc4a8
Downstream geneEG668225, Ankrd33, Acvrl1, Acvr1b, Grasp, Nr4a1, 9430023L20Rik, 6030408B16Rik, Krt80, Krt7, Krt85, Krt83, 1700011A15Rik, 5430421N21Rik, EG574415, Krt84, Krt82, 4732456N10Rik, Krt75, EG432985, EG432986, EG406223, EG432987, Krt6b, Krt6a, Krt5, Krt71, Krt74, Krt72, Krt73, Krt2, LOC100043001, Krt1, Krt77, Krt76, Krt4, Krt79, Krt78
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279G23.bB6Ng01-279G23.g
ACCGA079418GA079419
length1,1031,092
definitionB6Ng01-279G23.b B6Ng01-279G23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,669,881 - 100,670,992)(100,819,326 - 100,820,392)
sequence
gaattcaaatgtcacatctccgaagaagcccacttaaaacacatctatta
aaagatgtaaacaagttgcctggacactgagtcattagccacttggggtg
ttggcgcattagccgagcccagagctcagaaccacgacattatggaaaat
gctgttaagtagcaaagaaagattaaaaaaaaaaaaaaggcagtgggagc
aaaaagaagactagaggaagagagggctgatcaataggaactcctgaagc
tactgacgtcactgggcacgtctggggagacttaagggctggagggatct
gaggggcacctcacactcaccctggggaccgtcatctcaaaagattccaa
aatacattaactgggtccaaatgcaaaaatatggtctggtaaaatgcaat
cgatagtgcttaattaaatgtcagtaaaacataacattatgccaacttta
ttgagtgctaaatattcattcaattttaaagagtttgtgggttagatttt
ttttttcccacttcataagaattccccggtagagatggggactcctggga
aattgtagccaattgtaacaaaatattactcatcgccacacaattttcaa
accaaaatcataatgcccctcgttcaaatttccagagcaaattggtctta
atgtagggtgtgagagcattttagtgtaattaatgtaaaaaaaaaaaaaa
agctgggagtctctggggttgaccaaatccaacaaatgaccctgcatacc
aaaggccaatttccttcattattttacaatttcacccccaatgctaccac
agtcctatatgttcccaaatgtcatacatgccaaacatatatatatataa
tataatatatatattaacaaactttgggggaatacttttggatttacaga
aaggttataaagatgatagagtcccctaatctgcttagtgttttgcatac
agttctgctgaaactgagaaagcatgggtggtaccaacgagcacctctag
aatttatttgggactccagcagttttatagttgtggatacaatctaatag
ccattagtatcatctctgtgccactgctgggtgacagttctccagccctc
ttg
gaattcctcccctttgtggagccgggacacatttgttcatcagctgatgg
acttgggttgtcccacttctgactgtgacctgacgaatgatgtacctgtt
ttgtggtaacttgcttcaattcttggtaggagcagctttgctaggatgca
agacaatgctgtgtgactttctgatgaacagcaagaagtactggccaaag
cggctgtcacattttacacttttatgagcaatgctggctgttgtttctcc
agtcaggccatggctaccgaagttagactccctcagaaagagcagctgta
tggtgggcttttcatctctaattctcctggggattctgggaggcgacccc
ttctagaagctgctgccaactcttaccacacgggaggggagctgagggtc
actgaggtgaggtgagtgggttattgacttttgggctgggttgctcaggc
tttgtggcacacatctgcaatcccacactaggaggctgaggcaggaagat
cacaaattcaaggcccgagttacacagtgagactctatctaaaagaaagt
aaagaggctggagttgtagctcaatgatgtaaacttagtgcttgcctaac
atgcatgaaaccctggagtgacaggaaacacacaaacaaaacacacacac
acacacacacacacacacacacacaacactcatacacatacactcatacc
ctggggtcacaggaaacacacacaccctggaaatcccaagacacacacac
tcacacactggaaatcccgggaaacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacactcatacacatacacttcataccctgggggtcacagga
aaacacacacaccctggaatcccaggaaacacacacacacacacacacac
tctcatacacatacacttcataccctgggggtcacaggaaaacacacaca
cccctggaaatcccaagacacacacacctcacacactgggaattcccagt
aaacacaacacacctcacatcatcacacacacaccacacacactaccttc
ataccccattaccctctatacctgggggggtcacaaggaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_100669881_100670992
seq2: B6Ng01-279G23.b_48_1150

seq1  GAATTCAAATGTCACATCTCCGAAGAAGCCCACTTAAAACACATCTATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATGTCACATCTCCGAAGAAGCCCACTTAAAACACATCTATTA  50

seq1  AAAGATGTAAACAAGTTGCCTGGACACTGAGTCATTAGCCACTTGGGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGTAAACAAGTTGCCTGGACACTGAGTCATTAGCCACTTGGGGTG  100

seq1  TTGGCGCATTAGCCGAGCCCAGAGCTCAGAACCACGACATTATGGAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCGCATTAGCCGAGCCCAGAGCTCAGAACCACGACATTATGGAAAAT  150

seq1  GCTGTTAAGTAGCAAAGAAAGATTAAAAAAAAAAAAAAGGCAGTGGGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTAAGTAGCAAAGAAAGATTAAAAAAAAAAAAAAGGCAGTGGGAGC  200

seq1  AAAAAGAAGACTAGAGGAAGAGAGGGCTGATCAATAGGAACTCCTGAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAGACTAGAGGAAGAGAGGGCTGATCAATAGGAACTCCTGAAGC  250

seq1  TACTGACGTCACTGGGCACGTCTGGGGAGACTTAAGGGCTGGAGGGATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGACGTCACTGGGCACGTCTGGGGAGACTTAAGGGCTGGAGGGATCT  300

seq1  GAGGGGCACCTCACACTCACCCTGGGGACCGTCATCTCAAAAGATTCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGCACCTCACACTCACCCTGGGGACCGTCATCTCAAAAGATTCCAA  350

seq1  AATACATTAACTGGGTCCAAATGCAAAAATATGGTCTGGTAAAATGCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATTAACTGGGTCCAAATGCAAAAATATGGTCTGGTAAAATGCAAT  400

seq1  CGATAGTGCTTAATTAAATGTCAGTAAAACATAACATTATGCCAACTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAGTGCTTAATTAAATGTCAGTAAAACATAACATTATGCCAACTTTA  450

seq1  TTGAGTGCTAAATATTCATTCAATTTTAAAGAGTTTGTGGGTTAGATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTGCTAAATATTCATTCAATTTTAAAGAGTTTGTGGGTTAGATTTT  500

seq1  TTTTTTCCCACTTCATAAGAATTCCCCGGTAGAGATGGGGACTCCTGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCCCACTTCATAAGAATTCCCCGGTAGAGATGGGGACTCCTGGGA  550

seq1  AATTGTAGCCAATTGTAACAAAATATTACTCATCGCCACACAATTTTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTAGCCAATTGTAACAAAATATTACTCATCGCCACACAATTTTCAA  600

seq1  ACCAAAATCATAATGCCCCTCGTTCAAATTTCCAGAGCAAATTGGTCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAATCATAATGCCCCTCGTTCAAATTTCCAGAGCAAATTGGTCTTA  650

seq1  ATGTAGGGTGTGAGAGCATTTTAGTGTAATTAATGTAAAAAAAAAAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGGGTGTGAGAGCATTTTAGTGTAATTAATGTAAAAAAAAAAAAAA  700

seq1  AGCTGGGAGTCTCTGGGGTTGACCAAATCCAACAAATGACCCTGCATACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGAGTCTCTGGGGTTGACCAAATCCAACAAATGACCCTGCATACC  750

seq1  AAAGGCCAATTTCCTTCATTATTTTACAATTTCACCCCCAATGCTACCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCCAATTTCCTTCATTATTTTACAATTTCACCCCCAATGCTACCAC  800

seq1  AGTCCTATATGTTCCCAAATGTCATACATGCCAAACATATATATATATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTATATGTTCCCAAATGTCATACATGCCAAACATATATATATATAA  850

seq1  TATAATATATATATTAACAAACTTTGGGGGAATACTTTTGGATTTACAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATATATATATTAACAAACTTTGGGGGAATACTTTTGGATTTACAGA  900

seq1  AAGGTTATAAAGATGATAGAGTCCCCTAATCTTGCTTAGTGTTTTGCATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  AAGGTTATAAAGATGATAGAGTCCCCTAATC-TGCTTAGTGTTTTGCAT-  948

seq1  ACAGTTCTGCTGAAACTGAGAAAGCATGGGTGGTACCAACGAGCACCTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTCTGCTGAAACTGAGAAAGCATGGGTGGTACCAACGAGCACCTCT  998

seq1  AGAATTTATTT-GGACTCCAGCAGTTTTTATAGTTTGTGGATACAATCTA  1049
      ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGAATTTATTTGGGACTCCAGCAG-TTTTATAG-TTGTGGATACAATCTA  1046

seq1  AATTAGCATTTAATTATCCATCTCTGTGGCCACCTGGCTGGTGACAGTTT  1099
      |  ||||  || | ||| ||||||||| |||| |||   |||||||||| 
seq2  A--TAGCCATT-AGTAT-CATCTCTGT-GCCA-CTGCTGGGTGACAGTTC  1090

seq1  CTCAGCCCTCTTG  1112
        |||||||||||
seq2  TCCAGCCCTCTTG  1103

seq1: chr15_100819326_100820392
seq2: B6Ng01-279G23.g_67_1158 (reverse)

seq1  GTTTCC-TGTGA--CCCCAGGGTAT-GAGTGTA--TGTGTATGAGTGT-G  43
      |||||| |||||  ||||  ||||| ||| |||   | ||||||  || |
seq2  GTTTCCTTGTGACCCCCCCAGGTATAGAGGGTAATGGGGTATGAAGGTAG  50

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG----TGTGTGTGTGTG-TGTGTTTCCTGGG  88
      |||||||| |||||||||||    |||| | ||||| ||||||| |||||
seq2  TGTGTGTG-GTGTGTGTGTGATGATGTGAG-GTGTGTTGTGTTTACTGGG  98

seq1  A--TTCCAGTGTGTGA-GTGTGTGTGTCTTGGGA-TTCCA-GGGTGTGTG  133
      |  | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  AATTCCCAGTGTGTGAGGTGTGTGTGTCTTGGGATTTCCAGGGGTGTGTG  148

seq1  TG-TTTCCTGTGA-CCCCAGGGTATG-AGTGTATGTGTATGAGTGTGTGT  180
      || |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  TGTTTTCCTGTGACCCCCAGGGTATGAAGTGTATGTGTATGAGAGTGTGT  198

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTTTCCTGGGATTCCAGGGTGTGTGTG-TTTCCTGT  229
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTTTCCTGGGATTCCAGGGTGTGTGTGTTTTCCTGT  248

seq1  GA-CCCCAGGGTATG-AGTGTATGTGTATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  277
      || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCCAGGGTATGAAGTGTATGTGTATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  298

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCCTGGGA-TTCCAGTGTGTGAGTGTGT  326
      ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCCCGGGATTTCCAGTGTGTGAGTGTGT  348

seq1  GTGTCTTGGGA-TTCCAGGGTGTGTGTGTTTCCTGTGACCCCAGGGTATG  375
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTGGGATTTCCAGGGTGTGTGTGTTTCCTGTGACCCCAGGGTATG  398

seq1  AGTGTATGTGTATGAGTG-TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  424
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATGTGTATGAGTGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  448

seq1  GTG-TTTGTTTGTGTGTTTCCTGTCACTCCAGGGTTTCATGCATGTTAGG  473
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTGTTTGTGTGTTTCCTGTCACTCCAGGGTTTCATGCATGTTAGG  498

seq1  CAAGCACTAAGTTTACATCATTGAGCTACAACTCCAGCCTCTTTACTTTC  523
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACTAAGTTTACATCATTGAGCTACAACTCCAGCCTCTTTACTTTC  548

seq1  TTTTAGATAGAGTCTCACTGTGTAACTCGGGCCTTGAATTTGTGATCTTC  573
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGATAGAGTCTCACTGTGTAACTCGGGCCTTGAATTTGTGATCTTC  598

seq1  CTGCCTCAGCCTCCTAGTGTGGGATTGCAGATGTGTGCCACAAAGCCTGA  623
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCAGCCTCCTAGTGTGGGATTGCAGATGTGTGCCACAAAGCCTGA  648

seq1  GCAACCCAGCCCAAAAGTCAATAACCCACTCACCTCACCTCAGTGACCCT  673
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCCAGCCCAAAAGTCAATAACCCACTCACCTCACCTCAGTGACCCT  698

seq1  CAGCTCCCCTCCCGTGTGGTAAGAGTTGGCAGCAGCTTCTAGAAGGGGTC  723
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCCCTCCCGTGTGGTAAGAGTTGGCAGCAGCTTCTAGAAGGGGTC  748

seq1  GCCTCCCAGAATCCCCAGGAGAATTAGAGATGAAAAGCCCACCATACAGC  773
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCCAGAATCCCCAGGAGAATTAGAGATGAAAAGCCCACCATACAGC  798

seq1  TGCTCTTTCTGAGGGAGTCTAACTTCGGTAGCCATGGCCTGACTGGAGAA  823
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTTCTGAGGGAGTCTAACTTCGGTAGCCATGGCCTGACTGGAGAA  848

seq1  ACAACAGCCAGCATTGCTCATAAAAGTGTAAAATGTGACAGCCGCTTTGG  873
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGCCAGCATTGCTCATAAAAGTGTAAAATGTGACAGCCGCTTTGG  898

seq1  CCAGTACTTCTTGCTGTTCATCAGAAAGTCACACAGCATTGTCTTGCATC  923
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTACTTCTTGCTGTTCATCAGAAAGTCACACAGCATTGTCTTGCATC  948

seq1  CTAGCAAAGCTGCTCCTACCAAGAATTGAAGCAAGTTACCACAAAACAGG  973
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAAAGCTGCTCCTACCAAGAATTGAAGCAAGTTACCACAAAACAGG  998

seq1  TACATCATTCGTCAGGTCACAGTCAGAAGTGGGACAACCCAAGTCCATCA  1023
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCATTCGTCAGGTCACAGTCAGAAGTGGGACAACCCAAGTCCATCA  1048

seq1  GCTGATGAACAAATGTGTCCCGGCTCCACAAAGGGGAGGAATTC  1067
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATGAACAAATGTGTCCCGGCTCCACAAAGGGGAGGAATTC  1092