BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280B11
Chromosome15 (Build37)
Map Location 101,692,706 - 101,774,462
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKrt77, Krt76, Krt4, Krt79
Upstream geneScn8a, EG668225, Ankrd33, Acvrl1, Acvr1b, Grasp, Nr4a1, 9430023L20Rik, 6030408B16Rik, Krt80, Krt7, Krt85, Krt83, 1700011A15Rik, 5430421N21Rik, EG574415, Krt84, Krt82, 4732456N10Rik, Krt75, EG432985, EG432986, EG406223, EG432987, Krt6b, Krt6a, Krt5, Krt71, Krt74, Krt72, Krt73, Krt2, LOC100043001, Krt1
Downstream geneKrt78, Krt8, Krt18, LOC676882, Eif4b, Tenc1, Spryd3, Igfbp6, Soat2, Csad, Zfp740, Itgb7, Rarg, D15Mgi27, Espl1, Pfdn5, Myg1, Aaas, Sp7, Sp1, Amhr2, Prr13, Pcbp2, Map3k12, Tarbp2, Npff, Atf7, LOC100043600, Atp5g2, Calcoco1, LOC637762, LOC100043050, Hoxc13, Hoxc12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280B11.bB6Ng01-280B11.g
ACCGA079907GA079908
length1,1721,145
definitionB6Ng01-280B11.b B6Ng01-280B11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,773,265 - 101,774,462)(101,692,706 - 101,693,837)
sequence
gaattccagaaagctgagctgcagagtgagacccccttctcaggacagtg
agacagacaaacgcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagc
agcagcagcagcagcagcagcaacagcaacaacaacaacaacaacaacaa
caacaacaacaacaacaataaccactaccacctctcactgcctggcataa
ccccagtcagagtaatttgagttctagtgaaatataccttcactttccat
ctccctatctccagatgaggaacttcttaatggctttgtcctggcagtgc
acatagtaggtccagcccacgtagtgaattgtgctcaaccctcacctctt
tcacaaccctgattcctttatgtgttgagagctgaagggaccttatagga
aggattacttctcaaggcttaacaagagcaggaggccagggacttcccag
gccacaaagctaggaagcagccaccaacggctctagtgaatgggttaact
ctttcactttacctgggaccaaggagactttcagtgttaaactaggacag
gccaaagaggagcagggcatcagctgccctgtgtagagttgaggagacag
gagacttggcatggatcagagagtagtttctggaacagtgtgtgtgtggg
accccagggagaagtgtgacgctggagggtaggggttagcaagaatcccc
atttctctctcttttgatctcctctttggttatcatcattggacaaagga
aacaagagagcagtgcccagctgtgaggaaagtggggggtgtctctgagg
taggatggagataagggagcacagccggagtgggggaaggcatgccaacc
ctacacgcaatgtgctcagggcacactgggtcacacagctggctctcagt
acgcacagatgatggtgccgggtcttactagatggaaagtcctacttctc
ttggaggcacttcccctgtgtctccatgtagttcagcatcaagctgttag
tatagggatacagtggccgttatcagctatctgaccatgctttggcagca
gtagcatacatcctcatgctctgtatctgtcaaggagcggtatggctgta
gtctcattgaacctcctcctgaacctctcccaatgttgtggagccaagat
gtgaatcaagcttagatcattc
gaattcatacccaagaggctgtcaaactatgcccagcgtcatagtgacaa
gtgtattcacccagttaagttctcatggtggtaggaatgttgtgaaatat
ttggagtcacagagagtgcctctaagatttctaagtgatacattaaaaag
tagaaaactttaaaaaaatgtgctataataaaaataaaagtgacaaaggt
tgtaggggttaagaacctgtttgtaaatcgcacacctgggtttagtgagt
gttttcaggacagttgcttattacaaggcttaggaaaattaggtggcctg
gcacctgtgagttctccagaacaattaactaaaaatgagcaaacaaacaa
aacaggcaggaactctcctatcatattcagtgtcaaggagagaaagataa
tttctgaagtctttattatagacatgacagactttaaggtcaggaggcaa
tagcagtttgaggactgtttatttgggggtgcaaactcgaaacccaagct
caccttggtctggtacagggcctcagcctcatctttgctcttctgtgcaa
ttatttcatactgggctcgtacggcatcgatgatgctgtccaggtccagg
gagcggttattgtccattgacaagatgacattggtatcactgacgtgggt
ttgtatctgggacagctcctgtgagacacagaacagagttcaccccttcc
acccttctccctctaggatgtctggggaagccagaaatctagcctagaaa
ggcctcttcgtgttccctttaatttgttctgtgctatgaaacataaaggg
aagggctaagtgtgttttgactaaaggtaaggactaaaggcatctgggca
ggaggaagggagtccaggacctcatcaagcttctctttgtacaaactgct
cagccttgctgtggccttcaattaccttttttgatgcaggccctttgaca
gacacagttagtttgtccctggttgccataaagggttctttagaaacagt
ggggtattccagtttggagccacttgactacaggttaagctcatgcattt
ccttctgtgaatggggcatcccattaaggtagtatgagcctctgacatgg
gcactcaaggtcagagcatggaccccatgctggactggtgacagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_101773265_101774462
seq2: B6Ng01-280B11.b_47_1218 (reverse)

seq1  GAATG-TCTAAGCTTGATCCACATCTGTGGCCTCCCACAAACATTGTGGA  49
      ||||| |||||||||||| ||||||| ||||   |||| ||||||| |||
seq2  GAATGATCTAAGCTTGATTCACATCT-TGGC--TCCAC-AACATTG-GGA  45

seq1  GGAAGGTCCAGGGAGGGGGTTTCTAAAGGAAGAACTACAGCC-TACCGCT  98
      |  |||| || ||||| |||   | || ||   ||||||||| |||||||
seq2  G--AGGTTCA-GGAGGAGGT---TCAATGA--GACTACAGCCATACCGCT  87

seq1  CCTTTGACAGGATACAGGAGCATGAGGGATGTAATGCTACTGCTGCCAAA  148
      || |||||| |||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||
seq2  CC-TTGACA-GATACA-GAGCATGA-GGATGT-ATGCTACTGCTGCC-AA  131

seq1  AGCATGGGTCAGAATAGCTGATAACGGCAACTTGTATCCCTAATACCTAA  198
      ||||| |||||| ||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||
seq2  AGCAT-GGTCAG-ATAGCTGATAACGGCCAC-TGTATCCCT-ATA-CTAA  176

seq1  CAGCTTGGATGCTGAACTACATGGAAGACACAGGGGAAGGTGCCTCCAAG  248
      |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGCTT-GATGCTGAACTACATGG-AGACACAGGGGAA-GTGCCTCCAAG  223

seq1  AGAAGTAGGACTTTCCAATCTAGTAAGACCCGGCACCATCATCTGTGCGT  298
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTAGGACTTTCC-ATCTAGTAAGACCCGGCACCATCATCTGTGCGT  272

seq1  ACTGAGAGCCAGCTGTGTGACCCAGTGTGCCCTGAGCACATTGCGTGTAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGAGCCAGCTGTGTGACCCAGTGTGCCCTGAGCACATTGCGTGTAG  322

seq1  GGTTGGCATGCCTTCCCCCACTCCGGCTGTGCTCCCTTATCTCCATCCTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGCATGCCTTCCCCCACTCCGGCTGTGCTCCCTTATCTCCATCCTA  372

seq1  CCTCAGAGACACCCCCCACTTTCCTCACAGCTGGGCACTGCTCTCTTGTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAGACACCCCCCACTTTCCTCACAGCTGGGCACTGCTCTCTTGTT  422

seq1  TCCTTTGTCCAATGATGATAACCAAAGAGGAGATCAAAAGAGAGAGAAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTCCAATGATGATAACCAAAGAGGAGATCAAAAGAGAGAGAAAT  472

seq1  GGGGATTCTTGCTAACCCCTACCCTCCAGCGTCACACTTCTCCCTGGGGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATTCTTGCTAACCCCTACCCTCCAGCGTCACACTTCTCCCTGGGGT  522

seq1  CCCACACACACACTGTTCCAGAAACTACTCTCTGATCCATGCCAAGTCTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACACACACTGTTCCAGAAACTACTCTCTGATCCATGCCAAGTCTC  572

seq1  CTGTCTCCTCAACTCTACACAGGGCAGCTGATGCCCTGCTCCTCTTTGGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCCTCAACTCTACACAGGGCAGCTGATGCCCTGCTCCTCTTTGGC  622

seq1  CTGTCCTAGTTTAACACTGAAAGTCTCCTTGGTCCCAGGTAAAGTGAAAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTAGTTTAACACTGAAAGTCTCCTTGGTCCCAGGTAAAGTGAAAG  672

seq1  AGTTAACCCATTCACTAGAGCCGTTGGTGGCTGCTTCCTAGCTTTGTGGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAACCCATTCACTAGAGCCGTTGGTGGCTGCTTCCTAGCTTTGTGGC  722

seq1  CTGGGAAGTCCCTGGCCTCCTGCTCTTGTTAAGCCTTGAGAAGTAATCCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAGTCCCTGGCCTCCTGCTCTTGTTAAGCCTTGAGAAGTAATCCT  772

seq1  TCCTATAAGGTCCCTTCAGCTCTCAACACATAAAGGAATCAGGGTTGTGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATAAGGTCCCTTCAGCTCTCAACACATAAAGGAATCAGGGTTGTGA  822

seq1  AAGAGGTGAGGGTTGAGCACAATTCACTACGTGGGCTGGACCTACTATGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTGAGGGTTGAGCACAATTCACTACGTGGGCTGGACCTACTATGT  872

seq1  GCACTGCCAGGACAAAGCCATTAAGAAGTTCCTCATCTGGAGATAGGGAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGCCAGGACAAAGCCATTAAGAAGTTCCTCATCTGGAGATAGGGAG  922

seq1  ATGGAAAGTGAAGGTATATTTCACTAGAACTCAAATTACTCTGACTGGGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAGTGAAGGTATATTTCACTAGAACTCAAATTACTCTGACTGGGG  972

seq1  TTATGCCAGGCAGTGAGAGGTGGTAGTGGTTATTGTTGTTGTTGTTGTTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCCAGGCAGTGAGAGGTGGTAGTGGTTATTGTTGTTGTTGTTGTTG  1022

seq1  TTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT  1072

seq1  GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCGTTTGTCTGTCT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCGTTTGTCTGTCT  1122

seq1  CACTGTCCTGAGATGGGGGTCTCACTCTGCAGCTCAGCTTTCTGGAATTC  1198
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCCTGAGAAGGGGGTCTCACTCTGCAGCTCAGCTTTCTGGAATTC  1172

seq1: chr15_101692706_101693837
seq2: B6Ng01-280B11.g_71_1215

seq1  GAATTCATACCCAAGAGGCTGTCAAACTATGCCCAGCGTCATAGTGACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACCCAAGAGGCTGTCAAACTATGCCCAGCGTCATAGTGACAA  50

seq1  GTGTATTCACCCAGTTAAGTTCTCATGGTGGTAGGAATGTTGTGAAATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATTCACCCAGTTAAGTTCTCATGGTGGTAGGAATGTTGTGAAATAT  100

seq1  TTGGAGTCACAGAGAGTGCCTCTAAGATTTCTAAGTGATACATTAAAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTCACAGAGAGTGCCTCTAAGATTTCTAAGTGATACATTAAAAAG  150

seq1  TAGAAAACTTTAAAAAAATGTGCTATAATAAAAATAAAAGTGACAAAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAACTTTAAAAAAATGTGCTATAATAAAAATAAAAGTGACAAAGGT  200

seq1  TGTAGGGGTTAAGAACCTGTTTGTAAATCGCACACCTGGGTTTAGTGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGGGTTAAGAACCTGTTTGTAAATCGCACACCTGGGTTTAGTGAGT  250

seq1  GTTTTCAGGACAGTTGCTTATTACAAGGCTTAGGAAAATTAGGTGGCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCAGGACAGTTGCTTATTACAAGGCTTAGGAAAATTAGGTGGCCTG  300

seq1  GCACCTGTGAGTTCTCCAGAACAATTAACTAAAAATGAGCAAACAAACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGTGAGTTCTCCAGAACAATTAACTAAAAATGAGCAAACAAACAA  350

seq1  AACAGGCAGGAACTCTCCTATCATATTCAGTGTCAAGGAGAGAAAGATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCAGGAACTCTCCTATCATATTCAGTGTCAAGGAGAGAAAGATAA  400

seq1  TTTCTGAAGTCTTTATTATAGACATGACAGACTTTAAGGTCAGGAGGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAAGTCTTTATTATAGACATGACAGACTTTAAGGTCAGGAGGCAA  450

seq1  TAGCAGTTTGAGGACTGTTTATTTGGGGGTGCAAACTCGAAACCCAAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGTTTGAGGACTGTTTATTTGGGGGTGCAAACTCGAAACCCAAGCT  500

seq1  CACCTTGGTCTGGTACAGGGCCTCAGCCTCATCTTTGCTCTTCTGTGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGGTCTGGTACAGGGCCTCAGCCTCATCTTTGCTCTTCTGTGCAA  550

seq1  TTATTTCATACTGGGCTCGTACGGCATCGATGATGCTGTCCAGGTCCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCATACTGGGCTCGTACGGCATCGATGATGCTGTCCAGGTCCAGG  600

seq1  GAGCGGTTATTGTCCATTGACAAGATGACATTGGTATCACTGACGTGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGGTTATTGTCCATTGACAAGATGACATTGGTATCACTGACGTGGGT  650

seq1  TTGTATCTGGGACAGCTCCTGTGAGACACAGAACAGAGTTCACCCCTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATCTGGGACAGCTCCTGTGAGACACAGAACAGAGTTCACCCCTTCC  700

seq1  ACCCTTCTCCCTCTAGGATGTCTGGGGAAGCCAGAAATCTAGCCTAGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCTCCCTCTAGGATGTCTGGGGAAGCCAGAAATCTAGCCTAGAAA  750

seq1  GGCCTCTTCGTGTTCCC-TTAAATTGTTCTGTGCTATGAAACATAAAGGG  799
      ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTTCGTGTTCCCTTTAATTTGTTCTGTGCTATGAAACATAAAGGG  800

seq1  AAGGGCTAAGTGTGTTTTGACTAAAGGTAAGGACTAAAGGCATCTGGGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCTAAGTGTGTTTTGACTAAAGGTAAGGACTAAAGGCATCTGGGCA  850

seq1  GGAGGAA-GGAGTCCAGGACCTCATCAAGCTTCTC-TTGTACAAACTGCT  897
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGAGGAAGGGAGTCCAGGACCTCATCAAGCTTCTCTTTGTACAAACTGCT  900

seq1  CAGCCTTGCTGTGG-CTTCAA-TACC-TTTTTGATGCAGGCCC-TTGACA  943
      |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGCCTTGCTGTGGCCTTCAATTACCTTTTTTGATGCAGGCCCTTTGACA  950

seq1  GACACAGTTAG-TTGTCCCTGGTTGCCAT-AAGGGTTC-TTAGAAACAGT  990
      ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  GACACAGTTAGTTTGTCCCTGGTTGCCATAAAGGGTTCTTTAGAAACAGT  1000

seq1  -GGGTA-TCCAGTTTGGAGCCACTTGACTACCAGGTT-AGCTCATGCATT  1037
       ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  GGGGTATTCCAGTTTGGAGCCACTTGACTA-CAGGTTAAGCTCATGCATT  1049

seq1  --CTTCTGTTGAAT-GGGCATCCCCATAAGGTAGGTAGAGCTTCTGACAT  1084
        |||||| ||||| |||||||||  ||||||||   |||| ||||||||
seq2  TCCTTCTG-TGAATGGGGCATCCCATTAAGGTAGTATGAGCCTCTGACAT  1098

seq1  -GGCACTC-AGGTCAGAGCATGAGCCCCCATGTTGGACATAGGTGACAGG  1132
       ||||||| ||||||||||||| | ||||||| |||||   |||||||||
seq2  GGGCACTCAAGGTCAGAGCATG-GACCCCATGCTGGAC--TGGTGACAGG  1145