BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281M02
Chromosome15 (Build37)
Map Location 52,478,709 - 52,602,827
singlet/doubletdoublet
Overlap geneThrap6
Upstream geneEif3s3, LOC100039679, D530033C11Rik, Rad21, Aard, LOC100039720, LOC665219, Slc30a8, LOC100039748
Downstream geneLOC100039745, Ext1, Samd12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281M02.bB6Ng01-281M02.g
ACCGA081150GA081151
length1,1991,106
definitionB6Ng01-281M02.b B6Ng01-281M02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,601,618 - 52,602,827)(52,478,709 - 52,479,793)
sequence
gaattcttttggatgactgaataggacacatctgctaagatattcttaat
cttaaaaatatcactctcctagaaaataaaaccttagttatttataagaa
agttaaagaaaataatatggtaggtagagccatgatttcagttaatgaca
aaattgtcattgcaaatagcacgtttgtggccaactaaaacagatgtccg
tataacaatttggaatcatccaatgcataaagcaatttgtagataatctc
ctaaccaaatatagtatcaaaatctattcattgtcaattagatatacatc
tagactagatgtctaattgagcagctaatgccgaggctgtctagggagcc
actacacatggtttaaaatggagccgttgatactatacctcagagagacc
tgatgctgataaacaaaagaccacattcccttgttcatgtaagaaacaga
gggttcggggtgttccttacagtgttctttccacagagtcaggtgcctca
tcgagctgttgttgactcaaaaaaattgctaatgtgatggtggataattt
atcacctccatttaggtggtttgcaatagaaactgcagcaaataaactca
actttcaccaagatgtgggattcaatacatgcatacaagactaagtaccc
agctacagcagagaaagacatccccctttttttttattagatattgtctt
tatttacatttcagatgttatcccctttcttggtttcccatccaaaagcc
ccctatcccttaccccctccccctgctcaccaacccaaacacttcctctt
catggccctgacattcccctatactggggcatagaaccttcacaggacca
agggcctctcctctcattgatgacggactaggctatcctctgctacatat
gcagctagagctaggagtcccaccatgtgttttctttggttggtggttta
gtccagggagctctggaggtactggttagttcatatgttgtcctcctatg
ggctgcatacctcttcaatagagactgacattccttacagtataaaatgt
ttatgacagatgttttataaaatacaaggagtactgctacttatggttaa
aatgtcatggcctagtttctcctaaaatgtataccgaaacaacatcgaac
tacaaacccacgtctcgagtgttcaccgagtgagccatatacacaaatc

gaattctataaacatgtcaccaggaagtattcagtgtttccattaaattc
tacacataactcataatgttctcatttttctttatcctttgtattttatt
agtagatatttccatatagcgtatatttctatttgcatatatattaaagg
gaacttttaatggacaacagaagtgagagatgaaggtatgagtgataata
accaaaatgcaatatatgtatgtgtatatgtattttgtatgacagaactt
gtcagagagcaaaaattaatgacaataaaaagatatgctcattatgtaga
atgtgtgagatacaaatgtacatatatatgcacacatattcaattgttct
attcaccaccattatcctcttctaccttcctccctctcttccaaccttct
tcttcccagctagtctctgacctttattcatgccttctggtttagaccca
ttaagtttaattggggttgcttgtatcatcttggatagttgttatcttcc
aaagtttagatgagcctggaactcaccagtgcttacaccactgaagaaaa
gaacaacccttcccagtatacctggatttccagttgctcctcaggacgcc
ttacccatggtggaatgttgaagggttcaatcttgtgtaagctctgggta
agcaaccactgctgctatgtgttcataactgcagctgccctaacatgtct
ggatggtactgtaccatagaactccttctgaccctccagttctcacagtc
ttcctaccttctctttgtgatgttctcttggtcttgtaggatttcaccta
ggttgaatattccactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaaaatgtt
tgccatggctttaagcaagagaagaggatgaagggagcatcactcagttt
tgatcttgaaactcctatcattaaagaaaacaaactgttcagtttgctac
cttgggggtggcttatgaaacatgaaaaagagggagatttgcattataat
ttgcatttatcaaaaacagaattcttttaggactgggaatggttgccaaa
gggaaataactccatgtggcctcacgggagatggtcttattgccaaaaca
tgtaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_52601618_52602827
seq2: B6Ng01-281M02.b_49_1247 (reverse)

seq1  GAGTTGTG--TATGGCTCACT-GGTG-ACA-TTGAGAGGTGGTGTTTGTT  45
      || |||||  ||||||||||| |||| ||| | |||| ||||     |||
seq2  GATTTGTGTATATGGCTCACTCGGTGAACACTCGAGACGTGG-----GTT  45

seq1  TGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGGTATACATTTTGGGGAGGAAACTAAGCAA  95
      || | ||| | |  | ||| |||||||||||| ||   ||||||| || |
seq2  TG-TAGTTCGATGTTGTTTCGGTATACATTTTAGG--AGAAACTAGGCCA  92

seq1  TGACATTTTAAACCAATAAAGTAACCAGTACTCCCTTGTATTTTATAAAA  145
      ||||||||| |||||   |||| | ||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGACATTTT-AACCA--TAAGT-AGCAGTACT-CCTTGTATTTTATAAAA  137

seq1  CATCTGTCATAAACATTTTATACTGTTAAGGATGTCAGTCTCTA-TGAAG  194
      |||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| |||||
seq2  CATCTGTCATAAACATTTTATACTGTAAGGAATGTCAGTCTCTATTGAAG  187

seq1  AGGTATGCAGCCCCATAGGAGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCTC  244
      |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGCAG-CCCATAGGAGG-ACAAC-ATATGAACTAACCAGTACCTC  234

seq1  CAGAGCTCCCTGGGACTAAACCACCAACCAAAGAAAACACATGGTGGGAC  294
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTCCCT-GGACTAAACCACCAACCAAAGAAAACACATGGTGGGAC  283

seq1  TCCTAGCTCTAGCTGCATATGTAGCAGAGGATAGCCTAGTCCGTCATCAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGCTCTAGCTGCATATGTAGCAGAGGATAGCCTAGTCCGTCATCAA  333

seq1  TGAGAGGAGAGGCCCTTGGTCCTGTGAAGGTTCTATGCCCCAGTATAGGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGAGAGGCCCTTGGTCCTGTGAAGGTTCTATGCCCCAGTATAGGG  383

seq1  GAATGTCAGGGCCATGAAGAGGAAGTGTTTGGGTTGGTGAGCAGGGGGAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTCAGGGCCATGAAGAGGAAGTGTTTGGGTTGGTGAGCAGGGGGAG  433

seq1  GGGGTAAGGGATAGGGGGCTTTTGGATGGGAAACCAAGAAAGGGGATAAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAAGGGATAGGGGGCTTTTGGATGGGAAACCAAGAAAGGGGATAAC  483

seq1  ATCTGAAATGTAAATAAAGACAATATCTAATAAAAAAAAAGGGGGATGTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAATGTAAATAAAGACAATATCTAATAAAAAAAAAGGGGGATGTC  533

seq1  TTTCTCTGCTGTAGCTGGGTACTTAGTCTTGTATGCATGTATTGAATCCC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTGCTGTAGCTGGGTACTTAGTCTTGTATGCATGTATTGAATCCC  583

seq1  ACATCTTGGTGAAAGTTGAGTTTATTTGCTGCAGTTTCTATTGCAAACCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTGGTGAAAGTTGAGTTTATTTGCTGCAGTTTCTATTGCAAACCA  633

seq1  CCTAAATGGAGGTGATAAATTATCCACCATCACATTAGCAATTTTTTTGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAATGGAGGTGATAAATTATCCACCATCACATTAGCAATTTTTTTGA  683

seq1  GTCAACAACAGCTCGATGAGGCACCTGACTCTGTGGAAAGAACACTGTAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACAACAGCTCGATGAGGCACCTGACTCTGTGGAAAGAACACTGTAA  733

seq1  GGAACACCCCGAACCCTCTGTTTCTTACATGAACAAGGGAATGTGGTCTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACACCCCGAACCCTCTGTTTCTTACATGAACAAGGGAATGTGGTCTT  783

seq1  TTGTTTATCAGCATCAGGTCTCTCTGAGGTATAGTATCAACGGCTCCATT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTATCAGCATCAGGTCTCTCTGAGGTATAGTATCAACGGCTCCATT  833

seq1  TTAAACCATGTGTAGTGGCTCCCTAGACAGCCTCGGCATTAGCTGCTCAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACCATGTGTAGTGGCTCCCTAGACAGCCTCGGCATTAGCTGCTCAA  883

seq1  TTAGACATCTAGTCTAGATGTATATCTAATTGACAATGAATAGATTTTGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACATCTAGTCTAGATGTATATCTAATTGACAATGAATAGATTTTGA  933

seq1  TACTATATTTGGTTAGGAGATTATCTACAAATTGCTTTATGCATTGGATG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATATTTGGTTAGGAGATTATCTACAAATTGCTTTATGCATTGGATG  983

seq1  ATTCCAAATTGTTATACGGACATCTGTTTTAGTTGGCCACAAACGTGCTA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAAATTGTTATACGGACATCTGTTTTAGTTGGCCACAAACGTGCTA  1033

seq1  TTTGCAATGACAATTTTGTCATTAACTGAAATCATGGCTCTACCTACCAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAATGACAATTTTGTCATTAACTGAAATCATGGCTCTACCTACCAT  1083

seq1  ATTATTTTCTTTAACTTTCTTATAAATAACTAAGGTTTTATTTTCTAGGA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTTCTTTAACTTTCTTATAAATAACTAAGGTTTTATTTTCTAGGA  1133

seq1  GAGTGATATTTTTAAGATTAAGAATATCTTAGCAGATGTGTCCTATTCAG  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGATATTTTTAAGATTAAGAATATCTTAGCAGATGTGTCCTATTCAG  1183

seq1  TCATCCAAAAGAATTC  1210
      ||||||||||||||||
seq2  TCATCCAAAAGAATTC  1199


seq1: chr15_52478709_52479793
seq2: B6Ng01-281M02.g_67_1172

seq1  GAATTCTATAAACATGTCACCAGGAAGTATTCAGTGTTTCCATTAAATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATAAACATGTCACCAGGAAGTATTCAGTGTTTCCATTAAATTC  50

seq1  TACACATAACTCATAATGTTCTCATTTTTCTTTATCCTTTGTATTTTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATAACTCATAATGTTCTCATTTTTCTTTATCCTTTGTATTTTATT  100

seq1  AGTAGATATTTCCATATAGCGTATATTTCTATTTGCATATATATTAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGATATTTCCATATAGCGTATATTTCTATTTGCATATATATTAAAGG  150

seq1  GAACTTTTAATGGACAACAGAAGTGAGAGATGAAGGTATGAGTGATAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTTTAATGGACAACAGAAGTGAGAGATGAAGGTATGAGTGATAATA  200

seq1  ACCAAAATGCAATATATGTATGTGTATATGTATTTTGTATGACAGAACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAATGCAATATATGTATGTGTATATGTATTTTGTATGACAGAACTT  250

seq1  GTCAGAGAGCAAAAATTAATGACAATAAAAAGATATGCTCATTATGTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGAGCAAAAATTAATGACAATAAAAAGATATGCTCATTATGTAGA  300

seq1  ATGTGTGAGATACAAATGTACATATATATGCACACATATTCAATTGTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGAGATACAAATGTACATATATATGCACACATATTCAATTGTTCT  350

seq1  ATTCACCACCATTATCCTCTTCTACCTTCCTCCCTCTCTTCCAACCTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACCACCATTATCCTCTTCTACCTTCCTCCCTCTCTTCCAACCTTCT  400

seq1  TCTTCCCAGCTAGTCTCTGACCTTTATTCATGCCTTCTGGTTTAGACCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCAGCTAGTCTCTGACCTTTATTCATGCCTTCTGGTTTAGACCCA  450

seq1  TTAAGTTTAATTGGGGTTGCTTGTATCATCTTGGATAGTTGTTATCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTTAATTGGGGTTGCTTGTATCATCTTGGATAGTTGTTATCTTCC  500

seq1  AAAGTTTAGATGAGCCTGGAACTCACCAGTGCTTACACCACTGAAGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTAGATGAGCCTGGAACTCACCAGTGCTTACACCACTGAAGAAAA  550

seq1  GAACAACCCTTCCCAGTATACCTGGATTTCCAGTTGCTCCTCAGGACGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACCCTTCCCAGTATACCTGGATTTCCAGTTGCTCCTCAGGACGCC  600

seq1  TTACCCATGGTGGAATGTTGAAGGGTTCAATCTTGTGTAAGCTCTGGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCATGGTGGAATGTTGAAGGGTTCAATCTTGTGTAAGCTCTGGGTA  650

seq1  AGCAACCACTGCTGCTATGTGTTCATAACTGCAGCTGCCCTAACATGTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCACTGCTGCTATGTGTTCATAACTGCAGCTGCCCTAACATGTCT  700

seq1  GGATGGTACTGTACCATAGAACTCCTTCTGACCCTCCAGTTCTCACAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGTACTGTACCATAGAACTCCTTCTGACCCTCCAGTTCTCACAGTC  750

seq1  TTCCTACCTTCTCTTTGTGATGTTCTCTTGGTCTTGTAGGATTTCACCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTACCTTCTCTTTGTGATGTTCTCTTGGTCTTGTAGGATTTCACCTA  800

seq1  GGTTGAATATTCCACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAAATG-T  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGTTGAATATTCCACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAAATGTT  850

seq1  TGCCATGGC-TTAAGCAAGAGAAGAGGATG-AGGGAGCATCAC-CAG-CT  895
      ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  |
seq2  TGCCATGGCTTTAAGCAAGAGAAGAGGATGAAGGGAGCATCACTCAGTTT  900

seq1  TGA-CCTGAAACTCCTA-CA-TAAAG-AAACAAACTGTTCAG-TTGCTAC  940
      ||| | ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  TGATCTTGAAACTCCTATCATTAAAGAAAACAAACTGTTCAGTTTGCTAC  950

seq1  CTT-GGGGTGGCTTATGAAACATG-AAAAGAGGGAGATTTGCATTAT-AT  987
      ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTGGGGGTGGCTTATGAAACATGAAAAAGAGGGAGATTTGCATTATAAT  1000

seq1  TTGCA-TTATTCAGAACAGAAT--CTTTAGGACTGGGAATGGTTGCC-AA  1033
      ||||| ||||  | ||||||||   |||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTGCATTTATCAAAAACAGAATTCTTTTAGGACTGGGAATGGTTGCCAAA  1050

seq1  GGGAAA-GAGTCCATGTGGCCTCA-GGTAGATGGTC-TATTGCCAAAAC-  1079
      ||||||  | |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| 
seq2  GGGAAATAACTCCATGTGGCCTCACGGGAGATGGTCTTATTGCCAAAACA  1100

seq1  TGTAAC  1085
      ||||||
seq2  TGTAAC  1106


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |