BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283A04
Chromosome15 (Build37)
Map Location 29,010,357 - 29,120,010
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667126, Dnahc5, EG382974, LOC100040675, LOC100040689, LOC100040702, LOC667153
Downstream geneLOC382975, Ctnnd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283A04.bB6Ng01-283A04.g
ACCGA082078GA082079
length1,0901,141
definitionB6Ng01-283A04.b B6Ng01-283A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,010,357 - 29,011,445)(29,118,868 - 29,120,010)
sequence
gaattctgggcattgtccatagtaaacaggactctaacaaataagctgca
acccaacctcataatattctatttattattatgaaaaattatttttctat
tttaacaagacaatttaaaaaaacatttttaaatgttttagttgtgttac
aaagaaactaaattagttttattcatagtataaacatatttagaacaatc
ttgataaatgttaatttatttaaatactgtacagtcttgcatttattatg
atggctgactatttacaatagttactattgctatttacatataaccattt
gaatcatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatt
gatagaatgcatacaaattatacatttaaaattatatatactcaacacac
tgtcatttagattaattatttctttacttttgtggtaaatttcctatctt
acaaaacctacattaactcacagacactaacaataggaaaaagaaaattc
attcaactcctatagtttaaacattagcacagtgttgaagacatattaga
atgtagtgaattttctttttaagatttgtaaaattttccacagagtttaa
aaataactcattgtgatgaggtgagtgagatatgaaacttcataagcagt
ctgcaattaatggaagataagttgttataaaatagtctggggtcaataga
actgtgaaattctgtaattctggtattgcttacaaagtaagtgtggcttc
cttcaaagaggtgacagacatcacatgcacattacagttatggctgtatt
tcatgttctcttgttgtcaaagaagaaaaatgtatgtgtttatatcatga
gtaaggaaagatgcttgtgggtatgaataaagttcaatgccatttctaga
taagatgcgaccaatcaattgtcatgttataaattctacttgcttggcac
tctgggtgaatttttgagtcttcaataaaagatgaatgaaatggggactt
tagtatgacacaatcttaaggcattttgcaatagaaatttaaatagtgtt
catctaagctaaaacttagaacaaaatatcagagttcatt

gaattcagtaagcttaaaagggatcaattgccttggtaattattcattat
gaattaagaaattaaaaactgataaattattttgttaggagaaaataggg
gttgtcaatttattataaattctcacagcatttatcataataatattact
cacgcacagttgctctggtgttaatacatgtggaccattccgtagcaatt
cattcaaaaacagcatcctttgtgcataggaggggatccaattgtgtaaa
atacattatattaggcatctaagattaacttcttgtgtgctacaaattag
ttttaagaggttaagccatctttcatggtaaagttcaggataaattcctg
aaatattacatagctaatttgagtaggataaaaccaaattttcctcatta
ttgaacagtacagtcaaattctattaatataaaagacatcactatgcatt
gtgaattccagtgtgattcaattcaagagaaagagagaacctgtcctcca
cttaactattcacacagtggcattactaggtcactgcacatatggattga
gcagtgaggtttttcttctagttcaatgccctcacatgaattagcacatc
aaaaaatacccagtcacttctcttccaagagaagaacatcttgaagaacc
cctcagaagttcaaatcttcatcggccatgcccttctctccctcagctgt
ttccctttaactgtgggagtgtcctaggatattgaagggtatgacagagt
ttgaagaaatttacttttatatatgggtggatttaatttgccctaaattt
atgtagtttatcatccttagaggctcatgctggccattgactctcttcca
tgtcttctccttgttgttcaccagcctgtattgcagcccacagcctgctg
ccagacctcccactctttctcttcagactctctcatttgccaactcttgg
tttggaattctcccaggatctttcctctttcattctctttgggagagagg
aaagatgagctaacctctcatgatattgaatctttggccataagtggcac
aataaagtcacattcctttattgcatgtataccaatgccacagaattgtt
ctcgtgtctcctctaagttatagaagcatcagtatatttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_29010357_29011445
seq2: B6Ng01-283A04.b_44_1133

seq1  GAATTCTGGGCATTGTCCATAGTAAACAGGACTCTAACAAATAAGCTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGCATTGTCCATAGTAAACAGGACTCTAACAAATAAGCTGCA  50

seq1  ACCCAACCTCATAATATTCTATTTATTATTATGAAAAATTATTTTTCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAACCTCATAATATTCTATTTATTATTATGAAAAATTATTTTTCTAT  100

seq1  TTTAACAAGACAATTTAAAAAAACATTTTTAAATGTTTTAGTTGTGTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAAGACAATTTAAAAAAACATTTTTAAATGTTTTAGTTGTGTTAC  150

seq1  AAAGAAACTAAATTAGTTTTATTCATAGTATAAACATATTTAGAACAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAACTAAATTAGTTTTATTCATAGTATAAACATATTTAGAACAATC  200

seq1  TTGATAAATGTTAATTTATTTAAATACTGTACAGTCTTGCATTTATTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAATGTTAATTTATTTAAATACTGTACAGTCTTGCATTTATTATG  250

seq1  ATGGCTGACTATTTACAATAGTTACTATTGCTATTTACATATAACCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGACTATTTACAATAGTTACTATTGCTATTTACATATAACCATTT  300

seq1  GAATCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATT  350

seq1  GATAGAATGCATACAAATTATACATTTAAAATTATATATACTCAACACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAATGCATACAAATTATACATTTAAAATTATATATACTCAACACAC  400

seq1  TGTCATTTAGATTAATTATTTCTTTACTTTTGTGGTAAATTTCCTATCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTTAGATTAATTATTTCTTTACTTTTGTGGTAAATTTCCTATCTT  450

seq1  ACAAAACCTACATTAACTCACAGACACTAACAATAGGAAAAAGAAAATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACCTACATTAACTCACAGACACTAACAATAGGAAAAAGAAAATTC  500

seq1  ATTCAACTCCTATAGTTTAAACATTAGCACAGTGTTGAAGACATATTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAACTCCTATAGTTTAAACATTAGCACAGTGTTGAAGACATATTAGA  550

seq1  ATGTAGTGAATTTTCTTTTTAAGATTTGTAAAATTTTCCACAGAGTTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGTGAATTTTCTTTTTAAGATTTGTAAAATTTTCCACAGAGTTTAA  600

seq1  AAATAACTCATTGTGATGAGGTGAGTGAGATATGAAACTTCATAAGCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACTCATTGTGATGAGGTGAGTGAGATATGAAACTTCATAAGCAGT  650

seq1  CTGCAATTAATGGAAGATAAGTTGTTATAAAATAGTCTGGGGTCAATAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATTAATGGAAGATAAGTTGTTATAAAATAGTCTGGGGTCAATAGA  700

seq1  ACTGTGAAATTCTGTAATTCTGGTATTGCTTACAAAGTAAGTGTGGCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAAATTCTGTAATTCTGGTATTGCTTACAAAGTAAGTGTGGCTTC  750

seq1  CTTCAAAGAGGTGACAGACATCACATGCACATTACAGTTATGGCTGTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAAGAGGTGACAGACATCACATGCACATTACAGTTATGGCTGTATT  800

seq1  TCATGTTCTCTTGTTGTCAAAGAAGAAAAATGTATGTGTTTATATCATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTCTCTTGTTGTCAAAGAAGAAAAATGTATGTGTTTATATCATGA  850

seq1  GTAAGGAAAGATGCTTGTGGGTATGAATAAAGTTCAATGCCATTTCTAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGAAAGATGCTTGTGGGTATGAATAAAGTTCAATGCCATTTCTAGA  900

seq1  TAAGATGCGACCAATCAATTGTCATGTTATAAATTCTACTTGCTTGGCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGCGACCAATCAATTGTCATGTTATAAATTCTACTTGCTTGGCAC  950

seq1  TCTGGGTGAATTTTTGAGTCTTCAATAAAAGATGAATGAAATGGGGAC-T  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCTGGGTGAATTTTTGAGTCTTCAATAAAAGATGAATGAAATGGGGACTT  1000

seq1  TAGTATGACACCAATCTTAGGGCATTTTGCAATAGAAA-TTAAATAGTGT  1048
      |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAGTATGACA-CAATCTTAAGGCATTTTGCAATAGAAATTTAAATAGTGT  1049

seq1  TCATCTAAAGCTAAAACTAAGAACAAAATATCAGAG-TCATT  1089
      |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  TCATCT-AAGCTAAAACTTAGAACAAAATATCAGAGTTCATT  1090


seq1: chr15_29118868_29120010
seq2: B6Ng01-283A04.g_65_1205 (reverse)

seq1  GGAAATATACTTGATGCCTTCTAT-ACCTAGAAGAGACAAAGAGAACAA-  48
      |||||||||| ||||| ||||||| || |||| ||||| | |||||||| 
seq2  GGAAATATAC-TGATG-CTTCTATAACTTAGAGGAGAC-ACGAGAACAAT  47

seq1  TCTGTTGCA-TGGTATTACCATGC-ATAAA-GAATGTGACTTTTATGTGC  95
      ||||| ||| ||||||   ||||| ||||| ||||||||||||  |||||
seq2  TCTGTGGCATTGGTAT--ACATGCAATAAAGGAATGTGACTTTATTGTGC  95

seq1  CACCTTATGGCCAAAGATTCAATATCATGAGAGGTTAGCTCATCTTTCCT  145
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-CTTATGGCCAAAGATTCAATATCATGAGAGGTTAGCTCATCTTTCCT  144

seq1  CTTCTCCCAAAGAGAATGAAAGAGGAAAGATCCTGGGAGAATT-CAAACC  194
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  C-TCTCCCAAAGAGAATGAAAGAGGAAAGATCCTGGGAGAATTCCAAACC  193

seq1  AAGAGTTGGCAAATGAGAGAGTCTGAAGAGGAAAGAGTGGGAGGTCTGGC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTGGCAAATGAGAGAGTCTGAAGA-GAAAGAGTGGGAGGTCTGGC  242

seq1  AGCAGGCTGTGGGCTGCAATACAGGCTGGTGAACAACAAGGAGAAGACAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCTGTGGGCTGCAATACAGGCTGGTGAACAACAAGGAGAAGACAT  292

seq1  GGAAGAGAGTCAATGGCCAGCATGAGCCTCTAAGGATGATAAACTACATA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGAGTCAATGGCCAGCATGAGCCTCTAAGGATGATAAACTACATA  342

seq1  AATTTAGGGCAAATTAAATCCACCCATATATAAAAGTAAATTTCTTCAAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGGGCAAATTAAATCCACCCATATATAAAAGTAAATTTCTTCAAA  392

seq1  CTCTGTCATACCCTTCAATATCCTAGGACACTCCCACAGTTAAAGGGAAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCATACCCTTCAATATCCTAGGACACTCCCACAGTTAAAGGGAAA  442

seq1  CAGCTGAGGGAGAGAAGGGCATGGCCGATGAAGATTTGAACTTCTGAGGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGAGGGAGAGAAGGGCATGGCCGATGAAGATTTGAACTTCTGAGGG  492

seq1  GTTCTTCAAGATGTTCTTCTCTTGGAAGAGAAGTGACTGGGTATTTTTTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCAAGATGTTCTTCTCTTGGAAGAGAAGTGACTGGGTATTTTTTG  542

seq1  ATGTGCTAATTCATGTGAGGGCATTGAACTAGAAGAAAAACCTCACTGCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTAATTCATGTGAGGGCATTGAACTAGAAGAAAAACCTCACTGCT  592

seq1  CAATCCATATGTGCAGTGACCTAGTAATGCCACTGTGTGAATAGTTAAGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCATATGTGCAGTGACCTAGTAATGCCACTGTGTGAATAGTTAAGT  642

seq1  GGAGGACAGGTTCTCTCTTTCTCTTGAATTGAATCACACTGGAATTCACA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGACAGGTTCTCTCTTTCTCTTGAATTGAATCACACTGGAATTCACA  692

seq1  ATGCATAGTGATGTCTTTTATATTAATAGAATTTGACTGTACTGTTCAAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAGTGATGTCTTTTATATTAATAGAATTTGACTGTACTGTTCAAT  742

seq1  AATGAGGAAAATTTGGTTTTATCCTACTCAAATTAGCTATGTAATATTTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGAAAATTTGGTTTTATCCTACTCAAATTAGCTATGTAATATTTC  792

seq1  AGGAATTTATCCTGAACTTTACCATGAAAGATGGCTTAACCTCTTAAAAC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTTATCCTGAACTTTACCATGAAAGATGGCTTAACCTCTTAAAAC  842

seq1  TAATTTGTAGCACACAAGAAGTTAATCTTAGATGCCTAATATAATGTATT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGTAGCACACAAGAAGTTAATCTTAGATGCCTAATATAATGTATT  892

seq1  TTACACAATTGGATCCCCTCCTATGCACAAAGGATGCTGTTTTTGAATGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAATTGGATCCCCTCCTATGCACAAAGGATGCTGTTTTTGAATGA  942

seq1  ATTGCTACGGAATGGTCCACATGTATTAACACCAGAGCAACTGTGCGTGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTACGGAATGGTCCACATGTATTAACACCAGAGCAACTGTGCGTGA  992

seq1  GTAATATTATTATGATAAATGCTGTGAGAATTTATAATAAATTGACAACC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATTATTATGATAAATGCTGTGAGAATTTATAATAAATTGACAACC  1042

seq1  CCTATTTTCTCCTAACAAAATAATTTATCAGTTTTTAATTTCTTAATTCA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTTCTCCTAACAAAATAATTTATCAGTTTTTAATTTCTTAATTCA  1092

seq1  TAATGAATAATTACCAAGGCAATTGATCCCTTTTAAGCTTACTGAATTC  1143
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAATAATTACCAAGGCAATTGATCCCTTTTAAGCTTACTGAATTC  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |