BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288D09
Chromosome15 (Build37)
Map Location 72,146,084 - 72,331,966
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700010C24Rik, LOC100040847, Col22a1
Downstream geneKcnk9, 1810044A24Rik, LOC665621, Peg13, LOC100041120, Chrac1, Eif2c2, Ptk2, LOC666053, LOC100040929
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288D09.bB6Ng01-288D09.g
ACCGA085935GA085936
length1,187655
definitionB6Ng01-288D09.b B6Ng01-288D09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,330,801 - 72,331,966)(72,146,084 - 72,146,736)
sequence
gaattcttccctcatccccactcatcaaaggccactccctttccagaggc
tcctgtggatggacttaaggactcttagcttacctctcccattcccaagc
tgacccctcccatggtgacagaagcaacagaaatccttgcaccctatcct
ctaccacattctttctagcatagcaggcaatgcatcttctcaaggctatt
aaggtttatattttcaccagggttgtgatggtctgaggtaagccagagaa
gcacatgcagccgatgatattcccagatatatccaccactcacatagcag
gggagtggttctgaagaggggagagcagttttctatactgagggatataa
gggactaaggtgatgaggtagctctgggatccatagtagcatgccactga
atgaaagtcacttgacatcctagctcctgttctccctctgtaccaatggg
aattccatcatcagaaatataaggaaggggggggcatttgacagcaaggt
ggagagttaaatacaactacaaacataataacatcaaataaaatatgagg
agatgaataaacaatacactggtttgtagacaggaagctgaagggaagcc
gcagaggaaatgtcagagtgattagcctcatggccataggcagccatgat
ggggccttgaaagaaagactagaccaatctgctcccttcagtttctggac
aattggaagtgatagtataacatgacagggacaggggacatccttcagtt
tctttctgttaggggaaggggagaacttaactccccgagagcctcaaagt
tacagcatattgtcttatcagccatgtcctgggaaagaatacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacaaatacacagagag
ggcggggagaatgctagataagccagtaagcacatggaccacagagctca
tgcccgggttttggggtaggtgcttttcaaagtgataatgtggatctctg
acagtgttttccatgaaactaatccctctaagcttgttttatctcagccc
caactgcagtgaaggattgcctatatgtaaaccaaaaaggccacgcatta
cattacacccatgttcaaagattcccccttccaaccatactatagggatt
ttctcagaagttctgcttgtcagaagaactgagcttt
gaattcatttccacttaaggctgtctggaacctgccaccctgaagggaca
agaccaaggctcactcatcctttatgtcttatccactgaccagcacaggc
atgatacgggaaggaaggagacagtgtgtgctgggacagtggggaggatg
ggggtgaaataatgaacaaagagaatttttaatccctaaaagaacaggaa
agagtttgtagtatggaaagcaactggacagaactttgaatgaatgagag
gtaaggtaaggatgtgagtcccgcccacacctagcaatgaacctatcaga
ttctctatcctgtcatcctgtgcttccaagcagcctgacactaggatcct
caaaggctcctgctgccgtgggacagtgaggaacatggcaacgcaagaaa
ccaagaatgcagagaagcactatttttctcccaaattgaatctgcgtggt
agccttaaaatggtgcagtattccagcatcacctctccccttcccagcct
ccatttttactttgtctcacttggtcttattcatgggattctgcttatca
ctgcagaggcaagtgtgaggatgggttgggacagagggataaaaagacct
tgaagatggaatgcttcttccctcatcgtggctccttggggctccttcaa
agccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_72330801_72331966
seq2: B6Ng01-288D09.b_46_1232 (reverse)

seq1  AAAGCTCAGTTTCTTCTGGACAGCAGA--CTCTGAGAAA--TCCTATAGT  46
      ||||||||| ||||||||   ||||||   |||||||||   ||||||||
seq2  AAAGCTCAG-TTCTTCTGACAAGCAGAACTTCTGAGAAAATCCCTATAGT  49

seq1  ATGG-TGGAAGGGG--ATC-TGGAACAT-GGTGGTATGT-ATGCGTGGCC  90
      |||| |||||||||  ||| | |||||| ||||  |||| ||||||||||
seq2  ATGGTTGGAAGGGGGAATCTTTGAACATGGGTGTAATGTAATGCGTGGCC  99

seq1  -TTTTGGTT---ACATAGGC-ATCTTTCACTGCAGTTGGGGCTGAGATAA  135
       ||||||||   | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGGTTTACATATAGGCAATCCTTCACTGCAGTTGGGGCTGAGATAA  149

seq1  A--CAGCTTAGAGGGA-TAG-TTCATGGAAAACACTGTCAGAGATCCACA  181
      |   |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCTTAGAGGGATTAGTTTCATGGAAAACACTGTCAGAGATCCACA  199

seq1  TTATCAC-TTGGAAAGCACCTACCCCAAAACCC-GGCATGAGCTCTGT-G  228
      ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  TTATCACTTTGAAAAGCACCTACCCCAAAACCCGGGCATGAGCTCTGTGG  249

seq1  TCCATGTGCTTACTGGCTTATCTAGCATTCTCCCCGCCCTCTCTGTGTAT  278
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTGCTTACTGGCTTATCTAGCATTCTCCCCGCCCTCTCTGTGTAT  299

seq1  TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAT  328
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAT  349

seq1  TCTTTCCCAGGACATGGCTGATAAGACAATATGCTGTAACTTTGAGGCTC  378
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCCAGGACATGGCTGATAAGACAATATGCTGTAACTTTGAGGCTC  399

seq1  TCGGGGAGTTAAGTTCTCCCCTTCCCCTAACAGAAAGAAACTGAAGGATG  428
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGGAGTTAAGTTCTCCCCTTCCCCTAACAGAAAGAAACTGAAGGATG  449

seq1  TCCCCTGTCCCTGTCATGTTATACTATCACTTCCAATTGTCCAGAAACTG  478
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGTCCCTGTCATGTTATACTATCACTTCCAATTGTCCAGAAACTG  499

seq1  AAGGGAGCAGATTGGTCTAGTCTTTCTTTCAAGGCCCCATCATGGCTGCC  528
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGCAGATTGGTCTAGTCTTTCTTTCAAGGCCCCATCATGGCTGCC  549

seq1  TATGGCCATGAGGCTAATCACTCTGACATTTCCTCTGCGGCTTCCCTTCA  578
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCCATGAGGCTAATCACTCTGACATTTCCTCTGCGGCTTCCCTTCA  599

seq1  GCTTCCTGTCTACAAACCAGTGTATTGTTTATTCATCTCCTCATATTTTA  628
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGTCTACAAACCAGTGTATTGTTTATTCATCTCCTCATATTTTA  649

seq1  TTTGATGTTATTATGTTTGTAGTTGTATTTAACTCTCCACCTTGCTGTCA  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGTTATTATGTTTGTAGTTGTATTTAACTCTCCACCTTGCTGTCA  699

seq1  AATGCCCCCCCCTTCCTTATATTTCTGATGATGGAATTCCCATTGGTACA  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCCCCCCCTTCCTTATATTTCTGATGATGGAATTCCCATTGGTACA  749

seq1  GAGGGAGAACAGGAGCTAGGATGTCAAGTGACTTTCATTCAGTGGCATGC  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGAACAGGAGCTAGGATGTCAAGTGACTTTCATTCAGTGGCATGC  799

seq1  TACTATGGATCCCAGAGCTACCTCATCACCTTAGTCCCTTATATCCCTCA  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATGGATCCCAGAGCTACCTCATCACCTTAGTCCCTTATATCCCTCA  849

seq1  GTATAGAAAACTGCTCTCCCCTCTTCAGAACCACTCCCCTGCTATGTGAG  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGAAAACTGCTCTCCCCTCTTCAGAACCACTCCCCTGCTATGTGAG  899

seq1  TGGTGGATATATCTGGGAATATCATCGGCTGCATGTGCTTCTCTGGCTTA  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGATATATCTGGGAATATCATCGGCTGCATGTGCTTCTCTGGCTTA  949

seq1  CCTCAGACCATCACAACCCTGGTGAAAATATAAACCTTAATAGCCTTGAG  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGACCATCACAACCCTGGTGAAAATATAAACCTTAATAGCCTTGAG  999

seq1  AAGATGCATTGCCTGCTATGCTAGAAAGAATGTGGTAGAGGATAGGGTGC  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCATTGCCTGCTATGCTAGAAAGAATGTGGTAGAGGATAGGGTGC  1049

seq1  AAGGATTTCTGTTGCTTCTGTCACCATGGGAGGGGTCAGCTTGGGAATGG  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTTCTGTTGCTTCTGTCACCATGGGAGGGGTCAGCTTGGGAATGG  1099

seq1  GAGAGGTAAGCTAAGAGTCCTTAAGTCCATCCACAGGAGCCTCTGGAAAG  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGTAAGCTAAGAGTCCTTAAGTCCATCCACAGGAGCCTCTGGAAAG  1149

seq1  GGAGTGGCCTTTGATGAGTGGGGATGAGGGAAGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGCCTTTGATGAGTGGGGATGAGGGAAGAATTC  1187

seq1: chr15_72146084_72146736
seq2: B6Ng01-288D09.g_69_723

seq1  GAATTCATTTCCACTTAAGGCTGTCTGGAACCTGCCACCCTGAAGGGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCCACTTAAGGCTGTCTGGAACCTGCCACCCTGAAGGGACA  50

seq1  AGACCAAGGCTCACTCATCCTTTATGTCTTATCCACTGACCAGCACAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAGGCTCACTCATCCTTTATGTCTTATCCACTGACCAGCACAGGC  100

seq1  ATGATACGGGAAGGAAGGAGACAGTGTGTGCTGGGACAGTGGGGAGGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATACGGGAAGGAAGGAGACAGTGTGTGCTGGGACAGTGGGGAGGATG  150

seq1  GGGGTGAAATAATGAACAAAGAGAATTTTTAATCCCTAAAAGAACAGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGAAATAATGAACAAAGAGAATTTTTAATCCCTAAAAGAACAGGAA  200

seq1  AGAGTTTGTAGTATGGAAAGCAACTGGACAGAACTTTGAATGAATGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTGTAGTATGGAAAGCAACTGGACAGAACTTTGAATGAATGAGAG  250

seq1  GTAAGGTAAGGATGTGAGTCCCGCCCACACCTAGCAATGAACCTATCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGTAAGGATGTGAGTCCCGCCCACACCTAGCAATGAACCTATCAGA  300

seq1  TTCTCTATCCTGTCATCCTGTGCTTCCAAGCAGCCTGACACTAGGATCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTATCCTGTCATCCTGTGCTTCCAAGCAGCCTGACACTAGGATCCT  350

seq1  CAAAGGCTCCTGCTGCCGTGGGACAGTGAGGAACATGGCAACGCAAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCTCCTGCTGCCGTGGGACAGTGAGGAACATGGCAACGCAAGAAA  400

seq1  CCAAGAATGCAGAGAAGCACTATTTTTCTCCCAAATTGAATCTGCGTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAATGCAGAGAAGCACTATTTTTCTCCCAAATTGAATCTGCGTGGT  450

seq1  AGCCTTAAAATGGTGCAGAATTCCAGCATCACCTCTCCCCTTCCCAGCCT  500
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTAAAATGGTGCAGTATTCCAGCATCACCTCTCCCCTTCCCAGCCT  500

seq1  CCATTTTTACTTTGTCTCACTTGGTCTTATTCATGGGATTCTGCTTATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTTACTTTGTCTCACTTGGTCTTATTCATGGGATTCTGCTTATCA  550

seq1  CTGCAGAGGCAAGTGTGAGGATGGGTTGGGACAGAGGGAT-AAAAGACCT  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTGCAGAGGCAAGTGTGAGGATGGGTTGGGACAGAGGGATAAAAAGACCT  600

seq1  TGAAGATGGAATGCTTCTT-CCTCATCGTGGCTCCTTGGGGCTCCTTCAA  648
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATGGAATGCTTCTTCCCTCATCGTGGCTCCTTGGGGCTCCTTCAA  650

seq1  AGCCC  653
      |||||
seq2  AGCCC  655