BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289B11
Chromosome15 (Build37)
Map Location 20,372,959 - 20,532,169
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666875, LOC621884, LOC100040265
Downstream geneAcot10, LOC100040302, Cdh12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289B11.bB6Ng01-289B11.g
ACCGA086584GA086585
length1,1211,162
definitionB6Ng01-289B11.b B6Ng01-289B11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,531,047 - 20,532,169)(20,372,959 - 20,374,141)
sequence
gaattcctctttttttcagtgcagacactcaacacctgtcaaaattagat
cttaaaattacctggcatacctcattttaatcagcaagttgaagattcag
taaggtgtattttatgcatattatctatgtaatttctcggggaaaatgta
gttgggaaacattgacacatctgccctaccatgttttaatgaattattcc
atgatgttatttattttactaattaaagagaaatgcatctgttctacttg
tagattatgaatgagttcattggtaataaaatctatttctaagaattaat
tatttcactttgaaaatggcccctcaataacttctatgtgactaagtttt
actaagtttattaataatgttcatcagctacaaaggaatggttggagtct
gtcccagccttaaagcagaaaacataaatgagtgcattgtactttgaatc
cctgaacaagtgcaagacaatagcagaagacttaacagaaagaggaaaca
ttgggaatcagagaaaagtcagaactgagactttgctattcgactagaaa
tgggtggaattcaataggtaactgggttttttgatgacaaagagaggatc
tgccgatctgactctaaacacttgtcaactttcccaatggtaggcagacg
tgtgctaataagacaagcagtttccggaatgcatttattgaagacttgca
gttatgtgtgctgtgactactttgaggatgtgctaatgtgtacatgagga
tctcggctaaggcaaacttctctgtgttgtcaaagtacctgttccctact
gtgctactttctgctctcagagatttctagtgaagttaatattcttgccc
atccccgcctagtggtaacacaacttgaatcttcacatctttaattcttc
agaggtagatgatgacgtttgtgattgtcttaaacccaatgtctatctgt
gtgaagcaaaataatatattataagtgtattcattagctacattcagtgt
tttctgattgttatgccttttctcagggatattttattttttagtgtatg
gggaggcttagattcagttattttcacattttcatatctacttgcatttg
aacctcccctattccagctaa

gaattccttgcagagatgatcttaaaaattttggaagaaatgatacttta
aaatgaaatatgcatatggttattctgaaacttatacgtgttctttgttt
ctagaaaacaaagatcttttctttagccatagataatacattatatattt
cctataattttacatattaaccatttgctcttgtcatcaacaagcaaatt
aagcagatgtactagcctaactatcaaattctgaatagaatgatttgata
taaaatttatgagtaaatgaagtatacacttgcttattttggtgacacct
gtcattgaacactaagttacatgcatgtgaagcaagcgctacaccactat
gctacaactttagcccagaattcttccatggatttttcatatgtaattaa
tatcatgaactgtaaactgctatgcttaaatatcgttgcatagatattgc
aatacaggaatattagtgacaatcacagtgaaaaaaatcagtgtgggagt
ttggctgccgtgatttgaattttgatttcggggttttataatatgtatag
aaccactatatatgtttattagttcacatcgactttgtccatttgaatca
aagaagataatagtatcaccttcatacaagatgtattagtgatatgaatg
acactaattataaaagataataaggatttaataaatacccataatttagt
tttagttttaagcataatggtgttttattagtggctatagtgattactgt
gtccaaagtaacttgagaaagtgtcttagtcagagtttaaattcctgcac
aaacatcatgaccaagaagcagttggggaggaaagggtttattcagctta
cacttccacactgctgttcatcaccaaggaactcaggactggaactcaag
cagtcagaagcagagctgatgcaggggccatggagggatgttctttattg
gcttgcctcccttggctgctcagctgctctctatagaacccagactgcag
ctcaggatgttccacccacagggctgtcctctggatcactaactgagaaa
tgccctacagcttgatctccattgaaggcattccccacctgaagctactt
tctctggtgatagctcagctgtgtcagtgaccaactagtcagtcagaaga
atgtgctttggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_20531047_20532169
seq2: B6Ng01-289B11.b_48_1168 (reverse)

seq1  TTAGCTGAAATAGGGAGTTTTAAAATGCAGGTAGATATGGAAATGTG-AA  49
      ||||||| |||||||    || ||||||| ||||||||| ||||||| ||
seq2  TTAGCTGGAATAGGGGAGGTTCAAATGCAAGTAGATATGAAAATGTGAAA  50

seq1  ATAACTGAATCTAAAGCCCTCCCCATACACTAAAAA--TAAATATCCCTT  97
      ||||||||||||||   |||||||||||||||||||   ||||||||| |
seq2  ATAACTGAATCTAA--GCCTCCCCATACACTAAAAAATAAAATATCCC-T  97

seq1  GAGAAAAGGCATAACAATCAGAAAACACTGAATTGTAGCTAATGAATACA  147
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAGGCATAACAATCAGAAAACACTGAA-TGTAGCTAATGAATACA  146

seq1  CTTATAATATATTTATTTTGCTTCACACAGATAGACATTGGGTTTAAGAC  197
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAATATA-TTATTTTGCTTCACACAGATAGACATTGGGTTTAAGAC  195

seq1  AATCACAAACGTCATCATCTACCTCTGAAGAATTAAAGATGTGAAGATTC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACAAACGTCATCATCTACCTCTGAAGAATTAAAGATGTGAAGATTC  245

seq1  AAGTTGTGTTACCACTAGGCGGGGATGGGCAAGAATATTAACTTCACTAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTGTTACCACTAGGCGGGGATGGGCAAGAATATTAACTTCACTAG  295

seq1  AAATCTCTGAGAGCAGAAAGTAGCACAGTAGGGAACAGGTACTTTGACAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCTGAGAGCAGAAAGTAGCACAGTAGGGAACAGGTACTTTGACAA  345

seq1  CACAGAGAAGTTTGCCTTAGCCGAGATCCTCATGTACACATTAGCACATC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGAAGTTTGCCTTAGCCGAGATCCTCATGTACACATTAGCACATC  395

seq1  CTCAAAGTAGTCACAGCACACATAACTGCAAGTCTTCAATAAATGCATTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGTAGTCACAGCACACATAACTGCAAGTCTTCAATAAATGCATTC  445

seq1  CGGAAACTGCTTGTCTTATTAGCACACGTCTGCCTACCATTGGGAAAGTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAAACTGCTTGTCTTATTAGCACACGTCTGCCTACCATTGGGAAAGTT  495

seq1  GACAAGTGTTTAGAGTCAGATCGGCAGATCCTCTCTTTGTCATCAAAAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGTGTTTAGAGTCAGATCGGCAGATCCTCTCTTTGTCATCAAAAAA  545

seq1  CCCAGTTACCTATTGAATTCCACCCATTTCTAGTCGAATAGCAAAGTCTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTTACCTATTGAATTCCACCCATTTCTAGTCGAATAGCAAAGTCTC  595

seq1  AGTTCTGACTTTTCTCTGATTCCCAATGTTTCCTCTTTCTGTTAAGTCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGACTTTTCTCTGATTCCCAATGTTTCCTCTTTCTGTTAAGTCTT  645

seq1  CTGCTATTGTCTTGCACTTGTTCAGGGATTCAAAGTACAATGCACTCATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATTGTCTTGCACTTGTTCAGGGATTCAAAGTACAATGCACTCATT  695

seq1  TATGTTTTCTGCTTTAAGGCTGGGACAGACTCCAACCATTCCTTTGTAGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTTCTGCTTTAAGGCTGGGACAGACTCCAACCATTCCTTTGTAGC  745

seq1  TGATGAACATTATTAATAAACTTAGTAAAACTTAGTCACATAGAAGTTAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAACATTATTAATAAACTTAGTAAAACTTAGTCACATAGAAGTTAT  795

seq1  TGAGGGGCCATTTTCAAAGTGAAATAATTAATTCTTAGAAATAGATTTTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGGCCATTTTCAAAGTGAAATAATTAATTCTTAGAAATAGATTTTA  845

seq1  TTACCAATGAACTCATTCATAATCTACAAGTAGAACAGATGCATTTCTCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAATGAACTCATTCATAATCTACAAGTAGAACAGATGCATTTCTCT  895

seq1  TTAATTAGTAAAATAAATAACATCATGGAATAATTCATTAAAACATGGTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAGTAAAATAAATAACATCATGGAATAATTCATTAAAACATGGTA  945

seq1  GGGCAGATGTGTCAATGTTTCCCAACTACATTTTCCCCGAGAAATTACAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGATGTGTCAATGTTTCCCAACTACATTTTCCCCGAGAAATTACAT  995

seq1  AGATAATATGCATAAAATACACCTTACTGAATCTTCAACTTGCTGATTAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATATGCATAAAATACACCTTACTGAATCTTCAACTTGCTGATTAA  1045

seq1  AATGAGGTATGCCAGGTAATTTTAAGATCTAATTTTGACAGGTGTTGAGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGTATGCCAGGTAATTTTAAGATCTAATTTTGACAGGTGTTGAGT  1095

seq1  GTCTGCACTGAAAAAAAGAGGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCACTGAAAAAAAGAGGAATTC  1121


seq1: chr15_20372959_20374141
seq2: B6Ng01-289B11.g_69_1230

seq1  GAATTCCTTGCAGAGATGATCTTAAAAATTTTGGAAGAAATGATACTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGCAGAGATGATCTTAAAAATTTTGGAAGAAATGATACTTTA  50

seq1  AAATGAAATATGCATATGGTTATTCTGAAACTTATACGTGTTCTTTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAATATGCATATGGTTATTCTGAAACTTATACGTGTTCTTTGTTT  100

seq1  CTAGAAAACAAAGATCTTTTCTTTAGCCATAGATAATACATTATATATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAACAAAGATCTTTTCTTTAGCCATAGATAATACATTATATATTT  150

seq1  CCTATAATTTTACATATTAACCATTTGCTCTTGTCATCAACAAGCAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAATTTTACATATTAACCATTTGCTCTTGTCATCAACAAGCAAATT  200

seq1  AAGCAGATGTACTAGCCTAACTATCAAATTCTGAATAGAATGATTTGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGATGTACTAGCCTAACTATCAAATTCTGAATAGAATGATTTGATA  250

seq1  TAAAATTTATGAGTAAATGAAGTATACACTTGCTTATTTTGGTGACACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTATGAGTAAATGAAGTATACACTTGCTTATTTTGGTGACACCT  300

seq1  GTCATTGAACACTAAGTTACATGCATGTGAAGCAAGCGCTACACCACTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTGAACACTAAGTTACATGCATGTGAAGCAAGCGCTACACCACTAT  350

seq1  GCTACAACTTTAGCCCAGAATTCTTCCATGGATTTTTCATATGTAATTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAACTTTAGCCCAGAATTCTTCCATGGATTTTTCATATGTAATTAA  400

seq1  TATCATGAACTGTAAACTGCTATGCTTAAATATCGTTGCATAGATATTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATGAACTGTAAACTGCTATGCTTAAATATCGTTGCATAGATATTGC  450

seq1  AATACAGGAATATTAGTGACAATCACAGTGAAAAAAATCAGTGTGGGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGGAATATTAGTGACAATCACAGTGAAAAAAATCAGTGTGGGAGT  500

seq1  TTGGCTGCCGTGATTTGAATTTTGATTTCGGGGTTTTATAATATGTATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGCCGTGATTTGAATTTTGATTTCGGGGTTTTATAATATGTATAG  550

seq1  AACCACTATATATGTTTATTAGTTCACATCGACTTTGTCCATTTGAATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTATATATGTTTATTAGTTCACATCGACTTTGTCCATTTGAATCA  600

seq1  AAGAAGATAATAGTATCACCTTCATACAAGATGTATTAGTGATATGAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGATAATAGTATCACCTTCATACAAGATGTATTAGTGATATGAATG  650

seq1  ACACTAATTATAAAAGATAATAAGGATTTAATAAATACCCATAATTTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAATTATAAAAGATAATAAGGATTTAATAAATACCCATAATTTAGT  700

seq1  TTTAGTTTTAAGCATAATGGTGTTTTATTAGTGGCTATAGTGATTACTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTTTAAGCATAATGGTGTTTTATTAGTGGCTATAGTGATTACTGT  750

seq1  GTCCAAAGTAACTTGAGAAAGTGTCTTAGTCAGAGTTTAAATTCCTGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAAGTAACTTGAGAAAGTGTCTTAGTCAGAGTTTAAATTCCTGCAC  800

seq1  AAACATCATGACCAAGAAGCAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCATGACCAAGAAGCAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTA  850

seq1  CACTTCCACACTGCTGTTCATCACCAAGGAACTCAGGACTGGAACTCAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCACACTGCTGTTCATCACCAAGGAACTCAGGACTGGAACTCAAG  900

seq1  CAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGGGGCCATGGAGGGATGTTCTTTA  950
      || |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-GTCA-GAAGCA-GAGCTGATGCAGGGGCCATGGAGGGATGTTCTTTA  947

seq1  TTGGCTTGCCTCCCTTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCCAAG  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| ||
seq2  TTGGCTTGCCTCCCTTGGC-TGCTCAG-CTGCTCTC-TATAGAACCC-AG  993

seq1  ACTGCCAGCCCAGGAATGGTTCCACCCACAAGGGGCCTGTCCCTCTTGAT  1050
      |||| |||| |||||   ||||||||||||   || |||| ||||| |||
seq2  ACTG-CAGCTCAGGA--TGTTCCACCCACA---GGGCTGT-CCTCTGGAT  1036

seq1  CACTAACTGAGAAAATGCCCTACAGCTGGATCTC--ATGGAGGCATTTCC  1098
      ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   || ||||| ||||
seq2  CACTAACTGAG-AAATGCCCTACAGCTTGATCTCCATTGAAGGCA-TTCC  1084

seq1  CCAACTGAAGCTACTTTCTCT-GTGATAGCTCCAGCCTGTGTCAAGTTGA  1147
      ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||   |||
seq2  CCACCTGAAGCTACTTTCTCTGGTGATAGCT-CAG-CTGTGTCA--GTGA  1130

seq1  CACAAAACTAGTCAGTACAGAAAGAATG-GGTTTGGT  1183
      |    ||||||||||| ||| ||||||| | ||||||
seq2  C---CAACTAGTCAGT-CAG-AAGAATGTGCTTTGGT  1162


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |