BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289E14
Chromosome15 (Build37)
Map Location 90,004,186 - 90,036,961
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePlxnb2, LOC100043185, 1700027J05Rik, Saps2, Sbf1, Adm2, Miox, Tmem112b, Ncaph2, Ecgf1, 2010001J22Rik, Klhdc7b, 1700007E06Rik, Cpt1b, Chkb, C730034F03Rik, Mapk8ip2, Arsa, Shank3, Acr, Rabl2a, LOC676575, Syt10
Downstream geneAlg10b, Cpne8, EG627342, LOC100042462, LOC100042471, EG667682, Tcea1-ps1, Spn-ps, Kif21a, EG635871, Abcd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289E14.bB6Ng01-289E14.g
ACCGA086732GA086733
length1,1901,125
definitionB6Ng01-289E14.b B6Ng01-289E14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,035,764 - 90,036,961)(90,004,186 - 90,005,303)
sequence
gaattcctccatcagattgcctataggcaagtgtgtagggagttttcttg
attaatgatggatgtgggagggccagggtcctgggggataaagtaatatc
tgagcaggtggtcctggatggcataaaaaagcaggcttagcaagccatga
ggagcaagtcagtaagcagcatccctccatggctcctgcttcagttctag
ccaccaagttcctgctctgcttgagctcctaccttaggtggaactataag
gtcgactataagcagtaagtcacataaaacatttctacccaaagttgatt
tgggtcgtggtgtttatcgaagcaccagaaacctgacgaggacaacaacc
caacaacctcctggctgttaaggagagttacccaaaaagatgattctgta
gcatcccctcttggtcatgcctcctccatggacatcctgagtacttctgg
aaggaatgttccgagtaagagagaactatgatcagtatgttctaccacca
cctggactacgtcccagctgcaaaggcaatataatggggcatggtagcat
gtcctctgagcctcgagagttctcaaccaccccctcgtctgaacactgat
agatccttgaccttcactctaagtacctgaaatacaagttcaatttgaag
agtcccagataagcttacaagtagaatggtacccctcaacttcccagtgg
gcagaagaaccaagcattatgctttgacctcttctccaggtccccagacc
tgcaaactgtgatcatattggcatatcgggccagtctccgaggaagtttt
atacaatcgcttgcctaacaacagggaaactttctaacactcattcctca
tagttcccacaactctgcccttctgacagagataacctgcctcaatttca
agtctcctgcctccaggagagaatccatgactgtctctgttggaaacaaa
tattcacccccctcaatctggaaagataggaagacggtaggacagccaca
atcagtttaccaggttctgatacatctaaaagatcctatcattttttttt
ctacagaaaacaatactcacttcaaactgggaagctatagagagttccag
accacattctgcagtaagacagtacatctgaggaattctagttcctatac
ctcacccattggggcggtcaaagggtccttaaccaaaccg
gaattccatggtgctgatttctcttataaaatattttcttgtactccagg
gattattctcacctttcccgttagataagctccttgaggaaccatcttca
agtgatagaaacgtggtgctaaataagagctgccttatcctcaagacagt
catacttttatgaggatgtctgaacatgctacatagctcacatcatgagg
aaccacaaaggaccaaaacagaagagcgaatcctacctcacaggaatttg
aatatatttaagaggaagggaaacatttgatgtaccgctttacatgctgg
tcctccctgtataccttcattccactgagttagcccagagagttaggagt
gagaattctgctctcagtgttgattttatctgggtataaacttcagagct
aaagaactagactatgtttcttcgaagcatgtaacttagaaagtaaaatt
ccagagaactctgatattaagcagaaagaatgtatagcctgtggtagcta
tttttctgccatacacatggaagggcagaatccagtgtcagacttagata
tgaataaagcagatgatgaaaagcagagaaaggaggagagagccgaacca
ttctgagtccagcctgcctttccatctgtctcaagccttcagaggacaat
cacaccttttatccttgggtcttatttgataaccagtgtggtctctcatg
aaatcacagtctgtatgaaatcttgctttaaggtgatctctgctaactat
gtccaaacaacctctgaccacggtatctgtgtcttaaggaataaataata
gtttgtcagatatatgattggacagagtaggccactccaccaaagaagaa
tatggccaaaaggcataggaatgtgaagttaatgtttgagaatcatgaag
tgtatcaagtaattaaatcatgtgttgagtgaagagattgttttgcctca
ttaaaaataagcacgaatacccttatgaaagggttttgaactttatataa
atagtagtaagagaaaagaaacatggaaaaacttcagcccagatggctgg
atgtaatgtagaaagctgaagttggaaataagatgcatacatgctgtcat
agtgtgcctttatataaaacattcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_90035764_90036961
seq2: B6Ng01-289E14.b_43_1232 (reverse)

seq1  CCGTTT-GTTAAGACCCTTTTGAACGCCCCAAATGGGTGAGGTATAGGAA  49
      | |||| ||||||  || ||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  CGGTTTGGTTAAGGACCCTTTGACCGCCCC-AATGGGTGAGGTATAGGAA  49

seq1  CTAGAATATTCCCTCAGATGTCCCTGTCTTTTACTGGCCAGAATTGTGGT  99
      ||||||   | ||||||||||  |||||  ||||||  ||||| ||||||
seq2  CTAGAA---TTCCTCAGATGT-ACTGTC--TTACTG--CAGAA-TGTGGT  90

seq1  CTGGGACTTCTCTATAGCTT-CCAGTTTGAGGTGGGTATTGTTTCTGGTA  148
      |||| || |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||   |||
seq2  CTGGAAC-TCTCTATAGCTTCCCAGTTTGAAGTGAGTATTGTTTTCTGTA  139

seq1  GAAAAAAAATTGATAGGATCTTTTAGATGTATCAGAA-CTGGTAAACTGA  197
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAAAAAAAAATGATAGGATCTTTTAGATGTATCAGAACCTGGTAAACTGA  189

seq1  TTGTGGCTTGTCCTACCGTCTTCCTATCTTTCCAGATTGA-GGGGGTGAA  246
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTGTGGC-TGTCCTACCGTCTTCCTATCTTTCCAGATTGAGGGGGGTGAA  238

seq1  TATTTGTTTCCAACAGAGACAGTCATGGATTCTCTCCTGGAGGCAGGAGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTTTCCAACAGAGACAGTCATGGATTCTCTCCTGGAGGCAGGAGA  288

seq1  CTTGAAATTGAGGCAGGTTATCTCTGTCAGAAGGGCAGAGTTGTGGGAAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAATTGAGGCAGGTTATCTCTGTCAGAAGGGCAGAGTTGTGGGAAC  338

seq1  TATGAGGAATGAGTGTTAGAAAGTTTCCCTGTTGTTAGGCAAGCGATTGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGAATGAGTGTTAGAAAGTTTCCCTGTTGTTAGGCAAGCGATTGT  388

seq1  ATAAAACTTCCTCGGAGACTGGCCCGATATGCCAATATGATCACAGTTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTTCCTCGGAGACTGGCCCGATATGCCAATATGATCACAGTTTG  438

seq1  CAGGTCTGGGGACCTGGAGAAGAGGTCAAAGCATAATGCTTGGTTCTTCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTGGGGACCTGGAGAAGAGGTCAAAGCATAATGCTTGGTTCTTCT  488

seq1  GCCCACTGGGAAGTTGAGGGGTACCATTCTACTTGTAAGCTTATCTGGGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTGGGAAGTTGAGGGGTACCATTCTACTTGTAAGCTTATCTGGGA  538

seq1  CTCTTCAAATTGAACTTGTATTTCAGGTACTTAGAGTGAAGGTCAAGGAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAAATTGAACTTGTATTTCAGGTACTTAGAGTGAAGGTCAAGGAT  588

seq1  CTATCAGTGTTCAGACGAGGGGGTGGTTGAGAACTCTCGAGGCTCAGAGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAGTGTTCAGACGAGGGGGTGGTTGAGAACTCTCGAGGCTCAGAGG  638

seq1  ACATGCTACCATGCCCCATTATATTGCCTTTGCAGCTGGGACGTAGTCCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTACCATGCCCCATTATATTGCCTTTGCAGCTGGGACGTAGTCCA  688

seq1  GGTGGTGGTAGAACATACTGATCATAGTTCTCTCTTACTCGGAACATTCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGGTAGAACATACTGATCATAGTTCTCTCTTACTCGGAACATTCC  738

seq1  TTCCAGAAGTACTCAGGATGTCCATGGAGGAGGCATGACCAAGAGGGGAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAAGTACTCAGGATGTCCATGGAGGAGGCATGACCAAGAGGGGAT  788

seq1  GCTACAGAATCATCTTTTTGGGTAACTCTCCTTAACAGCCAGGAGGTTGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGAATCATCTTTTTGGGTAACTCTCCTTAACAGCCAGGAGGTTGT  838

seq1  TGGGTTGTTGTCCTCGTCAGGTTTCTGGTGCTTCGATAAACACCACGACC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTGTTGTCCTCGTCAGGTTTCTGGTGCTTCGATAAACACCACGACC  888

seq1  CAAATCAACTTTGGGTAGAAATGTTTTATGTGACTTACTGCTTATAGTCG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCAACTTTGGGTAGAAATGTTTTATGTGACTTACTGCTTATAGTCG  938

seq1  ACCTTATAGTTCCACCTAAGGTAGGAGCTCAAGCAGAGCAGGAACTTGGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTATAGTTCCACCTAAGGTAGGAGCTCAAGCAGAGCAGGAACTTGGT  988

seq1  GGCTAGAACTGAAGCAGGAGCCATGGAGGGATGCTGCTTACTGACTTGCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGAACTGAAGCAGGAGCCATGGAGGGATGCTGCTTACTGACTTGCT  1038

seq1  CCTCATGGCTTGCTAAGCCTGCTTTTTTATGCCATCCAGGACCACCTGCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATGGCTTGCTAAGCCTGCTTTTTTATGCCATCCAGGACCACCTGCT  1088

seq1  CAGATATTACTTTATCCCCCAGGACCCTGGCCCTCCCACATCCATCATTA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATTACTTTATCCCCCAGGACCCTGGCCCTCCCACATCCATCATTA  1138

seq1  ATCAAGAAAACTCCCTACACACTTGCCTATAGGCAATCTGATGGAGGAAT  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAAAACTCCCTACACACTTGCCTATAGGCAATCTGATGGAGGAAT  1188

seq1  TC  1198
      ||
seq2  TC  1190

seq1: chr15_90004186_90005303
seq2: B6Ng01-289E14.g_67_1191

seq1  GAATTCCATGGTGCTGATTTCTCTTATAAAATATTTTCTTGTACTCCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGGTGCTGATTTCTCTTATAAAATATTTTCTTGTACTCCAGG  50

seq1  GATTATTCTCACCTTTCCCGTTAGATAAGCTCCTTGAGGAACCATCTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTCTCACCTTTCCCGTTAGATAAGCTCCTTGAGGAACCATCTTCA  100

seq1  AGTGATAGAAACGTGGTGCTAAATAAGAGCTGCCTTATCCTCAAGACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATAGAAACGTGGTGCTAAATAAGAGCTGCCTTATCCTCAAGACAGT  150

seq1  CATACTTTTATGAGGATGTCTGAACATGCTACATAGCTCACATCATGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTTTTATGAGGATGTCTGAACATGCTACATAGCTCACATCATGAGG  200

seq1  AACCACAAAGGACCAAAACAGAAGAGCGAATCCTACCTCACAGGAATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAAAGGACCAAAACAGAAGAGCGAATCCTACCTCACAGGAATTTG  250

seq1  AATATATTTAAGAGGAAGGGAAACATTTGATGTACCGCTTTACATGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATTTAAGAGGAAGGGAAACATTTGATGTACCGCTTTACATGCTGG  300

seq1  TCCTCCCTGTATACCTTCATTCCACTGAGTTAGCCCAGAGAGTTAGGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCTGTATACCTTCATTCCACTGAGTTAGCCCAGAGAGTTAGGAGT  350

seq1  GAGAATTCTGCTCTCAGTGTTGATTTTATCTGGGTATAAACTTCAGAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTCTGCTCTCAGTGTTGATTTTATCTGGGTATAAACTTCAGAGCT  400

seq1  AAAGAACTAGACTATGTTTCTTCGAAGCATGTAACTTAGAAAGTAAAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACTAGACTATGTTTCTTCGAAGCATGTAACTTAGAAAGTAAAATT  450

seq1  CCAGAGAACTCTGATATTAAGCAGAAAGAATGTATAGCCTGTGGTAGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAACTCTGATATTAAGCAGAAAGAATGTATAGCCTGTGGTAGCTA  500

seq1  TTTTTCTGCCATACACATGGAAGGGCAGAATCCAGTGTCAGACTTAGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGCCATACACATGGAAGGGCAGAATCCAGTGTCAGACTTAGATA  550

seq1  TGAATAAAGCAGATGATGAAAAGCAGAGAAAGGAGGAGAGAGCCGAACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAAAGCAGATGATGAAAAGCAGAGAAAGGAGGAGAGAGCCGAACCA  600

seq1  TTCTGAGTCCAGCCTGCCTTTCCATCTGTCTCAAGCCTTCAGAGGACAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGTCCAGCCTGCCTTTCCATCTGTCTCAAGCCTTCAGAGGACAAT  650

seq1  CACACCTTTTATCCTTGGGTCTTATTTGATAACCAGTGTGGTCTCTCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTTTTATCCTTGGGTCTTATTTGATAACCAGTGTGGTCTCTCATG  700

seq1  AAATCACAGTCTGTATGAAATCTTGC-TTAAGGTGATCTCTGCTAACTAT  749
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACAGTCTGTATGAAATCTTGCTTTAAGGTGATCTCTGCTAACTAT  750

seq1  GTCCAAACAACCTCTGACCACGGTATCTGTGTCTTAAGGAATAAATAATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAACAACCTCTGACCACGGTATCTGTGTCTTAAGGAATAAATAATA  800

seq1  GTTTGTCAGATATATGATTGGACAGAGTAGGCCACTCCACCAAAGAAGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCAGATATATGATTGGACAGAGTAGGCCACTCCACCAAAGAAGAA  850

seq1  TATGGCCAAAAGGCATAGGAATGTGAAGTTAATGTTTGAGAATCATGAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCCAAAAGGCATAGGAATGTGAAGTTAATGTTTGAGAATCATGAAG  900

seq1  TGTATCAAGTAATTAAATCATGTGTTGAGTGAGGAGATTGTTTTGCCTCA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGTATCAAGTAATTAAATCATGTGTTGAGTGAAGAGATTGTTTTGCCTCA  950

seq1  TTAAAAATAAGCACGAATA-CCTTATGAAAGGG-TTTGAACTTTATATAA  997
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATAAGCACGAATACCCTTATGAAAGGGTTTTGAACTTTATATAA  1000

seq1  ATAGTAGT-AGAGAAA--GAACATGGAAAAACTTCCAGCCCAGAT-GCCG  1043
      |||||||| |||||||   ||||||||||||||| |||||||||| || |
seq2  ATAGTAGTAAGAGAAAAGAAACATGGAAAAACTT-CAGCCCAGATGGCTG  1049

seq1  GATGTTAATGTAGAAGGCTGAAGTT-GAAATAGATTGGATACATGCCTGT  1092
      |||| |||||||||| ||||||||| ||||||   || ||||||| ||||
seq2  GATG-TAATGTAGAAAGCTGAAGTTGGAAATAAGATGCATACATG-CTGT  1097

seq1  CATAGTGTGGCTTTATAT--AACATTCC  1118
      ||||||||| ||||||||  ||||||||
seq2  CATAGTGTGCCTTTATATAAAACATTCC  1125