BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294B03
Chromosome15 (Build37)
Map Location 80,532,460 - 80,682,729
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnrc6b
Upstream geneGtpbp1, Unc84b, Dnalc4, Npcd, Nptxr, Cbx6, LOC100042748, Apobec3, Cbx7, Pdgfb, Rpl3, Syngr1, Map3k7ip1, Mgat3, EG666948, Smcr7l, Atf4, Rps19bp1, Cacna1i, Enthd1, Grap2, AW544981
Downstream geneAdsl, LOC625672, Rutbc3, Mkl1, LOC675966, Mchr1, Slc25a17, St13, Xpnpep3, Dnajb7, Rbx1, EG383080, Ep300, L3mbtl2, Rangap1, Zc3h7b, Tef, LOC667073, Tob2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294B03.bB6Ng01-294B03.g
ACCGA090295GA090296
length1,1691,105
definitionB6Ng01-294B03.b B6Ng01-294B03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,681,557 - 80,682,729)(80,532,460 - 80,533,585)
sequence
gaattccagcgcttgagaggcagagacaggcagatcttgtgagcgctagg
ccatccttgtgtacagatcaagttctaggacagccaggactacagagaga
ccctgtctcgaaaaataaagaataagtaaaaccaaaacaagcacaaaggc
agtgcttgatggctggggagctaagtcatcagagtgcctgctgtgcaagc
ttgaggacctgcgtgtgcccgtgtgcccgactcagcagaactcacagctg
tgctcctggctggtgaggtagcctagcctaatggtttcaacaggagtcca
tcccaaaaccaaattggatggctcttaaagaatgattcttgaggcttacc
tctggcttctagatagacacacactagcatactcatgtatagctgcatgt
gcaacacacacacacacacacacacacacacacacaccctcaacaggcag
tacttgaataaaaaggaaaacatatgatgatagtgcctgagctgtggccc
agcaagaattctgctctgcatacaagttcacaacactgaagagcaatgga
gccgacattcttgacactaagcagagaaaagctaaaaacagctgatctgg
actacaactctccagtgctggcacttagtgtgcaaattcaaccgctactt
ccaactcatccattctgcaaacctactaccaccaacaaaaaaatccacca
aattcaagccctcctgcttcttcaatgaaatcttccttaccaactcaaaa
tccaaagaaatttgcacttttctgtacacaacactaccattgccctgcct
cttgtgtggctctacaggcattacggcagacatcatgccaccaccatcat
tagcctcagagcccataaaatggccttttgtagcatttctggtcatgaca
tctctgcatttttacacaaccctcccttcctacccggggaggcctagaaa
cagatcttgctctttaacaaatactagtgtctaacatgagccaggcacgt
ttccaagcatgggaaaaggagaaacaaaggctaagcttcagccttgcagg
aaggataggaataagcaaggcatacacaaatacatgcttcgggtggcagc
aaggcaggctgacctgatggaacagaagaggagtactgcttatcttggca
tggctggaaaaggcctctg
gaattcctatccagctgtcatggccgtaatctgagtaaacaggacaaggt
gcccttctgcagctaataagccctgtctgtgccatggctgtggtttctcg
cctggcattccctacactcagctcctcttgcctatggggcccagtggctg
gcatgaatcacctgtactgattttccagaggcacaaggtttgcttccaaa
cggcaccctaagctcaatgagtggagcctgatctaggtggaaagaatgca
ctctagagaagagcgaggggcagtgggtgcagagacacaagtgcactcac
acgcgaagtaattgcaggacgacgcaccagcctcacagaattaaccccag
ccttccacccctcccgtcaatgcttctgcctaccttcccagctgtgaagc
agggacaacactgcttccagataacatgctctgctgtctggcatgatgcg
agcccattcttccttggccaggctctgagtgcaaagaccaagtctgtctg
gctcgctcagtgccgtaagcacagtatcctctcagtatctgttggctaaa
ggttgaaaattggacagcaggggccagcaagattggtcagtggataaagt
cacttgctgtacaaggatggtgacctaggttcaattccagaactaagggt
gaaaaagaaccaactcccaaaagttattctttaaatctccatatatacac
acacacacagtgtatatatggacgtcatcactcacatatacatatccgtg
tcctttcaaagggaagctaagaaggaccttgagattggcaggttagtaca
aagttcctgtaaagtcatggctggggtccagtcatggggacattctagtt
agtgcactgtatctctgcctttccacaaaggccattcggacagaattttt
atccaggaaagtggttagaaactacagcagtgtctaaagatacccaaagc
agctctgggaacagagcctatgtcatcggagatagctaggacctgcatga
gcagcaaacatgtgggagctgcagaggagaagcacaaggacagacggatg
catgccccacgtgccgtgctctaaaagggaaatcattgtatgccagatct
tgctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_80681557_80682729
seq2: B6Ng01-294B03.b_46_1214 (reverse)

seq1  CAGAGGCCTTTCCCAACCATGCC-AGATAAGGCAGTACCCTCTTCTTCTG  49
      ||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||
seq2  CAGAGGCCTTTTCCAGCCATGCCAAGATAA-GCAGTA--CTCCTCTTCTG  47

seq1  GTCCATCAGTTCAGCTTGCCCTGCTGCCACCCGAAGCATGTATTTTGTTG  99
       |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  TTCCATCAGGTCAGCCTGCCTTGCTGCCACCCGAAGCATGTATTT--GTG  95

seq1  TATGCCCTGCTTATTCCCTATTCCTTCTGC-AGGCTGAAGCTT-GGCTTT  147
      |||||| |||||||| ||||| | | |||| |||||||||||| | ||||
seq2  TATGCCTTGCTTATT-CCTATCCTTCCTGCAAGGCTGAAGCTTAGCCTTT  144

seq1  GTTTCTTCCTTTTCCCATGCTTGGAAACGTGCCTGGCTCATGTTAGACAC  197
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTTTC-TCCTTTTCCCATGCTTGGAAACGTGCCTGGCTCATGTTAGACA-  192

seq1  CTAGTATTTGTTAAAGAGCAAGATCTGTTTCTAGGCCT-CCCGGGTAGGA  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTAGTATTTGTTAAAGAGCAAGATCTGTTTCTAGGCCTCCCCGGGTAGGA  242

seq1  AGGGAGGGTTGTGTAAAAATGCAGAGATGTCATGACCAGAAATGCTACAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGGTTGTGTAAAAATGCAGAGATGTCATGACCAGAAATGCTACAA  292

seq1  AAGGCCATTTTATGGGCTCTGAGGCTAATGATGGTGGTGGCATGATGTCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCATTTTATGGGCTCTGAGGCTAATGATGGTGGTGGCATGATGTCT  342

seq1  GCCGTAATGCCTGTAGAGCCACACAAGAGGCAGGGCAATGGTAGTGTTGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTAATGCCTGTAGAGCCACACAAGAGGCAGGGCAATGGTAGTGTTGT  392

seq1  GTACAGAAAAGTGCAAATTTCTTTGGATTTTGAGTTGGTAAGGAAGATTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGAAAAGTGCAAATTTCTTTGGATTTTGAGTTGGTAAGGAAGATTT  442

seq1  CATTGAAGAAGCAGGAGGGCTTGAATTTGGTGGATTTTTTTGTTGGTGGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAAGAAGCAGGAGGGCTTGAATTTGGTGGATTTTTTTGTTGGTGGT  492

seq1  AGTAGGTTTGCAGAATGGATGAGTTGGAAGTAGCGGTTGAATTTGCACAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTTTGCAGAATGGATGAGTTGGAAGTAGCGGTTGAATTTGCACAC  542

seq1  TAAGTGCCAGCACTGGAGAGTTGTAGTCCAGATCAGCTGTTTTTAGCTTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGCCAGCACTGGAGAGTTGTAGTCCAGATCAGCTGTTTTTAGCTTT  592

seq1  TCTCTGCTTAGTGTCAAGAATGTCGGCTCCATTGCTCTTCAGTGTTGTGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTTAGTGTCAAGAATGTCGGCTCCATTGCTCTTCAGTGTTGTGA  642

seq1  ACTTGTATGCAGAGCAGAATTCTTGCTGGGCCACAGCTCAGGCACTATCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTATGCAGAGCAGAATTCTTGCTGGGCCACAGCTCAGGCACTATCA  692

seq1  TCATATGTTTTCCTTTTTATTCAAGTACTGCCTGTTGAGGGTGTGTGTGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGTTTTCCTTTTTATTCAAGTACTGCCTGTTGAGGGTGTGTGTGT  742

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGCACATGCAGCTATACATGAGTATG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGCACATGCAGCTATACATGAGTATG  792

seq1  CTAGTGTGTGTCTATCTAGAAGCCAGAGGTAAGCCTCAAGAATCATTCTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTGTGTCTATCTAGAAGCCAGAGGTAAGCCTCAAGAATCATTCTT  842

seq1  TAAGAGCCATCCAATTTGGTTTTGGGATGGACTCCTGTTGAAACCATTAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCCATCCAATTTGGTTTTGGGATGGACTCCTGTTGAAACCATTAG  892

seq1  GCTAGGCTACCTCACCAGCCAGGAGCACAGCTGTGAGTTCTGCTGAGTCG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGCTACCTCACCAGCCAGGAGCACAGCTGTGAGTTCTGCTGAGTCG  942

seq1  GGCACACGGGCACACGCAGGTCCTCAAGCTTGCACAGCAGGCACTCTGAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACACGGGCACACGCAGGTCCTCAAGCTTGCACAGCAGGCACTCTGAT  992

seq1  GACTTAGCTCCCCAGCCATCAAGCACTGCCTTTGTGCTTGTTTTGGTTTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAGCTCCCCAGCCATCAAGCACTGCCTTTGTGCTTGTTTTGGTTTT  1042

seq1  ACTTATTCTTTATTTTTCGAGACAGGGTCTCTCTGTAGTCCTGGCTGTCC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTCTTTATTTTTCGAGACAGGGTCTCTCTGTAGTCCTGGCTGTCC  1092

seq1  TAGAACTTGATCTGTACACAAGGATGGCCTAGCGCTCACAAGATCTGCCT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTTGATCTGTACACAAGGATGGCCTAGCGCTCACAAGATCTGCCT  1142

seq1  GTCTCTGCCTCTCAAGCGCTGGAATTC  1173
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGCCTCTCAAGCGCTGGAATTC  1169

seq1: chr15_80532460_80533585
seq2: B6Ng01-294B03.g_66_1170

seq1  GAATTCCTATCCAGCTGTCATGGCCGTAATCTGAGTAAACAGGACAAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATCCAGCTGTCATGGCCGTAATCTGAGTAAACAGGACAAGGT  50

seq1  GCCCTTCTGCAGCTAATAAGCCCTGTCTGTGCCATGGCTGTGGTTTCTCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTCTGCAGCTAATAAGCCCTGTCTGTGCCATGGCTGTGGTTTCTCG  100

seq1  CCTGGCATTCCCTACACTCAGCTCCTCTTGCCTATGGGGCCCAGTGGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCATTCCCTACACTCAGCTCCTCTTGCCTATGGGGCCCAGTGGCTG  150

seq1  GCATGAATCACCTGTACTGATTTTCCAGAGGCACAAGGTTTGCTTCCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAATCACCTGTACTGATTTTCCAGAGGCACAAGGTTTGCTTCCAAA  200

seq1  CGGCACCCTAAGCTCAATGAGTGGAGCCTGATCTAGGTGGAAAGAATGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCACCCTAAGCTCAATGAGTGGAGCCTGATCTAGGTGGAAAGAATGCA  250

seq1  CTCTAGAGAAGAGCGAGGGGCAGTGGGTGCAGAGACACAAGTGCACTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGAGAAGAGCGAGGGGCAGTGGGTGCAGAGACACAAGTGCACTCAC  300

seq1  ACGCGAAGTAATTGCAGGACGACGCACCAGCCTCACAGAATTAACCCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCGAAGTAATTGCAGGACGACGCACCAGCCTCACAGAATTAACCCCAG  350

seq1  CCTTCCACCCCTCCCGTCAATGCTTCTGCCTACCTTCCCAGCTGTGAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCACCCCTCCCGTCAATGCTTCTGCCTACCTTCCCAGCTGTGAAGC  400

seq1  AGGGACAACACTGCTTCCAGATAACATGCTCTGCTGTCTGGCATGATGCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACAACACTGCTTCCAGATAACATGCTCTGCTGTCTGGCATGATGCG  450

seq1  AGCCCATTCTTCCTTGGCCAGGCTCTGAGTGCAAAGACCAAGTCTGTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATTCTTCCTTGGCCAGGCTCTGAGTGCAAAGACCAAGTCTGTCTG  500

seq1  GCTCGCTCAGTGCCGTAAGCACAGTATCCTCTCAGTATCTGTTGGCTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGCTCAGTGCCGTAAGCACAGTATCCTCTCAGTATCTGTTGGCTAAA  550

seq1  GGTTGAAAATTGGACAGCAGGGGCCAGCAAGATTGGTCAGTGGATAAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAAAATTGGACAGCAGGGGCCAGCAAGATTGGTCAGTGGATAAAGT  600

seq1  CACTTGCTGTACAAGGATGGTGACCTAGGTTCAATTCCAGAACTAAGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCTGTACAAGGATGGTGACCTAGGTTCAATTCCAGAACTAAGGGT  650

seq1  GAAAAAGAACCAACTCCCAAAAGTTATTCTTTAAATCTCCATATATACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGAACCAACTCCCAAAAGTTATTCTTTAAATCTCCATATATACAC  700

seq1  ACACACACAGTGTATATATGGACGTCATCACTCACATATACATATCCGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACAGTGTATATATGGACGTCATCACTCACATATACATATCCGTG  750

seq1  TCCTTTCAAAGGGAAGCTAAGAAGGACCTTGAGATTGGCAGGTTAGTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCAAAGGGAAGCTAAGAAGGACCTTGAGATTGGCAGGTTAGTACA  800

seq1  AAGTTCCTGTAAAGTCATGGCTGGGGTCCAGTCATGGGGACATTCTAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCCTGTAAAGTCATGGCTGGGGTCCAGTCATGGGGACATTCTAGTT  850

seq1  AGTGCACTGTATCTCTGCCTTTCCACAAAGGCCATTCGGACAGAAATTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGTGCACTGTATCTCTGCCTTTCCACAAAGGCCATTCGGACAG-AATTTT  899

seq1  TATCCAGGAAAGTGGTTAGAAACTACAGCAGTGTCTAAAGATACCCAAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TATCCAGGAAAGTGGTTAGAAACTACAGCAGTGTCTAAAGATACCC-AAA  948

seq1  GCAGCTCTGGGAACAGGAGCCTATGTCATCGGAGATAAGCTAGGACCTGC  1000
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  GCAGCTCTGGGAACA-GAGCCTATGTCATCGGAGAT-AGCTAGGACCTG-  995

seq1  CATGGAAGCCAGCAAACATGTGGGAGCCTGCAGGAGGAGAAGCACAAAAG  1050
      ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||       
seq2  CATG--AG-CAGCAAACATGTGGGAG-CTGCA-GAGGAGAAGC-------  1033

seq1  ACAAGAACAGA---AGGCATGCCCACGGTGCCCGTGGCTCTAAAAGGGGA  1097
      ||||| |||||   | ||||||||   ||| |||| ||||||||||||  
seq2  ACAAGGACAGACGGATGCATGCCCCACGTG-CCGT-GCTCTAAAAGGG--  1079

seq1  AAATCCATTGTATGCCAAGAATCTTGCTT  1126
      |||| ||||||||||||   |||||||||
seq2  AAAT-CATTGTATGCCA--GATCTTGCTT  1105