BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294K06
Chromosome15 (Build37)
Map Location 28,084,183 - 28,241,841
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDnahc5
Upstream geneAnk, BC087945, LOC100040622, BC052328, Trio, LOC667126
Downstream geneEG382974, LOC100040675, LOC100040689, LOC100040702, LOC667153
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294K06.bB6Ng01-294K06.g
ACCGA090718GA090719
length1,120541
definitionB6Ng01-294K06.b B6Ng01-294K06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,084,183 - 28,085,298)(28,241,301 - 28,241,841)
sequence
gaattctcacataccactgcagctctcaccaagggagaggggcaggatat
agtaagatcatctctgtcatctgccaatcaaaagtcaagtttaaacattt
ccacggatgtcttagaccagtaaatggttgtgatagaaatgactgaccag
gaagcaagggaatttaaaaatgcttccaagctgtgagaaactacgcattc
gtcttagaaccttccaatttgttttaaatatcttttctcttggagctaga
aacacttaaaacgtcctcatttatacaaattccaagtatgtggattaagc
tatagatgatgctggatataatgttaatgagagctctaaaagaatatggc
taattgtcaagaaatggccttgatttggacttctgctccccagtgcggag
cctggtgtcctggaaccgaagcctgaatgtgctctactgtggcaggcagg
aggagggagctggtccaggaggagcattgcttgtcgtcatggtaaccccg
ggagccccaaacagcccttcacaccggacaacaagcagcctgagccgtcc
atagaggaaggctgtggctgaggaccacagaggaagggtctttgcaccag
gtcgtgggcactgcacagagtcccgggagcgccgcgtcatggacaaactg
gtaatgtgcgcgtttcaagtgcgctcgtggctccctcgttcagacagcct
agggctcctggctccgagggtggcagtagaagcgaggaggtctgacaggc
tttggggcttgagagtacattcatacattcatgagcttttaaagcaagag
ctgccctttcactcccccccccccgcacacctccccccccccctgggggg
cttccatgggcagcacagggcagctctgcctattggggcactaaacgtaa
acgtgggggcctcaggaatcatctccccacccagtatcttcatcctgttt
tacccccgcttaccctcattgctaaatggccactgggtggtcagacacac
cgttgtctgtagcgcccacaacggaacatcaacagaatatccaggtgtgg
caaaggtcgcctttgagtcgaatttgtgcctggtaaccagctctctactt
agttccttgtgtttggcaaa

gaattcaaaatttataaagaaatcacagcacaatggagcatcaaaggtca
tacacaaatggatggctttgatgatattaacttctttgatttgtttcaaa
gtccatggactccattcatattgtttatctaacgggatagcatgggaagc
cgcctgaggtatctgtgtctctcctgggatcttaggccacacatgtttag
ttcatgcttctctccaaatagatttttaagtcatttgcagataaggaatt
aaaataaggtgactttactcaaatgggcacagtgtttgtatacagtagac
actcataaaatctttattggtcaccaggactaaaagaacttgtttcctgt
attttaatactaaggaacatttttctagttaagtgtactctgagtagtgt
ttatgatttaagtatgatgtatgtgtatgtataaggagaattcataacag
aaaaactgtcttaagttaaatatatatatatgtgtgtgtgtatgtatgta
catgtatataaatatgtgtgtgtatatatatatatatatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_28084183_28085298
seq2: B6Ng01-294K06.b_48_1167

seq1  GAATTCTCACATACCACTGCAGCTCTCACCAAGGGAGAGGGGCAGGATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACATACCACTGCAGCTCTCACCAAGGGAGAGGGGCAGGATAT  50

seq1  AGTAAGATCATCTCTGTCATCTGCCAATCAAAAGTCAAGTTTAAACATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGATCATCTCTGTCATCTGCCAATCAAAAGTCAAGTTTAAACATTT  100

seq1  CCACGGATGTCTTAGACCAGTAAATGGTTGTGATAGAAATGACTGACCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGATGTCTTAGACCAGTAAATGGTTGTGATAGAAATGACTGACCAG  150

seq1  GAAGCAAGGGAATTTAAAAATGCTTCCAAGCTGTGAGAAACTACGCATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAGGGAATTTAAAAATGCTTCCAAGCTGTGAGAAACTACGCATTC  200

seq1  GTCTTAGAACCTTCCAATTTGTTTTAAATATCTTTTCTCTTGGAGCTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAGAACCTTCCAATTTGTTTTAAATATCTTTTCTCTTGGAGCTAGA  250

seq1  AACACTTAAAACGTCCTCATTTATACAAATTCCAAGTATGTGGATTAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTAAAACGTCCTCATTTATACAAATTCCAAGTATGTGGATTAAGC  300

seq1  TATAGATGATGCTGGATATAATGTTAATGAGAGCTCTAAAAGAATATGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATGATGCTGGATATAATGTTAATGAGAGCTCTAAAAGAATATGGC  350

seq1  TAATTGTCAAGAAATGGCCTTGATTTGGACTTCTGCTCCCCAGTGCGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTCAAGAAATGGCCTTGATTTGGACTTCTGCTCCCCAGTGCGGAG  400

seq1  CCTGGTGTCCTGGAACCGAAGCCTGAATGTGCTCTACTGTGGCAGGCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGTCCTGGAACCGAAGCCTGAATGTGCTCTACTGTGGCAGGCAGG  450

seq1  AGGAGGGAGCTGGTCCAGGAGGAGCATTGCTTGTCGTCATGGTAACCCCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGGAGCTGGTCCAGGAGGAGCATTGCTTGTCGTCATGGTAACCCCG  500

seq1  GGAGCCCCAAACAGCCCTTCACACCGGACAACAAGCAGCCTGAGCCGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCCCAAACAGCCCTTCACACCGGACAACAAGCAGCCTGAGCCGTCC  550

seq1  ATAGAGGAAGGCTGTGGCTGAGGACCACAGAGGAAGGGTCTTTGCACCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGAAGGCTGTGGCTGAGGACCACAGAGGAAGGGTCTTTGCACCAG  600

seq1  GTCGTGGGCACTGCACAGAGTCCCGGGAGCGCCGCGTCATGGACAAACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGTGGGCACTGCACAGAGTCCCGGGAGCGCCGCGTCATGGACAAACTG  650

seq1  GTAATGTGCGCGTTTCAAGTGCGCTCGTGGCTCCCTCGTTCAGACAGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGTGCGCGTTTCAAGTGCGCTCGTGGCTCCCTCGTTCAGACAGCCT  700

seq1  AGGGCTCCTGGCTCCGAGGGTGGCAGTAGAAGCGAGGAGGTCTGACAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCCTGGCTCCGAGGGTGGCAGTAGAAGCGAGGAGGTCTGACAGGC  750

seq1  TTTGGGGCTTGAGAGTACATTCATACATTCATGAGCTTTTAAGGCAAGAG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTGGGGCTTGAGAGTACATTCATACATTCATGAGCTTTTAAAGCAAGAG  800

seq1  CTGCCCTTCCACT-CCCCCCCCCCGCACACCTCCCCCCCCCCCTGGGGGG  849
      |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTTTCACTCCCCCCCCCCCGCACACCTCCCCCCCCCCCTGGGGGG  850

seq1  CTTCCATGGGCAGCACAGGGCAGCTCTGCCTATTGGGGCACTAAACGTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATGGGCAGCACAGGGCAGCTCTGCCTATTGGGGCACTAAACGTAA  900

seq1  ACGTGGGGGCCTCAGGAATCATCTCCCCACCCAGTATCTTCATCCTGTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACGTGGGGGCCTCAGGAATCATCTCCCCACCCAGTATCTTCATCCTG-TT  949

seq1  TTACCCCCGCTTACCCTCATTGCTAAATGGCCACT-GGTGGTCAGACACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTACCCCCGCTTACCCTCATTGCTAAATGGCCACTGGGTGGTCAGACACA  999

seq1  CGGTTGTTCTGTAGCGCCCACAAC-GAACATC-ACAG-ATATCCAGGTGT  1045
      | |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||
seq2  CCGTTG-TCTGTAGCGCCCACAACGGAACATCAACAGAATATCCAGGTGT  1048

seq1  GGCAAAGGTCGCCTTTGAGTCGAGTTTGTTGGCT-GTTACCAGCTCTC-A  1093
      ||||||||||||||||||||||| |||| || || || |||||||||| |
seq2  GGCAAAGGTCGCCTTTGAGTCGAATTTG-TGCCTGGTAACCAGCTCTCTA  1097

seq1  C-TAGTCCTTTGTGTTTGGGCAAA  1116
      | |||| | |||||||| ||||||
seq2  CTTAGTTCCTTGTGTTT-GGCAAA  1120


seq1: chr15_28241301_28241841
seq2: B6Ng01-294K06.g_68_608 (reverse)

seq1  ATATATATATATATATATACACACACATATTTATATACATGTACATACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATACACACACATATTTATATACATGTACATACAT  50

seq1  ACACACACACATATATATATATTTAACTTAAGACAGTTTTTCTGTTATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACATATATATATATTTAACTTAAGACAGTTTTTCTGTTATGA  100

seq1  ATTCTCCTTATACATACACATACATCATACTTAAATCATAAACACTACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCCTTATACATACACATACATCATACTTAAATCATAAACACTACTC  150

seq1  AGAGTACACTTAACTAGAAAAATGTTCCTTAGTATTAAAATACAGGAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTACACTTAACTAGAAAAATGTTCCTTAGTATTAAAATACAGGAAAC  200

seq1  AAGTTCTTTTAGTCCTGGTGACCAATAAAGATTTTATGAGTGTCTACTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTTTTAGTCCTGGTGACCAATAAAGATTTTATGAGTGTCTACTGT  250

seq1  ATACAAACACTGTGCCCATTTGAGTAAAGTCACCTTATTTTAATTCCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAACACTGTGCCCATTTGAGTAAAGTCACCTTATTTTAATTCCTTA  300

seq1  TCTGCAAATGACTTAAAAATCTATTTGGAGAGAAGCATGAACTAAACATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAATGACTTAAAAATCTATTTGGAGAGAAGCATGAACTAAACATG  350

seq1  TGTGGCCTAAGATCCCAGGAGAGACACAGATACCTCAGGCGGCTTCCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCTAAGATCCCAGGAGAGACACAGATACCTCAGGCGGCTTCCCAT  400

seq1  GCTATCCCGTTAGATAAACAATATGAATGGAGTCCATGGACTTTGAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCCCGTTAGATAAACAATATGAATGGAGTCCATGGACTTTGAAACA  450

seq1  AATCAAAGAAGTTAATATCATCAAAGCCATCCATTTGTGTATGACCTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAAGAAGTTAATATCATCAAAGCCATCCATTTGTGTATGACCTTTG  500

seq1  ATGCTCCATTGTGCTGTGATTTCTTTATAAATTTTGAATTC  541
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCATTGTGCTGTGATTTCTTTATAAATTTTGAATTC  541


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |