BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296D16
Chromosome15 (Build37)
Map Location 3,281,126 - 3,415,621
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGhr
Upstream geneLOC674207, LOC666163, EG666167, Sepp1, LOC100039139
Downstream geneLOC223278, Fbxo4, AW549877, LOC100039196, Oxct1, Plcxd3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296D16.bB6Ng01-296D16.g
ACCGA091891GA091892
length1,1841,157
definitionB6Ng01-296D16.b B6Ng01-296D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,414,434 - 3,415,621)(3,281,126 - 3,282,293)
sequence
gaattcacctattcaatcagctctaaaaatctatacttaacaaaacaaat
gatccaagccctgtaacaacatcagaaccccaaggatagttcccacacaa
ctgaacctttatgtaatgctttttaaattccctgcacacataaatacaaa
cctcaactatgcgctcctgcatagttctaggaaacatatgctacctgagc
gtgaacttttccctctctgtactctcatgtggtgtaaattgactgcttta
ccacccacacagtcttaggtttcatatagtatataaataaggtcccgctc
tatgtctattccatgggaacagtgtggtaccattctcagaactctaatga
ttataaatttattggagaatgaaaaagaatgatttgaataagccacttca
tctagttctaaggttgttgtttagttttcattgttgctgttttgaaaaag
tgttcatgctaaggtgagtgaaggctggatttgaacctaatagtctctga
cccaagaacacatttacttgacctcatatctcaccccgtctgtaaataaa
gatcaaggtgagagggctgagacaatgtctgtagaccaggtttgcttctc
cgggtgatgattaactaagcaggatctgctgacagcggatcaggtgtcac
tggatgaaatcaaatgtccagagttcactctgaaagccctcaaacatttt
gtgtccaagtcagcagattccccagtctttatacctgatatttcacatag
agctagccagccacagtccctttccctgccagggacgagctggatccagc
ttctactggcttcatattggtaggctaaaatcagctttggcagaggtgtt
tatgccacagaggttggcaaaagcaaattgtggtccttttgtaattccaa
agagacgtttgccagtgggcagaaaaggcagactcatgtggatagttaca
cttatagaagtaaaactaacagccactctaagaaacccctacaaaacccc
agaacaaatgtcatctcctgaggcctcaagacttccagaatcttggggtc
cccattgttcagtgttgagagaccttctgaaaatggtgctcataatgtta
cataactaaaaatacttaaattgctaatgtttgttacaaaatatgtttcc
ggatagtgttatgtgagccataatgacttaatgt
gaattcatagcagggtgagattgttgatggcttttctaacttgtttattg
aaataaaaattggcacagtaacaactgaaaagagtatagaggctactcaa
taatgaaaactaaagttaccatatgatccagtgatttttttattaataat
ttatatcccaaggaaataagattaatatgttaaagatacatttgcctgat
catgataactgtagccaaaatatggatcaacttgggccctttgatgaaca
aatgggtagaaaaaaaaagggatattttggaatatacaagagagcagatt
tgaaactgtcagttcaaaaacatctgtgaaaaatatatccattcatagct
ctgctgaaccatcttaccacatataaatatttcaaaacatcattaacatg
ataattaatgataattttacataatatatgattatgtgattagtgtaatt
actctcaggctatttgaaaaaatatttaatctagtttactgagatgtaag
catcagaagtcttcacagattttattatctaacataaaaccaccattttt
gctaatatcacaatggatccttttggggtaagtcttactacgttggaagg
caaattatggttgtagatatacattgttaaaaactctattctgcctggag
gttaacatccctggtgcaaaccttgtcagatgttcactggaagaacaaat
gtttccttgagaaatctttgtcaattcaaatataagtgattatctactag
tatgtgttttgtccttcgtataaaatttgtgcttcatacaaaagagctgc
tggtctggttgctgaagcatttaagtgttttgatccttcattaccttgga
atgtagatgagtacagtgtgtactctccatgtgccacaggagctgggaca
gcaatacactccaaggctgagatttaagcagaggctcctaggaaacagcc
ccagccctttaatgtgagcttcacatgtaactgtaaacaatggggattgc
tgactgattcatgccacgaggcagtagttttctacactgtttttgactag
gaacaaacatgttatagtgtgaaatagtgttgactcatatgctcctggag
atgatctcagagtctcgagttactgttcctcattttcaacttgcctacct
caaggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_3414434_3415621
seq2: B6Ng01-296D16.b_47_1230 (reverse)

seq1  ACATTAAGCTCATTTATGCTCACATTACACTATC--GGCACATATTTTGT  48
      |||||||| |||||   |||||||| ||||||||  |  |||||||||||
seq2  ACATTAAG-TCATTATGGCTCACATAACACTATCCGGAAACATATTTTGT  49

seq1  AACAAAACAATAAGCAATTTAAAGTATTTTTAGTTATGTAAACATTATGA  98
      ||||||   || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AACAAA--CATTAGCAATTT-AAGTATTTTTAGTTATGT-AACATTATGA  95

seq1  GCA-CATTTTCAGAGGTCCTCTCAAACACTGAACAATGGGGA-CCCAAGA  146
      ||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCACCATTTTCAGAAGGTCTCTC-AACACTGAACAATGGGGACCCCAAGA  144

seq1  TTCCCGGAAGTCTTTGGAGGCCTCAGGAGATGACATTTG-TCTGGGGTTT  195
      || | |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TT-CTGGAAGTCTT--GAGGCCTCAGGAGATGACATTTGTTCTGGGGTTT  191

seq1  TGTAGGGGTTTCTTAGAGTGGCTGTTAGTTTTACTTCTATAAGTGTAACT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGGGTTTCTTAGAGTGGCTGTTAGTTTTACTTCTATAAGTGTAACT  241

seq1  ATCCACATGAGTCTGCCTTTTCTGCCCACTGGCAAACGTCTCTTTGGAAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACATGAGTCTGCCTTTTCTGCCCACTGGCAAACGTCTCTTTGGAAT  291

seq1  TACAAAAGGACCACAATTTGCTTTTGCCAACCTCTGTGGCATAAACACCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAAGGACCACAATTTGCTTTTGCCAACCTCTGTGGCATAAACACCT  341

seq1  CTGCCAAAGCTGATTTTAGCCTACCAATATGAAGCCAGTAGAAGCTGGAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAAAGCTGATTTTAGCCTACCAATATGAAGCCAGTAGAAGCTGGAT  391

seq1  CCAGCTCGTCCCTGGCAGGGAAAGGGACTGTGGCTGGCTAGCTCTATGTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCGTCCCTGGCAGGGAAAGGGACTGTGGCTGGCTAGCTCTATGTG  441

seq1  AAATATCAGGTATAAAGACTGGGGAATCTGCTGACTTGGACACAAAATGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCAGGTATAAAGACTGGGGAATCTGCTGACTTGGACACAAAATGT  491

seq1  TTGAGGGCTTTCAGAGTGAACTCTGGACATTTGATTTCATCCAGTGACAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGGCTTTCAGAGTGAACTCTGGACATTTGATTTCATCCAGTGACAC  541

seq1  CTGATCCGCTGTCAGCAGATCCTGCTTAGTTAATCATCACCCGGAGAAGC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCGCTGTCAGCAGATCCTGCTTAGTTAATCATCACCCGGAGAAGC  591

seq1  AAACCTGGTCTACAGACATTGTCTCAGCCCTCTCACCTTGATCTTTATTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGGTCTACAGACATTGTCTCAGCCCTCTCACCTTGATCTTTATTT  641

seq1  ACAGACGGGGTGAGATATGAGGTCAAGTAAATGTGTTCTTGGGTCAGAGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACGGGGTGAGATATGAGGTCAAGTAAATGTGTTCTTGGGTCAGAGA  691

seq1  CTATTAGGTTCAAATCCAGCCTTCACTCACCTTAGCATGAACACTTTTTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAGGTTCAAATCCAGCCTTCACTCACCTTAGCATGAACACTTTTTC  741

seq1  AAAACAGCAACAATGAAAACTAAACAACAACCTTAGAACTAGATGAAGTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGCAACAATGAAAACTAAACAACAACCTTAGAACTAGATGAAGTG  791

seq1  GCTTATTCAAATCATTCTTTTTCATTCTCCAATAAATTTATAATCATTAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATTCAAATCATTCTTTTTCATTCTCCAATAAATTTATAATCATTAG  841

seq1  AGTTCTGAGAATGGTACCACACTGTTCCCATGGAATAGACATAGAGCGGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGAGAATGGTACCACACTGTTCCCATGGAATAGACATAGAGCGGG  891

seq1  ACCTTATTTATATACTATATGAAACCTAAGACTGTGTGGGTGGTAAAGCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTATTTATATACTATATGAAACCTAAGACTGTGTGGGTGGTAAAGCA  941

seq1  GTCAATTTACACCACATGAGAGTACAGAGAGGGAAAAGTTCACGCTCAGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATTTACACCACATGAGAGTACAGAGAGGGAAAAGTTCACGCTCAGG  991

seq1  TAGCATATGTTTCCTAGAACTATGCAGGAGCGCATAGTTGAGGTTTGTAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATATGTTTCCTAGAACTATGCAGGAGCGCATAGTTGAGGTTTGTAT  1041

seq1  TTATGTGTGCAGGGAATTTAAAAAGCATTACATAAAGGTTCAGTTGTGTG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGTGCAGGGAATTTAAAAAGCATTACATAAAGGTTCAGTTGTGTG  1091

seq1  GGAACTATCCTTGGGGTTCTGATGTTGTTACAGGGCTTGGATCATTTGTT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTATCCTTGGGGTTCTGATGTTGTTACAGGGCTTGGATCATTTGTT  1141

seq1  TTGTTAAGTATAGATTTTTAGAGCTGATTGAATAGGTGAATTC  1188
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAAGTATAGATTTTTAGAGCTGATTGAATAGGTGAATTC  1184

seq1: chr15_3281126_3282293
seq2: B6Ng01-296D16.g_66_1222

seq1  GAATTCATAGCAGGGTGAGATTGTTGATGGCTTTTCTAACTTGTTTATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGCAGGGTGAGATTGTTGATGGCTTTTCTAACTTGTTTATTG  50

seq1  AAATAAAAATTGGCACAGTAACAACTGAAAAGAGTATAGAGGCTACTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAATTGGCACAGTAACAACTGAAAAGAGTATAGAGGCTACTCAA  100

seq1  TAATGAAAACTAAAGTTACCATATGATCCAGTGATTTTTTTATTAATAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAAACTAAAGTTACCATATGATCCAGTGATTTTTTTATTAATAAT  150

seq1  TTATATCCCAAGGAAATAAGATTAATATGTTAAAGATACATTTGCCTGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCCCAAGGAAATAAGATTAATATGTTAAAGATACATTTGCCTGAT  200

seq1  CATGATAACTGTAGCCAAAATATGGATCAACTTGGGCCCTTTGATGAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATAACTGTAGCCAAAATATGGATCAACTTGGGCCCTTTGATGAACA  250

seq1  AATGGGTAGAAAAAAAAAGGGATATTTTGGAATATACAAGAGAGCAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTAGAAAAAAAAAGGGATATTTTGGAATATACAAGAGAGCAGATT  300

seq1  TGAAACTGTCAGTTCAAAAACATCTGTGAAAAATATATCCATTCATAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTGTCAGTTCAAAAACATCTGTGAAAAATATATCCATTCATAGCT  350

seq1  CTGCTGAACCATCTTACCACATATAAATATTTCAAAACATCATTAACATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAACCATCTTACCACATATAAATATTTCAAAACATCATTAACATG  400

seq1  ATAATTAATGATAATTTTACATAATATATGATTATGTGATTAGTGTAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAATGATAATTTTACATAATATATGATTATGTGATTAGTGTAATT  450

seq1  ACTCTCAGGCTATTTGAAAAAATATTTAATCTAGTTTACTGAGATGTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCAGGCTATTTGAAAAAATATTTAATCTAGTTTACTGAGATGTAAG  500

seq1  CATCAGAAGTCTTCACAGATTTTATTATCTAACATAAAACCACCATTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGAAGTCTTCACAGATTTTATTATCTAACATAAAACCACCATTTTT  550

seq1  GCTAATATCACAATGGATCCTTTTGGGGTAAGTCTTACTACGTTGGAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATATCACAATGGATCCTTTTGGGGTAAGTCTTACTACGTTGGAAGG  600

seq1  CAAATTATGGTTGTAGATATACATTGTTAAAAACTCTATTCTGCCTGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTATGGTTGTAGATATACATTGTTAAAAACTCTATTCTGCCTGGAG  650

seq1  GTTAACATCCCTGGTGCAAACCTTGTCAGATGTTCACTGGAAGAACAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACATCCCTGGTGCAAACCTTGTCAGATGTTCACTGGAAGAACAAAT  700

seq1  GTTTCCTTGAGAAATCTTTGTCAATTCAAATATAAGTGATTATCTACTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTTGAGAAATCTTTGTCAATTCAAATATAAGTGATTATCTACTAG  750

seq1  TATGTGTTTTGTCCTTCGTATAAAATTTGTGCTTCATACAAAAGAGCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTTTTGTCCTTCGTATAAAATTTGTGCTTCATACAAAAGAGCTGC  800

seq1  TGGTCTGGTTGCTGAAGCATTTAAGTGTTTTGATCCTTCATTACCTTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTGGTTGCTGAAGCATTTAAGTGTTTTGATCCTTCATTACCTTGGA  850

seq1  ATGTAGATGAGTACAGTGTGTACTCTCCATGTGCCACAGGAGCTGGGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGATGAGTACAGTGTGTACTCTCCATGTGCCACAGGAGCTGGGACA  900

seq1  GCAATACACTCCAAGGCTGAGATTTAAGCAGAGGCTCCTAGGAAACAGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATACACTCCAAGGCTGAGATTTAAGCAGAGGCTCCTAGGAAACAGCC  950

seq1  CCAG-CCTTTAATGTGAGCTTCACAATGTAACTGTAAACAAT-GGGATTG  998
      |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCAGCCCTTTAATGTGAGCTTCAC-ATGTAACTGTAAACAATGGGGATTG  999

seq1  CTGACTTGATTCATGCCACGAGGCAGTAGTTTTCTTACCACTGTTTTTGA  1048
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| 
seq2  CTGAC-TGATTCATGCCACGAGGCAGTAGTTTTCT--ACACTGTTTTTG-  1045

seq1  ACTAGGGAACAAACATGTTATTAGTGTGAAATTAGTGTTGACCTCATATG  1098
      |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  ACTA-GGAACAAACATGTTA-TAGTGTGAAA-TAGTGTTGA-CTCATATG  1091

seq1  CTCCCTTGAGATGGTCTCAAGAGTCCTCAGAGGTACATGTTTCTCATTTT  1148
      || ||| |||||| |||| ||||| ||| ||| ||| |||| ||||||||
seq2  CT-CCTGGAGATGATCTC-AGAGT-CTC-GAGTTAC-TGTTCCTCATTTT  1136

seq1  CAAAACTGCTACCTC-AGGTG  1168
      |||     ||||||| |||||
seq2  CAACTTGCCTACCTCAAGGTG  1157