BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298G03
Chromosome15 (Build37)
Map Location 100,797,265 - 100,943,577
singlet/doubletdoublet
Overlap geneScn8a, EG668225
Upstream geneGm920, D330037H05Rik, 4930478M13Rik, Dip2b, Atf1, 4930478A21Rik, EG432981, Mettl7a, ENSMUSG00000058057, LOC554292, Ubie, Yghl1-4, Slc11a2, EG432982, Letmd1, BC035295, Tcfcp2, Pou6f1, Dazap2, BC004728, Bin2, Ela1, Galnt6, Slc4a8
Downstream geneAnkrd33, Acvrl1, Acvr1b, Grasp, Nr4a1, 9430023L20Rik, 6030408B16Rik, Krt80, Krt7, Krt85, Krt83, 1700011A15Rik, 5430421N21Rik, EG574415, Krt84, Krt82, 4732456N10Rik, Krt75, EG432985, EG432986, EG406223, EG432987, Krt6b, Krt6a, Krt5, Krt71, Krt74, Krt72, Krt73, Krt2, LOC100043001, Krt1, Krt77, Krt76, Krt4, Krt79, Krt78, Krt8, Krt18, LOC676882, Eif4b, Tenc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298G03.bB6Ng01-298G03.g
ACCGA093502GA093503
length1,0631,088
definitionB6Ng01-298G03.b B6Ng01-298G03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,942,499 - 100,943,577)(100,797,265 - 100,798,354)
sequence
gaattctcttattgttccttagtcacaagatggctgctctaccccaagcc
atcagagtcaaatgtggaattctatgcagtaggtagaaaatatctatgac
gttataggccagacatctctgatcatttacagacaccctatctacagctt
tctttttctctagtcaccttagagctagctgctgtatggaatcccagtgg
atgagcacaggtgtgtgcacacaggtgcatgtgcacaggtggatgcacac
aggtgggtgcacacaggtggatagacataggcatgtgcacacaggtgtgt
gcacacaagtgaatgcacacaggtgtgtgcacacaagtgaatgcacacag
gtgtgtgcacacaagtgaatgcacacaggtgtgtgcacacaagtgaatgc
acacaggtgtgtgcatccacatttagctttcccattcttccagaggtgca
taagcgcaggtgtgtccacgcaggtggatgagcacaggtgtgtgcatcca
ccacatttaacgttcccattcttccaggggtgaatgtaccttaaggaaca
gtttattttgtctcacagctctagggttcaatctaccacaaccgagaggt
tatggaagcaggagaatgaggcagcctgctctacagagagagttctggga
cagccagggctacacagagaaactgtgtctcaaaaaaaaaaagtaagaga
aagaaaggaagaaagtgagcaaggatacaccacactagtcaggatgtgag
aaagaggagctcttattccctgctggcaggaatgcaaattggtagccata
atggtaaggattattcgagttcctccaaaggaaaaggaaagctgtcccac
cggccagccattccactcctgagcacatgctgcagtcagcatgcccaggc
acccatgcttcctggaacaccgttcacaacagcctagatagggagccaga
ccagatgctcatcacagacgagtgatgagaaagtgtggtcgtgtatgcag
agcgttacctgtcattagatgaagtcatgtgattgggaatatgatgtaac
aagaccatcacat
gaattcccattctccagaagtggtgtggagatcagtttcataactcgggg
accgttcttgacgcctgccttctccttggcgtgcctagctgcacgatcac
atgcctcgggtacaaatgatggtttgacgtcttttgcatgggcaagccaa
gctcattctccttggcgctcctggaacctgggcaagctcgctccccctgg
gcgcgatagcctacagcctggaggaaggccatgctggaagaaggctcaac
ccctgcacacttttcccttaggtgccattctggttaggtagaaagaaaag
aagagagaaggaagaacgagtctctgtcatctactctctcagcagacatt
taagtgtctgtctggggccaggtcctctcctagactaggcgcaacatcct
ttgctgctatcggcctcaggaagaagagtctgcagagcttacctctgagc
atctagatagtcccttgcaaaatacagtgggcaaaaaagcacactcaaac
gcccattagatagatcatcaccacaagggctgagccctgagcagtggctt
tatcccaaccaagtctcttcaaggggggcactagatgtgtaacagtaaca
catcacacgtgctctgggtcataccctgcattagatgtttctcctattat
ttcacttaaatatcacgacggttccatgagatcagaattgcagatctctg
tagacaaataacccgaggctcagacagtgattgatcgtaatcactgtgta
ccaggtgctgttaagtttgccgtatcaaactcacccagccctcacaacat
ctgatagccagccatgataatctcttatttacttttttatttgtggtggt
gctggggacggtgccagggcccttgcctgtgctgggcaaatgctctggcg
tctggcacaccctctttgaaattatccttttaaaggtagaaatgctgaga
tcccagagcctgagttgtagcgtccaggtgatatgtgtaagtagcacgct
ggttagactcagccacgacccacccagctacgcagcatgcttcacatcag
ccttcccggggtgccaaagttgatccaagctgagcacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_100942499_100943577
seq2: B6Ng01-298G03.b_46_1108 (reverse)

seq1  ATGTGATTGTCTTGTTTACATCCATTATTCCCCCAAATCACATGACTTCA  50
      ||||||| |||||| |||||||   |||||||   |||||||||||||||
seq2  ATGTGATGGTCTTG-TTACATC--ATATTCCC---AATCACATGACTTCA  44

seq1  TTCTAAATGGCCAGGTAACGCTCCCTTGCATACACGGACCACACTTTCTT  100
       |||||   | ||||||||||||   ||||||||| |||||||||||| |
seq2  -TCTAA--TGACAGGTAACGCTC---TGCATACAC-GACCACACTTTC-T  86

seq1  CATCCACTCGTCTGTTGATGAGCATCTGGTCTGGCTCCCTATCTAGGCTG  150
      ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAT-CACTCGTCTG-TGATGAGCATCTGGTCTGGCTCCCTATCTAGGCTG  134

seq1  TTGTGAACGGTGTTCCAGGAAGCATGGGTGCCTGGGCATGCTGACTGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAACGGTGTTCCAGGAAGCATGGGTGCCTGGGCATGCTGACTGCAG  184

seq1  CATGTGCTCAGGAGTGGAATGGCTGGCCGGTGGGACAGCTTTCCTTTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCTCAGGAGTGGAATGGCTGGCCGGTGGGACAGCTTTCCTTTTCC  234

seq1  TTTGGAGGAACTCGAATAATCCTTACCATTATGGCTACCAATTTGCATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGGAACTCGAATAATCCTTACCATTATGGCTACCAATTTGCATTC  284

seq1  CTGCCAGCAGGGAATAAGAGCTCCTCTTTCTCACATCCTGACTAGTGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGCAGGGAATAAGAGCTCCTCTTTCTCACATCCTGACTAGTGTGG  334

seq1  TGTATCCTTGCTCACTTTCTTCCTTTCTTTCTCTTACTTTTTTTTTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCCTTGCTCACTTTCTTCCTTTCTTTCTCTTACTTTTTTTTTTTGA  384

seq1  GACACAGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCCAGAACTCTCTCTGTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCCAGAACTCTCTCTGTAGA  434

seq1  GCAGGCTGCCTCATTCTCCTGCTTCCATAACCTCTCGGTTGTGGTAGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTGCCTCATTCTCCTGCTTCCATAACCTCTCGGTTGTGGTAGATT  484

seq1  GAACCCTAGAGCTGTGAGACAAAATAAACTGTTCCTTAAGGTACATTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCTAGAGCTGTGAGACAAAATAAACTGTTCCTTAAGGTACATTCAC  534

seq1  CCCTGGAAGAATGGGAACGTTAAATGTGGTGGATGCACACACCTGTGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAAGAATGGGAACGTTAAATGTGGTGGATGCACACACCTGTGCTC  584

seq1  ATCCACCTGCGTGGACACACCTGCGCTTATGCACCTCTGGAAGAATGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCTGCGTGGACACACCTGCGCTTATGCACCTCTGGAAGAATGGGA  634

seq1  AAGCTAAATGTGGATGCACACACCTGTGTGCATTCACTTGTGTGCACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAAATGTGGATGCACACACCTGTGTGCATTCACTTGTGTGCACACA  684

seq1  CCTGTGTGCATTCACTTGTGTGCACACACCTGTGTGCATTCACTTGTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTGCATTCACTTGTGTGCACACACCTGTGTGCATTCACTTGTGTG  734

seq1  CACACACCTGTGTGCATTCACTTGTGTGCACACACCTGTGTGCACATGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACCTGTGTGCATTCACTTGTGTGCACACACCTGTGTGCACATGCC  784

seq1  TATGTCTATCCACCTGTGTGCACCCACCTGTGTGCATCCACCTGTGCACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTATCCACCTGTGTGCACCCACCTGTGTGCATCCACCTGTGCACA  834

seq1  TGCACCTGTGTGCACACACCTGTGCTCATCCACTGGGATTCCATACAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTGTGTGCACACACCTGTGCTCATCCACTGGGATTCCATACAGCA  884

seq1  GCTAGCTCTAAGGTGACTAGAGAAAAAGAAAGCTGTAGATAGGGTGTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCTCTAAGGTGACTAGAGAAAAAGAAAGCTGTAGATAGGGTGTCTG  934

seq1  TAAATGATCAGAGATGTCTGGCCTATAACGTCATAGATATTTTCTACCTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGATCAGAGATGTCTGGCCTATAACGTCATAGATATTTTCTACCTA  984

seq1  CTGCATAGAATTCCACATTTGACTCTGATGGCTTGGGGTAGAGCAGCCAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATAGAATTCCACATTTGACTCTGATGGCTTGGGGTAGAGCAGCCAT  1034

seq1  CTTGTGACTAAGGAACAATAAGAGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGACTAAGGAACAATAAGAGAATTC  1063

seq1: chr15_100797265_100798354
seq2: B6Ng01-298G03.g_65_1152

seq1  GAATTCCCATTCTCCAGAAGTGGTGTGGAGATCAGTTTCATAACTCGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATTCTCCAGAAGTGGTGTGGAGATCAGTTTCATAACTCGGGG  50

seq1  ACCGTTCTTGACGCCTGCCTTCTCCTTGGCGTGCCTAGCTGCACGATCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTTCTTGACGCCTGCCTTCTCCTTGGCGTGCCTAGCTGCACGATCAC  100

seq1  ATGCCTCGGGTACAAATGATGGTTTGACGTCTTTTGCATGGGCAAGCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCGGGTACAAATGATGGTTTGACGTCTTTTGCATGGGCAAGCCAA  150

seq1  GCTCATTCTCCTTGGCGCTCCTGGAACCTGGGCAAGCTCGCTCCCCCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATTCTCCTTGGCGCTCCTGGAACCTGGGCAAGCTCGCTCCCCCTGG  200

seq1  GCGCGATAGCCTACAGCCTGGAGGAAGGCCATGCTGGAAGAAGGCTCAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCGATAGCCTACAGCCTGGAGGAAGGCCATGCTGGAAGAAGGCTCAAC  250

seq1  CCCTGCACACTTTTCCCTTAGGTGCCATTCTGGTTAGGTAGAAAGAAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCACACTTTTCCCTTAGGTGCCATTCTGGTTAGGTAGAAAGAAAAG  300

seq1  AAGAGAGAAGGAAGAACGAGTCTCTGTCATCTACTCTCTCAGCAGACATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGAAGGAAGAACGAGTCTCTGTCATCTACTCTCTCAGCAGACATT  350

seq1  TAAGTGTCTGTCTGGGGCCAGGTCCTCTCCTAGACTAGGCGCAACATCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTCTGTCTGGGGCCAGGTCCTCTCCTAGACTAGGCGCAACATCCT  400

seq1  TTGCTGCTATCGGCCTCAGGAAGAAGAGTCTGCAGAGCTTACCTCTGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCTATCGGCCTCAGGAAGAAGAGTCTGCAGAGCTTACCTCTGAGC  450

seq1  ATCTAGATAGTCCCTTGCAAAATACAGTGGGCAAAAAAGCACACTCAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGATAGTCCCTTGCAAAATACAGTGGGCAAAAAAGCACACTCAAAC  500

seq1  GCCCATTAGATAGATCATCACCACAAGGGCTGAGCCCTGAGCAGTGGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATTAGATAGATCATCACCACAAGGGCTGAGCCCTGAGCAGTGGCTT  550

seq1  TATCCCAACCAAGTCTCTTCAAGGGGGGCACTAGATGTGTAACAGTAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCAACCAAGTCTCTTCAAGGGGGGCACTAGATGTGTAACAGTAACA  600

seq1  CATCACACGTGCTCTGGGTCATACCCTGCATTAGATGTTTCTCCTATTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACACGTGCTCTGGGTCATACCCTGCATTAGATGTTTCTCCTATTAT  650

seq1  TTCACTTAAATATCACGACGGTTCCATGAGATCAGAATTGCAGATCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTAAATATCACGACGGTTCCATGAGATCAGAATTGCAGATCTCTG  700

seq1  TAGACAAATAACCCGAGGCTCAGACAGTGATTGATCGTAATCACTGTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAAATAACCCGAGGCTCAGACAGTGATTGATCGTAATCACTGTGTA  750

seq1  CCAGGTGCTGTTAAGTTTGCCGTATCAAACTCACCCAGCCCTCACAACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGCTGTTAAGTTTGCCGTATCAAACTCACCCAGCCCTCACAACAT  800

seq1  CTGATAGCCAGCCATGATAATCTCTTATTTACTTTTTTATTTGTGGTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAGCCAGCCATGATAATCTCTTATTTACTTTTTTATTTGTGGTGGT  850

seq1  GCTGGGGACGGTGCCAGGG-CCTTGCCTGTGCTGGGCAAATGCTCTGGCG  899
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGACGGTGCCAGGGCCCTTGCCTGTGCTGGGCAAATGCTCTGGCG  900

seq1  TCTGGCACAACCTC-TTGAAATTATCCTTTTAAAGGTAGAAATGCTGAGA  948
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCACACCCTCTTTGAAATTATCCTTTTAAAGGTAGAAATGCTGAGA  950

seq1  TCCCAGAGCCTGAGTTGTAGCGTCCAGGTGATATGTGTAAGTAGCACGCC  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCCCAGAGCCTGAGTTGTAGCGTCCAGGTGATATGTGTAAGTAGCACG-C  999

seq1  TGGTTAGACTCAGCCACGACCCACCCAGCTACGGCAGGCATGC-TCACAT  1047
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||
seq2  TGGTTAGACTCAGCCACGACCCACCCAGCTAC-GCA-GCATGCTTCACAT  1047

seq1  CAGCCTTCCCCGGGGTGCCCAAAGTTGATCAAAGCTGAGCACC  1090
      ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAGCCTT-CCCGGGGTG-CCAAAGTTGATCCAAGCTGAGCACC  1088