BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298H22
Chromosome15 (Build37)
Map Location 39,790,868 - 39,937,511
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039130, LOC670013
Upstream geneTOB3L, Fzd6, LOC636952, Cthrc1, Slc25a32, Wdsof1, LOC671215, Rims2, Tm7sf4, Dpys, Lrp12
Downstream geneLOC664872, Zfpm2, Ppia-ps25
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298H22.bB6Ng01-298H22.g
ACCGA093586GA093587
length1,0711,146
definitionB6Ng01-298H22.b B6Ng01-298H22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,936,441 - 39,937,511)(39,790,868 - 39,792,034)
sequence
gaattcagttcttcctctgagcatgtcacagtgcattaccctgccagagt
tagcacatttgaacatcttgtcaccgcgcgaatgtcacaaccgtggcata
actgagctcatctttttcattcagaggttgattctggcagctatgatcct
gactttaaaattacattgcaataaatcttacttcatacatactgtctgtc
taaaagtaatttgattcatgagtcctataagatgttctatctttaagagt
tatgttcagactagctaatgcacatctaagcctttttccaattttatatt
tgcctttaatttatgcacaattgtgaacaaatggccaagtccctgtaagc
atgctcagagtgcctggatattttaagcccttctcattccagtgtagaca
ggcaaaagtaaaaggagggacttagcccagagagctaggaactagatcct
tgtttgtacaatttcctttttagacaggagaagactggcttctacaacac
ccacaatcagtgacacagaacataagaaactacaaaatcaaaggatttgg
gaactttggcattgtgttgagtcatttatgtcacatattatgggatttta
gagtttctacttgattttgccttaatctaaactttaatgtcatacagctg
agcatgttactcataatcctgattttactattttttctcaatttaatcta
ttttcaagattgttgtgaatcagccaactgtggtactcaggactcaagag
catcaggacaaccacaagctctagattctaagatgatgtacataataagt
tctaggtctggcagagctacacagcaagaccatttctcaaaacaaaacaa
agcaaaagattgttataattaaacatcatttgaaactatttctcttgatc
ctgttatccagtcttcttttatttgtttgctggaaaactttgcatttctt
taattattatagatcacacatacagagttaaaaaggcctaagaaagagcc
tgctacaagtcaaaaagaaaaagatgtgactttagcattaaggtgtgtgt
gtgtgtgtataatgtttaatg
gaattcctactctgctcttcatgcatgctatttttaatattggtaaattt
gagttaaatgcagtttaagtgactaagtctcagagaacttgttctgtcac
ttacataagaaatctaacccatagatagcagagcataatttgaactcaaa
tcattagatgctgggctatttatactctgtcatgttaatcataccagctc
atcttgtccttttagcaataacagcagaagacgttttagaaatgtacttg
ttatatacatttaacacagactataacattcagcttcaatacccttacaa
agcagacacaactggcactttactctataaaagaggaaaagtgttcagtg
atacagcaaagttaaacaaccaatgagattgaatccataagaggatgtta
tagtgattcctatctgatggagagccagattcacagagatccactgatgt
gctgatgtttgctcagtggctaagtgtccaactgggtctcaccagtcttc
tgatggcaatcttcatggccttaacaagagtagcataacattatttttaa
atatggagttattaacggctcttgaaagatgcaagagctgtgtaataaga
actctaagcatttactctgtgtgaaacttaaaagtgaatgcaagagatgc
agaagaaacatattaagaacactaagtaaccatttcacaccatgaagaat
aactgtggacccctgagaaactgcactaaaagacaatccaaccaagcatg
tagaaatcagaaattggatcgctctgtggaaacaaatgccaaggtatgat
ttaatctgtgcaataagtgtacccttttaagtcaacttgcttcctattcc
ttttcctccgtgtgtgatagctaattctcttcggtcacttttcctatcat
tttaaaggcagcaatcatgaccttattaatagatatcacggctttctaat
ctaaagattacgactagaaagtccatttctaaattcaatatctgatcttt
cttatttttctttagcagtgagtatagcaatttactacaacatatgttgt
tttatggttcagtagatgttgcaccatcttgcctgcccacgcaaggtgct
tgactcttttagccatgtcttgctggcagaaatccacttcctcatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_39936441_39937511
seq2: B6Ng01-298H22.b_49_1119 (reverse)

seq1  CATAAAACA-TATACACACACACACACA-CTTAATGCTTAAAGTCACATT  48
      ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| 
seq2  CATTAAACATTATACACACACACACACACCTTAATGC-TAAAGTCACATC  49

seq1  CTTTTC-TTTTGACTTGTAGCAGGCCTCTTTCTTTAGGCCTTTTTAACTC  97
       ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTTTGACTTGTAGCAGG-CTCTTTC-TTAGGCCTTTTTAACTC  97

seq1  TGTATGTGTGATCTAT-ATAATTAAAGAAATGCAAAGTTTTCCAGCAAAC  146
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGTGATCTATAATAATTAAAGAAATGCAAAGTTTTCCAGCAAAC  147

seq1  AAATAAAAGAAGACTGGATAACAGGATCAAAGAGAAATAGTTTCAAATGA  196
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAGAAGACTGGATAACAGGATC-AAGAGAAATAGTTTCAAATGA  196

seq1  TGTTTAATTATAACAATCTTTTGCTTTGTTTTGTTTTGAGAAATGGTCTT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAATTATAACAATCTTTTGCTTTGTTTTGTTTTGAGAAATGGTCTT  246

seq1  GCTGTGTAGCTCTGCCAGACCTAGAACTTATTATGTACATCATCTTAGAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTAGCTCTGCCAGACCTAGAACTTATTATGTACATCATCTTAGAA  296

seq1  TCTAGAGCTTGTGGTTGTCCTGATGCTCTTGAGTCCTGAGTACCACAGTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAGCTTGTGGTTGTCCTGATGCTCTTGAGTCCTGAGTACCACAGTT  346

seq1  GGCTGATTCACAACAATCTTGAAAATAGATTAAATTGAGAAAAAATAGTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGATTCACAACAATCTTGAAAATAGATTAAATTGAGAAAAAATAGTA  396

seq1  AAATCAGGATTATGAGTAACATGCTCAGCTGTATGACATTAAAGTTTAGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAGGATTATGAGTAACATGCTCAGCTGTATGACATTAAAGTTTAGA  446

seq1  TTAAGGCAAAATCAAGTAGAAACTCTAAAATCCCATAATATGTGACATAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCAAAATCAAGTAGAAACTCTAAAATCCCATAATATGTGACATAA  496

seq1  ATGACTCAACACAATGCCAAAGTTCCCAAATCCTTTGATTTTGTAGTTTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTCAACACAATGCCAAAGTTCCCAAATCCTTTGATTTTGTAGTTTC  546

seq1  TTATGTTCTGTGTCACTGATTGTGGGTGTTGTAGAAGCCAGTCTTCTCCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTCTGTGTCACTGATTGTGGGTGTTGTAGAAGCCAGTCTTCTCCT  596

seq1  GTCTAAAAAGGAAATTGTACAAACAAGGATCTAGTTCCTAGCTCTCTGGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAAAAGGAAATTGTACAAACAAGGATCTAGTTCCTAGCTCTCTGGG  646

seq1  CTAAGTCCCTCCTTTTACTTTTGCCTGTCTACACTGGAATGAGAAGGGCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTCCCTCCTTTTACTTTTGCCTGTCTACACTGGAATGAGAAGGGCT  696

seq1  TAAAATATCCAGGCACTCTGAGCATGCTTACAGGGACTTGGCCATTTGTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATCCAGGCACTCTGAGCATGCTTACAGGGACTTGGCCATTTGTT  746

seq1  CACAATTGTGCATAAATTAAAGGCAAATATAAAATTGGAAAAAGGCTTAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTGTGCATAAATTAAAGGCAAATATAAAATTGGAAAAAGGCTTAG  796

seq1  ATGTGCATTAGCTAGTCTGAACATAACTCTTAAAGATAGAACATCTTATA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATTAGCTAGTCTGAACATAACTCTTAAAGATAGAACATCTTATA  846

seq1  GGACTCATGAATCAAATTACTTTTAGACAGACAGTATGTATGAAGTAAGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCATGAATCAAATTACTTTTAGACAGACAGTATGTATGAAGTAAGA  896

seq1  TTTATTGCAATGTAATTTTAAAGTCAGGATCATAGCTGCCAGAATCAACC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGCAATGTAATTTTAAAGTCAGGATCATAGCTGCCAGAATCAACC  946

seq1  TCTGAATGAAAAAGATGAGCTCAGTTATGCCACGGTTGTGACATTCGCGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATGAAAAAGATGAGCTCAGTTATGCCACGGTTGTGACATTCGCGC  996

seq1  GGTGACAAGATGTTCAAATGTGCTAACTCTGGCAGGGTAATGCACTGTGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACAAGATGTTCAAATGTGCTAACTCTGGCAGGGTAATGCACTGTGA  1046

seq1  CATGCTCAGAGGAAGAACTGAATTC  1071
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCAGAGGAAGAACTGAATTC  1071

seq1: chr15_39790868_39792034
seq2: B6Ng01-298H22.g_66_1211

seq1  GAATTCCTACTCTGCTCTTCATGCATGCTATTTTTAATATTGGTAAATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACTCTGCTCTTCATGCATGCTATTTTTAATATTGGTAAATTT  50

seq1  GAGTTAAATGCAGTTTAAGTGACTAAGTCTCAGAGAACTTGTTCTGTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAAATGCAGTTTAAGTGACTAAGTCTCAGAGAACTTGTTCTGTCAC  100

seq1  TTACATAAGAAATCTAACCCATAGATAGCAGAGCATAATTTGAACTCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATAAGAAATCTAACCCATAGATAGCAGAGCATAATTTGAACTCAAA  150

seq1  TCATTAGATGCTGGGCTATTTATACTCTGTCATGTTAATCATACCAGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAGATGCTGGGCTATTTATACTCTGTCATGTTAATCATACCAGCTC  200

seq1  ATCTTGTCCTTTTAGCAATAACAGCAGAAGACGTTTTAGAAATGTACTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTCCTTTTAGCAATAACAGCAGAAGACGTTTTAGAAATGTACTTG  250

seq1  TTATATACATTTAACACAGACTATAACATTCAGCTTCAATACCCTTACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATACATTTAACACAGACTATAACATTCAGCTTCAATACCCTTACAA  300

seq1  AGCAGACACAACTGGCACTTTACTCTATAAAAGAGGAAAAGTGTTCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACACAACTGGCACTTTACTCTATAAAAGAGGAAAAGTGTTCAGTG  350

seq1  ATACAGCAAAGTTAAACAACCAATGAGATTGAATCCATAAGAGGATGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGCAAAGTTAAACAACCAATGAGATTGAATCCATAAGAGGATGTTA  400

seq1  TAGTGATTCCTATCTGATGGAGAGCCAGATTCACAGAGATCCACTGATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATTCCTATCTGATGGAGAGCCAGATTCACAGAGATCCACTGATGT  450

seq1  GCTGATGTTTGCTCAGTGGCTAAGTGTCCAACTGGGTCTCACCAGTCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATGTTTGCTCAGTGGCTAAGTGTCCAACTGGGTCTCACCAGTCTTC  500

seq1  TGATGGCAATCTTCATGGCCTTAACAAGAGTAGCATAACATTATTTTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCAATCTTCATGGCCTTAACAAGAGTAGCATAACATTATTTTTAA  550

seq1  ATATGGAGTTATTAACGGCTCTTGAAAGATGCAAGAGCTGTGTAATAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGAGTTATTAACGGCTCTTGAAAGATGCAAGAGCTGTGTAATAAGA  600

seq1  ACTCTAAGCATTTACTCTGTGTGAAACTTAAAAGTGAATGCAAGAGATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAAGCATTTACTCTGTGTGAAACTTAAAAGTGAATGCAAGAGATGC  650

seq1  AGAAGAAACATATTAAGAACACTAAGTAACCATTTCACACCATGAAGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAACATATTAAGAACACTAAGTAACCATTTCACACCATGAAGAAT  700

seq1  AACTGTGGACCCCTGAGAAACTGCACTAAAAGACAATCCAACCAAGCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGGACCCCTGAGAAACTGCACTAAAAGACAATCCAACCAAGCATG  750

seq1  TAGAAATCAGAAATTGGATCGCTCTGTGGAAACAAATGCCAAGGTATGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATCAGAAATTGGATCGCTCTGTGGAAACAAATGCCAAGGTATGAT  800

seq1  TTAATCTGTGCAATAAGTGTACCCTTTTAAGTCAACTTGCTTCCTATTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTGTGCAATAAGTGTACCCTTTTAAGTCAACTTGCTTCCTATTCC  850

seq1  TTTTCCTCCGTGTGTGATAGCTAATTCTCTTCGGTCACTTTTCCTATCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTCCGTGTGTGATAGCTAATTCTCTTCGGTCACTTTTCCTATCAT  900

seq1  TTTAAAGGCAAGCAATCATGACCTTATTAATAGAATATCACGGCTTTCTA  950
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGGC-AGCAATCATGACCTTATTAATAG-ATATCACGGCTTTCTA  948

seq1  ATCTAAAGATTAAGGACTTAAGAAAGTCCATTTCTAAATTTCAAATTATT  1000
      ||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||| |||||  ||| 
seq2  ATCTAAAGATT-ACGACT--AGAAAGTCCATTTCTAAA-TTCAA--TAT-  991

seq1  CCTGGATCTTTCCTTATTTTTCTTTAGCAGTGAGTATAAGCATTTACTAC  1050
       || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||| 
seq2  -CT-GATCTTT-CTTATTTTTCTTTAGCAGTGAGTATAGCAATTTACTA-  1037

seq1  CAACAATATGTGTTTTTTATTGTTCAAGTAGAATGTGGCACCCATCCTGG  1100
      |||| |||||| | |||||| |||| ||||| |||| ||| ||||| || 
seq2  CAAC-ATATGT-TGTTTTATGGTTC-AGTAG-ATGTTGCA-CCATCTTGC  1082

seq1  CTGCCCACGCAAAGTGCTAGACTCTTATAGCCATTGTCTTGTCTGGCAGA  1150
      |||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||||
seq2  CTGCCCACGCAAGGTGCTTGACTCTTTTAGCCA-TGTCTTG-CTGGCAGA  1130

seq1  AATTCCACTTCCTCATG  1167
      || ||||||||||||||
seq2  AA-TCCACTTCCTCATG  1146