BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-301H22
Chromosome15 (Build37)
Map Location 58,830,457 - 58,963,101
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMtss1, LOC100040330
Upstream gene9130401M01Rik, Zhx1, Atad2, LOC665244, 2410187C16Rik, Fbxo32, 8230402K04Rik, Anxa13, LOC100040231, D15Ertd621e, EG631797, Tmem65, EG546638, Trmt12, Rnf139, Tatdn1, Ndufb9
Downstream geneEG268809, LOC665565, Sqle, E430025E21Rik, Nsmce2, Trib1, LOC665602, EG632248, LOC665613, 4933412E24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-301H22.bB6Ng01-301H22.g
ACCGA095792GA095793
length1,1531,153
definitionB6Ng01-301H22.b B6Ng01-301H22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,830,457 - 58,831,602)(58,961,931 - 58,963,101)
sequence
gaattcctgtgggagaaggaagggcagggagggaagagagggtcagaagc
cactgacttagcttctcctgagcatcctccatcttctcacagcaactcta
agaagagggcgagggtgtaggatgatgatgtcaggaaatggggtctccag
caaggcaagaaggctcctccacctctccctccgccttgtggggttttaac
aagacccgggcacttgaaaagaaaccggagttgtgccaagaacacgggct
ttggaacactctgggcccaggcccagcaagtacacagtgtgcgtgctatg
tgatcccaggtagtcaggtggccccagccttcgtagttcccggatacaag
gtgtcgggcatgaggcgacacatgcccaccatgagatccaatagaaacga
gtagtgcaggagacgtgtctggtggcactgcgagccagaacccaagtgcc
aattcccacctctcatttctttcataatcctggaaacctttggctcgagt
gttctagaacacttgcttggtgtgtcgtaatgctcagctgcccaccaacg
tgttcctgaatcaagcagaaagccctgaagttaagctcctaacccatgcc
tagagccaaaagtacagttgagtaagaaaagataataatgactaagggta
gagtgtaaaaatttcatcagcagacacaccatagtcccagcccacgctcc
aaggtcttacccttgcttcgagaatacacgtgcatgcgcatgcactccga
actgaagttgaaggcaagaggggagctgccagggaaacagggaggccagg
gaaggtcgtctggacctcgattccaggaaggctttggcgtttcttgagga
cagctaagctgtctctccactgacacaaaatgtccttttactctccagag
tcagcaaacatagtgagctgctttcataacagggctcttgccaacacctt
gaagagcatgttacctagccagcggtgcagaagccccggtaactggttac
cactggccagatcaggtctgctggcactgcatccccacccccaccccttc
cgctaacctgatgttcctttattgttcctaacttggatgactgccccagt
gcacaggtgtacctcagtcgttggttcatccagctccatgctgcacttca
tcc
gaattcactcttgacctaaattcagtaggtgaatgtatgtggagctggac
agatagctcagtggttaggggaacttgttgcacttgccaaggacccaagt
tcagtccccatcacacacattgtggctcacaaaccccgtaactctgctct
tggagatcaatactctcttctgacctcgataggtaccaagcacacgtgtg
tcgcacatacatatgtggcaggcaaaacacttatacacatgaataaatct
ataaagaaaggcacatgttttctgtaataaactaatcaaggaggtacaaa
gaaaccaggaagtgagggttggggctttgagacttgaattttccattctc
caactgcgggattctggaatggccatttgctgcctgtcaaaactttgaat
cctgtgtctttgaaggaagctatttatagaacttacctcagagtctctgg
gggaagaacaaacgagcttgtacaaggcgtggacagcccttcatcacaac
tatttatgatttttgtggttgtaagagaagacaatgatgatagacagaat
taaagttaccgaggaaagacctgatgtgtatctaactcgatcatagtctt
taaattccttaagagtgttctttcatcatagcacttgttgaaaatgcgat
tgtttaattcaaagagaaatattttaatataataaataaggagagagatg
ctgggcttgctttgaacatcaatatgcatcatcttaagttctataaacag
taatatcctgcagttgggatgccaagactgtgtcacctttcaattacgag
tgtcccatctgagcctctgcacatgtaacctgcaaaatagaaaagtcatt
tttgaggacttcatggcttatgattttgtgccctcagagtacaatgtaat
agataaaagacattttaagtgattcctttttgcattaaaactataaagtc
aggaaagagatacaccagcaggtttttctatcactcggcataggaaacaa
agcatcaattcgctgtactctgctgggagccgccaagaaatcttgggtag
agacagttcaaaagcattagagaaatgcaagccgtgtctgaactatctgc
tagccaagaatgagttgcatattaggtcaaggcagcaagaattcatggtc
tgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_58830457_58831602
seq2: B6Ng01-301H22.b_45_1197

seq1  GAATTCCTGTGGGAGAAGGAAGGGCAGGGAGGGAAGAGAGGGTCAGAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTGGGAGAAGGAAGGGCAGGGAGGGAAGAGAGGGTCAGAAGC  50

seq1  CACTGACTTAGCTTCTCCTGAGCATCCTCCATCTTCTCACAGCAACTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACTTAGCTTCTCCTGAGCATCCTCCATCTTCTCACAGCAACTCTA  100

seq1  AGAAGAGGGCGAGGGTGTAGGATGATGATGTCAGGAAATGGGGTCTCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGGGCGAGGGTGTAGGATGATGATGTCAGGAAATGGGGTCTCCAG  150

seq1  CAAGGCAAGAAGGCTCCTCCACCTCTCCCTCCGCCTTGTGGGGTTTTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCAAGAAGGCTCCTCCACCTCTCCCTCCGCCTTGTGGGGTTTTAAC  200

seq1  AAGACCCGGGCACTTGAAAAGAAACCGGAGTTGTGCCAAGAACACGGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCGGGCACTTGAAAAGAAACCGGAGTTGTGCCAAGAACACGGGCT  250

seq1  TTGGAACACTCTGGGCCCAGGCCCAGCAAGTACACAGTGTGCGTGCTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACACTCTGGGCCCAGGCCCAGCAAGTACACAGTGTGCGTGCTATG  300

seq1  TGATCCCAGGTAGTCAGGTGGCCCCAGCCTTCGTAGTTCCCGGATACAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCCAGGTAGTCAGGTGGCCCCAGCCTTCGTAGTTCCCGGATACAAG  350

seq1  GTGTCGGGCATGAGGCGACACATGCCCACCATGAGATCCAATAGAAACGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCGGGCATGAGGCGACACATGCCCACCATGAGATCCAATAGAAACGA  400

seq1  GTAGTGCAGGAGACGTGTCTGGTGGCACTGCGAGCCAGAACCCAAGTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGCAGGAGACGTGTCTGGTGGCACTGCGAGCCAGAACCCAAGTGCC  450

seq1  AATTCCCACCTCTCATTTCTTTCATAATCCTGGAAACCTTTGGCTCGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCACCTCTCATTTCTTTCATAATCCTGGAAACCTTTGGCTCGAGT  500

seq1  GTTCTAGAACACTTGCTTGGTGTGTCGTAATGCTCAGCTGCCCACCAACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAGAACACTTGCTTGGTGTGTCGTAATGCTCAGCTGCCCACCAACG  550

seq1  TGTTCCTGAATCAAGCAGAAAGCCCTGAAGTTAAGCTCCTAACCCATGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTGAATCAAGCAGAAAGCCCTGAAGTTAAGCTCCTAACCCATGCC  600

seq1  TAGAGCCAAAAGTACAGTTGAGTAAGAAAAGATAATAATGACTAAGGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCCAAAAGTACAGTTGAGTAAGAAAAGATAATAATGACTAAGGGTA  650

seq1  GAGTGTAAAAATTTCATCAGCAGACACACCATAGTCCCAGCCCACGCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTAAAAATTTCATCAGCAGACACACCATAGTCCCAGCCCACGCTCC  700

seq1  AAGGTCTTACCCTTGCTTCGAGAATACACGTGCATGCGCATGCACTCCGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTTACCCTTGCTTCGAGAATACACGTGCATGCGCATGCACTCCGA  750

seq1  ACTGAAGTTGAAGGCAAGAGGGGAGCTGCCAGGGAAACAGGGAGGCCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGTTGAAGGCAAGAGGGGAGCTGCCAGGGAAACAGGGAGGCCAGG  800

seq1  GAAGGTCGTCTGGACCTCGATTCCAGGAAGGC-TTGGCGTTTC-TGAGGA  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  GAAGGTCGTCTGGACCTCGATTCCAGGAAGGCTTTGGCGTTTCTTGAGGA  850

seq1  CAGCTAAGCTGTCTCTCCACTGACACAAAATGTCC-TTTACTCTCCAGAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CAGCTAAGCTGTCTCTCCACTGACACAAAATGTCCTTTTACTCTCCAGAG  900

seq1  TCAGCAAACATAGTGAGCTGCTTTCATAACAGGGCTC-TGCC-ACACCTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  TCAGCAAACATAGTGAGCTGCTTTCATAACAGGGCTCTTGCCAACACCTT  950

seq1  GAAGAGCATG-TACCTAGCCAGGCGTGCAGAAGCCCCGGT-ACTGGT--A  991
      |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||   
seq2  GAAGAGCATGTTACCTAGCCAGCGGTGCAGAAGCCCCGGTAACTGGTTAC  1000

seq1  CACTGGCCAGATCAGGTCCTGCTGGCACTGCATCCCCCAACCCCCACCCC  1041
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  CACTGGCCAGATCAGGT-CTGCTGGCACTGCATCCCC--ACCCCCACCCC  1047

seq1  TTCCGCTAACCTTGATGTTCCTTTA-TGTTCCCAGACTTGGATGACAGCC  1090
      ||||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||
seq2  TTCCGCTAACC-TGATGTTCCTTTATTGTTCCTA-ACTTGGATGACTGCC  1095

seq1  CCAGTGCACAGGTG-ACCTCAAGCTGTGG-TCAACCAGCTCCATGCTGCA  1138
      |||||||||||||| ||||||  |  ||| ||| ||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCACAGGTGTACCTCAGTCGTTGGTTCATCCAGCTCCATGCTGCA  1145

seq1  CCTCATCC  1146
      | ||||||
seq2  CTTCATCC  1153

seq1: chr15_58961931_58963101
seq2: B6Ng01-301H22.g_66_1218 (reverse)

seq1  CCAGACCCATTAAATTCTTGCTGCCTGGGACCTTATTTATGCAAACTCTA  50
      |||||||   | ||||||||||||||  ||||| |  ||||| ||||| |
seq2  CCAGACC--ATGAATTCTTGCTGCCT-TGACCTAA--TATGC-AACTC-A  43

seq1  TTCTCTGCTAGGCAGATTAAGTCAAGACACGGCTTTGCATTTCTCTAATG  100
      ||||  |||| ||||||  |||  ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGCTA-GCAGAT--AGTTCAGACACGGC-TTGCATTTCTCTAATG  89

seq1  CTTTTGAACTGTCTCTACCCAGATTTTCCTTTGGCGGCTCCCAGCAAGAG  150
      |||||||||||||||||||||   ||||  ||||||||||||||| ||||
seq2  CTTTTGAACTGTCTCTACCCAAGATTTC--TTGGCGGCTCCCAGC-AGAG  136

seq1  TACAGCGGAATTGATGCTTTGTTTCCTATTGCCGGAGTGATAGAAAAACC  200
      |||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  TACAGC-GAATTGATGCTTTGTTTCCTA-TGCC-GAGTGATAGAAAAACC  183

seq1  TGCTGGTGTATCTCTTTTCCTGACTTTATAGTTTTAATGCAAAAAGGAAT  250
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGTGTATCTC-TTTCCTGACTTTATAGTTTTAATGCAAAAAGGAAT  232

seq1  CACTTAAAATGTCTTTTATCTATTACATTTGTACTCTGAGGGCACAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAAAATGTCTTTTATCTATTACA-TTGTACTCTGAGGGCACAAAAT  281

seq1  CAT-AGCCATGAAGTCCTCAAAAATGACTTTTCTATTTTGCAGGTTACAT  349
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGCCATGAAGTCCTCAAAAATGACTTTTCTATTTTGCAGGTTACAT  331

seq1  GTGCAGAGGCTCAGATGGGACACTCGTAATTGAAAGGTGACACAGTCTTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGAGGCTCAGATGGGACACTCGTAATTGAAAGGTGACACAGTCTTG  381

seq1  GCATCCCAACTGCAGGATATTACTGTTTATAGAACTTAAGATGATGCATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCCAACTGCAGGATATTACTGTTTATAGAACTTAAGATGATGCATA  431

seq1  TTGATGTTCAAAGCAAGCCCAGCATCTCTCTCCTTATTTATTATATTAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTTCAAAGCAAGCCCAGCATCTCTCTCCTTATTTATTATATTAAA  481

seq1  ATATTTCTCTTTGAATTAAACAATCGCATTTTCAACAAGTGCTATGATGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCTCTTTGAATTAAACAATCGCATTTTCAACAAGTGCTATGATGA  531

seq1  AAGAACACTCTTAAGGAATTTAAAGACTATGATCGAGTTAGATACACATC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACACTCTTAAGGAATTTAAAGACTATGATCGAGTTAGATACACATC  581

seq1  AGGTCTTTCCTCGGTAACTTTAATTCTGTCTATCATCATTGTCTTCTCTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTTCCTCGGTAACTTTAATTCTGTCTATCATCATTGTCTTCTCTT  631

seq1  ACAACCACAAAAATCATAAATAGTTGTGATGAAGGGCTGTCCACGCCTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCACAAAAATCATAAATAGTTGTGATGAAGGGCTGTCCACGCCTTG  681

seq1  TACAAGCTCGTTTGTTCTTCCCCCAGAGACTCTGAGGTAAGTTCTATAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGCTCGTTTGTTCTTCCCCCAGAGACTCTGAGGTAAGTTCTATAAA  731

seq1  TAGCTTCCTTCAAAGACACAGGATTCAAAGTTTTGACAGGCAGCAAATGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCCTTCAAAGACACAGGATTCAAAGTTTTGACAGGCAGCAAATGG  781

seq1  CCATTCCAGAATCCCGCAGTTGGAGAATGGAAAATTCAAGTCTCAAAGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCCAGAATCCCGCAGTTGGAGAATGGAAAATTCAAGTCTCAAAGCC  831

seq1  CCAACCCTCACTTCCTGGTTTCTTTGTACCTCCTTGATTAGTTTATTACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCCTCACTTCCTGGTTTCTTTGTACCTCCTTGATTAGTTTATTACA  881

seq1  GAAAACATGTGCCTTTCTTTATAGATTTATTCATGTGTATAAGTGTTTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACATGTGCCTTTCTTTATAGATTTATTCATGTGTATAAGTGTTTTG  931

seq1  CCTGCCACATATGTATGTGCGACACACGTGTGCTTGGTACCTATCGAGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCACATATGTATGTGCGACACACGTGTGCTTGGTACCTATCGAGGT  981

seq1  CAGAAGAGAGTATTGATCTCCAAGAGCAGAGTTACGGGGTTTGTGAGCCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGAGTATTGATCTCCAAGAGCAGAGTTACGGGGTTTGTGAGCCA  1031

seq1  CAATGTGTGTGATGGGGACTGAACTTGGGTCCTTGGCAAGTGCAACAAGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGTGTGATGGGGACTGAACTTGGGTCCTTGGCAAGTGCAACAAGT  1081

seq1  TCCCCTAACCACTGAGCTATCTGTCCAGCTCCACATACATTCACCTACTG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTAACCACTGAGCTATCTGTCCAGCTCCACATACATTCACCTACTG  1131

seq1  AATTTAGGTCAAGAGTGAATTC  1171
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGGTCAAGAGTGAATTC  1153