BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-302J24
Chromosome15 (Build37)
Map Location 33,900,878 - 34,062,285
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC675463, Mtdh
Upstream geneSdc2, Pgcp, 1700084J12Rik, Tspyl5
Downstream geneLaptm4b, Matn2, Rpl30, BC030476, Hrsp12, Pop1, Npal2, Kcns2, Stk3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302J24.bB6Ng01-302J24.g
ACCGA096626GA096627
length2931,156
definitionB6Ng01-302J24.b B6Ng01-302J24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,061,993 - 34,062,285)(33,900,878 - 33,902,033)
sequence
ttttttcttttctttgcagtgtaaaggattaaacgcaaggctttgcatac
aaactaagcaagggatctacccctgagcagctgagctgcacacaaacatc
cacaccactctctagatctcaaactttattcttgactttatttgctcata
tataataatgcagtggacagtaaattatagcctatctcaaggcctacagt
ttttccttcctgctgtgtgtatacagacagatgtctgcacatctgtgttt
gtatgaccataggcccatttgtagcatgtatgggggggggggg
gaattcctcatttgaagtatattctgtaactggaaacctgagatgaaagc
aaaagctggtttgcacaggaaggatgggtatcagacaggattgaactaac
aagggacaggaatagtacgtatggttattgtttgtagttggtcacacagt
aggatcatagaaacaaagaaattgagcaaaactactatagatactgatca
ctgatggtactcattaactgtacatgctgttttagtttcttgttgctgaa
caaaataactgatgaaaagcaacctacatgagggaaggtttgctttggat
cacaggctgagaagaaacaagcatggcagagcaggcaggtggtaggagca
agagacagcatctatagtcaggaagcagagaggcagatgatggtgtcaac
tcacttctcccttttccttttattcagcctgggaccctattccatgccat
agcagtaccaacactcagggtgggtcttccttccttggttaagcctcttt
agggaattgcctcaaagtcacacatcaatatgttttccctcaatcattcc
aaatccagtcaagttggcaataaagaatgaccatcacagatattaagagc
caggaccagaagatgtcttttgagtgtaaaatgatagtgtcatgattgat
aagacaattcttcaaggtactttttccagtgtggttaaaaggattactct
gaaccacctgtgcctaattgtcctaagcctctttgaaaacagttggccaa
ggagagaaaagaaagttcttgagtgtttctgagctgcaattccttgctta
taattatagataatatataattcaaaggtctgtgaagacaatgggaaaat
gtggtacatgtctctattttaaattctatttcctttcttttccccttcct
gacatgattgaaaggatcattatttccttataagcatatgatgtctgtct
tctggtgaatattagcatcttaaggatcaaagcctatgtgaccctctttg
actgcttgaactcagctcttcacaacaaatggctccatagagccgtcttc
tacagcacagctgagattcagctcaagttctcacaaactctccagagaca
gtgttggcctaagatgccatatagccttaagaacaattcattcacacata
aacgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_34061993_34062285
seq2: B6Ng01-302J24.b_53_345 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCCCATACATGCTACAAATGGGCCTATGGTCATACAAACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCCATACATGCTACAAATGGGCCTATGGTCATACAAACACA  50

seq1  GATGTGCAGACATCTGTCTGTATACACACAGCAGGAAGGAAAAACTGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGCAGACATCTGTCTGTATACACACAGCAGGAAGGAAAAACTGTAG  100

seq1  GCCTTGAGATAGGCTATAATTTACTGTCCACTGCATTATTATATATGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGAGATAGGCTATAATTTACTGTCCACTGCATTATTATATATGAGC  150

seq1  AAATAAAGTCAAGAATAAAGTTTGAGATCTAGAGAGTGGTGTGGATGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAGTCAAGAATAAAGTTTGAGATCTAGAGAGTGGTGTGGATGTTT  200

seq1  GTGTGCAGCTCAGCTGCTCAGGGGTAGATCCCTTGCTTAGTTTGTATGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCAGCTCAGCTGCTCAGGGGTAGATCCCTTGCTTAGTTTGTATGCA  250

seq1  AAGCCTTGCGTTTAATCCTTTACACTGCAAAGAAAAGAAAAAA  293
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTGCGTTTAATCCTTTACACTGCAAAGAAAAGAAAAAA  293

seq1: chr15_33900878_33902033
seq2: B6Ng01-302J24.g_66_1221

seq1  GAATTCCTCATTTGAAGTATATTCTGTAACTGGAAACCTGAGATGAAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCATTTGAAGTATATTCTGTAACTGGAAACCTGAGATGAAAGC  50

seq1  AAAAGCTGGTTTGCACAGGAAGGATGGGTATCAGACAGGATTGAACTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTGGTTTGCACAGGAAGGATGGGTATCAGACAGGATTGAACTAAC  100

seq1  AAGGGACAGGAATAGTACGTATGGTTATTGTTTGTAGTTGGTCACACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGACAGGAATAGTACGTATGGTTATTGTTTGTAGTTGGTCACACAGT  150

seq1  AGGATCATAGAAACAAAGAAATTGAGCAAAACTACTATAGATACTGATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCATAGAAACAAAGAAATTGAGCAAAACTACTATAGATACTGATCA  200

seq1  CTGATGGTACTCATTAACTGTACATGCTGTTTTAGTTTCTTGTTGCTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGGTACTCATTAACTGTACATGCTGTTTTAGTTTCTTGTTGCTGAA  250

seq1  CAAAATAACTGATGAAAAGCAACCTACATGAGGGAAGGTTTGCTTTGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAACTGATGAAAAGCAACCTACATGAGGGAAGGTTTGCTTTGGAT  300

seq1  CACAGGCTGAGAAGAAACAAGCATGGCAGAGCAGGCAGGTGGTAGGAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCTGAGAAGAAACAAGCATGGCAGAGCAGGCAGGTGGTAGGAGCA  350

seq1  AGAGACAGCATCTATAGTCAGGAAGCAGAGAGGCAGATGATGGTGTCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGCATCTATAGTCAGGAAGCAGAGAGGCAGATGATGGTGTCAAC  400

seq1  TCACTTCTCCCTTTTCCTTTTATTCAGCCTGGGACCCTATTCCATGCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCTCCCTTTTCCTTTTATTCAGCCTGGGACCCTATTCCATGCCAT  450

seq1  AGCAGTACCAACACTCAGGGTGGGTCTTCCTTCCTTGGTTAAGCCTCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTACCAACACTCAGGGTGGGTCTTCCTTCCTTGGTTAAGCCTCTTT  500

seq1  AGGGAATTGCCTCAAAGTCACACATCAATATGTTTTCCCTCAATCATTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATTGCCTCAAAGTCACACATCAATATGTTTTCCCTCAATCATTCC  550

seq1  AAATCCAGTCAAGTTGGCAATAAAGAATGACCATCACAGATATTAAGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCAGTCAAGTTGGCAATAAAGAATGACCATCACAGATATTAAGAGC  600

seq1  CAGGACCAGAAGATGTCTTTTGAGTGTAAAATGATAGTGTCATGATTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACCAGAAGATGTCTTTTGAGTGTAAAATGATAGTGTCATGATTGAT  650

seq1  AAGACAATTCTTCAAGGTACTTTTTCCAGTGTGGTTAAAAGGATTACTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAATTCTTCAAGGTACTTTTTCCAGTGTGGTTAAAAGGATTACTCT  700

seq1  GAACCACCTGTGCCTAATTGTCCTAAGCCTCTTTGAAAACAGTTGGCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACCTGTGCCTAATTGTCCTAAGCCTCTTTGAAAACAGTTGGCCAA  750

seq1  GGAGAGAAAAGAAAGTTCTTGAGTGTTTCTGAGCTGCAATTCCTTGCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGAAAAGAAAGTTCTTGAGTGTTTCTGAGCTGCAATTCCTTGCTTA  800

seq1  TAATTATAGATAATATATAATTCAAAGGTCTGTGAAGACAATGGGAAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATAGATAATATATAATTCAAAGGTCTGTGAAGACAATGGGAAAAT  850

seq1  GTGGTACATGTCTCTATTTTAAATTCTATTTCCTTTCTTTTCCCCTTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTACATGTCTCTATTTTAAATTCTATTTCCTTTCTTTTCCCCTTCCT  900

seq1  GACATGATTGAAAGGATCATTATTTCCTTATAAAGCATATGATGTCTGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GACATGATTGAAAGGATCATTATTTCCTTAT-AAGCATATGATGTCTGTC  949

seq1  TTCTGGTGAATTATTAGCATCTTAAGGATCAAAGCCTATGTGACCCTCTT  1000
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTGAA-TATTAGCATCTTAAGGATCAAAGCCTATGTGACCCTCTT  998

seq1  TGACTGC-TGGACTCAGGCTCTTCAC-ACAAATGGCTCCATAGAGCCGTC  1048
      ||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCTTGAACTCA-GCTCTTCACAACAAATGGCTCCATAGAGCCGTC  1047

seq1  -TCTACAGGCACAGCTGAGATTCAGCTCAAG-TCTCACCAACTCTTCAGA  1096
       |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||
seq2  TTCTACA-GCACAGCTGAGATTCAGCTCAAGTTCTCACAAACTCTCCAGA  1096

seq1  GACAAGTGTTTGCCAAAGATGCCCATTTATAGCCTAAGAAACAATTCAT-  1145
      ||| |||||| ||| ||||||||    |||||||| |  |||||||||| 
seq2  GAC-AGTGTTGGCCTAAGATGCC---ATATAGCCTTAAGAACAATTCATT  1142

seq1  --CACAT-AACGCC  1156
        ||||| ||||||
seq2  CACACATAAACGCC  1156