BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303K15
Chromosome15 (Build37)
Map Location 48,100,198 - 48,193,825
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd3
Upstream geneLOC665130, LOC100039485, LOC100039493
Downstream geneEG665146, LOC100039600
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303K15.bB6Ng01-303K15.g
ACCGA097411GA097412
length1,1991,143
definitionB6Ng01-303K15.b B6Ng01-303K15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,100,198 - 48,101,401)(48,192,669 - 48,193,825)
sequence
gaattctcagagttgccacatatacatgaataaaaataaatcttgaagat
tcaaataaatgtaatgaaaacatgtaactatggaaatttatgaaaacata
ttttaaaagatttataggaagtatttagttacagtaaaatcataaaaaaa
gacaattatatgtagccaccataatttctctgtcaacactgaagatatgt
tgacaaccctgcacatctaatcccttccacgttagacagatagtgaatat
gatgcagcaatccaaataaatgattgagcacgttattaagattcaaacta
tcaggcagatgacacaaaatgatattgtttggaaacaaaaatgaatttca
aaataattatgttggcccgtctttaaatgtcatcatctttttaaaaatac
ttaatttctcaaaagtgtcctgttatataaagatttaaaagctgtcagtg
gaataagagattttattttcaaaatatataaactttgaaacaatttagtt
tgtttgaaatcgtgaacttataattttgtatataatcaaaatattaacaa
aggaaaaatgaaaggacagctgttgatattcgatttaaagagggcattct
ccagaccaaacactcttaccaacaatgcatttatgatggatggatgtttt
tgagtttttaatatacggttttgtgattttctaacaaatgccgaatccaa
cattaacacagatggctagtcttccaaattaaaattttatgagcagaaat
taaccagacaccaagtttgatgcaaaagctaaagcttatgtaaaacattt
gtgtagtgaaaagattaaagtcctaaacatgcagaaaaaaataaactaaa
ccaactaaaactcaatataacaggataatgcttttgaaaaaaaatcaaat
gattatttaagtttatttaaactaacacattcaacattgattaattgaac
attaaaaaacataacttactttcaataaaatgaaatttagctaattttaa
aatatgatcagtattgtgcctttaagaatacagtgatatagctattctct
ttgtgagctctgcagtgcatggcaaatacagaaggtgaatgctccacaag
tcatctatttggattgaaaaaccatgtcctaggaggagctagagaaattc
taagacttaaggtcgcaaccctataggaggatcacacaatatggaacta

gaattctgtaaaagcctcctttcaagttctttgttcttgagtacatttat
agtaaagctaataatgtgctacagtttcattgcatttaaaaatgtaggca
ggctgtctaattaatccaccccatgagtatttttgttgacaaaatcagag
aattttcaaaatctagcacgaaacaggatactctcctttatgtgtgaatt
atgtaaaggcatatttatttatttatttatttactgctacttgaagcaaa
caaatcaacaaaaagaagcagaacctgtttatttctgacaataatgaaat
aaatatttgaaattagtttaaattatctagctaaatattgtgggtcttta
tttattaaattcaatcatgaaaaagtttagccagctagaccaataatgag
agctacctctggaaaaaagaggaaattatagataactaaagaaatattag
agtatattctaaagatagaatagaaatgagaaatgcataaaattcagcaa
tctgaaaactaatagccaccctgatatagtaaagtaaaggttgttttttg
ggggtaggtgtatatttactaaaattgactacttcaagatgaatgttatc
atgttgcaggataataaagctactaaggatatgtggccattcacaaaagg
tcttgaacaaggactataaggagagtggattctcatacgtgagtggcatg
catgcccaaaggaggacttagtgccagcaagcatactcctcaccagtggt
tgtatcccagtgtcttatctcccagtggtctgttaccatcacccaatgat
atgctgagaggatcatggttccttatatccttaaaacaaacacaagttaa
gagaatggatacagaaaatgtggtacatttacacaatagagtactactca
gctattaaaaagaatgaatttataaaattcctaggcaattggatggacct
gggagggcatcatcctgagtgagttaacccaattcacaaaagaactcaca
catatgtactttactgatagtggatattagccagaacttagaataccaga
ttttaggatcatttgctaaacacatgaactcaagagacctagataagaag
ttgaccttgccttctaagattggaacaaacggcccatggaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_48100198_48101401
seq2: B6Ng01-303K15.b_43_1241

seq1  GAATTCTCAGAGTTGCCACATATACATGAATAAAAATAAATCTTGAAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGAGTTGCCACATATACATGAATAAAAATAAATCTTGAAGAT  50

seq1  TCAAATAAATGTAATGAAAACATGTAACTATGGAAATTTATGAAAACATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATAAATGTAATGAAAACATGTAACTATGGAAATTTATGAAAACATA  100

seq1  TTTTAAAAGATTTATAGGAAGTATTTAGTTACAGTAAAATCATAAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAGATTTATAGGAAGTATTTAGTTACAGTAAAATCATAAAAAAA  150

seq1  GACAATTATATGTAGCCACCATAATTTCTCTGTCAACACTGAAGATATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATTATATGTAGCCACCATAATTTCTCTGTCAACACTGAAGATATGT  200

seq1  TGACAACCCTGCACATCTAATCCCTTCCACGTTAGACAGATAGTGAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACCCTGCACATCTAATCCCTTCCACGTTAGACAGATAGTGAATAT  250

seq1  GATGCAGCAATCCAAATAAATGATTGAGCACGTTATTAAGATTCAAACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAGCAATCCAAATAAATGATTGAGCACGTTATTAAGATTCAAACTA  300

seq1  TCAGGCAGATGACACAAAATGATATTGTTTGGAAACAAAAATGAATTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCAGATGACACAAAATGATATTGTTTGGAAACAAAAATGAATTTCA  350

seq1  AAATAATTATGTTGGCCCGTCTTTAAATGTCATCATCTTTTTAAAAATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTATGTTGGCCCGTCTTTAAATGTCATCATCTTTTTAAAAATAC  400

seq1  TTAATTTCTCAAAAGTGTCCTGTTATATAAAGATTTAAAAGCTGTCAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTCTCAAAAGTGTCCTGTTATATAAAGATTTAAAAGCTGTCAGTG  450

seq1  GAATAAGAGATTTTATTTTCAAAATATATAAACTTTGAAACAATTTAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAGAGATTTTATTTTCAAAATATATAAACTTTGAAACAATTTAGTT  500

seq1  TGTTTGAAATCGTGAACTTATAATTTTGTATATAATCAAAATATTAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAAATCGTGAACTTATAATTTTGTATATAATCAAAATATTAACAA  550

seq1  AGGAAAAATGAAAGGACAGCTGTTGATATTCGATTTAAAGAGGGCATTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAATGAAAGGACAGCTGTTGATATTCGATTTAAAGAGGGCATTCT  600

seq1  CCAGACCAAACACTCTTACCAACAATGCATTTATGATGGATGGATGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCAAACACTCTTACCAACAATGCATTTATGATGGATGGATGTTTT  650

seq1  TGAGTTTTTAATATACGGTTTTGTGATTTTCTAACAAATGCCGAATCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTTTAATATACGGTTTTGTGATTTTCTAACAAATGCCGAATCCAA  700

seq1  CATTAACACAGATGGCTAGTCTTCCAAATTAAAATTTTATGAGCAGAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAACACAGATGGCTAGTCTTCCAAATTAAAATTTTATGAGCAGAAAT  750

seq1  TAACCAGACACCAAGTTTGATGCAAAAGCTAAAGCTTATGTAAAACATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAGACACCAAGTTTGATGCAAAAGCTAAAGCTTATGTAAAACATTT  800

seq1  GTGTAGTGAAAAGATTAAAGTCCTAAACATGCAGAAAAAAATAAACTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGTGAAAAGATTAAAGTCCTAAACATGCAGAAAAAAATAAACTAAA  850

seq1  CCAACTAAAACTCAATATAACAGGATAATGCTTTTGAAAAAAAATCAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTAAAACTCAATATAACAGGATAATGCTTTTGAAAAAAAATCAAAT  900

seq1  GATTATTTAAGTTTATTTAAACTAACACATTCAACATTGATTAATTGAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTTAAGTTTATTTAAACTAACACATTCAACATTGATTAATTGAAC  950

seq1  ATTAAAAAACATAACTTACTTTCAATAAAATGAAATTTAGGCTAATTTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  ATTAAAAAACATAACTTACTTTCAATAAAATGAAATTTA-GCTAATTTT-  998

seq1  AAAAATATGATCAGTA-TGTG-CTTTAAGAATACAAGGTGATATAGCTA-  1047
       ||||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||| 
seq2  -AAAATATGATCAGTATTGTGCCTTTAAGAATACA--GTGATATAGCTAT  1045

seq1  TCTC-TTGTGAGGCTCTGCCAGTGCATGGCAAATACAGAA-GTGAATGCT  1095
      |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTCTTTGTGA-GCTCTG-CAGTGCATGGCAAATACAGAAGGTGAATGCT  1093

seq1  -CAC-AGTCATCTA-TTGGA-TGAAACA-CATGGCCCCAAAGAAGGAGCT  1140
       ||| ||||||||| ||||| ||||| | |||| ||    || |||||||
seq2  CCACAAGTCATCTATTTGGATTGAAAAACCATGTCC---TAGGAGGAGCT  1140

seq1  AGAGAAAATACCCAAGGAGCTAAAGGGGTCGGCAACCCTATAGGAGGATC  1190
      ||||||| |   | | ||  |||   |||| |||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAATT---CTAAGACTTAA---GGTC-GCAACCCTATAGGAGGATC  1183

seq1  A-ACAATAT-GAACTA  1204
      | ||||||| ||||||
seq2  ACACAATATGGAACTA  1199


seq1: chr15_48192669_48193825
seq2: B6Ng01-303K15.g_66_1208 (reverse)

seq1  CCTTCCATGGGCGTTTTGTTCCCAAATCTAAGAAGGGGCAAAGTGTCTAC  50
      ||||||||||||  ||||||||  ||||| ||||  |||||   ||| ||
seq2  CCTTCCATGGGCCGTTTGTTCC--AATCTTAGAA--GGCAA--GGTCAAC  44

seq1  TCTTTGGTCTTAGTTCTTCTTGAGTTTCATGTGTTTAGCAAATTGTATCT  100
      | | |  || ||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||   ||
seq2  T-TCTTATC-TAGGTC-TCTTGAG-TTCATGTGTTTAGCAAA-TGATCCT  89

seq1  TATATCTTGGGTATTCTAAGTTTCTGGGCTAATATCCACTTATCAGT-AA  149
       | ||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||
seq2  AAAATCT--GGTATTCTAAG-TTCT-GGCTAATATCCAC-TATCAGTAAA  134

seq1  GTACATATTGTGTGAGTTCTTTTGTG-ATTGGGTTACTTCACTCAGGATG  198
      ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||
seq2  GTACATA-TGTGTGAGTTCTTTTGTGAATTGGGTTAACTCACTCAGGATG  183

seq1  ATGCCCT-CCAGGTCCATCCATTTGCCTAGGAATTTTATAAATTCATTCT  247
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTCCCAGGTCCATCCAATTGCCTAGGAATTTTATAAATTCATTCT  233

seq1  TTTTAATAGCTGAGTAGTACTCTATTGTGTAAATGTACCACATTTTCTGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATAGCTGAGTAGTACTCTATTGTGTAAATGTACCACATTTTCTGT  283

seq1  ATCCATTCTCTTAACTTGTGTTTGTTTTAAGGATATAAGGAACCATGATC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTCTCTTAACTTGTGTTTGTTTTAAGGATATAAGGAACCATGATC  333

seq1  CTCTCAGCATATCATTGGGTGATGGTAACAGACCACTGGGAGATAAGACA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGCATATCATTGGGTGATGGTAACAGACCACTGGGAGATAAGACA  383

seq1  CTGGGATACAACCACTGGTGAGGAGTATGCTTGCTGGCACTAAGTCCTCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATACAACCACTGGTGAGGAGTATGCTTGCTGGCACTAAGTCCTCC  433

seq1  TTTGGGCATGCATGCCACTCACGTATGAGAATCCACTCTCCTTATAGTCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGCATGCATGCCACTCACGTATGAGAATCCACTCTCCTTATAGTCC  483

seq1  TTGTTCAAGACCTTTTGTGAATGGCCACATATCCTTAGTAGCTTTATTAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAAGACCTTTTGTGAATGGCCACATATCCTTAGTAGCTTTATTAT  533

seq1  CCTGCAACATGATAACATTCATCTTGAAGTAGTCAATTTTAGTAAATATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAACATGATAACATTCATCTTGAAGTAGTCAATTTTAGTAAATATA  583

seq1  CACCTACCCCCAAAAAACAACCTTTACTTTACTATATCAGGGTGGCTATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTACCCCCAAAAAACAACCTTTACTTTACTATATCAGGGTGGCTATT  633

seq1  AGTTTTCAGATTGCTGAATTTTATGCATTTCTCATTTCTATTCTATCTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCAGATTGCTGAATTTTATGCATTTCTCATTTCTATTCTATCTTT  683

seq1  AGAATATACTCTAATATTTCTTTAGTTATCTATAATTTCCTCTTTTTTCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATACTCTAATATTTCTTTAGTTATCTATAATTTCCTCTTTTTTCC  733

seq1  AGAGGTAGCTCTCATTATTGGTCTAGCTGGCTAAACTTTTTCATGATTGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAGCTCTCATTATTGGTCTAGCTGGCTAAACTTTTTCATGATTGA  783

seq1  ATTTAATAAATAAAGACCCACAATATTTAGCTAGATAATTTAAACTAATT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATAAATAAAGACCCACAATATTTAGCTAGATAATTTAAACTAATT  833

seq1  TCAAATATTTATTTCATTATTGTCAGAAATAAACAGGTTCTGCTTCTTTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATATTTATTTCATTATTGTCAGAAATAAACAGGTTCTGCTTCTTTT  883

seq1  TGTTGATTTGTTTGCTTCAAGTAGCAGTAAATAAATAAATAAATAAATAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATTTGTTTGCTTCAAGTAGCAGTAAATAAATAAATAAATAAATAT  933

seq1  GCCTTTACATAATTCACACATAAAGGAGAGTATCCTGTTTCGTGCTAGAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTACATAATTCACACATAAAGGAGAGTATCCTGTTTCGTGCTAGAT  983

seq1  TTTGAAAATTCTCTGATTTTGTCAACAAAAATACTCATGGGGTGGATTAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAATTCTCTGATTTTGTCAACAAAAATACTCATGGGGTGGATTAA  1033

seq1  TTAGACAGCCTGCCTACATTTTTAAATGCAATGAAACTGTAGCACATTAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACAGCCTGCCTACATTTTTAAATGCAATGAAACTGTAGCACATTAT  1083

seq1  TAGCTTTACTATAAATGTACTCAAGAACAAAGAACTTGAAAGGAGGCTTT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTACTATAAATGTACTCAAGAACAAAGAACTTGAAAGGAGGCTTT  1133

seq1  TACAGAATTC  1157
      ||||||||||
seq2  TACAGAATTC  1143


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |