BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306P05
Chromosome15 (Build37)
Map Location 40,086,189 - 40,160,474
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC670013
Upstream geneRims2, Tm7sf4, Dpys, Lrp12, LOC100039130
Downstream geneLOC664872, Zfpm2, Ppia-ps25
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306P05.bB6Ng01-306P05.g
ACCGA099852GA099853
length1,1421,102
definitionB6Ng01-306P05.b B6Ng01-306P05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,159,350 - 40,160,474)(40,086,189 - 40,087,278)
sequence
gaattcctctctcctgaggctggcgtactcgtgggcaggccagtgaccat
ctttacttttattttcttcatgttccttctatttcctcctctcctgacaa
acactgctcctgtggaacagggaccatacccgttacctcaatcactgaat
aatctcccagataaccctatccccaaacattcacattgtggagtattatg
agtagggatttagtatgtaagtggtgggcacacaactcaacctcaaacag
gagtatatccccatggttgtccctcaagtaatagaaaggctctattgatt
tggtaccaagtgatccattcctttcttggggcagcttgttaaacacaata
gtaacttgtgatagaaaattaaaaactcaaaggtactcatagaggactac
tattccttccctcaaagaagaaaataaataatggctaacagttgacagct
tgtaaaagaaaagacatcttaagaaatgaaaataattctgctaaacttaa
gtactacagtattgaacttacttttagtgtgacatgtttctacaaaagcc
atcatatttctctattggcttcattatgatggagagacatctcttgagct
ctggggccaactccattaacttttatcttctgaaagattcccaagacaag
tcattacttccgctgttgcttttggatcagctcctactacctatccttca
gataaacaagtgataagtagctttgatgtccccatccccatggcaacagg
gccatttatttatatacttatttttgcagttaatgaataatatgctggtc
ctcttcctgaaatttgtgcttggagctccatgggcctcagtatttgttaa
gtcatcttaggtttcccacttttagtaagaatttggcaaagtcccctgta
ttaatccaagatttacagcacttgctagatcaagatggtaatgacgagga
cagtatagtggtgtggtttttcagtcttcaaaatccaaggtgctgctgaa
ttgcaattttttttacccatgggcttcttcaagaagtctatgagagtcac
aatatttccatttgcttcccacaatggcccaaaaaatgttgttacaagaa
ctcaaagtgatttaaatgtcagtgaacttcagattgggaaac
gaattcaagcaggtcagaaagcaggagctgatgcagaagccatggaggga
tgttctttactggcttacttctcctggcttgctcagcctgctctcttgta
caaccaagactaccagcccagagatggtcccacccacaagggcctttccc
ccttgatcactaattgagaaaatgccttacagctggatctcatggaggca
tttcctcaactgaagctcctttctctgtgataactccagctgtgtcaagt
tgacacaaaactagccagtacagtgaacaattatgattggccaaccttat
aaatctgagaaagagttacttgctatgaactaccagaaaaacaactggtt
gagcccaacctcaacttggaagcctcactgcacagtgattcaagcagatg
cagggaactctgggtttgtcagattgtggggacagagtgtctccagtgtc
cccttcctcaatcggaggctttaaacaatgagaaattgcagctaatgcac
ttatataaagatttattttataacttattcacgggatgtgtgaatttttg
tgttcatgtgcatggggtgtgcatgtgtgtgtgtatgtctgtgtgtgtgc
ctgtgtgtgtatgtgtgtatacatgtatctgtgtaggtgcctgtggatgg
aagagaaggaaaagggtgttggaatccctggagctggagttatatgcagt
tatcacctgttcactgtggttgctgggaatcaaacccaaagtcctgtggc
agagcaagaagtacccctaagccctgagccatctctccatcccagatcac
actcattttcttgtgaacctttcttctggatctctctactttatcaagaa
cttgccctttgttttgaaggatctctctttaaagctttgcagctgtgctc
ataaatattattgcggttctctaaagcacagattgcagctcccaccactg
agtacatcattggatttggaagaaccggaaacaaattaatcttagttctg
tcgtcggtggtcttcttcctttcagcttgaacctcgtcatgcctacgaac
ttgaatggcaaggtttgaagtgggaccctggtgctttctgtaacagaagg
at
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_40159350_40160474
seq2: B6Ng01-306P05.b_47_1188 (reverse)

seq1  GTTTCC--AACTGAAGTTCACTGACATTTAAAAACACTTTGAGTCCTGGT  48
      ||||||  | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||
seq2  GTTTCCCAATCTGAAGTTCACTGACATTT-AAATCACTTTGAGTTCTTGT  49

seq1  -ACAAAATTTTGTG---CAATGTGGGA--GAAAT-GAAATTATGTGACTC  91
       |||| ||||| ||   || |||||||   |||| |||||  ||||||||
seq2  AACAACATTTTTTGGGCCATTGTGGGAAGCAAATGGAAATATTGTGACTC  99

seq1  TCATAGACTCCTTGAAGAAGCCCATGGGTAAAAAAA--TGCAA-TCAGCA  138
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||
seq2  TCATAGACTTCTTGAAGAAGCCCATGGGTAAAAAAAATTGCAATTCAGCA  149

seq1  GCAACCTGGGATTTGGAGACTG-AAAACCACA-CACTATACTGTCCTCGT  186
      ||| | |||  |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCACCTTGGATTTTGAAGACTGAAAAACCACACCACTATACTGTCCTCGT  199

seq1  CATTACCATCTTGATCTAGCAAGTGCTGT-AATCTTGGATTAATACA-GG  234
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  CATTACCATCTTGATCTAGCAAGTGCTGTAAATCTTGGATTAATACAGGG  249

seq1  GACTTTGCCAAATTC-TACTAAAAGTGGG-AACCTAAGATGACTTAACAA  282
      ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGCCAAATTCTTACTAAAAGTGGGAAACCTAAGATGACTTAACAA  299

seq1  ATACTGAGGCCCATGGAGCTCCAAGCACAAATTTCAGGAAGAGGACCAGC  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGAGGCCCATGGAGCTCCAAGCACAAATTTCAGGAAGAGGACCAGC  349

seq1  ATATTATTCATTAACTGCAAAAATAAGTATATAAATAAATGGCCCTGTTG  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATTCATTAACTGCAAAAATAAGTATATAAATAAATGGCCCTGTTG  399

seq1  CCATGGGGATGGGGACATCAAAGCTACTTATCACTTGTTTATCTGAAGGA  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGGATGGGGACATCAAAGCTACTTATCACTTGTTTATCTGAAGGA  449

seq1  TAGGTAGTAGGAGCTGATCCAAAAGCAACAGCGGAAGTAATGACTTGTCT  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGTAGGAGCTGATCCAAAAGCAACAGCGGAAGTAATGACTTGTCT  499

seq1  TGGGAATCTTTCAGAAGATAAAAGTTAATGGAGTTGGCCCCAGAGCTCAA  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATCTTTCAGAAGATAAAAGTTAATGGAGTTGGCCCCAGAGCTCAA  549

seq1  GAGATGTCTCTCCATCATAATGAAGCCAATAGAGAAATATGATGGCTTTT  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTCTCTCCATCATAATGAAGCCAATAGAGAAATATGATGGCTTTT  599

seq1  GTAGAAACATGTCACACTAAAAGTAAGTTCAATACTGTAGTACTTAAGTT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAACATGTCACACTAAAAGTAAGTTCAATACTGTAGTACTTAAGTT  649

seq1  TAGCAGAATTATTTTCATTTCTTAAGATGTCTTTTCTTTTACAAGCTGTC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGAATTATTTTCATTTCTTAAGATGTCTTTTCTTTTACAAGCTGTC  699

seq1  AACTGTTAGCCATTATTTATTTTCTTCTTTGAGGGAAGGAATAGTAGTCC  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTAGCCATTATTTATTTTCTTCTTTGAGGGAAGGAATAGTAGTCC  749

seq1  TCTATGAGTACCTTTGAGTTTTTAATTTTCTATCACAAGTTACTATTGTG  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGAGTACCTTTGAGTTTTTAATTTTCTATCACAAGTTACTATTGTG  799

seq1  TTTAACAAGCTGCCCCAAGAAAGGAATGGATCACTTGGTACCAAATCAAT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAAGCTGCCCCAAGAAAGGAATGGATCACTTGGTACCAAATCAAT  849

seq1  AGAGCCTTTCTATTACTTGAGGGACAACCATGGGGATATACTCCTGTTTG  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTTTCTATTACTTGAGGGACAACCATGGGGATATACTCCTGTTTG  899

seq1  AGGTTGAGTTGTGTGCCCACCACTTACATACTAAATCCCTACTCATAATA  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGAGTTGTGTGCCCACCACTTACATACTAAATCCCTACTCATAATA  949

seq1  CTCCACAATGTGAATGTTTGGGGATAGGGTTATCTGGGAGATTATTCAGT  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACAATGTGAATGTTTGGGGATAGGGTTATCTGGGAGATTATTCAGT  999

seq1  GATTGAGGTAACGGGTATGGTCCCTGTTCCACAGGAGCAGTGTTTGTCAG  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAGGTAACGGGTATGGTCCCTGTTCCACAGGAGCAGTGTTTGTCAG  1049

seq1  GAGAGGAGGAAATAGAAGGAACATGAAGAAAATAAAAGTAAAGATGGTCA  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAGGAAATAGAAGGAACATGAAGAAAATAAAAGTAAAGATGGTCA  1099

seq1  CTGGCCTGCCCACGAGTACGCCAGCCTCAGGAGAGAGGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTGCCCACGAGTACGCCAGCCTCAGGAGAGAGGAATTC  1142

seq1: chr15_40086189_40087278
seq2: B6Ng01-306P05.g_67_1168

seq1  GAATTCAAGCAGGTCAGAAAGCAGGAGCTGATGCAGAAGCCATGGAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGCAGGTCAGAAAGCAGGAGCTGATGCAGAAGCCATGGAGGGA  50

seq1  TGTTCTTTACTGGCTTACTTCTCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTACTGGCTTACTTCTCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTGTA  100

seq1  CAACCAAGACTACCAGCCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGCCTTTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAAGACTACCAGCCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGCCTTTCCC  150

seq1  CCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGCTGGATCTCATGGAGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGCTGGATCTCATGGAGGCA  200

seq1  TTTCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGT  250

seq1  TGACACAAAACTAGCCAGTACAGTGAACAATTATGATTGGCCAACCTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACAAAACTAGCCAGTACAGTGAACAATTATGATTGGCCAACCTTAT  300

seq1  AAATCTGAGAAAGAGTTACTTGCTATGAACTACCAGAAAAACAACTGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGAGAAAGAGTTACTTGCTATGAACTACCAGAAAAACAACTGGTT  350

seq1  GAGCCCAACCTCAACTTGGAAGCCTCACTGCACAGTGATTCAAGCAGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCAACCTCAACTTGGAAGCCTCACTGCACAGTGATTCAAGCAGATG  400

seq1  CAGGGAACTCTGGGTTTGTCAGATTGTGGGGACAGAGTGTCTCCAGTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAACTCTGGGTTTGTCAGATTGTGGGGACAGAGTGTCTCCAGTGTC  450

seq1  CCCTTCCTCAATCGGAGGCTTTAAACAATGAGAAATTGCAGCTAATGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCTCAATCGGAGGCTTTAAACAATGAGAAATTGCAGCTAATGCAC  500

seq1  TTATATAAAGATTTATTTTATAACTTATTCACGGGATGTGTGAATTTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAAAGATTTATTTTATAACTTATTCACGGGATGTGTGAATTTTTG  550

seq1  TGTTCATGTGCATGGGGTGTGCATGTGTGTGTGTATGTCTGTGTGTGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATGTGCATGGGGTGTGCATGTGTGTGTGTATGTCTGTGTGTGTGC  600

seq1  CTGTGTGTGTATGTGTGTATACATGTATCTGTGTAGGTGCCTGTGGATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTGTATGTGTGTATACATGTATCTGTGTAGGTGCCTGTGGATGG  650

seq1  AAGAGAAGGAAAAGGGTGTTGGAATCCCTGGAGCTGGAGTTATATGCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAGGAAAAGGGTGTTGGAATCCCTGGAGCTGGAGTTATATGCAGT  700

seq1  TATCACCTGTTCACTGTGGTTGCTGGGAATCAAACCC-AAGTCCTGTGGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATCACCTGTTCACTGTGGTTGCTGGGAATCAAACCCAAAGTCCTGTGGC  750

seq1  AGAGCAAGAAGTACCCCTAAGCCCTGAGCCATCTCTCCATCCCAGATCAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAGAAGTACCCCTAAGCCCTGAGCCATCTCTCCATCCCAGATCAC  800

seq1  ACTCATTTTCTTGTGAACCTTTCTTCTGGATCTCTCTACTTTATCAAGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTTTCTTGTGAACCTTTCTTCTGGATCTCTCTACTTTATCAAGAA  850

seq1  CTTGCCC-TTGTTTTGAAGGATCTCTCTTTAAAGCTTTGCAGCTGTGCTC  898
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCCTTTGTTTTGAAGGATCTCTCTTTAAAGCTTTGCAGCTGTGCTC  900

seq1  ATAAATA-TATTGCGGTTCTCTAAAGCACAGATTGCAGCTCCCA-CACTG  946
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATAAATATTATTGCGGTTCTCTAAAGCACAGATTGCAGCTCCCACCACTG  950

seq1  AGTACATCATT-GATTTGGAAGAA-CGGAAACAAA-TAATCTTAGTTCTG  993
      ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGTACATCATTGGATTTGGAAGAACCGGAAACAAATTAATCTTAGTTCTG  1000

seq1  TCGTCGGTGGTC-TCTTCCTTCCAGC-TGAA-CTCGTCAATTGCCTAACG  1040
      |||||||||||| |||||||| |||| |||| |||||||  ||||||   
seq2  TCGTCGGTGGTCTTCTTCCTTTCAGCTTGAACCTCGTCA--TGCCTACGA  1048

seq1  ACT--GATGGC-AGGTTTGAAGTTGGACCCCTGTGCTTTCTGTAACAG-A  1086
      |||   ||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| |
seq2  ACTTGAATGGCAAGGTTTGAAGTGGGACCCTGGTGCTTTCTGTAACAGAA  1098

seq1  GGAT  1090
      ||||
seq2  GGAT  1102