BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308N01
Chromosome15 (Build37)
Map Location 80,292,970 - 80,417,484
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEnthd1
Upstream geneLOC100041676, Kcnj4, Kdelr3, Ddx17, Dmc1, 4933432B09Rik, Pgea1, Tomm22, Josd1, Gtpbp1, Unc84b, Dnalc4, Npcd, Nptxr, Cbx6, LOC100042748, Apobec3, Cbx7, Pdgfb, Rpl3, Syngr1, Map3k7ip1, Mgat3, EG666948, Smcr7l, Atf4, Rps19bp1, Cacna1i
Downstream geneGrap2, AW544981, Tnrc6b, Adsl, LOC625672, Rutbc3, Mkl1, LOC675966, Mchr1, Slc25a17, St13, Xpnpep3, Dnajb7, Rbx1, EG383080, Ep300
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308N01.bB6Ng01-308N01.g
ACCGA101221GA101222
length6261,153
definitionB6Ng01-308N01.b B6Ng01-308N01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,416,860 - 80,417,484)(80,292,970 - 80,294,117)
sequence
gaattcagccgcacaaatccctctgcagctcatttgaatcaaaacccaca
cggcaatggagtgcggtctccagagcccgagtgaggcattgatctcgggt
ttatttacagtgaaattcacataagaacacttgtcgatggcagtgaactc
tctgtccttagacaagggtcacagggaaaacatttgcgggacaatcgaga
tgttgctgtgaaacttagcctaaggatgattgtaccggctagactataaa
ctctgccaagagctacaactccctggagaaggaaggcgagagagaataaa
aagcaacaaagatgcgaatgctcttttccattctctcttcactttaccgg
gccaaaagggcaagctgcaacacaggatacatttaataaatatctttagg
tggtaacactggcaggccggcaagattcggaggggcttcagagggtcaca
aaggttggtgagagaagcttggggcagcaagctaatgaaactgtgactct
gtaaccggacaaaggggcagctgggtggggcacagtagggggtgtgtgtg
ttgggagacaatgaaagaaagctcctccaatgaggagaactgggtgtgtg
tgtgtgtcagggactatggggggggc
gaattctccatctctttcatcctgcacccaggctgcagttcctagagacc
cgggctctgtgaagcagagggcatgggtgtctgctcctacaggaccagtg
ttccctcagcttcttctgccaagaggcactcttcatgtctctaaccacgc
caaaccctcttctaggctctgcagaagtcttcggttactttattgctgcc
gtgacccatcaagagaggaagggttactttggaccacagttcagtagcac
atcatggtggggagaccatgaggccaggaacacaaggcagctggcattgt
atacctagtcaggaagcagagagccttggatgctggtgctctgctcagcc
cctgaaatgctgcagcccacagcagggtgggtctttccacttcaattaac
ctgatctataaagtccctcatagaccagaggtctgtctcctgggtgattc
tagatcctgtcaagttgccaccacaggtgcccccacacctatccccctgc
ctcattacccccatcttcctattcctctaccccctggcaagaaggaacta
aggttggaacttaggaagcaggctatatagaggctttcagcttcaaaaca
gcaagcagaccccaggggaacagcctcttgcctgcacaaagacacttctg
tttctttctgggctctggacccaggtccatcttccagggacatgtctcac
tgggacccctggctacctccctgcacctcctcctctgcagtctttagttg
ctctgcattagaataactgtgagttctagtctgaactagaattactaagt
ggttaggagctctcagagtgggtgttgggaaccaagcttaggtcctcggt
aacagtagtacgggtgcctaactgctgagccatctctctagccctcaagt
tcaatctgcttaactacctacccttcagtctcctgtccctctgacctaat
gcaccagtgtccccttctatatttctgtgaccctgcacatttctgttatc
taagctgctttagctgacttacgaacactacaaccttgcttgtgtacagt
gctgtgccttggagctggtgcacagccacacacaacttgaacagcaggta
acgctacttacatttctagcctggccagagtgtcctatgagtcttatata
agt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_80416860_80417484
seq2: B6Ng01-308N01.b_46_671 (reverse)

seq1  GCCCCCCCCA-AGTCCCTGACACACACACACACCCAGTTCTCCTCATTGG  49
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCCCCATAGTCCCTGACACACACACACACCCAGTTCTCCTCATTGG  50

seq1  AGGAGCTTTCTTTCATTGTCTCCCAACACACACACCCCCTACTGTGCCCC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTTTCTTTCATTGTCTCCCAACACACACACCCCCTACTGTGCCCC  100

seq1  ACCCAGCTGCCCCTTTGTCCGGTTACAGAGTCACAGTTTCATTAGCTTGC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGCTGCCCCTTTGTCCGGTTACAGAGTCACAGTTTCATTAGCTTGC  150

seq1  TGCCCCAAGCTTCTCTCACCAACCTTTGTGACCCTCTGAAGCCCCTCCGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCAAGCTTCTCTCACCAACCTTTGTGACCCTCTGAAGCCCCTCCGA  200

seq1  ATCTTGCCGGCCTGCCAGTGTTACCACCTAAAGATATTTATTAAATGTAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGCCGGCCTGCCAGTGTTACCACCTAAAGATATTTATTAAATGTAT  250

seq1  CCTGTGTTGCAGCTTGCCCTTTTGGCCCGGTAAAGTGAAGAGAGAATGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTTGCAGCTTGCCCTTTTGGCCCGGTAAAGTGAAGAGAGAATGGA  300

seq1  AAAGAGCATTCGCATCTTTGTTGCTTTTTATTCTCTCTCGCCTTCCTTCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCATTCGCATCTTTGTTGCTTTTTATTCTCTCTCGCCTTCCTTCT  350

seq1  CCAGGGAGTTGTAGCTCTTGGCAGAGTTTATAGTCTAGCCGGTACAATCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAGTTGTAGCTCTTGGCAGAGTTTATAGTCTAGCCGGTACAATCA  400

seq1  TCCTTAGGCTAAGTTTCACAGCAACATCTCGATTGTCCCGCAAATGTTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGGCTAAGTTTCACAGCAACATCTCGATTGTCCCGCAAATGTTTT  450

seq1  CCCTGTGACCCTTGTCTAAGGACAGAGAGTTCACTGCCATCGACAAGTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGACCCTTGTCTAAGGACAGAGAGTTCACTGCCATCGACAAGTGT  500

seq1  TCTTATGTGAATTTCACTGTAAATAAACCCGAGATCAATGCCTCACTCGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGTGAATTTCACTGTAAATAAACCCGAGATCAATGCCTCACTCGG  550

seq1  GCTCTGGAGACCGCACTCCATTGCCGTGTGGGTTTTGATTCAAATGAGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGAGACCGCACTCCATTGCCGTGTGGGTTTTGATTCAAATGAGCT  600

seq1  GCAGAGGGATTTGTGCGGCTGAATTC  625
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGGATTTGTGCGGCTGAATTC  626

seq1: chr15_80292970_80294117
seq2: B6Ng01-308N01.g_66_1218

seq1  GAATTCTCCATCTCTTTCATCCTGCACCCAGGCTGCAGTTCCTAGAGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATCTCTTTCATCCTGCACCCAGGCTGCAGTTCCTAGAGACC  50

seq1  CGGGCTCTGTGAAGCAGAGGGCATGGGTGTCTGCTCCTACAGGACCAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCTCTGTGAAGCAGAGGGCATGGGTGTCTGCTCCTACAGGACCAGTG  100

seq1  TTCCCTCAGCTTCTTCTGCCAAGAGGCACTCTTCATGTCTCTAACCACGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCAGCTTCTTCTGCCAAGAGGCACTCTTCATGTCTCTAACCACGC  150

seq1  CAAACCCTCTTCTAGGCTCTGCAGAAGTCTTCGGTTACTTTATTGCTGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCCTCTTCTAGGCTCTGCAGAAGTCTTCGGTTACTTTATTGCTGCC  200

seq1  GTGACCCATCAAGAGAGGAAGGGTTACTTTGGACCACAGTTCAGTAGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCCATCAAGAGAGGAAGGGTTACTTTGGACCACAGTTCAGTAGCAC  250

seq1  ATCATGGTGGGGAGACCATGAGGCCAGGAACACAAGGCAGCTGGCATTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGGTGGGGAGACCATGAGGCCAGGAACACAAGGCAGCTGGCATTGT  300

seq1  ATACCTAGTCAGGAAGCAGAGAGCCTTGGATGCTGGTGCTCTGCTCAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTAGTCAGGAAGCAGAGAGCCTTGGATGCTGGTGCTCTGCTCAGCC  350

seq1  CCTGAAATGCTGCAGCCCACAGCAGGGTGGGTCTTTCCACTTCAATTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAATGCTGCAGCCCACAGCAGGGTGGGTCTTTCCACTTCAATTAAC  400

seq1  CTGATCTATAAAGTCCCTCATAGACCAGAGGTCTGTCTCCTGGGTGATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTATAAAGTCCCTCATAGACCAGAGGTCTGTCTCCTGGGTGATTC  450

seq1  TAGATCCTGTCAAGTTGCCACCACAGGTGCCCCCACACCTATCCCCCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCCTGTCAAGTTGCCACCACAGGTGCCCCCACACCTATCCCCCTGC  500

seq1  CTCATTACCCCCATCTTCCTATTCCTCTACCCCCTGGCAAGAAGGAACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTACCCCCATCTTCCTATTCCTCTACCCCCTGGCAAGAAGGAACTA  550

seq1  AGGTTGGAACTTAGGAAGCAGGCTATATAGAGGCTTTCAGCTTCAAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGAACTTAGGAAGCAGGCTATATAGAGGCTTTCAGCTTCAAAACA  600

seq1  GCAAGCAGACCCCAGGGGAACAGCCTCTTGCCTGCACAAAGACACTTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAGACCCCAGGGGAACAGCCTCTTGCCTGCACAAAGACACTTCTG  650

seq1  TTTCTTTCTGGGCTCTGGACCCAGGTCCATCTTCCAGGGACATGTCTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTCTGGGCTCTGGACCCAGGTCCATCTTCCAGGGACATGTCTCAC  700

seq1  TGGGACCCCTGGCTACCTCCCTGCACCTCCTCCTCTGCAGTCTTTAGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACCCCTGGCTACCTCCCTGCACCTCCTCCTCTGCAGTCTTTAGTTG  750

seq1  CTCTGCATTAGAATAACTGTGAGTTCTAGTCTGAACTAGAATTACTAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCATTAGAATAACTGTGAGTTCTAGTCTGAACTAGAATTACTAAGT  800

seq1  GGTTAGGAGCTCTCAGAGTGGGTGTTGGGAACCAAGCTTAGGTCCTCGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGGAGCTCTCAGAGTGGGTGTTGGGAACCAAGCTTAGGTCCTCGGT  850

seq1  AACAGTAGTACGGGTGCCTAACTGCTGAGCCATCTCTCTAGCCCTCAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAGTACGGGTGCCTAACTGCTGAGCCATCTCTCTAGCCCTCAAGT  900

seq1  TCAATCTGCTTAACTACCTACCCTTCAGTCTCCTGTCCCTCTGACCTAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTGCTTAACTACCTACCCTTCAGTCTCCTGTCCCTCTGACCTAAT  950

seq1  GCACCAGTGTCCCCTTCTATATTTCTGTGACCCTGCACCATTTCTGTTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCACCAGTGTCCCCTTCTATATTTCTGTGACCCTGCA-CATTTCTGTTAT  999

seq1  CTAAGCTGCTTTTAGCTGACTTACGAACACTAACACC-TGC-TGTGTACA  1048
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||
seq2  CTAAGCTGC-TTTAGCTGACTTACGAACACTACAACCTTGCTTGTGTACA  1048

seq1  GGTGCTGTGCC-TGGAGCTGGTGGCACAGCCACACAC----TGGACAGGC  1093
       |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    || ||| ||
seq2  -GTGCTGTGCCTTGGAGCTGGT-GCACAGCCACACACAACTTGAACA-GC  1095

seq1  AGG-GACGCTACTTACA-TTCTAGCTGGGGCAGAGTGTGCCCAATGAGTC  1141
      |||  |||||||||||| |||||||  || ||||||||  || |||||||
seq2  AGGTAACGCTACTTACATTTCTAGCCTGGCCAGAGTGT--CCTATGAGTC  1143

seq1  ---TATAAGT  1148
         |||||||
seq2  TTATATAAGT  1153